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CIENCIAS E INGENIERIA BIOLGICAS
INTRODUCCIN
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orgnica o de la fijacin del nitrgeno, pues los dos son procesos que dependen
totalmente de los microorganismos.
Aunque el proceso natural de formacin del suelo toma varios aos, un manejo
inadecuado y la contaminacin pueden perderlo en menor tiempo del que tom en
formarlo.
En el proceso de conservacin de un suelo vivo, varios autores destacan el papel de la
materia orgnica y la importancia de propiciar la mayor produccin de biomasa, como
lo menciona R. Bunch (2008) en las cinco reglas para cumplir con la alimentacin del
suelo, que no son ms que un intento de reproducir lo que ha sucedido por milenios
en los bosques tropicales. Otros autores enfatizan la importancia de mantener un
suelo saludable por su alto contenido de materia orgnica que permita una alta
actividad entre los diferentes organismos como garanta de fertilidad y, por ende, de
plantas saludables (Nicholls y Altieri, 2003). Otros autores han destacado la eficiencia
econmica que se logra al mantener un suelo manejado con principios ecolgicos.
Cabe destacar aqu la importancia de la relacin entre cultivo y ganadera para la
fertilizacin de los campos de cultivos y pastos, as como para la produccin de
hortalizas (Funes, 2008). Tambin los cultivos de cobertura se sealan como
importante medio para conservar las condiciones de humedad y proteccin necesarias
para garantizar la eficiencia productiva, adems de ser fuente de forraje, hospedaje de
insectos benficos y abono para los cultivos (Pulleman y otros, 2008).
El presente trabajo se realiza con la finalidad de conocer la biodiversidad de
microorganismos benficos presentes en los suelos utilizados en sistemas
agroecolgicos de climas tropicales.
II.
REVISIN BIBLIOGRFICA
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Los minerales que tienen la misma composicin qumica que las rocas, constituyen los
minerales primarios y forman en el suelo las fracciones de arena y parte del limo. El
mineral secundario, material que presenta diferente estructura y composicin a las
rocas que las originaron, est formado por la meteorizacin de los minerales menos
resistentes durante el proceso de formacin del suelo y constituyen la fraccin de
arcilla y limo.
Las partculas orgnicas, procedentes de la actividad de los distintos organismos vivos
cuya composicin y cantidad son variables, y los minerales que componen la fase
slida y que forma la matriz del suelo, quedan permeadas por la presencia de
pequeos o grandes poros. En estos espacios ocurre la proliferacin de
microorganismos que pueden ser benficos o patgenos para la planta (Liddell, 1997).
El espacio poroso del suelo es la porcin ocupado por aire y agua, siendo determinado
por la agregacin del suelo, es decir, por su estructura. Comnmente, hay dos tipos de
espacios poroso: los macroporos que permiten la libre circulacin de aire y del agua de
percolacin y, los microporos, que impiden el movimiento del aire y dificultan el
movimiento del agua, reteniendo de este modo ms agua que los macroporos
(Fageria, 1989). La naturaleza de porosidad del suelo, por lo tanto, determina un
mayor o menor grado de aireacin, as mismo, la disponibilidad de agua, que influye
directamente en la actividad de los microorganismos presentes (Liddell, 1997; Tsai et
al., 1992).
El ndice de proporcin de arena, limo y arcilla determina las caractersticas especficas
del suelo. En general, suelos con altos niveles de materia orgnica y arcilla presentan
mejor estructura que aquellos con altos niveles de limo y arena y poca materia
orgnica (Wheeler y Rush, 2001). Por lo tanto, las propiedades fsicas de los suelos
(textura, estructura, porosidad, textura, temperatura, color, etc.) son factores que
afectan
significativamente
la
disponibilidad
de
nutrientes
y
agua.
La composicin volumtrica de un suelo de estructura media, una condicin ideal para
el crecimiento de las plantas, presenta 25% de agua, 25% de aire, 45% de minerales y
de 1 a 5% de materia orgnica (Brady, 1974). Los diferentes suelos tienen diferentes
composiciones volumtricas de los componentes. La composicin de un mismo suelo
vara con la profundidad, por ejemplo, la materia orgnica normalmente disminuye
con la profundidad, mientras que la arcilla normalmente aumenta con la profundidad.
Fase Lquida
La porcin lquida del suelo consiste en una solucin de sales minerales y componentes
orgnicos disueltos en el agua. La infiltracin del agua en el suelo est dirigida por la
capilaridad y por fuerzas de absorcin de los poros del suelo, as como, por la presin
hidrosttica y accin de la fuerza gravitacional que acta sobre la masa de agua. Sin
embargo, la cantidad de agua retenida en el suelo, que se define como la capacidad de
campo, est en funcin de la textura, el volumen y tamao de los poros del suelo.
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Pruebas Moleculares
Tradicionalmente nuestra visin acerca de la diversidad de los microorganismos
edficos estaba basada en la obtencin de cultivos de laboratorio, en medios
especialmente formulados para ello. Bacterias gram positivas esporuladas (Bacillus y
Clostridium) y actinomicetos (Streptomyces) eran considerados procariotas tpicos del
suelo, junto con bacterias gran negativas hetertrofas tales como Pseudomonas,
Agrobacterium, Rhizobium, etc (Liesack, et al., 1997). Sin embargo, la comparacin de
recuentos microscpicos directos de clulas con los obtenidos en placas de cultivo,
puso de manifiesto que al menos el 99% de los procariotas presentes en el suelo eran
incapaces de crecer en medios de cultivo (Roszak, et al., 1987; Torsvik, et al., 1990).
Por lo tanto, la mayor parte de la diversidad procariota que integraba el suelo quedaba
fuera del alcance de los mtodos tradicionales de estudio, por mencionar a los hongos
y protozoos, mucho ms difciles de cultivarlos en el laboratorio.
A partir de la dcada de los ochenta se produjo una revolucin espectacular en el
conocimiento de la diversidad microbiana de los suelos, debido a la incorporacin de
novedosas y potentes tcnicas de estudio, que no requieren del cultivo previo de los
microorganismos (Insam, 2001; Kirk et al., 2004). Estas tcnicas se basan en el anlisis
de marcadores moleculares como los cidos grasos presentes en los fosfolpidos (PLFA)
y los cidos nucleicos (DNA y RNA). Ambos tipos de marcadores se encuentran
presentes en todas las clulas, se pueden extraer directamente de muestras de suelo
sin necesidad de realizar cultivos previos y adems permiten diferenciar distintos
grupos de microorganismos. Utilizando estos marcadores, no slo se puede
determinar la composicin de las comunidades microbianas, sino que tambin, se
puede cuantificar la abundancia de microorganismos especficos.
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microorganismos del dominio Archaea (Ueda, et al., 1995; Bintrim, et al., 1997;
Buckley, et al., 1998), que tan slo se haban descrito en ambientes extremos o nichos
ecolgicos particulares (ejemplo, termfilos, halfilos extremos, ambientes sulfurosos
y metangenos). Otra de las novedades que aport la utilizacin de tcnicas basadas
en la secuenciacin de 16S rRNA en el campo de la microbiologa edfica fue el
descubrimiento de nuevos grupos bacterianos, desconocidos hasta el momento, sin
embargo, se han detectado en mltiples estudios de diversidad en suelos de todo el
mundo. Esto hace suponer la importancia de estos nuevos grupos en la funcionalidad
de la comunidad microbiana del suelo. El ejemplo ms apasionante lo constituye la
constatacin de la importancia de un nuevo filum bacteriano, denominado
Acidobacteria (Kuske, et al., 1997; Ludwig, et al., 1997), detectado en todos los suelos
estudiados con tcnicas moleculares. Desde el punto de vista filogentico se trata de
un grupo extremadamente diverso, pero se dispone tan slo de tres gneros (con una
especie cada uno) en cultivo de laboratorio y caracterizados taxonmicamente. Las
capacidades metablicas de estas tres especies son muy diferentes con lo que es difcil
inferir el posible papel de las bacterias del filum Acidobacteria en suelos.
Actualmente se conoce que toda la informacin generada en estos aproximadamente
veinticinco aos de aplicacin de la biologa molecular a la microbiologa del suelo es
tan slo una pequea parte de la que se est obteniendo desde hace unos pocos aos
con la aplicacin de tcnicas de secuenciacin y anlisis de genomas. El estudio global
de los genomas de todos los microorganismos presentes en una comunidad se
denomina metagenmica y ya ha sido realizado con xito en comunidades microbianas
de suelo (Rondon, et al., 2000). Si recordamos que las estimaciones ms conservadoras
acerca de la complejidad gentica de comunidades microbianas de suelos indican la
presencia de entre 6.000 y 10.000 genomas diferentes (equivalentes en tamao al de
la bacteria Escherichia coli) en suelos orgnicos no perturbados y un nmero menor
(entre 350 y 1.500) en suelos agrcolas o contaminados con metales pesados (Torsvik,
et al., 1998), nos podemos hacer una idea de la magnitud de la informacin nueva que
se est generando. En el campo de la microbiologa de suelos hasta el momento los
estudios metagenmicos se han centrado en la caracterizacin de genomas de
microorganismos no cultivados como Acidobacterium o arqueas del suelo (Quaiser, et
al., 2002; Quaiser, et al., 2003) que contribuirn a determinar el papel de estos
microorganismos en el ecosistema edfico. Las posibilidades que genera la
metagenmica y las dems tcnicas moleculares mencionadas anteriormente son
mltiples por lo que podemos esperar importantes avances en el conocimiento del
funcionamiento de las comunidades microbianas de suelo.
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Los microorganismos que componen la biota del suelo son variados en relacin
con las especies, funciones, interacciones, hbitat, fisiologa y nutricin, entre otros.
Sin embargo, la caracterstica ms llamativa de los microbios del suelo es su gran
diversidad, que se presenta con mayor intensidad en condiciones tropicales. En los
trpicos, varias especies de microorganismos se distribuyen en forma general,
encontrndose en todas las muestras de suelo; mientras que, otros estn restringidas
en ambientes especficos, por ejemplo, los hongos que predominan en condiciones de
pH cido, algunas bacterias filamentosas (actinomicetos) prefieren suelos orgnicos
con pH neutro a ligeramente alcalino, algunas bacterias fijadoras de nitrgeno como
Azotobacter slo habita suelos con pH superior a 6,0, por lo general
se encuentra en las regiones ridas y semi-ridas, mientras que otros, Beijerinckia, solo
han sido aislados en suelos hmedos tropicales, y se ven favorecidos por la presencia
de hierro soluble y aluminio.
La comunidad microbiana del suelo se encuentra en continua interaccin entre las
especies, ocurriendo condiciones de sinergismo, antagonismo, mutualismo, en la
mayora de los casos y en ocasiones con parasitismo y saprofitismo. De acuerdo con el
hbitat, se encontr que los microorganismos indgenas actan intensamente contra
los zimgenos, y rara vez permiten que las especies introducidas ganen la competencia
y por lo tanto se desarrollen en diferentes nichos ecolgicos y por esta razn, por lo
general la microflora del suelo presenta una gran diversidad de microorganismos.
A continuacin se presenta los grupos de microorganismos que componen el suelo
atendiendo en mayor grado a los que habitan en suelos de zonas con climas tropicales.
-
Bacterias
Las bacterias del suelo constituyen el grupo ms numeroso e importante, pues ellos
adems de promover enfermedades en plantas y animales, son responsables de
numerosas transformaciones relacionadas con la fertilidad del suelo, tales como,
descomposicin y sntesis de materia orgnica, mineralizacin e inmovilizacin
nutrientes, fijacin biolgica de nitrgeno atmosfrico (dinitrgeno), nitrificacin y
desnitrificacin, reduccin y oxidacin de los elementos minerales, recuperacin de
suelos salinos / alcalinos, formacin de compuestos gaseosos (metano, dixido de
carbono,
sulfuro
de
hidrgeno
entre
otros).
Normalmente, la poblacin bacteriana en el suelo se estima entre 108 y 109 unidades
formadoras de colonias por gramo de suelo (ufc / g), cantidades que varan
dependiendo del suelo y del manejo del mismo (Brandao, 1992).
Las bacterias, con mayor atencin en microbiologa del suelo, pertenecen a los
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Hongos
Los hongos, son organismos formados por clulas eucariotas, pueden estar formados
por una sola clula, tales como levaduras, o ser multicelulares como los hongos
filamentosos. Los hongos se caracterizan por ser aclorofilados, quimiorganotrficos y
aerbicos, y por esta razn estos organismos se encuentran en mayor cantidad en las
capas superficiales del suelo, debido al alto contenido orgnico y mayor aireacin
(Malavolta, 1980).
Los hongos se encuentran en el suelo variando desde 104 hasta 106 ufc / g de suelo
(Alexander, 1977), predominan en suelos cidos, donde sufren una menor
competencia por bacterias y actinomicetos, adoptados por lo general a suelos con pH
neutros a pH alcalinos, aunque los hongos pueden ser encontrados en suelos con un
pH que va desde 3,0 hasta 9,0 (Brando, 1992). Adems de la gran importancia
como responsable de la mayora de las enfermedades en las plantas, realizan
funciones importantes tales como: inmovilizacin, acidificacin de materia orgnica,
solubilizacin de nutrientes (Micorrizas), agregacin del suelo (estructura) y accin
depredatoria capturando parsitos, amebas y nematodos (Cardoso & Freitas, 1992).
Los hongos comnmente encontrados en el suelo son los gneros: Aspergillus,
Cladosporium, Fusarium, Helminthosporium, Mucor, Penicillium, Phytophthora,
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Algas
La mayor parte de las algas son fotolitotrficas, con algunas especies utilizando
azcares o cidos orgnicos en ausencia de luz para sintetizar sus compuestos
orgnicos. Las algas, como los hongos, se producen en mayor cantidad en las capas
superficiales del suelo, pero se pueden encontrar en horizontes ms profundos.
Por lo general, se encuentran en el rango de 103 a 104 ufc / g, alcanzando, en
condiciones especficas 108 ufc / g de suelo. En la formacin inicial del suelo, las algas
son muy importantes por llevar a cabo la fotosntesis, contribuyendo as a la formacin
de la materia orgnica, especialmente cuando se asocian con hongos para formar
lquenes. Las algas verde-azules, actualmente clasificadas como cianobacterias, son
importantes en el suelo por realizar el proceso de fijacin de dinitrgeno y su
presencia es casi limitada a suelos tropicales. Los gneros Anabaena, Nostoc y
Talypotrix son los gneros ms representativos (Siqueira y Franco, 1988).
-
Microfauna
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especies de protozoos, con alrededor de 20.000 especies fsiles, 18.000 formas de vida
libre y 7000 parasitas (Sleigh, 1973). Los protozoos son aerbicos y se puede
encontrar en diferentes intervalos de pH en el rango de 3,5 a 9,0; sin embargo, el
intervalo de pH ptimo para su mxima actividad metablica corresponde entre 6,0 a
8,0 (Pelczar et. Al, 1980). La mayora de protozoos requieren para su desarrollo la
presencia de temperaturas ptimas entre 16 - 25 C, siendo el lmite mximo entre 36
y 40 C. La locomocin es un criterio muy importante en la diferenciacin de grupos de
protozoos, por ejemplo, Amoeba proteus se mueve por expansin de sus citoplasma,
miembros del grupo Ciliophora se mueven por medio de cilios; mientras que, gneros
como Crithidio sp. se mueven en un medio lquido por apndices filiformes o flagelos.
La forma flagelada es el grupo ms numeroso del suelo y representa un factor
importante en el control de las poblaciones bacterianas. Las poblaciones de protozoos
presentes en el suelo estn en el rango de 104 a 105 microorganismos por gramo de
suelo. El mtodo ms utilizado para este estudio es la dilucin y el nmero ms
probable (NMP), utilizando la tcnica de enriquecimiento en un medio lquido o slido
(Alexander, 1977).
Despus de los protozoos, los nematodos son los ms numerosos, se encuentran
ubicados alrededor de 10 cm de profundidad del suelo y en cantidades del orden de
106 individuos por m2. Los nematodos, agentes saprofitos, son importantes
descomponedores de la materia orgnica en el suelo y se limitan a determinados tipos
de suelos, tales como, suelos orgnicos y pastos. La importancia de la accin de la
microfauna es en la descomposicin de la materia orgnica, el equilibrio
microbiolgico travs de la depredacin y como agentes patgenos de plantas y
animales.
D.
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Las estrategias IN SITU estn ligadas a las prcticas agrcolas y pecuarias realizas en el
campo, especialmente bajo un sistema de produccin de agricultura orgnica
sustentable. As, tenemos las siguientes actividades:
- Junto a la preservacin de la agrodiversidad, el uso eficiente del agua, la energa y
otros recursos disponibles, un adecuado balance de nutrientes y vida en el suelo son
condiciones importantes para garantizar la sostenibilidad de los sistemas agrcolas. La
diversificacin e integracin de la actividad agrcola con la ganadera es una estrategia
eficiente para lograr un manejo adecuado de los nutrientes y la fertilidad de los suelos
en conjunto, as como para aprovechar los recursos naturales disponibles de manera
eficiente. Esto es, porque donde hay materiales orgnicos depositados se incrementa
el movimiento de varios organismos que podemos distinguir a simple vista y de otros,
que sin poder ser vistos, comen y viven de esos materiales, enriqueciendo al suelo,
incrementando las poblaciones de organismos que son descomponedores de modo se
forman cadenas alimenticias con efectos de una liberacin masiva de nutrientes que
las plantas absorben con facilidad.
- La utilizacin de los residuos de cosechas para elaborar compost, que luego se
incorpora al suelo en forma de abono orgnico. El abono orgnico es mucho ms eficaz
debido a que ya la materia est lista para ser utilizada los microorganismos y por las
plantas. El incremento de la diversidad de especies cultivadas y de las variedades de
estas permite el rotar los cultivos y contribuye a la reduccin del impacto de las plagas,
lo cual contribuye tambin a conservar y enriquecer el suelo.
- Siembra de cultivos de cobertura, es decir, cultivos adicionales que se integran
junto con el cultivo principal, o para cubrir la tierra cuando se la deja en barbecho, a fin
de proteger al suelo de los efectos erosivos del viento, la lluvia y las altas
temperaturas. De manera similar, los abonos verdes son cultivos de cobertura cuyo
fin es mantener o incrementar el contenido de materia orgnica del suelo y por ende
favorecer la presencia de una gran diversidad de microorganismos cuyas actividades
elevan el nivel general de fertilidad de los suelos. Estas son especies de crecimiento
rpido que se cortan y entierran en el mismo lugar en el que crecen, antes de florecer,
lo que desviara la concentracin de nutrientes a las semillas o el fruto. Los cultivos de
cobertura y los abonos verdes tienen ventajas similares y complementarias,
incluyendo:
proteger el suelo de la erosin y de que se seque, mejorando los niveles de humedad
y la circulacin del agua;
impedir el desarrollo de malas hierbas, ya sea directamente (al bloquear la luz) o
indirectamente (se sabe que algunas especies actan como herbicidas);
enriquecer el suelo con nitrgeno (abonos verdes de plantas leguminosas) y otros
nutrientes;
crear hbitats para los microorganismos benficos;
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