Buscador

# genes

% identidad

# ORF

ORF
Finder

2
(funcionales
; 4 totales)

89% (RuBisCO)

+3

#
intrones
4

Ubicacin
Posible funcin
del ORF (pb)
2778440
RuBisCO
0
(Phalaenopsis
equestris)

ORF
Finder

2
(funcionales
; 4 totales)

82%
(Peroxiredoxina
-2C)

+3

21572621

Peroxiredoxina2C
(Aegilops

ORF
Finder

2
(funcionales
; 6 totales)

83% (RuBisCO)

+1

32803552

RuBisCO
(Ismene
vargasii).

ORF
Finder

2
(funcionales
; 6 totales)
1

73% (RubisCO)

+1

41174236

100%
(parcial;
RuBisCO)
81%
(Peroxiredoxina
-2C).

35144386

RuBisCO
(Gethyllis
ciliaris)
RuBisCO
(Phalaenopsis
equestris)
Peroxiredoxina2C

tauschii)

Geneid

Genscan

(Aegilops
tauschii)

Nota: Los espacios sealados por un guion (-) significa informacin ausente en los resultados de las
herramientas utilizadas.
Se omitieron aquellos resultados de BLAST que resultaran en una protena hipottica (predicha) ni
aquellos en los que no se obtuviera similaridad con otra protena.

ORF Finder
Ventajas: Busca exones en todos los 6 ORF posibles, muestra las longitudes de los exones y sus
posiciones en pb y muestra la traduccin de la secuencia nucleotdica. Adems se puede
seleccionar un exn y pasarlo a BLAST directamente.
Desventajas: No menciona si los exones corresponden a una misma protena o a protenas
diferentes.
Geneid
Ventajas: Calcula el nmero de genes y el nmero de exones junto a su nmero de aminocidos
y sus posiciones.
Desventajas: No muestra los ORF ni la secuencia peptdica o la regin codificante. Tambin es
muy difcil de leer la informacin que muestra y arroja demasiada informacin.
Genscan
Ventajas: Predice la secuencia peptdica y la regin codificante, adems del nmero de exones.
Desventajas: No muestra ORFs ni las ubicaciones de los exones.

>RuBisCO (Phalaenopsis equestris- ORF Finder)

GACAACAGCCGCGGCGAGCAGCGAAAGAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGAAGAGGATAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGTGA
AGAATAGGATAAAGATAAAAAAAAGAAGAAGAATAAAATAAAATAAAAATAAAAAA
AAAAGAAAAGAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGGTAAAGAAGAGCCGATTT
AGGGCGGTTGGAGCTGCTAGAGGGAAGTAGAGCGGCCGAAGACGGAACGGCCACA
GCATAGAAAACGGCCTGGCTTTGCTGTTGCTTGAAACCTTCGTGGAGAGAGAAAGA
AGAAGAAGAGGGAAACCTTCGTGGAGAGAGAAAGAAGAAGAAGATGCTTTGGTTT
CTATGACTATAGAACCGTCGTAAGGCTCATTGGGGAGTTGGCCCTCAAGGCGGACTT
CTTCGTCCCCGACGCCATCGACGGCTTAGAAGATGACCATGTACCTGTTGACACACC
TGACTACCTGAATGGTCAGAACTAGCAATGTTTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNCCAAAGTTTCGGGACGCTCGAGATGCAGACCTTCTAGACGCTTAAGGGGGAAG
AATAAGGTTTTGAAAGGTTCCAGGCGGAGTACCGTAGGTTCAACTTTCTCTATTTAAC
TTGTTCATACCAGCAGGGGATAACCCTACATGATAATTTGGTTTTAACCCTAATAGAC
GTTTTTTGATGCCATCTCGCCAAATACTTACAGATTCCCCACCTGAACTAAAATGATT
CCTACTACTTTTGCATTTAAGTGTTGGTAAATACGCAACCTCTCTAGCAAAGAATAAA
ACACGGCTTCGTTAAAAATTTCGCGTTCGGCTTTGCCCACTTTAATTTCCTGTAATGA
ACTTACGTTGACGCCCATGGACACTTCTTTACTAGTTTTCTCGCCATAAACGGTCTCT
TAACCCTCAAGGATAGCATTACGTACTGATGAATTGACCCCCCAAGTGGCGTTTATGA
TCGAACCGAGTAATAACGGCGCTGTTACCAGATGAAGAAGTGTAGGTAGCGCGTTAC
GTACGTCAATAACTATCTGTCTTTTTAGTACCATACGTAAAAGCACATGATCGATTTCG
TAATGCATACAGACCGCCTCTAGTATAAGTGCGACCATGTCATCACCCATTTGACCTC
CCCCTTGCACTCTACTGAAACCCAAAACAACTAAACAATGCACTACTAATATAACTTT
TTCTAGCTTCAGCACCATAAAAAAAGTGAGTTCTGACCCAGAGATACGGTCCACAAT
ATGGGCACCGAAGTCCTCCATAAGTACAA
ACCGTATACGGACGGGATTGGCTTTAGAAACCTCTACTAAGGCATGATGTCAAACCA
CCTCCTTGAAATCCCGTGGGAACCCCTTTACGTGGGCCANNTCATCGATTAGCCCAC
CGAAATCTTCGTACACATGTTCGAGCATTACTCCCTGCACTAGAACGAGCACTTCCAT
TACTATAATAA
>Peroxiredoxina-2C (Aegilops tauschii ORF Finder)
TACCGAGGCTATCGACAACCTCTATGATAAGGGCTACCTTGAGATGGAACCAAACTA
CTCCTACCACTCTATGTCGTCGAGAGCTAAGTGAGTGAACGGCGGCCGTTCTTCCAG
CAGGAGTAGCCACAAGGGCCGCGCAAATGGGGATGGACGTCGTGCGTCGTACACGG
CTCAAAATAGTGTTTACGACTCCTTGATTTCAGCTTCCCGCACCTGCTCTAGGAAGAT
TAATCGCAGTTACTAGGTAAACACAACTTCCGCACCCGCTTCTCAATGTGCCTGTTGT
TCGTGCACTTCAAGGAGCGGCTACCGAGTCGATTGATGTGTTTCCGGGACCCGGACC
TCGACCTAGACTCGCTNTTCCCCGAGCCCGACGCGAGAGGTCCATACGCTAGGACCA
CCTGCTGGAGTTCCCATTCCNCCGATTGTAGCTCCTCCCNCCTTGGAAGGGTAGAGA
CCACGACT
>RuBisCO (Ismene vargasii ORF Finder)
TACCTGAATGGTCAGAACTAGCAATGTTTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
CCAAAGTTTCGGGACGCTCGAGATGCAGACCTTCTAGACGCTTAAGGGGGAAGAAT
AAGGTTTTGAAAGGTTCCAGGCGGAGTACCGTAGGTTCAACTTTCTCTATTTAACT
>RuBisCO (Gethyllis ciliaris ORF Finder)
TACTAATATAACTTTTTCTAGCTTCAGCACCATAAAAAAAGTGAGTTCTGACCCAGAG
ATACGGTCCACAATATGGGCACCGAAGTCCTCCATAAGTACAAACCGTATACGGACG
GGATT

>RuBisCO (Phalaenopsis equestris Geneid)

TTTTGAAAGGTTCCAGGCGGAGTACCGTAGGTTCAACTTTCTCTATTTAACTTGTTCA
TACCAGCAGGGGATAACCCTACATGATAATTTGGTTTTAACCCTAATAGACGTTTTTTG
ATGCCATCTCGCCAAATACTTACAGATTCCCCACCTGAACTAAAATGATTCCTACTAC
TTTTGCATTTAAGTGTTGGTAAATACGCAACCTCTCTAGCAAAGAATAAAACACGGCT
TCGTTAAAAATTTCGCGTTCGGCTTTGCCCACTTTAATTTCCTGTAATGAACTTACGTT
GACGCCCATGGACACTTCTTTACTAGTTTTCTCGCCATAAACGGTCTCTTAACCCTCA
AGGATAGCATTACGTACTGATGAATTGACCCCCCAAGTGGCGTTTATGATCGAACCGA
GTAATAACGGCGCTGTTACCAGATGAAGAAGTGTAGGTAGCGCGTTACGTACGTCAA
TAACTATCTGTCTTTTTAGTACCATACGTAAAAGCACATGATCGATTTCGTAATGCATA
CAGACCGCCTCTAGTATAAGTGCGACCATGTCATCACCCATTTGACCTCCCCCTTGCA
CTCTACTGAAACCCAAAACAACTAAACAATGCACTACTAATATAACTTTTTCTAGCTT
CAGCACCATAAAAAAAGTGAGTTCTGACCCAGAGATACGGTCCACAATATGGGCACC
GAAGTCCTCCATAAGTACAAACCGTATACGGACGGGATTGGCTTTAGAAACCTCTAC
TAAGGCATGATGTCAAACCACCTCCTTGAAATCCCGTGGGAACCCCTTTACGTGGGC
CANNTCATCGATTAGCCCACCGAAATCTTCGTACACATGTTCGAGCATTACTCCCTGC
ACTAGAACGAGCACTTC
>Peroxiredoxina-2C (Aegilops tauschii Genscan)
TACGCGTGTGGAAGGGGAAGTCGCGTGTTCGGTCCGGTCATGCACGGGTCGGGCAT
GCGCGGGGTTCGAGAGGCGGTACGGATACTGCCGGTGAACGCGTCCGATGGACACC
TGCCCTCTCCCGGTTTCTTTGTCACGTGTTCAGACCGGCGAGGGGCGGTACTGATAC
TGCCGGTGAACGCGTCCGATGGACACCTGCCCTGTCCCGGTTTCCTTGTCCACCCCC
CCCCGGAAGTAGTCGGTCCCGATCGGGCACGGTGGGTGCGGCGGGTGTGCGGAGGG
GGCGTCGCGTGTTCAGACCGGCACGTGTTCAGACCGGCATGCGCGGGTCGGGCATG
CGCAGGGTTCGAGGGGCGGTACGGATACTGCCGGTGAACGTATCGGATGGACACCT
GACCTCTCTCCCGGGTGCCTTGTCCGCCCCCTCCCCCCCCGCCCGGAAGTAGTCGGT
CCCGATCGGGGAGGGTCGGCGTGTGGATGGGAGCGCGTGTTCAGTCCAACGCGTGT
TCAGACCGGCATGCGCGGGTCGGGGCGTGTTCAGTCCAACCATTCGCGGGTCGGGC
ATGCGCGGGGTTCGAGGGGCGGTACGGATACTGCCGGTGAACGTATCGGATGGACA
CCTGACCTCTCTCCCGGGTGCCTTGTCCGCCCCCTCCCCCCCCGCCCGGAAGTAGTC
GGTCCCGATCGGGCACGGTCGGCGTGTGGATGGGAGTCGCGTGTTCAGTCCAACGA
CAACCTCTATGATAAGGGCTACCTTGAGATGGAACCAAACTACTCCTACCACTCTATG
TCGTCGAGAGCTAAGTGAGTGAACGGCGGCCGTTCTTCCAGCAGGAGTAGCCACAA
GGGCCGCGCAAATGGGGATGGACGTCGTGCGTCGTACACGGCTCAAAATAGTGTTTA
CGACTCCTTGATTTCAGCTTCCCGCACCTGCTCTAGGAAGATTAATCGCAGTTACTAG
GTAAACACAACTTCCGCACCCGCTTCTCAATGTGCCTGTTGTTCGTGCACTTCAAGG
AGCGGCTACCGAGTCGATTGATGTGTTTCCGGGACCCGGACCTCGACCTAGACTCGC
TNTTCCCCGAGCCCGACGCGAGAGGTCGTGGAGAGAGAAAGAAGAAGAAGATGCT
TTGGTTTCTATGACTATAGAACCGTCGTAAGGCTCATTGGGGAGTTGGCCCTCAAGG
CGGACTTCTTCGTCCCCGACGCCATCGACGGCTTAGAAGATGACGATTTCGTAATGC
ATACAGACCGCCTCTAGTATAAGTGCGACCATGTCATCACCCATTTGACCTCCCCCTT
GCACTCTACTGAAACCCAAAACAACTAAACAATGCACTACTAATATAACTTTTTCTAG
CTTCAGCACCATAAAAAAAGTGAGTTCTGACCCAGAGATACGGTCCACAATATGGGC
ACCGAAGTCCTCGATTAGCCCACCGAAATCTTCGTACACATGTTCGAGCATTACTCCC
TGCACTAGAACGAGCACTTCNN

Obtener la secuencia
a trabajar en formato
FASTA.

Analizar a que protena y organismo

corresponde la secuencia nucleotdica
usando BLASTp de acuerdo al
porcentaje de identidad

Ingresar al nmero de acceso de la

protena para identificar su posicin en
el genoma del organismo.

Anotar cual fue el ORF

potencialmente correcto
y su ubicacin en pb, el
nmero
de
intrones
encontrados.

Utilizar Nucleotide
BLAST para identificar la
posible funcin de los
exones.

Utilizar la herramienta BLAST con

los exones para identificar el mayor
porcentaje de identidad con el gen
analizado previamente. Descartar los
exones sin identidad.

Ingresar al servidor del programa

Geneid, subir la secuencia y registrar el
nmero de genes identificados, el
nmero de exones junto con sus
posiciones en pb y determinar el nmero
de intrones.

Compara los
resultados
obtenidos por
cada herramienta.

Utilizar la herramienta ORF

Finder para predecir los
exones funcionales en los

Ingresar al servidor de
Genscan, determinar el
parmetro Organism
correcto y subir el archivo
FASTA.

Registrar el nmero de exones e intrones y utilizar

la secuencia peptdica predicha con la herramienta
BLAST para identificar la posible funcin de la
secuencia nucleotdica problema.