Se clasifican teniendo en cuenta los ncleos fundamentales de sus molculas, en:
Alcaloides de ncleo pirdico: A este grupo pertenecen la nicotina, la pilocarpina y la epartena. La nicotina se encuentra en el jugo del tabaco acompaada de otros alcaloides. Es un lquido incoloro de olor semejante al tabaco y sabor ardiente y picante. Es muy txicas en dosis extremadas. Alcaloides de ncleo isoquinoleico: Se encuentran en las plantas papaverceas y ranunculceas. El ms importante es la papaverina, que tiene propiedades hipnticas (aunque no tan acentuadas como las de la morfina). Alcaloides de ncleo fenantrnico: El ms importante es la morfina. Se encuentra en el opio en forma de sal. Se emplea en medicina en forma de clorhidrato y sulfato, como sedantes y calmantes. Alcaloides de ncleo tropnico: Pertenecen a este grupo la atropina y la cocana. La atropina se encuentra en el jugo de varias plantas como la belladona y el estramonio. La cocana se extrae de las hojas de coca, es de sabor amargo, insensibiliza la lengua, y se usa en medicina en forma de clorhidrato. Alcaloides de ncleo indlico: Los ms importantes son la estricnina y la brucina. La estricnina es uno de los alcaloides ms enrgicos, se extrae de diversas plantas del gnero Strychnos, entre ellas el Haba de San Ignacio y de la nuez vmica. Es de sabor amargo muy intenso y muy txica. Su ingestin produce convulsiones tetnicas. Alcaloides de ncleo no definido: son todos aquellos alcaloides cuya constitucin no ha sido an establecida con claridad. Entre ellos se encuentra la aconitina (veneno muy violento, utilizado en teraputica para combatir ciertas dolencias) y la ergotinina (uno de los principios activos del cornezuelo de centeno, que ejerce una accin especfica sobre el tero.