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Apuntes Bioquimica
Apuntes Bioquimica
Bioqumica: ciencia que estudia todas las reacciones que se dan en los seres vivos. Se divide en:
La clula est compuesta por 22 elementos qumicos, de los cuales el 99% del peso de la clula
corresponde a C, H, O, N (otros: P, K, Mg, S, Fe...).
La sustancia ms abundante en la clula es el agua; la vida empez en el agua, y forma parte de la
mayora de seres vivos.
El siguiente compuesto ms abundante es el carbono, elemento fundamental en la qumica orgnica,
ya que puede formar cuatro enlaces covalentes, largas cadenas y estructuras en anillo.
El tomo de carbono est costituido por un nucleo con protones y neutrones, y una corteza con
electrones. El nmero atmico de un elemento es el nmero de protones que hay en el nucleo, que es el
mismo que el de electrones. El del tomo de carbono es 6, por tanto tiene 6p y 6e - (tambin 6n).
Los electrones se distribuyen en la corteza en diferentes niveles. Dentro de cada nivel se forman unos
orbitales, en cada uno de los cuales hay 1 o 2e - (si hay 2 tienen spin contrario: giran en sentido
contrario). Segn niveles y orbitales podemos encontrar:
As, los 6e- del carbono se distribuyen en 1s, 2s, 2p, a 2e- por orbital.
Podemos encontrar enlace covalente, donde se comperten e-, o enlace inico, donde se ceden.
Iones: tomos que tienen carga elctrica:
- Aniones: carga negativa, tienen un e- de ms.
- Cationes: carga positiva, tienen un e- de menos.
DIFERENCIA ENTRE QUMICA ORGNICA E INORGNICA.
Qumica orgnica
Qumica inorgnica
N de elementos
Pocos.
Enlace
Covalente.
Inico.
Velocidad de reaccin
FUERZAS INTERMOLECULARES.
Fuerzas electrostticas: fuerzas de atraccin entre molculas con cargas de signo contrario,
aniones y cationes. A menos distancia, ms atraccin.
Puentes de Hidrgeno: aparecen entre oxgeno (carga negativa) e hidrgeno (carga positiva).
Se encuentran entre molculas de agua. Son fuerzas ms dbiles que los enlaces covalentes,
pero aumentan cuantos ms hay.
Fuerzas de Van der Waals: son dbiles en una distancia mnima, que si se sobrepasa se
repelen.
Interacciones hidrofbicas: se producen entre molculas apolares o sin carga, que se agrupan
en medio acuoso.
Fuerzas polares: ms dbiles que las electrostticas, se producen entre molculas con cargas
parciales que se atraen.
EL AGUA
Es un lquido incoloro, inodoro e inspido. Forma partes de la tierra y de los organismos vivos.
PROPIEDADES DEL AGUA
Densidad: es mayor a partir de 4C, por eso el hielo flota sobre el agua lquida (entre 0 y
100C), y los puentes de hidrgeno estn muy juntos.
Elevada temperatura de ebullicin (a 100C), elevado calor especfico (el necesario para elevar
1C un gramo de agua), haciendo que los organismos mantengan la temperatura estable.
Elevado calor de vaporizacin: permite a los organismos eliminar excesos de calor mediante la
vaporizacin de pequeas cantidades de agua.
Elevada conductividad calorfica: se puede mantener la misma temperatura en todas las partes
del organismo.
Elevada tensin superficial: las molculas de la superficie del agua estn muy unidas, aunque
esta cohesin se puede romper con jabones, y permite la mezcla de grasas.
Dentro de las clulas se puede encontrar agua libre o unida a otras estructuras. Fuera de la clula, el
agua forma parte del plasma y la linfa, o en el tejido intersticial.
ESTRUCTURA QUMICA DEL AGUA.
Ya sea en estado lquido, slido o vapor, entre las diferentes molculas de agua se forman puentes
de hidrgeno.
DISOLUCIONES.
Es una combinacin de diferentes componentes, normalmente acuosas en bioqumica, formadas por
agua y otra sustancia (disolvente y soluto respectivamente). stas se pueden expresar de diferente
manera:
TIPOS DE DISOLUCIONES
Inicas: el soluto se disuelve en agua en forma de iones. Ej: cido clorhdrico, ClH Cl- H+.
Moleculares: el soluto est formado por molculas, el nmero de partculas que hay en la
disolucin es igual al nmero de molculas. Son disoluciones no electrolticas, no conducen
corriente elctrica. Ej: azcares o alcoholes como etanol o urea.
Coloidales: el soluto tiene un tamao mayor que el de las molculas, puede oscilar entre 02 y
1 de tamao, y hasta 10 Kd de peso. Ej: protenas y cidos nucleicos, que contienen grupos
polares (con carga elctrica), y pueden formar enlaces con el agua.
Micelar: formada por micelas, compuestos amfipticos (con grupos polares y apolares). En
contacto con el agua se agrupan dejando en el interior los grupos apolares o hidrofbicos, y
fuera los polares. Ej: aceites.
Si aadimos al agua un cido: los protones aumentarn, la [H+] ser 10-7, ms los protones del HCl,
que es 001 y ser mucho ms cido.
Si aadimos al agua una base: ser ms bsico.
ENZIMAS
Los enzimas son proteinas que intervienen en reacciones bioqumicas, cuya funcin es facilitar las
reacciones que se producen en el organismo.
PROPIEDADES DE LOS ENZIMAS.
Son especficos: unos ms que otros actuan sobre determinadas molculas. Ej: la glucosaquinasa aade un fsforo a la glucosa en posicin 6. glucosa glucosa 6p.Tambin, las
hexoquinasas fosforilan todos los azcares de 6 tomos de carbono, entre ellos la glucosa.
No alteran el equilibrio de la reaccin, tan slo cambia la velocidad con la que se llega a l,
reducen la energa de activacin de la reaccin.
Por las concentraciones de los sustratos y de los cofactores que intervienen en la reaccin.
Por la inhibicin del producto final de la reaccin, que puede inactivar el enzima.
Mediante un control fisiolgico. Ej: sntesis de la lactosa por la glndula mamaria; la galactosa
en condiciones normales produce glucoproteinas, y al producirse el parto hay un cambio
fisiolgico que cambia la galactosa a lactosa.
Por determinadas formas de energa. Ej: en las plantas, la fotosntesis transforma la energa
lumnica en qumica gracias a los enzimas. En los seres vivos, la energa de los alimentos se
trtansforma en ATP.
NOMENCLATURA.
Los enzimas en general tienen nombres propios, pero aparte existe una nomenclatura segn la
funcin que desempean:
- Oxidorreductores: intervienen en reacciones de oxidacin-reduccin.
- Transferasas: intervienen en reacciones que transfieren grupos funcionales.
- Hidrolasas: intervienen en reacciones de hidrlisis.
Los enzimas hacen que la velocidad de reaccin aumente de forma proporcional a la concentracin
del sustrato hasta llegar al tope donde se logra la velocidad mxima de reaccin, se llega al equilibrio.
La Kn es la concentracin de sustrato en la cual la mitad de los centros activos de los enzimas
estn unidos al sustrato. Depende de cada enzima, ya que cada uno tiene su velocidad de reaccin. En la
mayora, la Kn oscila entre 10-1 y 10-6. Cuanto menor es la Kn, menor ser la velocidad de reaccin.
INHIBICIN DE LOS ENZIMAS.
Inhibicin competitiva: una sustancia inhibidora se une al centro activo del enzima impidiendo la
unin de ste con el sustrato. Ej: succinato-fumarato. El molato compite con el succinato y ocupa
el centro activo del enzima impidiendo la reaccin para formar fumarato.
Inhibicin no competitiva: la sustancia inhibidora se une al enzima por otro lado cambiando la
forma del centro activo e impidiendo que el sustrato se pueda unir a l.
2. Forma relajada o S: el enzima en forma T entra en contacto con una sustancia activadora y da
lugar a la forma S capaz de unirse al sustrato.
Segn el tipo de sustancia activadora, los enzimas sern:
Ej: la hemoglobina presenta una curva sigmoidea porque es el propio sustrato el que hace que se active
el enzima, es la primera molcula de oxgeno quien hace que se active el enzima.
VITAMINAS
Son sustancias necesarias en pequeas cantidades en el organismo, y deben ingerirse con la dieta.
Pueden ser:
Vitamina A o Retinol
Se une a la opsina (proteina del globo ocular) para formar rodopsina, necesaria para la visin en la
oscuridad. Es til para la sntesis de nucopolisacridos. Ej: cido retinlico, derivado del retinol, es
necesario para el crecimiento oseo y celular.
Se encuentra en los vegetales, en los caretinoides de la zanahoria.
Vitamina D o colicalciferol
Se forma en la dermis por influencia de la radiacin solar. Pasa por la sange al hgado, donde se
hidroxila en posicin 1 y despus pasa al rion y se hidroxila en posicin 25, la forma activa de la
vitamina.
Interviene en el metabolismo fosfoclcico, regula la mineralizacin del tejido oseo. Su insuficiencia
puede producir raquitismo (en nios) o osteomalacias (en adultos).
Vitamina E o tocoferoles
Tiene propiedades antioxidantes, y se cree que su funcin est relacionada con la prevencin de la
destruccin oxidativa de los lpidos de la membrana celular. Se cree que es til en embarazos y
fertilidad.
Vitamina K
Se encuentra en aceites, vegetales, grasas... se originan de diferentes formas,
Vit. K1= origen vegetal.
Vit. K2=sintetizada por microorganismos.
Intervienen en la regulacin de la sangre.
Este grupo es importante en mayor cantidad en nios, ancianos, mujeres lactantes y pacientes
alcohlicos crnicos, en fumadores y los que siguen rgimen de adelgazamiento.
Vitamina C o cido ascrbico
Interviene en reacciones de hidroxilacin y es importante en la proteccin de las mucosas. Su dficit
produce escorbuto.
Las vitaminas son sustancias necesarias en ciertas reacciones metablicas, se unen o ayudan al enzima
para que transcurra la reaccin.
Entre los coenzimas estn:
- NAD, nicotinaminadinucletido
- NADP, nicotinaminadinucletido fosfato
NAD y NADP intervienen en enzimas deshidrogenasas.
- FAD, flavinadenindinucletido
- FMN
FAD y FMN intervienen en flavoenzimas.
- TTP, pirofosfato de tramina: interviene en las transcetclasas y deshidrogenasas.
- PAL, fosfato de pirixodal: interviene con deshidrogenasas y transaminasas.
- CoA, interviene en el complejo a. Graso sintetasa, y en el piruvato deshidrogenasa.
- Co de la B12: interviene en las nutasas.
En algunas reacciones, tambin se necesitan otros elementos, aunque en poca cantidad, las
metaenzimas: Fe, Mn, Mg, Zn, Cu...
PROTEINAS
CARACTERSTICAS.
Funcin estructural.
Participan en las funciones de la clula
Contienen la informacin gentica de los cromosomas
ESTRUCTURA.
Las protenas estn formadas por una cadena de aminocidos. Los aminocidos son cadenas de
molculas de carbono con un grupo amino
A partir de los aminocidos se forman en primer lugar los pptidos, cadenas de aminocidos unidos
por enlace peptdico.
Para distinguir los pptidos se analiza la secuencia de aminocidos mediante enzimas que rompen
el enlace peptdico (ej: tripsina o quimiotripsina en el pncreas), los aminocidos quedan sueltos, y con
un campo de corriente se separan por pesos moleculares y por carga en una cubeta de electroferesis.
Las proteinas tienen una secuencia de aminocidos ms larga que los pptidos. Contienen C, H, O,
N, S y otros elementos en menor cantidad. Tienen un peso molecular elevado; se dividen en:
FUNCIONES.
CONFORMACIN PROTICA.
Las proteinas pueden presentar una estructura o conformacin nativa, que puede ser en diferentes
niveles:
Estructura secundaria: es la disposicin espacial de la estructura primaria, viene dada por los
plegamientos de la cadena de aminocidos. La disposicin puede ser:
- Cadena o hlice : enrollamiento en forma de espiral dextrgira, aminocdos no
consecutivos se enlazan por puentes de hidrgeno.
- Cadena o lmina plegada: la cadena de aminocidos est plegada.
- Hlice de colgeno: hlice levgira de tres cadenas polipeptdicas. El colgeno es una
proteina fibrosa, abundante en tendones y tejido seo.
Estructura cuaternaria: la presentan las proteinas formadas por ms de una cadena, unidas
entre s; cada una de ellas se llama protmero. En esta estructura se encuentran partes
funcionales o subunidades.
Ej: la hemoglobina es una proteina formada por 4 cadenas: 2 de 141 aminocidos cada una, y
2 con 146 aminocidos cada una. Las cadenas y tienen una estructura muy similar, la
terciaria es de hlices que se pliegan y contienen 4 grupos hemo que facilitan el transporte de
oxgeno por la sangre.
PROTEINAS EN LA ORINA.
En condiciones normales, a travs de la orina se eliminan pequeas cantidades de proteina, que
pueden aumentar segn ciertas enfermedades: renales, cardacas, fiebre o mieloma. La mieloma es un
tipo de cncer que produce la eliminacin de grandes cantidades de proteina. El cncer en clulas
sanguneas se localiza en la n. o. Proteina de Bence Jones, utilizada para identificar este cncer.
PROTEINAS EN EL SUERO.
Entendemos como:
- Suero: sustancia que queda de la sangre cuando sta se ha coagulado.
- Plasma: lo que queda despus de centrifugar la sangre.
En el suero encontramos proteinas albminas y globulinas, son sustancias transportadoras de otros
elementos.
GLCIDOS
Son compuestos de carbono con frmula general C n (H2O)n ; son polihidroxialdheidos o
polihidroxicetonas, clasificados segn su grupo funcional (aldosas y cetonas).
Los azcares se pueden encontrar de forma lineal o formando ciclos. Constituyen el material
energtico de uso inmediato, la glucosa es el azcar ms usado para proporcionar enera rpidamente.
FUNCIONES.
CLASIFICACIN.
Monosacridos.
Estn costituidos por azcares sencillos que contienen de 3 a 7 tomos de carbono. Incluyen:
Oligosacridos.
Son ms complejos, estn formados por la unin de 2 a 10 monosacridos, mediante enlace
glicosdico. Segn el nmero de mososacridos que los forman pueden ser disacridos, trisacridos,
etc... Entre los disacridos encontramos:
Polisacridos.
Formados por cadenas muy largas de ms de 10 monosacridos unidos por enlace glicosdico,
lineales o ramificados. Tienen un gran peso molecular.
Funciones:
En general, sustancia de reserva, ej: almidn en las plantas y glucgeno en animales.
Clasificacin:
GLCIDOS EN EL ORGANISMO.
Podemos encontrar azcares que son sntomas de enfermedad, como por ejemplo con la glucosa,
que cuando est presente produce glucosuria. Cuando ste existe en sangre en exceso se dice que hay
hiperglucemia.
La glucosa se transporta a traves de la sangre a todas las clulas para proporcionar energa, y entra a
ellas gracias a la insulina, donde se degrada por gluclisis y en el Ciclo de Krebs produciendo ATP.
Los diabticos no pueden producir insulina, este paso se bloquea, aumenta muchsimo la glucosa en
sangre y su excreccin por la orina, ya que la sangre tambin pasa por los riones.
LPIDOS
Son sustancias grasas que constituyen fundamentalmente las reservas del organismo.
FUNCIONES.
Reserva: las grasas se almacenan sin agua, as 1 gramo de grasa proporciona mucha ms
energa que 4 gramos de glucgeno.
Proteccin: protegen del fro, de los golpes... Ej: debalo de la piel se encuentra el penculo
adiposo que nos protege del fro. Los riones estn envueltos de grasas para protegerlos de los
golpes.
Transporte.
CARACTERSTICAS.
Son steres de alcohol y cidos grasos, y pueden ser slidos (ceras) o lquidos (aceites) a
temperatura ambiente, dependiendo de:
- La longitud de la cadena.
- El grado de saturacin.
ESTRUCTURA.
El constituyente de los lpidos son los cidos grasos, cadenas usualmente de 14 a 20 carbonos con
un grupo cido terminal.
Segn sus enlaces, estos cidos grasos pueden ser:
Saturados: la cadena tiene enlaces simples. Ej: cidos lurico, mirstico, palmtico y esterico.
Insaturados: tienen enlaces dobles y/o triples. Ej: cidos palmitoleico, oleico, linoleico,
linolnico y araquidnico; estos ltimos tres son necesarios para el organismo y se deben
ingerir con la dieta.
CLASIFICACIN.
Simples: incluyen:
1.
Grasas neutras: son las ms abundantes. Constituyen material de reserva en los adipocitos
(clulas grasas) en el reino animal, y en el reino vegetal. Estn formados por glicerol
(alcohol) unido a 2 o 3 cidos grasos por enlace ster. El glicerol o glicerina est formado por
tres carbonos que se unen cada uno a un cido graso, pero slo se puede esterificar con un
slo tipo de cido graso. Segn se unan 1, 2, o 3 cidos grasos se llaman monoglicridos,
diglicridos o triglicridos.
2.
Ceras: unin mediante enlace ster de cidos grasos con un alcohol de cadena larga diferente
del glicerol. Son slidos e insolubles en agua, y se encuentran como proteccin en animales y
plantas, recubriendo plumas de aves, hojas, piel... Ej: canolina, cera que recubre la lana de las
ovejas.
3.
Complejos:
1. Fosfoglicridos: estn constituidos por glicerol, unido a 2 cidos grasos y a un cido fosfrico.
sta es la estructura ms sencilla y corresponde al cido fosfatlico. Pueden haber otros
fosfoglicridos unidos a otras molculas como colina, serina, etanolamina o inositol.Otros: la
cardiolipina es un fosfoglicrido que se encuentra en las mitocondrias del corazn, y est
formado por la unin de 3 gliceroles, 3 alcoholes, 4 cidos grasos y 2 cidos fosfricos).
2. Esfingolpidos: estn formados por esfingosina (alcohol) y un cido graso. Pueden ser:
- Fosfoesfingolpidos: se unen a un cido fosfrico y a una colina. Son sustancias producidas
por la esfingomielina.
- Glucoesfingolpidos: se unen a un azcar hexosa, a otra hexosa y a un cido silico. Es una
molcula larga.
TRANSCRIPCIN.
Es la sntesis de una molcula de ARN complementaria a una de ADN, y tiene lugar en el ncleo de
las clulas eucariotas. Fases:
TRADUCCIN.
Es la sntesis de proteinas a partir de la informacin del ARN mensajero y tiene lugar en los
ribosomas de las clulas.
Proceso: el ARNm que ha salido del ncleo se dirige a los ribosomas y empieza a leer tripletos,
as, el ARN correspondiente a ese tripleto (el que tiene la secuencia complementaria al que se est
leyendo) se une y aparece el primer aminocido. Se realiza lo mismo sucesivamente tripleto tras tripleto
hasta que aparece un stop y se rompe la unin de los aminocidos con el ARNt, y stos se unen tambin
mediante enlace peptdico para formar la proteina.
Tambin se realiza en fases: iniciacin (el ARNm llega a los ribosomas), elongacin (lectura y sntesis
de protenas) y terminacin (acaba la traduccin y los componentes se separan)
Tipos de ARN.
ARNm (mensajero): es una molcula de vida corta sintetizada en el nucleo de la clula como
complemento de una molcula de ADN, y con funcin de llevar la informacin del gen al
ribosoma.
ARNr (ribosmico): se encuentra unido a las proteinas de los ribosomas de las clulas, y es el
nico que an conserva la funcin cataltica.
ARNt (de transferencia): molcula corta de ARN unida a un aminocido.
METABOLISMO
Obtencin de energa.
Transformar los elementos ingeridos en la dieta en molculas sencillas que sern propulsoras de
molculas ms complejas.
CATABOLISMO.
Consiste en la degradacin de molculas grandes y complejas para formar molculas sencillas
guardando la produccin de energa en forma de ATP.
Digestin de los alimentos que ingerimos con la dieta:
Azcares.
Podemos ingerir hidratos de carbono en forma de polissacridos que se digieren en la boca
mediante la saliva, que contiene el enzima amilasa el cual rompe lo enlaces de los azcares (1 4).
Estos oligosacridos siguen por el tubo digestivo y en el intestino terminan de degradarse mediante los
encimas amilasa pancretica que rompe el enlace (1 4) y la glucosidasa para el (1 6), logrando
que pasen a ser monosacridos. Los alimentos que contienen (1 4), como la celulosa, no se pueden
digerir ya que no tenemos enzimas para romperlos; stos son los que corresponden a la fibra.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Balance de la gluclisis:
Glucosa + 2 ATP + 2 NAD + 2 Pi + 4 ATP 2 Pyr + 2ADP + 2 NADH2 + 4 ATP + H2O
Glucosa + 2 NAD + 2 Pi + 2 ADP 2 Pyr + 2 NADH2 + 2 ATP + 2 H2O
Cada vez que una glucosa se degrada se forman 2 ATP.
Glucosa glucosa-6-P, irreversible
Fructosa-6-P fructosa 1,6-P, irreversible
Fosfoenolpiruvato piruvato, irreversible
Protenas.
Las protenas que ingerimos se digieren en el estmago mediante las enzimas protenasas, que
rompen la secuencia de aminocidos por los extremos, siendo la aminoproteasa el enzima que la rompe
por el grupo amino, y el carboxilterminal por el carboxil.
La pepsina (enzima del estmago) acta en pH cido y rompe los aminocidos. Los que no pueden
romperse aqu llegan al intestino donde actuarn los enzimas tripsina y quimiotripsina, acabando de
romper las protenas.
ANABOLISMO.
Consiste en la sntesis de molculas grandes y complejas a partir de molculas sencillas con
consumo de energa.