load("CHBChr2.

rda")
SNP <- c(rep("A/A",23),rep("A/T",48),rep("T/T",29))
table(SNP) #tabla del marcador
install.packages("genetics")
library(genetics)
SNP2<- genotype(SNP) #frecuencias y frecuencias esperadas lo de abajo (la ultim
a no)
summary(SNP2)
n<-length(SNP) #long vector
n
out<-summary(SNP2) #vemos los diferentes atributos, son matrices con las frecs
alelicas genotipicas
attributes(out)
out$allele.freq#da todas las frecs
pA<-out$allele.freq[2,2] #podemos extraer las freceuencias de o que queramos, e
n este caso sacamos la frecuencia del alelelo A
pA
out$genotype.freq
pAA<-out$genotype.freq[3,2]
pAA
#calaculamos la var
varpA<-(1/(2*n))*(pA+pAA-2*pA^2)
varpA
#Intervalos de concianza IC 0.95
ll<-pA-qnorm(0.975)*sqrt(varpA)
ul<-pA+qnorm(0.975)*sqrt(varpA)
cat(ll,ul,"\n")
#calculo del incice de shannon
shannon<-function(x) { #le damos un vector de probs
Hp <--1*sum(x*log(x))#I shannon
return(Hp) #devuelve indice de shannon
}
all.fre<-out$genotype[,2] #frec alelica
all.fre
sum(all.fre)
shannon(all.fre) #shannon
s<-3 #tres especies creo
log(s)#inidce maximo de shannon
shannon(c(1/3,1/3,1/3)) #da lo mismo que lod e arriba, ya que las frec son igua
les para las tres especies
install.packages("HardyWeinberg")
library(HardyWeinberg)
table(SNP)
out<-HWChisq(c(AA=23,AT=48,TT=29),cc=0,verbose=TRUE)#p valor my alto, por lo tan
to no rechazamos H0
load("CHBChr2.rda")

ls()
dim(X)
X[X=="NN"]<-NA
X<-t(X)
n<-nrow(X)
p<-ncol(X)
100*sum(is.na(X))/(n*p)
n
allmissing<-function(x){
l<-length(x)
nm<-sum(in.na(x))
am<-1==nm
return(am)
}
x[,1]