La teora endosimbitica fue popularizada por Lynn Margulis en 1967,
con el nombre de endosimbiosis serie, quien describi el origen simbiogentico de las clulas eucariotas. Tambin se conoce por el acrnimo ingls SET (Serial Endosymbiosis Theory). La transicin entre clulas procariotas y eucariotas (hace unos 2.200 millones de aos) es tan repentina que no puede ser explicada de ningn modo por los cambios graduales como la mutacin o la transformacin gentica bacteriana. Este proceso fue llamado ENDOSIMBIOSIS y ha sido desarrollado en la Teora Endosimbiotica. En ella establece que dos de los organelos ms importantes de la clula eucariota (mitocondrias y cloroplastos) se originaron a partir de bacterias simbiontes que evolucionaron hace millones de aos. El husped original de la mitocondria debi ser una bacteria de gran tamao parecida a las actuales Thermoplasma (Arqueobacterias), una bacteria consumidora de azufre que utilizaba este y el calor como fuente de energa. Su ADN, a diferencia de otras bacterias, se encuentra envuelto por determinadas protenas parecidas a las histonas de casi todas las eucariotas, estas tendran la funcin de protegerlo del calor y radiacin. Por otro lado, un grupo de bacterias llamadas espiroquetas, en su bsqueda de alimento, no lograron devorar a sus vctimas y acabaron estableciendo una relacin de cooperacin mutua con el Thermoplasma. Esta ltima le brinda proteccin y cobijo y ella por otro lado le proporcionaba las protenas necesarias para la respiracin celular, el ciclo del cido ctrico y los del ciclo de oxidacin de cidos grasos. Las protenas de movilidad (flagelos) se dirigieron hacia distintas partes de la clula husped. En algn momento los microtbulos, que haban entrado originalmente como parte del aparato de movilidad, pasaron a actuar en el proceso de la mitosis como microtbulos mitticos. Unos 100 millones de aos despus que las mitocondrias quedasen establecidas, un nuevo tipo de organismo se uni a ellas en el citoplasma de ciertas clulas. Pero el origen de esta unin no fue infeccin, si no ingestin. Los anteriores plastos, probablemente fueron ingeridos por protoeucariontes. Algunas de estas resistieron la
digestin, pero bacterias fotosintticas como Prochloron, pudieron ser
digeridos y acabar convirtindose en los actuales plastos. Los plstidos verdes, llamados cloroplastos, de las plantas y de las algas verdes son mayores e incluso ms parecidas a las bacterias que las mitocondrias. Esto se debe a que tiene su propio ADN y mARN.