Analizador de formas de tubrculos

de papa a partir del reconocimiento de Patrones de Imgenes

Introduccin
En los programas de investigacin de Mejoramiento Gentico, Bancos de Germoplasma y evaluaciones de cultivos en general, es importante contar con herramientas bioinformticas que faciliten la tarea del investigador. En la actualidad, la caracterizacin de los rasgos fenotpicos se realiza utilizando los descriptores morfolgicos de manera visual, haciendo que la tarea de analizar grandes conjuntos de datos sea muy costosa, consumen mucho tiempo y son propensos a errores. Frente a estas deficiencias, el anlisis automatizado de la diversidad biolgica a travs de las imgenes se ha convertido en un elemento bsico en la biologa moderna. Las caractersticas de medicin de plantas u objetos a travs de anlisis de imgenes tienen el potencial para aumentar la objetividad de las evaluaciones fenotpicas, proporcionando datos cuantitativos, los cuales pueden ser combinados con los datos genotpicos en anlisis mas complejos (Ejm. Anlisis de QTLs). El desarrollo del piloto Analizador de Formas de Tubrculos de papa (Potato tuber analyzer) nos permiti clasificar 5 formas generales de tubrculos de papa: Comprimido, Redondo, Oblongo, Oblongo-alargado y Alargado; y dos formas secundarias: no aplanado y aplanado. Esta herramienta es de gran ayuda para los investigadores.

Hualla, Vilma R. Gmez, Ren Simon, Reinhard Ros, Silvana R. Vega ,Mariflor E. Salas, Elisa
Centro Internacional de la Papa, Apartado 1558, Lima 12, Peru v.hualla@cgiar.org

Materiales y mtodos
Los cdigos de programacin fueron realizados usando el entorno R2.13.0 con los paquetes EBImage (Pau et al., 2010), y el software Image Magick (2006) y rpart, GTK+ Versin 2.22.0-2. GTK2, Se utiliz la librera rpart (Therneau et al. 2012), para la clasificacin de las formas evaluadas debido a que mostr mayor rapidez y eficacia comparada a otros clasificadores (Hualla, V. 2012). Se realiz la evaluacin de 100 clones de tubrculos de papa del rea de mejoramiento, los cuales fueron caracterizados morfolgicamente de la forma tradicional (Gmez et al. 2004, 2012). Luego se procedi a la toma de fotos, cada foto estuvo previamente codificada, acompaada de una mini carta de colores y una regla. Posteriormente las fotos fueron trabajadas para obtener una tamao de 100 a 300 Kb con un fondo oscuro para facilitar el reconocimiento por el programa. Para el desarrollo del programa se consider las formas ms usuales de tubrculos: Comprimido (1), Redondo (2), Oblongo (6), Oblongo alargado (7) y Alargado (8).Y para forma secundaria: Ausente (0) y Aplanado (1). (Fig.1) El programa realiza diversas medidas de los tubrculos: distancia apical, basal, dimetro y longitud. Y las proporciones respectivas de estas medidas. Con la informacin obtenida se realiz la validacin del programa y permite la clasificacin de la forma general de tubrculo y secundaria. El programa lee el objeto de corte longitudinal o tubrculo entero para forma general y para la forma secundaria: el corte es transversal.

Medidas de los tubrculos por programa

Libreras EBImage rpart GTK

d.ap. sup. d.apical

ANALIZADOR DE FORMAS

diametro d.basal d.bas.inf. Longitud

Forma general Comprimido (1) Redondo (2) Oblongo (6) Oblongo-alargado (7) Alargado (8) Forma secundaria No aplanada (0) Aplanada (1)

Fig. 1: Flujo para analizar formas de tubrculo

Resultados y Conclusiones
La herramienta Analizador de Formas de Tubrculos fue evaluada exitosamente en forma de piloto. Se analizaron 444 fotos del programa de germoplasma y del programa de Mejoramiento Gentico. El programa puede analizar fotos individuales o grupales, asimismo el usuario puede elegir que foto que desea leer.(Fig.2) El programa para analizar Formas de tubrculos de Papa, demostr alta precisin al clasificar las fotos con un error de clasificacin muy baja; para formas generales del tubrculo se analizaron 244 donde el error de clasificacin es 1.2% y para forma secundaria es 0.5%. Es decir que el programa discrimin eficientemente los 5 tipos de formas generales de tubrculos de papa: Comprimido, Redondo, Oblongo, Oblongo-alargado y Alargado.(Fig.3); y las formas secundarias: no aplanado y aplanado. Aunque los programas pueden ayudar en gran medida trabajos rutinarios y mecnicos, son necesarios los conocimientos de los investigadores para poder seleccionar el material correcto para las fotos, as como para la discriminacin de otras caractersticas de los tubrculos.
Bibliografa Claude J. (2008). Morphometrics with R. Springer. Austria Gmez, R. (2004). Seminario Taller Nacional de Caracterizacin in situ Gua para las Caracterizaciones Morfolgicas Bsicas en Colecciones de Papas Nativas (sexta aproximacin). Centro Internacional de la Papa. Lima. 44-67. Hualla M. V. (2012) Aplicacin de tres clasificadores en dos descriptores morfolgicos a partir del reconocimiento de patrones de imgenes de tubrculos. Tesis en impresin. ImageMagick (2006). URL http://www.imagemagick.org/ Pau G, Sklyar O., Huber W (2010) Introduction to EBImage, an image processing and analysis toolkit for R. European Bioinformatics Institute. GTK2(2012) http://sourceforge.net/userapps/mediawiki/alexsh/index.php?title=Main_Page GTK+ 2.22.0-2 R Development Core Team (2012). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria.URL http://www.Rproject.org. Therneau, T. and B. Atkinson (2012) RPART: Recursive Partitioning. Package 3.1-52 URL http://cran.rproject.org/web/packages/rpart/index.html Van der Knaap, E.; Gray, S.; Fujimuro, K.; Lang, L.; Dujmovic, N.; Sullivan, D.; Brewer, M.; Gonzalo, M.; Rodriguez, G.; Anderson, C. (2008). Tomato Analyzer User Manual Version 2.2.0.0. URL http://www.oardc.ohiostate.du/vanderknaap/TArelease.htm.

Fig. 2: Foto utilizada por el programa para la determinacin de la forma de tubrculo

Fig. 3: Forma del tubrculo reconocida por el programa: Oblongo Alargado

Presentado en el XXV Congreso de la Asociacin Latinoamericana de la Papa. ALAP. 17 -20 de Setiembre 2012-Uberlandia-MG,Brasil