itulo AMINOACIDOS, PEPTIDOS Y PROTEINAS 3.1 Aminodcides 75 3.2 Péptides y proteinas 85 3.3 Trabajar con proteinas 89 3.4 Estructura covalente de las proteinas 96 3.5. Secuencias de proteinas y evolucién 106 Quisiera que la palabra que le propongo, proteina... se entendiera como derivada de proteios, porque describe {a sustancia primitiva 0 principal de la nuticién animal ‘que las plantas elaboran para los herbivoros y que éstos ‘proporcionan a los camivoros. J.J. Berzelius, carta a G. J. Mulder, 1838 l as proteinas son las macromoléculas bioldgicas mas abun. est presentes en todas las células y en todas las partes de las mismas, Las proteinas también presentan una. ‘gran variedad; en una sola ula se pueden enconcrar miles de clases de proteinas diferentes, que varfan en tamafio desde ‘Péptidos relativamente pequefios hasta polimeros enormes de ‘masas moleculares det orden de millones, Ademis, las protet- ‘has muestran una gran diversidad en cuanto a su funciin bio- ‘ogsicay son los productos finales mis importantes de las rutas de informacién que se discuten en la Parte Ill de este libro, {Las proteinas son los instrumentos moleculares mediante los ‘que se expresa la informacion genética. {a clave de la estructura de los miles de protesnas dife- _rentes se enicuenitra en unas subunidades monoméricas relati- ‘Yamente simples. Todas las proteinas, tanto si provienen de fos Hinajes bacterianos mas antiguos como de las formas de vida “mss compilejas, estan construidas a partir del mismo conjunto, lubieuo de 20 aminoscids, unidos de forma covalente en se- ‘cuentas lincales caracterfsticas. Debido a que cada uno de es- {tos aminodicidos tiene una cadens lateral propia que determina ‘ss propledades quimicas, se puede considerar este grupo de 20 moléculas precursoras como el alfabeto en el que esti es crito e! lenguaje de la estructura proteica. El hecho mis notable es que las céhulas puedan product ‘proteinas con propiedudes y actividades muy diferentes unden: {do los misinos 20 aminosicdos en multitud de combinaciones ¥ ‘secuencias diferentes. A partir de estos bloques estructurales {os diferentes organismos pueden fabricar productos tan diver- 508 como enzimas, hormonas, anticuerpos, trantsportadores, f- ‘bras musculares, la proteina del cristalino del ojo, plumas, {telarafas, cuernos de rinoceronte, proteinas de la leche, anti- bidticos, venenos de hongos y un sinfin de otras sustancias ‘con actividades biolégleas distintas (Fig. 3-1). Entre estos pro- ‘ductos proteicos, los enzimas son los mas variados y especia- lizados. Practicamente todas las reacciones celulares estin catalizadas por enaimas. La estructura y funcién de las proteinas constituyen et tema de este capitulo y de ios tres siguientes. Empezamos con ‘una deseripeisn de las propiedades quimicas fundamentales {de los aminodcidos, péptidos y proteinas, 3.1 Aminodcidos 8 Arquitectura de proteinas — Aminoscidos {Las proteinas son polimeros de aminoscidos, en los que cada residuo aminoéeldo esta undo al siguiente a través le un tipo especifico de enlace covalente. (El término “residuo" re- flea la pea de les lerments det agua cuando un arinaicko se une a otro.) Las proteinas se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus amiosicidos constituyentes mediante diversos méto- ‘dos y los estudios iniiales sobre las proteinas se centraron, naturalmente, en los aminodicidos libres procedentes de las mise ‘mas, Veinte son los aminodcidos cominmente encontrados en 5(a) ) FIGURA3-1 Algunas funciones de ls proteinas. a) La luz producids por las luciémags es ef resultado de una reacidn en que interven {a proteina ucierina y ef ATP, caalizada pore enzima luciferasa (vis- se Recuadeo 13-2) b) Los eritocitos contienen yrandescantidades de |a proteioa transportadora de oxigen hemoglobina.(¢) La proteina ‘queratina, praducida por todos los vetebrados, es ef componente es: proteins. Bl primer aminescido descubierto fue Ia asparagina ‘en 1806, B1 Altimno de los 20 que se encontrd fue la treonina, ‘que mo fue identificada hasta 1998. Toxo los aminodeidos the 1630 triviales que, en algunios casns, pro- vienen de la fuente de ta cual se aislaron inicialmente, La asparagina se encontré por primera vex en: el espiirrago y el ‘icido glutémico se encontré en of ghiten de trig; la irosina se aisl6 por primera ver del queso (su nombre proviene del _riego tyros, “queso”) y la glicina (ill griego glykos, “dulce”) se denomind de esta manera debido a su sabor ule. Los aminodcidos tienen caracteristicas estructurales comunes Las 20 aminodcidos estindar encontrados en las protetnus son ‘e-aminosicidos. Tienen todos un grupo earhoxllo ¥ ut grupo ‘amino unidos al mismo dtomo de earbono (el earbono a) (Pig 3-2). Difieren unos de otros ent sus cadenas laterales, o gru- pos R, que varian en estructura, tamafio y carga eléetriea y que influyen en la solubilidad en agua de los aminoacids. dems de estos 20 aminaicidos existen muchos mis que se cencueritran con menor frecuencia. Algunos de ellos son resi- ‘duos que han side modificados despues de In sintesis de una proteina; otros se halian presentes en organismos vivos pero ‘ho com unidades constituyentes de las proteins, A los am nodcidos estindar se les han asignado abreviaturas de tres We tras y simbolos de una sola letra (Tubla 3-1) que se utiizan 00 u I ay & FIGURA 3-2 Estructura general de un aminascida, Fst estructura es ‘camn a tocol «-aminascis, con un nica excep. (La excep- ‘Gin sla prolina, un arionsicido cilia) E grupo R 0 cadena lateral {rj und a caxbono wal es dieente para cain aminaicie. tructual principal de polo, escamas, cuernos, lana, us y pumas. EL Finoceronte negro es casi extirguido en estado salvaje debi a los mitos prevalent en algunas partes del mando de que un polvo deri- vado de su cuerno tiene propledades aftodisiacas, En realidad, las propiedades quimicas del polve de everno de rinaceronte 10 500 di ferentes del de las pezuias de bévids 0 de las us humana. para indicar de manera abreviada la composicidn y seeuencia de amninodcidos polimerizacios en las proteinas luna praictica que puede resultar confusa, se utlizan dos convenciones para identificar los earbonos dentro de un aminosicido. Los earbonos adicionales dle un grupo R se desi nan comuinmente B, y, 8, €, etc., empezando a partir del car- bono a. Para la mayoria de las demas moléculas organicas, los ‘étomos de carbono se numeran simplemente a partit de un dando In msixima proridad (C-1) al earbono cuyos sustituyentes conterwan tomas de mayor nimero atdmico. Siguiendo esta altima convericién, el grupo carboxilo de aminsicido seria el C-1 y el carbono e seria el C-2. Bn algunos easos, como en amincsicidas con grupos R heteroeielicas, el sistema de letras sriegas es ambiguo y se utiliza por ello ka convencién numérin. Gu,~Cxt,— CH, CH, Cr C00 NH, “Nit Lisina En todos tos aminodcidos estindar excepto la glicina, el ear- ‘bono a esti unide a cuatro grupos diferentes: un grupo carbo ‘lo, un grupo amin, un grupo Ry un atmo de hitrogeno (Fig. 34; en la glicina et grupo Rt es otra tomo de hidrdigeno), Ek sdtomo de carbono a es, por tanto, uh eemtro quiral (j. 17) Debido al ordenamiento tetraédrico de los orbitales de enlace alrededor det tomo de carbono a, los cuatro grupos diferen- tes pueden ocupar dos ordenamientos distintos ‘por lo que fos amninosicidos pueden aparecer en forma ce dos cestereoisémeros. Al ser imigenes especulares no superpani: bles entre si (Fig. 3-3), las dos formas constituyen un tipo de estereoisceneros denominailos enamtiomeros (ase Fig. 1-19). “Torts las moléculas con wn centro quiral son tambin épthea- ‘mente activas, es decir, hacen girar el plan de la hue potart ada (véase Recuadro 1-2),Para especificar la configuracién absoluta cc los cuatro sustituyentes de los atomos de carboro asimétricos se ha desa- rollado una nomenclatura especial. Las configuraciones abso- Iutas de los azteares sencillos y los aminosicidos se especifican ‘mediante el sistema p, 1 (Fig. +4), basado en La configuracién absoluta del azicar de tres carbonos gliceraldehido, una con- vencion propuesta por Emil Fischer en 1891, (Fischer conocta Jos grupos que rociean el étomo de carbono asimétrico del gli- Cceraldehido pero tuvo que adivinar su configuracién absoluta; su prediccién se confirms posteriormente por anslisis de «i- fraccin de rayos X.) Para todos los compuestos quirales, los estereoisimeros que tienen una configuracién relacionuca con Ja del i-gliceraldchido se designan ty los estercoisémeros re- Jacionados con el p-sliceraldehido se designan p, Los grupos funciorales de la L-alanina se hacen coincidir con los del Li ceraldehido alineando aquellos que pueden interconvertirse ‘mediante reaceiones quimicas simples en un solo paso. Ast, el ‘grupo carboxilo de ta alanina ocupa la misma posicién res- ‘pecto al carbono quiral que el grupo aldehido del vgliceralde- Nido, puesto que un aldehido puede convertire facilmente en ‘un grupo carboxilo en un solo paso mediante una oxidacién. Historicamente, las denominaciones similares ly d se utilizaron ‘para levégiro (que gira a luz ala izquierda) y dextrdgiro (que coo coo vic Qor cH, = D NH, cu, (9) Alanina Alanna 00" 00" it . Hyd win, cH, cH, (b) ‘Alanina prAlanina as e X cH H-0—Hly by en ©) Alanine Alanna FIGURA 3-3. Estereoisomeria en los a-aminodcidos. (a) Los dos estereoisdmeros de {a alarina, tat y la ralanina, son imigenes es no superponibles ente si fenaatiGmeros. cb «) Dos con- ‘renciones diferentes para mostra la configuracién en el espacio de Jos estereoisdemeros. En las férmulas de perspectiva qb) los enlaces €€on forma de cufa se proyectan fuera det plano de papel; lox enlaces "3172705 lo hacen hacia ats. En las firmus de proyeccibn (se su- ‘pone que los enlaces horizontales se proyectan fuera del plano del los enlaces verticals hacia ats. No obstante, se utilzan a a (Grmulas de proyecciin de modo no sstemstico, sin pre- eer repesertar un configurackin exereoquimicaespecic. ‘eno Ho HOA} Be Gon sco cuon \Glicerldchide icra 00 00 Hae Ga eosin, cH, cH, ieAlaning PAlaninn FIGURA 3-4 Relacin estérica de los estereoisémeros dela alanina com la configuracién absoluta del y n-ficeraldeido, fy estas fr ‘malas de pespectiva fos carbonos esti alineados vericalmente con 1 tomo quital en el centuo. Los carbonos de estas moliculas estin ‘ramerados empezand por los carbonos aldehido-« carboxil termi nals fen rojo) de 1 a3 y de ariba abajo tal como se muestra. Cuando ‘se presentan de esta forma, el grupo R del aminascido (en este caso, grupo meio de fa alanina) est siempre debajo del cathono a. Los ‘-aminadcidos son los que tienen e grupo a-amvino ata izquierda y los ‘Daminocidos los que tienen el grupo a-amino ala derech. ‘ira la luz a la derecha). Sin embargo, no todos los i-amino- ‘écidos son lewiairos y se hizo necesaria la convencién que se ‘muestra en la Figura 3-4 para evitar posibles ambighedadies so- ‘bre la configuraciin absohuta. Seguin ta convencion de Fischer, ‘Ly i hacen referencia solamente s la configuracién absoluta ‘de los cuatro sustituyentes alrededor del earbono quiral. ‘Otro sistema para especificar la configuractén alrededor de un centro quiral es e! sistema RS, que se utiliza en la no- ‘menclatura sistemsitica de la quimnica organica y deseribe con ‘mayor precision la configuracién de las moléculas con mas de ‘un centro quiral (véase p. 18). Los residuos aminodcidos de las proteinas son estereoisémeros Casi todos los compuestos bioligicos con un centro quiral se Dresentan en la naturaleza en una sola de sus formas estereo- {someras, la» ola. Los residuos aminodcidas de las protetnas son exclusivamente inestereoisémeros. Sélo se han encon- trado b-aminodcidos en unos pocos péptidos, generalmente pequeios, que incliven algunos péptidos de las paredes celu- Jares bacterianas ¥ algunos antibiticos peptiticns. Es un hecho notable que casi todos los aminoscidos de tas ‘proveinas sean t-estereoissimeros, Cuando se forman compues- ‘05 quirales en reacciones quitnicas ordinarias, el resultado es ‘una mezela racémica de isémeros 0 y 1, que son difcles de dis 1inguiry aistar por ef quimico. Sin erabargo, para los sistemas ‘vivus, os ismeros 0-y . son tan diferentes como la mano dere- ‘cha y la izquierda, La formacién de subestructuras estables y rrepetidas en las proteinas (Capttulo 4) requiere en general que ‘sus aminosicidos sean de una misma serie estereoquitrica. Las ‘células son eapaces de sintetizar especificamente kes isdmneros Lede los aminodcidos graciss a que los centros activos de los ‘enzimas son asitnétricos, lo que implica que las reacciones que catalizan sean estereoespeciiicas78 —_Capulo3_ Aminodcidos, péptidos y proteinas TABLA 3-1 Propledades y convenciones asociadas con los aminodcidos estandar Valores de pk, ‘Abreviatura/ py PK Ke Jndice — Presencia en tas ‘Aminodcido simbolo Mr _(—COOH) (—NH5) (erupoR) —_pl_hidropatica* _proteinas(%)* Grupos R apolares: alifaticos Glicina Gy¥G 75 234 9,60 597-04 72 Alaina AoA 89-234 9.69 601 18 78 Projina Pro P 115 1,99 10,96 6,48 16 52 Valina Val V uy 2.32 9,62 597 42 66 Loucing teu 131 236 9,60 5,98 38 o1 Isolevcina te 1 131 236 9,68 6,02 45 53 ‘Metionina ‘Met Mi 149 228 921 574 19 23 Grupos R aromatics Fenilatanina Phe F 165 183 913 548 28 Tirosina wy 181 2,20 Ott 10,07 5,66 13 Tiptsfano WW 204 = 2389339 589-09 Grupos R potares sin carga Serna SerS 105, 221 915 5,68 08 68 Treonina ™T ug 211 9,62 587 ~O7 59 Cisteina Cys C wai 1,96 10,28 B18 5,07 25 19 Asparagina Asa N 132 2.02 880 SAL 35 43 Glutamina Gh Q M6 247 913 5,65, “35 42 Grupos R cargados positivamente sina us Kk 146 218 8,95 10,53 974 -39 59 Histidina His H 155 182 917 6,00 759 32 23 Arpinina Ag R 174 247 904 61248 «10,76 = 45 51 Grupos R cargados: ‘negativamente Aspartato Asp D 133 188 9,60 3,65 IT -35 53 Glutamato Gu E 147 29 9.67 425 3,22 35 63 ca a mba Naty ees Gs ses 8p hn 2 prec aden Bek eo ‘tuscan tine aan (nore ie © ane (mio estas Vase Cape 1. DeRA 1 & Does. ‘RE(1982 Aga mex otapg ne pope chat pt. a Bt 1, 105-12. "acon rac ems e150 pens Oe Do, (1960) dsc ot gms En Pr PotenSrco a te Pcie of Po Corton sms GD) 9p. 5-423 Pos Pa, Yo Los aminodcidos se pueden clasificar segiin su grupo R El conocimiento de las propledades quimicas de los aminodei- ddos estindar es de vital importancia para la comprensidn de la ‘bioquimica. El tema se puede simplificar agrupando los amino ‘cidos en cinco clases principales basadas en las propiedades dle sus grupos R (Tabla 3-1), en especial su polaridad, o ten- dencia a interaccionar con el agua a pH bioligico (cerca de pH 7,0). La polaridad de los grupos R varia enormemente desde totalmente apolar 0 hidrofobico (insohuble en agua) hasta aa ‘mente polar o hidroffico (soluble en agua) En la Figura 3-5 se muestran las estructuras de los 20 aminosicidos estandar y algunas de sus propiedades se mues- ‘tran en la Tabla 3-1. Dentro de cada clase existen gradaciones de polaridad, tamafio y forma de los grupos R. Grupos R apolares aitticas Los grupos R de esta clase de ami ‘nodicides son apolares e hidrofébicos. Las caderias laterales de la alanina, valina, lencina ¢ Isoleucina tion-ien a agnuparse ‘entre s{ en las proteinas, estabilizando las estructuras proteicas a través de interacciones hidrofobicas. La glietna tiene la es- ‘tructura mas simple. Aunque formalmente es apolar, su muy pequefia cadena lateral no tiene una contribucidn real en las interacciones hidrofébicas, La metionina, uno de los dos ann nodcidos que contienen azufte, tiene un grupo tioéter apolar en su cadena lateral, La protina tiene una cadena lateral alifitica31 Aminodcidos 79 Grupos R aromiticos co 1 HN-C-HH,N—C-H en i Aspartate Glutamate FIGURA 3-5 Los 20 aminoscidos estindar de las proteinas. Los r- -mulas estructurales muestran el estado de ionizacion que predomina _a pl 7,0, Las partes no sombeeadlas son comune a todos los anving -icidos; las partes sombreadas en rojo son los grupos R. Aunque el con una estructura cichca distintiva. El grupo amino secunda- tio (imino) de los residuos de protina tiene una conformacién: _igida que reduce ta lexibilidnd estructural de as resiones po- lipepticticas que contienen este aminodcido, Grupos Rarométices a fenilalanina, is tirosina y el tripté- fano, con sus cadenas laterales arométicas, son relativa- ‘mente apolares (hidrofobicos). Todos ellos pueden participar _en interacciones hidrofabicas. El grapo hidroxilo dela tirosina ‘puede formar puentes de hidrogeno y constituye tn grupo .7up0 R de la histidina se muestra sn carga, sup. (wéase Tabla 3-1) ‘es tal que una fraccidn pequera pero signiicativa de estos grupos ‘ests cangada postnamente a pH 7,0, funcional importante en algunos erccimas. La tirosina y el trip- {6fano son significativamente més polares que la fenilalanina debido al grupo hidroxilo de la tirosina y al nitrégeno del ani- Ho indotico del triptfano. Eltriptofano y la tirosina, yen mucho menor grado la feni- Jalanina, absorben la luz ultravioleta (Fig. 3-6; Recuadro 3-1), Esto explica la fuerte absorbancia de la luz caracteristica dela ‘mayoris de las proteinas a una longitud de onda de 280 nm, ‘propiedad aprovechada por los investigadores en la caracteri- zacién de las proteinas.80 Capitulo3_ Aminodcidos, péptides y proteinas Grupos & potares in earga Los grupos Re estos aminosickdos ‘son mits solubles en agua, o hidrofiicos, que los de los amis ‘ios apolares, debido a que contienen grupos funckonales que forman puentes de hidrégeno con el agua. En esta clase de aminodicidos se incluyen la serina, treonina, eisteina, aspa- vagina y glutamina. La polaridad de la sorina y la treonina proviene de sus grupos hidroxdlo; la polaridad de la eisteina de ‘su grupo sulthidrito; y la polaridad de Ia asparagina y gluta- ‘mina de sus grupos amid. ‘La asparagina y la ghitamina son las amidas de otros dos ‘aminofcidos que también se encuentran en las protesnas, as- Dartato y glutamato, respectivamente, a los que se hidrolizan, ficilmente por dcitle o base. La cisteina se oxida fécilmente formando un aminodcido dimérico unido covalentemente I mado etstina, en el que dos moléculas de cisteina o sus resi- ‘duos estan unidos a través de un enlace disulfuro (Fig. 3-7).. ‘Los residuios unidos por un puente disulfuro son fuertemente |hidrofébicos (apolares). Los puentes disulfuro desempefian un Pape! especial en la estructura de muchas proteinas al formar "uniones covalentes entre partes de una molécula de proteina o entre dos cadenas polipeptidicas diferentes. Grupos R cargades positiamente (Bésicos) Los grupos Rms hie ‘rofticos son los que estiin cargavlos, sea positiva n negativa- mente. Las aminodcidas en los que los grupos R tienen una ‘carga neta positiva significativa a pH 7,0 son la Hisina, que tiene un grupo amino primario adicional en la posicion e de su. 30 240 20 260 270 280 290 300 S10 Longitud de onda (nea) FIGURA 3-6. Absorbcién de Ia luz ultravioleta por los aminoscidos _aromiticas. Comparacién de los expects de absoecéin de lz de los aminosicidos aromiticastriptifano y trosina a pH 6,0. Los amino dos estan presenes en cartiades equimolares (10 ~? sd en iéntieas condiciones. La abworciin dela luz por el wipsétano es cuatro veces mayor que fade ia trina, Obsérvese que el maximo de absorcide, tanto para el rptifano como para Ia trosina ests cercana a una log tue de onda de 280 rm. La absoncid de luz po el eer aeminadcido aromatico, la fenlalanina (no mostado), generalmente contbuye Poco alas propiedaces especroscipicas de las pecteinas. coo coo~ ns-cn HN &u a ie cu, ae, ti ea Cisteing ‘ au —NHy coo- coo- FIQURA 3-7 Formacida reversible de un puerte disultar por oxida «id de dos moléculas de cisteina. Los puentes sulfa entre resi duos de Cys estabilizan las estructuras de muchas proteinas, cadena alifitica; a arginina, que tiene un grupo guanidino ‘argado positivamente; y la histidina, que contiene un grupo ‘midazol. La histidina es el Gnico aminaieido esténdar que tiene una cadena lateral fonizable con un pA, présximo a ka neutralidad. En muchas reacciones catalizadas por enzimas, ‘un residuo de His facia la reacciin al servi de dador/aceptor de protons. Grupos R cargados negathamente (Acides) Los cos amninosciclos ‘que tienen grupos Bt con tna carga neta negativa a pHt7,0 son el aspartato y glutamato, casia uno de los cuales Gene un ‘segundo grupo earboxilo, Los aminodcidos no estandar tienen también importantes funciones Ademis de los 20 aminovicidos estindar, las proteins pueden contener residuos creados por modificacidn de los residuos. ‘estindar ya incorporados a un polipéptido (Fig. 3-8a). Entre los aminoscidos no estindar estén la 4-hidroxiprotina, que ‘e9 un derivado de la prota, y la S-hidroxilisina, derivada de 16 lisina. La primera se encuentra en la pared celular de plantas -yambas se encuentran en el coligeno, una protein Gbrosa de! ‘tejido conjuntivo, La 6V-metiltisina es un constituyente de ta miosina, una proteina contréctil del miisculo. Otro amino- ‘ido no estindar importante es e! pearboxighutamato, qe ‘se encuentra en la proteina protrombina que interviene en la congulacidn de la sangre, asf como en ciertas otras proteinas ‘que unen Ca** como parte de su flinciém biokigica. Mas com- pleja es ln desmosina, que es un derivado de cuatro residuos diferentes de Lys ¥ que se encuentra en la proteina fbrosa tastina. La selenoeisteina es un caso especial. Este residuo poco frecuente es introducido durante la sintesis de proteinas en hi- agar de ser creado a través de una modificacién postsintética, Contiene selenio en lugar del azufre de la cisteina. La seleno- cisteina, que de hecho proviene dle la serina, se encuentra en, sélo unas pocas proteinas conocidas. Se han encontrado alrededor de otras 300 aminosicidos en las células. Estos tienen funciones diversas pero no formanHyN—CH,—CH—CH;—CH,—CH—COO™ on “NE, 5-Hideexilisina (thy NHL CHl,—CHy— Cy CHy—-GH—COO- GN-metiblisinn 00. “000-1 cH,—er--C00" @ Selenocisteina —_ de proteinas. La ornitina y la eitrulina (Fig. 3-80) me- ‘una mencién especial porque son intermediarios clave litos) en la biosintesis de la arginina (Capitulo 22) y 1 ciclo de la urea (Capitulo 18). 34 Aminodcidos 81 FIGURA 3-8 Aminoscidos no estindar. (a) Algunos anpinaicidos no ‘estindar encontrados en proteinas. Todos ellos provienen de amino 4cidos estindar, Los grupos funcionales extra aftadidos através de reacciones de modificacién se muesran en rojo, La desmasina se forma a part de cuatro residuns de Lys (ls cuatioesqucetos carbo ‘ados esti sombreados en amarillo). Obsérvese que se utilizan tanto dmeros como letras griegas para identficar los Stomos de carbone de estas estructura. (b) La ornitin y la eitrlina, que no se encuen- {tan en proteinas, son itermediarios en la bosintesis de arginina y en el ciclo de la urea. Forma Forma -witteriénica no idnien FIGURA 3-9. Formas no idnica y xwitteriGnica de los aminoscidos. a forma no idnica no se encuentia en canta significativas on die soluciones acuosas. I wien predomina a pH aeutio. Los aminodcides pueden actuar como cidos y como bases: ‘Cuando un aminodcido se disuelve en agua, se encuentra en solucién en forma del ion dipolar, 0 zwitterton (en alemiin “ion hubrido”), mostrado en la Figura 3-9. Lin zwitterion puede ‘actuar bien como dcido (dador de protones): bow oo0-m -b-0- #5 owes © como base (aceptor de protones): a a “NH; “NH, witerion ‘Las sustancias con esta naturaleza dual son anfteras y a me: ‘nudio se denominan anfolitos (de “electrolitos anfoteros”), Un a-aminodeido seneillo monoaminico ¥ monocarboxiico, tal ‘como la alanina, es un deido diprético cuando est totalmente Protonado ~esto es, tiene dos grupos, el grupo —COOH y el ‘grupo —NHG , que pueden dar protones: wfc Fa fom Zn82 Capitulo3_ Aminodcidos, péptidos y proteinas Lert NC 1 rele rer Mai Coa ter Absorcién de la luz por las moléculas: ley de Lambert-Beer Una gran variedad de biomoléculas absorben luz a longit: des de onda caracterfsticas, de la misma forma que el tripts- fano absorbe luz a 280 nm (Fig. 3-6). La medida de la absorcidn de la luz mediante un espectrofotometro se utiliza para detectar e identificar moléculas y para medir su con- ‘centracion en soluci6n. La fraceisn de la uz incidente absor- bida por una solucién a una longitud de onda determinada est relacionada con el espesor de la capa absorbente (paso Sptico) y con la concentracién de la especie absorberite (Fig. 1). Estas dos relaciones se combinan en la ley de Lam- bert Beer, Ty log -P = ect ‘en donde Jy es la intensidad de ta luz incidente, [es la inten- sidad de la luz transmitida, e es el coeficiente de absorcion tro), Ces la concentracién de a especie absorbente (en mo- Jes por litro) y {el paso dptico de la muestra que absorbe la luz (en centimetros). La ley de Lambert-Beer supone que Ja luz incidente es paralela y monocromética (de una sola longitud de onda) ¥ que las moléculas de disolvente y de s0- Ito estén orientadas al azar. La expresién log(//) se deno- ‘nina absorbancia y se designa como A. Es importante resaltar que cada milimetro sucesivo de aso Giptico dela solucién absorbente en una cubeta de 1,0 em ho absorbe una cantidad constante sino una fraccién cons- tante de la luz que incide en él. No obstante, con una capa absorbente de paso Optico fjo, la absorbancia A es direc tamente proporcionat a la concentyacién del soluto ab- sorbente, El coeficiente de absorcién molar varta con la natura- Jeza del compuesto absorbente, el disolvente y la Jongitud de onda, y también con el pH si la especie absorbente de luz est en equilbrio con un estado de lonizacion que tiene dife- (© extincién) molar (en unidades de litros por mol-centime- Tentes propiedades de absorbancia. Nant onan ee sands pilates nse eee re aire Juz en un amplio espectro. A continuacién, incidente (ranemitide il once std ection Vesnerabd a .| piaiapaanyspiig eswenk | jw (io pina aceasta te re) inane Te or Guily cussiaapa meat cama SEaaara Cacaneracnaas aie ee neeettores Ree se mide mediante un detector. absorbente Los aminodcidos tienen curvas de titulacién (rotulado como pK; en la Fig. 3-10) de 2,34. (Recuérdese del caracteristicas ‘La titulaci6n deido-base implica la adicién o eliminactén gra- dual de protones (Capitulo 2). La Figura 3-10 muestra la curva de titulacién de la forma diprotica de la glicina. La grifica tiene dos etapas distintas, que corresponden a la desprotona- cidn de dos grupos diferentes de la glicina. Cada una de las tapas se asemeja en su forma a la curva de titulacion de un cido monoprético tal como él écido acético (wéase Fig. 2-17) y puede analizarse de la misma manera. A pH muy bajo, la es- pecie nica predominante de la glicina es *H,N—CH,—COOH, Ja forma totalmente protonada. En el punto medio de la pri ‘mera etapa de la titulacién, en el que el grupo —COOH de la icina plerde su protén, se encuentran presentes concentracio- nes equimolares del dador de protones (*HN—CH,—COOH) ¥ del aceptor de protones (*H3N—CH,—COO"), En el punto ‘medio de cualquier titulacion se alcanza un punto de inflexién €en que el pH es igual al pX, del grupo protonaddo que se ests titulando (véase Pig. 2-18). Para la glicina el pH en el punto medio es 2,34 y por lo tanto su grupo —COOH tiene un pk, Capitulo 2 que pH DK, son simplemente notaciones itiles de la concentracion de protones y de la constante de equilibeio dela lonizacién, respectivamente. El pK, es una medida de la ten dencia de un grupo a ceder un protén, tendencia que dismi rnuye en un factor de 10 cada vez que el pK, se incrementa en, ‘una unidad.) A medida que avanza la titulacién se alcanza otro unto importante a pH 6,97. Aqui hay otro punto de inflexidn en el que la eliminacién del primer protén es pricticamente completa mientras que tan s6lo se ha iniciado la eliminacién del segundo. A este pH la glicina se encuentra mayoritaria mente en forma del jon dipolar *H;N—CHy—CO0~. Pron volveremos a hablar sobre el significado de este punto de in- flexién en la curva de titulacién (pl en la Fig. 3-10) La segunda etapa de ia titulacion corresponde a la elimi- nacién de tn protén del grapo —NHj de la glicina. El pH en el unto medio de esta etapa tiene un valor de 9,60, igual al valor del pX, (rotulado pK en la Fig. 3-10) det grupo —NH}. La titulacin es précticamente completa a un pH de aproxima damente 12, en donde la forma predominante de la glicina es H.N—CH,—COO™OF (equivalents) FIGURA 3-10 Ttulacién de un aminoscido, Se muestra aqul lacuna de titulacin de glicina 0,1 sa 25 °C, Las especies i6nicas predomi- ‘antes en puntos clave de la tiulacién se muestran encitma de la gr fica. Los recuados sombreados, centrados alrededor de pXy = 2.34 y [PK = 9:60, indican las regiones de miximo poder tamponant. 3-11 Efecto del entorna quimico en el pk, Los valores de para los grupos ionizables de la glicina son menoves que tos s/Upos amino y carboxlo sustudos simplemente pow un me sts moditicaciones que dismiruyen el pK, son debidas a fuer 31 Aminodecidos 83 A partir de la curva de titulacién de la glicina se pueden deducir diversas informaciones interesantes. En primer lugar, da una medida cuantitativa del pX, de cada uno de los dos ‘srupos jonizables: 2,34 para el —COOH y 9,60 para el grupo —NHG. Obsérvese que el grupo carboxilo ce la glicina es mis ‘de 100 veces mis dcido (se joniza mas fécitmente) que el gru- ‘po carboxilo del deido acdtico que, como hemos visto en el Ca- pitulo 2, tiene un pX\ de 4,76, cercano al promedio para un ‘grupo carboxilo unido a un hidrocarburo alifitico sin mas sus- tituyentes, La modificacion del pK, de la glicina esté causada por Ia repulsién entre el protén saliente y el grupo amino car- ‘aado positivamente cercano situado en el tomo de carbono a tal como se describe en la Figura 3-11. Las cargas opuestas en ‘el zwitterion resultante tienen un efecto estabilizante, despla- zando e! equilibrio atin ms hacia la derecha. De modo similar, €1 pK, del grupo amino de la gicina es menor que el pk, medio de un grupo amino, Este efecto es debido en parte a los étomos de oxigeno electronegativos del grupo carboxilo, que tienden ‘aatraer electrones hacia ellos, aumentanvo ast la tendencia del ‘grupo amino a ceder un protén. Por tanto, el grupo a-amino tiene un p&\, menor que el de una amina alifitica tal como la ‘metilamina (Fig. 3-11), En resumen, el p&, de cualquier grupo funcional se ve fuertemente afectado por su entorno quimico, ‘un fendmeno que a veces es utilizado en los centros actives de Jos enaimas para promover mecanismos de reaccién exquisita- ‘mente adaptados que dependen dle los valores modificados de los pi, de grupos dadores/aceptores de protones de residuos especificos. ok, 2 ‘ . s 2 | Grupos carboxilo = | Sy nnine met A gel | bette acition Metitamina | ELpK, normal de un grupo E1pK, normal de un grupo carton uuproximadamente ee a OS ete: im te | sino delagicina = H—-C—COOH a -C—Coo- een Eco: * Yo e-Aminosekio (icina) «-Aminoscido igticina) "Ky 2 pk, = 9,60 Ti saps ebro coupe ation Los atoms de axigeno _y el proton saliente disminuye el pK, del grupo at erap cargo a rene tient coe ‘Tederrdselnerie fase _acciones intramoleculares. Efectos similares pueden ser causados por _370p08 quimicos que eatin posicionadon en lis cercanias de un grupo tonizable “por ejempl, en el centro activo de un enzima.84 Caplio 3. Aminoscidos, péptidos y proteinas [La segunda informacion que proporciona la curva de ttu- Jacion de la glicina es que este aminodcido tiene dos regiones ‘de capaciad tamponante. Una de éstas es la porcion relativa- ‘mente plana de la curva que abarca alrededor de una unidad de pH a cada lado del primer pi, de 2.34, lo que indica que ka alicia es un buen tampdn cerca de este pH. La otra zona de tamponamiento esta centrada alrededor de pH 9,60. (Obsér- ‘vese que la giicina no es un buen tampén al pH del Muido intra- celular o de la sangre, que es de alrededor de 7,4.) Dentro de Jos margenes de tamponamiento de la gicina, se puede utilizar la ecuacién de Henderson Hasselbalch (wéase Recuadro 2-3) para calcular las proporciones de especies dadora y aceptora de protones de la gicina que se requieren para preparar tn ‘tampon a un pH determinado, La curva de titulacién predice la carga eléctrica de los aminoacidos (Otra informacién importante deducica de Ia curva de titula- ‘in de un aminoscido es la relacisn entre su carga elécirica neta y el pH de la disolucién. A pH 5,97, punto de inflexién ‘entre las dos etapas de su curva de titulacién, ta glicina esta presente de manera predominante en su forma dipolar, total- ‘mente jonizada pero sin carga eléctrica nota (Fig. 3-10). Bl pH ‘caracteristico en que la carga eléctrica neta es cero se deno- ‘nina punto isoeléetrico o pH isoeléctrico, designaco pl. En el caso de la glicina, que no tiene grupo ionizable en su ca- dena lateral, e! punto isoeléctrico es simplemente la media aritmética de los dos valores de pk: pl= 500K, + pK) = 3 (2,84 + 9,60) = 5,97 Como resulta evidente de la Figura 3-10, la glicina tiene una ‘carga neta negativa a cualquter pH por encima de su pl, par lo ‘que se desplazard hacia el electrodo positivo (dnodo) cuando se coloque en un campo elécirico. A cualquier pH por debajo dde su pl, la ghicina tiene una carga neta positiva y se despla- ari hacia el electrodo negativo (el todo). Cuanto més ale- Jado esté el pH de una disolucion de glicina de su punto {soeléctrico, mayor serd la carga eléctrica neta de Ia poblacién de moléculas de glicina, Por ejemplo, a pH 1,0 la glicina se ‘encuentra casi enteramente en ss forma *HjN—CH,—COOH ‘con tuna carga posiiva neta que equivale a 1,0. A pit 2,34, en el ‘que existe una mezela paritaria de *HsN—CH,—COOH y *HaN—CH,—COO, la carga positiva neta 0 promedio es de 0,5, De a misma manera se puede predecir el signo y In mag- nitud de la carga neta de cualquier aminodcido a cualquier pH. Los aminodcides difieren en sus propiedades Acido-base Las propiedades compartidas por muchos aminogcidos permi- ten algunas simplificaciones generales acerca de su comporta- 'miento écido-base. En primer lugar, todos los aminoacids con ‘un solo grupo a-amino, un solo grupo a-carboxilo y un grupo R ‘no jonizable tienen curvas de titulacién parecidas a la de la i- ina (Fig. 3-10). Estos aminodcidos tienen valores de pA, muy sinrlares, aunque no idénticos: el pk, de! grupo —COOH en el intervalo de 1,8 a 24 y el pX, del grupo —NHi en el intervalo de 88. 11,0 (Tabia 3-1), En segundo lugar, los aminosicidos con un grupo R ioniza- bile tienen curvas de titulacién més complejas, con tes etapas ‘correspondientes a los tres pasos de ionizacion posibles;tie- nen por tanto tres valores de pK, La etapa adicional debida a 1a titulacion del grupo R ionizable se fusiona en cierto grado ‘con las otras dos. En a Figura 3-12 se muestran las curvas de titulacion de dos aminodcidos de este tipo, el ghutamato y la histidina, Los puntos isoeléctricos reflejan la naturaleza de los SEES OH (equivalentes) i OH (equivalentes) FROURA 2-12 Curse ttlacn de agitate y 0) siding PX, del pupa Re desma como Phe_grupos R ionizables presentes. Por ejemplo, el gutamato tiene ‘un pl de 3,22, considerablemente inferior al dela glicina. Esto sel resultado de la presencia de dos grupos carboxila que, en ‘el promedio de sus valores de pK, (3,22), contribuyen con una ‘carga negativa neta de ~1 que equilibra la de +1 debida al ‘grupo aumino, De modo semejante, el pl de Ia histdina, com dos grupos cargaddos positiramente cuando estan protonads, es de 7,50 (et promedio de las valores de pK, de los grupos amino & {imidazol), mucho mayor que el de la glicina. ‘Finalmente, ¥ como se ha indicado anteriormente, en las ‘condiciones generales de exposicién libre y abierta al entorno ‘senso, solo la histiina tiene un grupo R (pK, = 6:0) que pro pporciona poder tamponante significativo al pH eercano a la neutralidad presente normalmente en los fuidos intra- y ex- tracelulares de la mayoria de animales y bacterias (Tubla 3-1), RESUMEN 3.1 Aminoacidos '& Los 20 aminodcidos que se encuentran normalmente ‘como residuos en las proteinas contienen un grupo. a-carbaxilo, un grupo a-amino y un grupo R ccaracteristico unido al carbone a. El itomo de ccarbono a de todos los aminosicidos excepto la gicina ‘es asimétrico, por lo que los aminosicidos pueden. cexistir en al menas das formas estereoisornéricas. En ‘protefnas tan s6lo se encuentran los estereoisémeros 1, cuya configuracion esta relacionada con la de la molécula de referencia, -gliceraklehido, 1m También existen otros aminoacids menos ‘comunes, ya sea como constituyentes de las proteinas (mediante la modificacién de los _aminodicidos estandar después de la sintests de proteinas) 0 como metabolites libres. @ Los aminodcidos se clasifican en cinco tipos en virtud de la polaridad y carga de sus grupos R (a pH 7). 1 Los aminoscidos se diferencian en sus propiedades ‘icido-base y tienen curvas de titulacion, ccaracteristicas. Los aninodicidos monoamino- ‘monocarboxilices (con grupos tno ionizables) ‘son dcidos dlipriticos {" HsNCH(R)COOH} a pl bajo y existen en diversas formas diferentes al ir aumentando el pH. Los aminosicidos con ‘grupos R ionizables poseen especies ignicas 3.2 Péptidos y proteinas Ahora nos ocuparems de los polimeros de los aminodcidos, Jos péptidos y las protefnas. Los peptids que se eneverran ‘en la naturaleza varian en tamato desde pequefias moléculas que contienen dos o tres aminoscidos hasta moléculas muy grandes que contienen miles de ellos. Aqut nos centraremos en Jas propiedaces quimicas fundamentales de estos polimeros. 3.2 Péptidosy proteinas 85, Los péptidos son cadenas de aminodcidos ‘Dos moléculas de aminodcidos pueden unirse de forma cova- lente a través ce un enlace amida sustituido, denominado en- ace peptidico, formando un dipéptido, Este enlace se forma por eliminacién de tos elementos det agua (deshidratacién) del grupo a-carboxilo de un aminovicido y el grupo a-amino de otro (Fig. 3-13), La formaciin del enlace peptidico es un jemplo de una reaccidn de condensacién, aute es un tipo de reaceién frecuente en las célutas vivas. En condiciones bio- quimicas normales, el equilibrio de la reaccivin que se muestra en la Figura 3-13 favorece a los aminosicicios por encima det Aipéptido, Para conseguir que la reacesn sea termodindmica- ‘mente ms favorable, es necesario modifica 0 activar quimi- ‘camente el grupo carboxilo de modo que st grupo hidroxilo ‘pueda ser eliminado més fécilmente. Al final de este capitulo se esquematiza una aproximacion quimica a este problema. Lt aproximacién biokigiea a la formaciin del enlace peptidico es tun tema importante del Capitulo 27, Se pueden unir tres aminodcidos mediante das enlaces eptidicos para formar un tripéptide; de manera similar se pueden tnir aminosicidos para dar tetrapéptidos, pentapépti- dos y ast sucesivamente, Cuando se tmen unos pocos amino ficidos de este modo, Ia estructura resultante se denomina ligopéptido. Cuando se unen mtehos aminoacids et pro- ducto se denomina polipéptide. Las proteinas pueden tener miles de residuos aminosicidos. Aunque a veces los términos “polipéptido” y “protein” son intercambiables, las mokiculas denominadas polipéptidos tienen generalmente masas mole- cculares inferiores a 10,000 y las que se denominan proteinas tienen masas moleculares superiores. La Figura 3-14 muestra la estructura de un pentapéptido, Como ya se ha indicado, las unidades de aminoscido de un _Péptido se denominan frecuentemente residuos (Ia parte que ‘queda tras perder un dtomo de hidrigeno de su grupo amino y ‘una porcién hidroxilo de su grupo carboxilo). BI residuo am- a eee + 1I-N—-CH—-COO FIGURA 3-13 Formaciin de un enlace peptiico por condensacin, grupo a-amino de un aminocido (con el grupo R?) sctia como ‘nuclei desplazanda e grupo hideonilo de ott amvnoscido (con el _upo R') para formar un enlace peptiico (sombreado en ama. tos grupos amino son buenos muclestlos, pero el grupo hidoxiio es ‘um mal grupo salient, por lo que no es desplazado ficlmente. A pH fisioligico, la reaccién, tal como se muestra, no tiene lugar de forma apreciable.FIQURA 3-14. pentapéptide seilghicitiosinilaani-leucina, 0 Ser- Gly-TyrAla-Leu. Los peptidos se nombran empezando pore! esiduo amino-terminal que, por corwencién, se sta ala izquerds. Los en- laces peptidicos estin sombreados en amarillo y ls grupos R en roo. ‘nodicido del extremo de un peptide que tiene un grupo e-amisno libre es et residuo amino-terminal (0 N-terminal); el residuo del otro extremo, que tiene un grupo carboxilo libre, es el re- siduo carboxilo-terminal (C-terminal). Aunque la hicnilisis de un enlace peptitico es una reaceidnt ‘exergéniea, tiene lugar lentamente debido a su alta energia de activacién. En consecuencia, los enlaces peptitions de las pro- tefnas son bastante estables, con una vida media (t/2) de alre- desir de 7 aiios en la mayoria de condiciones intracehulares. Los péptidos pueden distinguirse Por su comportamiento de ionizacién: Los peptides contienen un dnieo grupo a-amino y un nico sarupo a-carboxilo libres, uno en cada extretno de la cadena (Pi. $15). Estas grupos se ionzzan dela misma manera que lo hacen en los amines libres, aunque la constantes de on zaciin son diferentes debido a que el grupo con carga opuesta std ausente del carbono a. Loe grupos a-amio y a-carboxilo 4e todos os aminacdos no terminals est unidos covalent xm Ala (CH; o-¢ ie ae éHt-cH,-cx,-co0 1 rt Gy CH, te te pice os Pen Anni ite ‘grupo «amino libre, un grupo a-carboxil libre y dos grupos R ho "ables. Los grupos fonizados a pH 7,0 se muestran en ojo. ‘mente en forma de enlaces peptiticos, que no se fonizan y, por tanto, no contribuyen al comportamiento total dicido-base de Jos péptidos. No obstante, los grupos Bde algunios aminodcidos ‘pueden tonizarse (Tabla 3-1) y contribuyen ent un péptide a las ‘propiedades dcido-base globales de la molécula (Fig, 3-16). Por tanto, puede predecirse el comportamiento dcido-base de un éptido a partir de sus gnapos a-arnino ¥ a-carboxilo libres y de anaturaleza y niimero de sus grupos R ionizables, ‘Al igual que los aminodcidos bres, los péptidos tienen ccurvas de titulacién caracteristicas y pH isoeléetricos (pl) ca- racteristicas a Jos que no sufren desplazamiento en un campo eléctrico. Estas propiedades se aprovechan en algunas de las ‘écnicas utilizadas para separar péplidos y protetnas, como ve- +emos posteriormente en este capitulo. Debe resaltarse que el valor del pK de un grupo R ionizable puede cambiar ligera- mente cuando un aminoscido se convierte en un residue de lun péptido. La pérdida de carga en los grupos a-carboxilo y ‘amino, las interacciones eon otros grupos R del péptido ¥ otras condiciones del entorno pueden afeetar al pk. Las va- lores de pK para los grupos R que se muestran en la Tabia 3-1 pueden ser una gufa dtil para deducir el intervalo de pH en. ‘que se ionizaré un grupo determinado, pero no pueden apli- ‘carse a los péptidos dle modo estricto, Existen péptidos y polipéptidos biolégicamente actives de una gran variedad de tamafos No puede hacerse ninguna generalizacién acerca de las ma- ‘sas moleculares de los péptides y proteinas bioldgicamente activos en relacién con su funcién. La longitud de los pépticios naturales varia entre dos y muchos miles de residuos amino- ‘icidos. Ineiuso los péptidos mais pequeis pueden tener efec- tos biolégicamente importantes. Considérese por ejemplo el dipéptido sintetizado comercialmente L-aspartil-.-fenidalanil ‘metil éster,e] edulcorante artificial ms conocido como aspar- tamo 0 NutraSweet, ei CH, CH, O wi-G by Sd oo ttt ee sna Muchos péptidos pequeos naturales producen sus efectos a ‘concentraciones muy bajas. Por ejemplo, diversas hormonas de vertebrados (Capitulo 23) son péptidos pequetios. Entre ‘tas se incluyen la oxitocina (nueve residuos aminodicidos), ‘que es secretada por la hip6fisis posterior y estimula las con- ‘racciones uterinas; la bradiquinina (nueve residuos), que in- ibe ta inflamacn de los tejos;y el factor liberador de Ta tirotropina (tres residuos), que se forma en el hipotalamo y ‘stim k iberacin cle ships anterior de otra horsmona, 1a tirtropina. Alginos venenos de seas extremautamente t6- cos, tales como a amantina, son también péptidos peque- ‘os, lo mismo que muachos antibiticos.Algo mayores son los polipéptidos pequetos ¥ oligopépti- dos tales come la hatmona panereética insulina, que contiene dos cadenas polipeptidieas, una ce elias con 30 residuos ami- nocidos y la otra con 21. Bl glueagén, otra hormona pancres- tea que se opone a la aceién de I insulins, tiene 29 residvos. la corticotropina es una hormona de 29 residuos de la hist sis anterior y estimula la corteza adrenal. {Qué longitud tienen las cadenas polipeptidicas de las proteinas? Como muestra la Tabla 3-2, ka loggitud varia consi- derablemente. Ei citocromo c humano tiene 104 residues ami- nojicidos unidos en una tiniea cadens; l quimotripsindgeno bovino tiene 245 residuos. En el extremo se encuentra late tina, que tiene cerca de 27-000 residuos aminodcidos ¥ una masa molecular de alecedor de 3.000.000 La inmensa mayo- tfa de los palipéptis naturales son mucho menores y contie- ‘nen menos de 2000 resiuos aminadicidos. Algunas proteinas estén consttuidas por una sola cadena peptidica, pero otras, denominadas proteinas con subunida- des multiples, tienen dos o ms polipéptides asoeciados de forma no cavalente (Tabla 3-2). Las cadenas polipeptidicas in- dividuates de una proteina con diversas subunidades pueden ‘er idéntieas 0 diferentes. Si como minimo dos son idénticas, 1a proteina se denomina oligomériea y las subunidades ien- teas (constituidas por una o mis cadenas polipeptiicas) se sdenominan protémeros. La liemoxiobina, por ejemplo, tene cuatro subunidades polipeptisicas: dos cadenas a idénticas y dos caclenas B idéntieas, unidas todas ells entre si por inter- acciones no covalentes. Cada suibunidad a est unida de forma ‘déntica con una subunidad f dentro de ia estructura de esta protena con subunicades miitiples, de forma que la hemoglo- bina puede considerarse como un tetramero de cuatro subuni- «dads polipeptiicas 0 como un dimero de protomeros a. Unas pocas proteinas contienen tna o mis cadens poll Deptidicas unidas coralentemente. Por efemplo, las dos cate- nas polipeptiicas de la insulina extn unas entre sa través ‘de puentes disulfuro. En estos casos, los polipéptides indivi 3.2 Péptidesy proteinas 87 ales no se consideran subunidades, sino que se suelen de- nnominar simplemente cadenas. ‘Se puede calcutar el nimero aproximado de resinos ami- noficidas de una protefna sencilla, que no contenga ningtin otro grupo quimico, dividiendo su masa molecular por 110, ‘Aunque la masa molecular media de los 20 aminadicidos est dar es de alrededor de 138, en la mayorta de proteinas predo- ‘minan los aminodidos mas pequefios; cuando se tienen en ‘cuenta las proporciones en que se presentan los distintos ami- ‘odcidos en las proteinas (Tabla 3-1), la masa molecular me- dia esta proxima a 128. Dado que se elimina una moléeula de ‘agua (M, 18) para crear cada enlace peptidico, la masa mole- ‘cular media de un residuo aminoscido de una proteina es de alrededor de 128 ~ 18 = 110, La hidrdlists de péptidos o proteinas can decido produce una. ‘mezela de a-aminoscidos libres. Cuando se ha hidrolizado ‘completamente, cada tipo de proteina da una proporcidn o meacla caracteristica de los diferentes aminodcidos. Los 20 ‘aminodcidos estindar casi munca se presentan en cantidades gules en una protefna. Algunos aminoscidos pueden apare- cer solamente una vez, © ninguna, por molécala en un tipo de- ‘terminado de proteina; otros pueden presentarse en mimeros elevados, La Tabla 3-3 muestra la composicién de las mezelas de aminodcidos que se obtienen en la hidrdlisis completa del itocromo cy del quimotripsinnigeno bovinas, este ultimo el pre~ cursor inactivo del enzima digestivo quimotripsina. Estas dos roteinas, con funciones muy diferentes, también differen de ma- ‘era significativa en el ridmero relativo de cada clase dle ami- ‘noticido que contienen. ‘Sin embargo, una hidrélisis completa no es suficiente para ‘obtener un andlisis exacto de la composicidn de aminosicidos, ‘a causa de ciertas reacciones laterales que se dan durante el TABLA 3-2 Datos moleculares de algunas proteinas Nimero de Niimero de cadenas residuos __polipeptidicas Citocromo ¢ {humano) Masa molecular 13.000 Ribonucleasa A (péncreas bovino) 13.700 LUsovima (lara de huevo de pollo) «13.930 Mioglobina (corazén de caballo) 16.890 Quimotipsina (péncreas bovino) 21.600 Quimotripsindgeno (bovino) 22.000 Hemoglobina (humana) 64.500 Albimina série (humana) 68.500 Hexoquinasa (levedura) 102.000 RNA polimerasa (E. col) 450.000 ‘Apolipoprotein B (humana) = 513,000 Gutamina sintetasa (E. col) 619.000 2.993.000 104 124 129 153 241 245 574 609 972 4158 4536 5628 26.926 aBeaneenwenne ‘Titina (humana)88 —_Capitulo’3_Aminodcidos, péptidos y proteinas. TABLA 3-3 Composicién de aminodcidos de dos proteinas ‘Néimero de residues por molécula de proteina* Citocromo.e —_Quimotripsindgeno ‘Aminoécida —bovino ovina ‘Ala 6 2 Ag 2 4 Ast 5 15 asp 3 8 os 2 10 Gin 3 10 cr 9 5 Gly 4 2B His 3 2 Wie 6 10 teu 6 19 lys 18 14 Met 2 2 Phe 4 6 Pro 4 9 Ser 1 28 Tr 8 23 ib 1 8 ww 4 4 Nal 3 23 Total 104 245 ‘tng ye eign a 0D) Oe mane san spose nga (yn ew oan 02} Ae « Wo earn ten ote scedrers aces a earn arcane oe re anroicooe proceso, Por ejemplo, los enlaces amida de las cadenas latera- les de la asparagina y la glutamina se rompen por tratamiento ‘cido, dando respectivamente aspartato y ghutamato. La cadena lateral del triptofino es degradacla casi completamente por la ‘idrdtisis dcida y también se pierden pequerias cantidades de serina, treonina y tirasina. Los bioquitmicos utiizan proces ‘mientos adicionales para resolver las ambigthedades resultantes, de la hidrélsis écida cuando es necesario conocer la compost- ci6n de aminodicidos de una forma precisa. Aigunas proteinas contienen grupos quimicos diferentes a los aminoacidos Muchas proteinas, tales como los enzimas ribonucleasa A y qui- ‘motripsindgeno, contienen sélo residuos aminodcidos y ningin ‘tro grupo quimico adicional; a este tipo de protednas se las ‘considera proteinas simples. Sin embargo, algunas proteinas contienen componentes quimicos diferentes a loe aminascidos asociados pernanentemente; estas proteinas se denominan proteinas conjugadas. La parte no aminosicida do una peotel- TABLA 3-4 Proteinas conjugadas: Clase Grupo prostético Eemplo Upoproteinas —Lipidos Uipoproteina 6 de la sange Glucoproteinas — Ghicidos Jnmunogiobutina G Fosfoproteinas Grupos fosfato Caseina de la leche Hemoproteinas — Hemo (fertoportiina) — Hemogfobina Flavoproteinas —Nucledtidos de flavina Succinato deshidrogenasa Metaloproteinas Hierro Ferritna Zine ‘Alcohol deshidrogenasa Calcio Calmodulina Molibdeno, Dinitrogenasa Cobre Plastocianina ‘na conjugada se denomina habitualmente grupe prostético, Las proteinas conjugadas se clasifican segzin la naturaleza qui- ica de su grapo prostético (Tubla 3-4); por efetupl, las Mpo- Proteinas contienen lipids, ls glucoproteinas contienen grupos glucidicos y las metaloprotefnas contienen un metal especitico. Alganas proteinas contienen més de un grupo pros- {étieo. Normaimente el grupo prostético juega un papel impor- {ante en la funcién biokigica de la proteina. Existen varios niveles de estructura de las proteinas Para macromoléculas grandes tales como las protefnas, la ta- rea de describir y comprender la estructura se aborda a vatios niveles de complejidad, ordenucos en una especie de jerarquia conceptual. Se definen normalmente cuatro niveles de estruc- ‘ura de las proteinas (Fig, 3-16). La estructura primaria es luna descripcin de todos los enlaces covalenites (prineipal- ‘mente enlaces peptidicos y puentes disulfuro) que unen los residuos aminodcidos de una cadena polipeptidica. El ele- ‘mento ms iniportante de la estructura primaria es la secuen- cia de los residuos aminodeldos. La estructura secundaria: ‘se refiere a disposiciones particularmente estables de los amd: ‘oficidos que dan lugar a patrones estructurales repetitivos. La estructura terciaria describe todos los aspectos del ple- ‘gamniento tridimensional de un polipéptido, Cuando una proted: na posee dos o mis subunidades polipeptidicas, su disposiciin ‘en el espacio se denomina estructura euaternaria. Ex la Seociin 3.4 se describe la estructura primaria; los niveles su- Deriores de estructura se tratan en el Capitulo 4, RESUMEN 3.2 Péptidos y proteinas {© Los aminosicidos pueden unirse covalentemente ‘mediante enlaces pepticicos para formar péptidos Droteinas. Las céhilas contienen genecalmente miles de proteinas diferentes, cada una de elias con una actividad bio¥igica distinta,‘Residues aminodcidos FIGURA 3-16 Niveles de estructura de las proteinas. La estructura _primarla consste en una secuencia de aminosicidos unidos entre si a través de enlaces peptidicose incluye los puentes disulfuro que exis ‘tan. El polipéptido resutante puede estar enollado en unidades de 1@ Las proteinas pueden ser cadenas polipeptidicas muy langas de 100 a varios miles de residues aminodcidos. ‘Sin embango, algunos péptidos naturales tienen slo ‘unos pocos aminodcidos. Algunas protetnas estén ‘compuestas por varias calenas polipeptidicas asocindas de forma no covalente que reciben el ‘nombre de subunidades. Las proteinas simples i ‘generan tan s6io aminodcidos después de Ia hicrélisis;, las proteinas conjugadlas contienen algsin otro ‘componente acicional, como por ejemplo un grupo prastético metilico w organico. 1 La secuencia de aminodcidos de una protein es una ccaracteristica propia de esa proteina que se denomina ‘estructura primaria. Este ¢s uno de los cuatro niveles ‘con que generalmente se describe la estructura de las proteins, 3.3 Trabajar con proteinas ‘Nuestro conocimiento de la estructura y func de las prote- ‘has proviene del estudio de muchas proteinas individuales Para estudiar una proteina con cierto detalle es necesario se- Dararia del resto de proteins y disponer de Vécnicas que pet- mitan determinar sis propiedades, Las métodos necesarios provienen de ia quimica de proteinas,disciplina tan antigua amo la bioquimica que mantiene una posicién central en ia investigaciin bioguimica, _ Las proteinas se pueden separar y purificar ‘Una preparacién pura de una proteina es esencial para poder determinar sus propledades y su actividad. Puesto que las c& Julas contienen miles de tipos diferentes de proteinas, oémo _ puede purificarse una protein? Los métodos de separaciin de aprovechan propiedades que varian de una proteina ‘otra, entre las que se incluyen el tamatho, la carga y as pro- -piedades de unién. ‘Subunidades unidas ‘esructura secundaria, tales como una hice La hélice es una parte de la estructura teciaria det polipéptido plegado, el cual es en si ‘mimo una de las subunidades que consttuyen la estructura cuater- ‘nara de una proteina multsubunidad, en este caso la hemoglobina. [La fuente de una proteinia son generalmente las céhilas de tun tejido 0 células microbianas. El primer paso en cualquier purificacion de proteinas es la rotura de estas células, para lie berar sus proteinas en una solucion denominada extracto erudo, En caso necesario puede utilizarse la centrifugncién diferencial para preparar fracciones subcelulares o aislar de- terminadas orginulos (wéase Pig. 1-8). Una vez esti a punto el extracto o la preparacién de orgi- mulo, se dispone de diversos métodas para purificar una o miss de las proteinas que contienen. Normalmente, el extracto se somete a tratamientos que separan las proteinas en diferentes fracciones en virtud de alguna propiedad tal como el tamafio 0 la carga, un proceso que se denomina fraceionamiento. Los ‘pasos iniciales de fraccionamiento de una purficaciém uititizan diferencias en la solubilidad de las proteinas, que es una fun- cin compleja del pH, temperatura, concentracion de sal y ‘otros factores. La solubiidad de las proteinas cismuinnye gene- ralmente a concentracionies elevadas de sal, un efecto deno- minado “salting out” (salndo). La adicién de algunas sales en ccantidades apropiadas puede precipitar selectivamente algu- nas proteinas, permaneciendo las restantes en solucidn. El sulfato amonico [(NH,)3804] es particularmente efectivo y 3e utiliza a menudo para “salar” proteinas. La solucién que contiene la proteina de interés debe a ‘menudo suftir otros cambios antes de que sean posibles pa- ‘sos de purifieacidn posteriores. La didtisis, por ejemplo, es ‘un procedimiento que separa las proteinas de los disolventes, aprovechando el mayor tamano de las proteinas, El extracto, pareialmente purificado se eoloca en un saco 0 tubo de mem- bbrana semipermeable. Cuando éste se suspende en un yohumen mayor de soluein tamponada de fuerza ‘nica apropiads, Ja membrana permite et intercambio de sal y Lampdn, pero no de proteinas. De esta forma, la dilsisretiene las protetnas grandes dentro del saco o tubo de membrana, mientras que ‘permite que la concentracién de los dems solutos en la pre- ‘paracién de proteina cambie hasta llegar al equllibrio con la soluctén del exterior de la membrana. La didisis puede utili