Se sabe que en cada reaccin que se efecta en un sistema biolgico intervienen las enzimas, estas son protenas que actan como catalizadores biolgicos, es decir, aumentan la velocidad con que una reaccin qumica se lleva a cabo y adems no se consumen en las reacciones que promueven permaneciendo sin cambio alguno. Las enzimas tienen un alto grado de especificidad con respecto a los tipos de sustrato, ya que catalizan, cuando mucho, unos cuantos tipos de reacciones qumicas, por lo regular slo participan en una reaccin en la que intervienen una o dos molculas especficas. Las enzimas tienen una zona llamada sitio activo en el que pueden entrar las molculas de los reactivos, llamadas sustratos. El sitio activo de cada enzima tiene una forma y una distribucin de cargas elctricas distintivas que se complementan con las del sustrato. 4.2. ADN Topoisomerasas En una reaccin las enzimas se unen al sustrato de una forma especfica para formar un complejo transitorio llamado enzima-sustrato el cual es reversible, luego tanto el sustrato como el sitio activo cambian de forma, ciertos aminocidos que forman parte del sitio activo pueden unirse al sustrato temporalmente o puede haber interacciones elctricas entre estos de forma que distorsionan los enlaces qumicos del sustrato, una vez que la reaccin ha finalizado, como las molculas resultantes ya no encajan en el sitio activo son expulsadas, a estas molculas sin la enzima se les llaman productos E+ S ES E+ Productos
donde E es la enzima S es el sustrato y ES es el complejo sustrato enzima.
Las conversiones entre los diferentes tipos de formas que el ADN adopta tambin son catalizadas por enzimas, estas enzimas son llamadas toposisomerasas.