12 BIOLOGA MOLECULAR PORTAFOLIO JHON HENRY GONZLEZ GUEVARA
CAPITULO I
DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGA MOLECULAR El dogma central de la biologa molecular es un concepto que ilustra los mecanismos de transmisin y expresin de la herencia gentica tras el descubrimiento de la codificacin de sta en la doble hlice del ADN. Propone que existe una unidireccionalidad en la expresin de la informacin contenida en los genes de una clula, es decir, que el ADN es transcrito a ARN mensajero y que ste es traducido a protena, elemento que finalmente realiza la accin celular. El dogma central de la biologa molecular define tres procesos principales en la utilizacin celular de la informacin gentica: El primero consiste en la copia de un DNA progenitor para formar una molcula de DNA hija que tiene una secuencia de nucletidos idntica a la original. El segundo proceso consiste en copiar, en forma de ARN, partes del mensaje codificado en el DNA. El tercer proceso supone en traducir el mensaje gentico codificado en una protena con una secuencia especfica de aminocidos.
1.1. Tipologa de los cidos nucleicos Los cidos nucleicos (AN) fueron descubiertos por Freidrich Miescher en 1869. En la naturaleza existen solo dos tipos de cidos nucleicos: El ADN (cido desoxirribonucleico) y el ARN (cido ribonucleico) y estn presentes en todas las clulas. Los cidos nucleicos son principios inmediatos orgnicos constituidos por carbono, oxgeno, hidrgeno, nitrgeno y fsforo. Los cidos nucleicos tienen al menos dos funciones: trasmitir las caractersticas hereditarias de una generacin a la siguiente y dirigir la sntesis de protenas especficas. Tanto la molcula de ARN como la molcula de ADN tienen una estructura de forma helicoidal. Qumicamente, estos cidos estn formados, como dijimos, por unidades llamadas nucletidos: cada nucletido a su vez, est formado por tres tipos de compuestos: 1. Una pentosa o azcar de cinco carbonos: se conocen dos tipos de pentosas que forman parte de los nucletidos, la ribosa y la desoxirribosa, esta ltima se diferencia de la primera por que le falta un oxgeno y de all su nombre. El ADN slo tiene desoxirribosa y el ARN tiene slo ribosa, y de la pentosa que llevan se ha derivado su nombre, cido desoxirribonucleico y cido ribonucleico, respectivamente.
2. Una base nitrogenada: que son compuestos anillados que contienen nitrgeno. Se pueden identificar cinco de ellas: adenina, guanina, citosina, uracilo y timina.
3. Un radical fosfato: es derivado del cido fosfrico (H3PO4 - ).
La secuencia de los nucletidos determina el cdigo de cada cido nucleico particular. A su vez, este cdigo indica a la clula cmo reproducir un duplicado de s misma o las protenas que necesita para su supervivencia. 1.1.1.ADN Algunos autores definen estructuras que denominan primarias, secundarias, etc. en orden de complejidad creciente, similar a las de las protenas. Las cuatro bases nitrogenadas del ADN se encuentran distribuidas a lo largo de la "columna vertebral" que conforman los azcares con el cido fosfrico en un orden particular, (la secuencia del ADN). Laadenina (A) se empareja con la timina (T) mientras que la citosina (C) lo hace con la guanina. La estructura primaria del ADN est determinada por esta secuencia de bases ordenadas sobre la "columna" formada por los nuclesidos: azucar + fosfato. Este orden es en realidad lo que se transmite de generacin en generacin (herencia). Estructura secundaria: es el modelo postulado por Watson y Crick: la doble hlice, las dos hebras de ADN se matienen unidas por los puentes hidrgenos entre las bases. Los pares de bases estn formados siempre por una purina y una pirimidina, de forma que ambas cadenas estn siempre equidistantes, a unos 11 una de la otra. Los pares de bases adoptan una disposicin helicoidal en el ncleo central de la molcula, ya que presentan una rotacin de 36 con Los AN son polmeros lineales en los que la unidad repetitiva, llamada nucletido (figura de la izquierda), est constituida por: (1) una pentosa (la ribosa o la desoxirribosa), (2) cido fosfrico y (3) una base nitrogenada (purina o pirimidina).
respecto al par adyacente, de forma que hay 10pares de bases por cada vuelta de la hlice. La A se empareja siempre con la T mediante dos puentes de hidrgeno, mientras que la C se empareja siempre con la G por medio de 3 puentes de hidrgeno En cada extremo de una doble hlice lineal de ADN, el extremo 3'-OH de una de las hebras es adyacente al extremo 5'-P (fosfato) de la otra. En otras palabras, las dos hebras son antiparalelas (Figura superior), es decir, tienen una orientacin diferente. Por convencin, la secuencia de bases de una hebra sencilla se escribe con el extremo 5'-P a la izquierda. Estructura terciaria: es la forma en que se organiza esta doble hlice, En los Eucariotas el ADN se encuentra localizado principalmente en el ncleo, apareciendo el superenrrollamiento (trenzamiento de la trenza) y la asociacin con protenas histnicas y no histnicas. El ADN se enrolla (dos vueltas) alrededor de un octeto de protenas histnicas formando un nucleosoma, estos quedan separados por una secuencia de ADN de hasta 80 pares de bases, formando un "collar de perlas" o ms correctamente denominado fibra de cromatina, siendo la estructura propia del ncleo interfsico, que no ha entrado en divisin. Este collar de nucleosomas vuelve a enrollarse y cada 6 nucleosomas constituyen un "paso de rosca" por medio de histoma H1 formando estructuras del tipo solenoide. En el ciclo mittico de las clulas eucariotas la cromatina se enrolla formando cromosomas, que son complejas asociaciones de ADN y protenas. 1.1.2. ARN Una clula tpica contiene 10 veces ms ARN que ADN. El azcar presente en el ARN es la ribosa. Esto indica que en la posicin 2' del anillo del azcar hay un grupo hidroxilo (OH) libre. Por este motivo, el ARN es qumicamente inestable, de forma que en una disolucin acuosa se hidroliza fcilmente. En el ARN la base que se aparea con la A es U, a diferencia del ADN, en el cual la A se aparea con T. Segn las modernas teoras sobre el origen de la vida, parece bastante probable que el ARN fuese el primer biopolmero que apareci en la corteza terrestre durante el transcurso de la evolucin. Se distinguen varios tipos de RNA en funcin, sobre todo, de sus pesos moleculares: RNA MENSAJERO (RNAm) Se sintetiza sobre un molde de ADN por el proceso de transcripcin por el cual se copia el ARN a partir del molde del ADN, pasa al citoplasma y sirve de pauta para la sntesis de protenas (traduccin). RNA RIBOSMICO (RNAr) El RNA ribosmico (RNAr) est presente en los ribosomas, orgnulos intracelulares implicados en la sntesis de protenas. Su funcin es leer los RNAm y formar la protena correspondiente. RNA DE TRANSFERENCIA.( RNAT) Son cadenas cortas de una estructura bsica, que pueden unirse especficamente a determinados aminocidos. ARN corto de interferencia (si ARN: del ingls: short interfering RNA): son componentes de una gran respuesta antiviral denominada interferencia del ARN. Ribo-llaves (ribo-switches) son formas de ARN que actan como llaves "encendido-apagado" de gran precisin. ARNnc : ARN funcional que no codifica para sntesis proteica
1.2. Evolucin de la Biologa molecular. Desde el nacimiento de las ciencias hasta el establecimiento de distintas disciplinas a finales del siglo XIX la vida se concibe desde un punto de vista totalmente mecanicista, reduciendo la clula a sus partes constitutivas. Gracias a este planteamiento se esclarecieron muchos procesos elementales de la fisiologa celular. Esta visin se ve favorecida por los estudios de la herencia y la bioqumica de finales del siglo XIX y principios del XX. La naturaleza qumica de los cromosomas se estaba estudiando simultneamente a la transferencia de los genes. Entre 1868 y 1869, el suizo Friedrich Miescher (1844-1895), siendo estudiante de postdoctorado en el laboratorio de Friedrich Hoppe-Seyler (el acuador del trmino biochimie), en Tubinga, aisl ncleos a partir del pus de los vendajes usa-dos en el hospital. Tras un tratamiento simple, comprob que estaban formados por una nica sustancia qumica muy homognea y no proteica, que denomin Nuclena El modelo del DNA propuesto por Watson y Crick respondiese a la realidad. Quiz por eso se desarrollaron con ms xito la gentica, la embriologa y la bioqumica durante la primera mitad del siglo XX. En 1938 sir William Thomas Astbury (1898-1961) y Florence Bell, de la Universidad de Leeds, proponen que el DNA debe de ser una de fibra peridica, al encontrar un espaciado regular de 0,33 nm a lo largo del DNA mediante estudios preliminares de difraccin por rayos X. En aquel momento Astbury vea que las bases estaban apiladas a 0,33 nm unas de otras, y perpendiculares al eje de la molcula; de hecho, era la distancia que separaba los tetranucletidos. Astbury sigui trabajando desde el punto de vista estructural sobre protenas fibrosas, como las queratinas, en lana. Su preocupacin por la estructura de las molculas hizo que consiguiera en 1945 la primera ctedra de Estructura Biomolecular; adems fue el primer cientfico en denominarse bilogo molecular aprovechando que el trmino biologa molecular haba sido acuado en 1938 por Warren Weaver (1894-1978), La biologa molecular es el dominio de la biologa que busca explicaciones a las clulas y organismos en trminos de estructura y funcin de molculas; las molculas ms frecuente-mente analizadas son las macromolculas del tipo protenas, cidos nucleicos y glcidos, as como conjuntos moleculares del tipo membranas o virus (H. Salter). Este concepto de biologa molecular llev a una tendencia reduccionista de los problemas biolgicos, favoreciendo que lo que se desarrolla-se en primer lugar fuera su vertiente estructuralista, cuyo objetivo era el conocimiento de la estructura atmica. Sin que haya un registro histrico evidente, entre 1950 y1953 la mayor parte de la comunidad cientfica empieza a admitir que el material gentico es el DNA, por lo que comienza una nueva ola de experimentos dedicados a conocer su estructura real. Cantor y David Schwartz desarrollan la electroforesis encampo pulsante para separar molculas de DNA de alto peso molecular. Hoy en da la metodologa y la filosofa de la mayora de los bilogos es casi indistinguible de unas reas a otras. Si bien las distintas disciplinas existen y seguirn existiendo, la forma de trabajar y de abordar los problemas es muy parecida en cada una de ellas. Esto est favoreciendo extraordinariamente la comunicacin entre bilogos de distintas reas de conocimiento, con lo que se mezclan an ms las tcnicas.
CAPITULO II BASES TERICAS DE LAS TCNICAS DE ANLISIS MOLECULAR
1.1. Tcnica del PCR (Reaccin en cadena de la polimerasa) La reaccin en cadena de la polimerasa, conocida como PCR por sus siglas en ingls (Polymerase Chain Reaction), es una tcnica de biologa moleculardesarrollada en 1986 por Kary Mullis, 1 cuyo objetivo es obtener un gran nmero de copias de un fragmento de ADN particular, partiendo de un mnimo; en teora basta partir de una nica copia de ese fragmento original, o molde. Esta tcnica sirve para amplificar un fragmento de ADN; su utilidad es que tras la amplificacin resulta mucho ms fcil identificar con una muy alta probabilidad,virus o bacterias causantes de una enfermedad, identificar personas (cadveres) o hacer investigacin cientfica sobre el ADN amplificado. Estos usos derivados de la amplificacin han hecho que se convierta en una tcnica muy extendida, con el consiguiente abaratamiento del equipo necesario para llevarla a cabo.
1.2. Tcnica de Southern Blot. La tcnica consiste en cortar el DNA con enzimas de restriccin para producir fragmentos de diferente tamao. Los fragmentos se separan por su tamao molecular mediante electroforesis en gel de agarosa y tincin con bromuro de etidio (Rybicki y Purves, 1996). Losfragmentos son luego transferidos a una membrana que acta como filtro. Para ello el gel se sumerge en una solucin salina para denaturarlo a hebras sencillas. Las hebras se adhieren al papel secante quelas recibe y acepta debido a sus propiedades qumicas. Despus los fragmentos se fijan (por UV) al filtro membranoso y pueden ser hibridados con una sonda que se marque radioactivamente y que tenga una secuencia complementaria a la del fragmento en cuestin. Despus de la hibridacin, se lava el filtro y los fragmentos se detectan por radio autografa o mediante fluorescencia (en caso de marcajeno-radioctivo).
El Southern Blot es una tcnica que permite la identificacin de secuencias especficas de DNA, mediante el uso de electroforesis en gel y de hibridacin utilizando sondas especificas. Para analizar una muestra de DNA cromosomal sta debe ser previamente fragmentada, por ejemplo utilizando sonicacin enzimas de restriccin. Los fragmentos obtenidos se separan, de mayor a menor tamao mediante una electroforesis en gel de agarosa. Una vez terminada la electroforesis y sin teir el gel, los fragmentos de DNA se traspasan aun filtro de nitrocelulosa a una membrana de nylon. A continuacin, el filtro se incuba con una sonda marcada, especfica para la secuencia que se desea identificar. Esta sonda es una secuencia de cido nucledo, DNAds RNAm, que reconocer a la secuencia de DNA inmovilizada en el filtro, a travs del reconocimiento de secuencias complementarias de cidos nucledos. El traspaso de las muestras desde el gel al filtro es una etapa esencial, porque el reconocimiento de bases complementarias entre sonda y secuencias de DNA en el gel es muy ineficiente. Cabe sealar que el nombre de la tcnica Southern Blot deriva en parte del apellido Southern del investigador que la desarroll y de la palabra en ingls Blot que significa traspasar. 1.3. Tcnica de Nouthern Blot. Una tcnica de laboratorio que se utiliza para identificar y localizar las secuencias de ARNm que son complementarias a un fragmento de ADN o ARN llamado sonda. Northern blot o anlisis Northern es bsicamente una prueba para detectar la presencia del ARNmensajero en un tejido en particular y la cual permite tambin determinar el tamao de la trascripcin de ese ARN mensajero. El procedimiento se hace transfiriendo todo el ARN mensajero de un tipo determinado de tejido desde un gel a una membrana de nylon o nitrocelulosa. La presencia de un ARN en particular se detecta hibridizando esta membrana con una sonda de cido nucledo, generalmente de cADN o rARN del gen de inters. Es similar a la tcnica anterior, pero permite detectar RNA en vez de DNA (Innis yGelfand, 1990). En sntesis la tcnica consiste en extraer el RNA de las clulas pertinentes y su posterior separacin por tamao mediante electroforesis en gel. Las molculas de RNA son transferidas y unidas al filtro, al igual que en el Southern blot. Despus de la hibridacin con una sonda marcada (y posterior a la deteccin segn el mtodo de marcaje utilizado), las bandas en el gel indican la ubicacin de los tipos de RNA que sean complementarios a la sonda. Teniendo marcadores de RNA de tamao adecuado, se puede conocer el tamao de los RNA que se han identificado. As, la tcnica permite conocer el tamao preciso de un mRNA, luego del empalme transcripcional. Adems, sirve para identificar diferentes tipos de mRNA codificados por un mismo gen y para determinar la cantidad y el tejido especfico (o tipo de clulas) en que se encuentra un mRNA especfico. As, ser posible determinar los niveles de actividad gnica, por ejemplo durante el desarrollo, o bien en distintos tejidos (o tipos celulares) durante un perodo definido de la vida, o despus de haber sido sometido a los organismos a diferentes estmulos fisiolgicos (Russel, 1998).
Es una tcnica muy similar al Southern Blot que permite la identificacin de secuencias especficas de RNA. La muestra de RNA a analizar no requiere fragmentacin y se somete a electroforesis en geles de agarosa, donde las molculas de RNA se separan desde mayor a menor tamao. Una vez terminada la electroforesis, y sin teir el gel, los fragmentos se traspasan a un filtro de nitrocelulosa a una membrana nylon, luego el filtro se incuba con una sonda marcada, especfica para la secuencia que se desea identificar. 1.4. Tcnica de Elisa La tcnica de ELISA (Enzyme Linked InmunoSorbent Assay) es un procedimiento de ensayo inmunoenzimtico. Se basa en la deteccin antgeno(Ag) o anticuerpo (Ac), inmovilizado sobre una fase slida y mediante anticuerpos que directa o indirectamente producen una reaccin, la prueba recurre al empleo de inmungenos, haptenos anticuerpos marcados con una enzima cuyo producto colorido, puede ser medido espectrofotomtricamente.Este principio tiene las propiedades de un inmuno ensayo ideal: es verstil, robusto, simple en su realizacin, emplea reactivos econmicos y consigue, mediante el uso de la fase slida, de una separacin fcil entre la fraccin retenida y la fraccin libre. Tcnica de Westher Blot. Se usa en muchos laboratorios para determinar si un anticuerpo particular est presente en la muestra de sangre de un paciente. Aunque el procedimiento es rutinario y sencillo, involucra a un gran nmero de variables, tales como seleccin de reactivo, temperatura, medicin de volumen y tiempo, que si no se ajustan correctamente puede afectar a los pasos sucesivos y al resultado de la prueba. La interaccin antgeno-anticuerpo en el laboratorio puede ser utilizada para determinar si un paciente tiene una infeccin o una enfermedad autoinmune. Pero como prueba diagnstica, posee diversas limitaciones que conviene conocer: o En primer lugar, un resultado positivo que confirma la presencia de anticuerpos no significa necesariamente que el paciente est enfermo. El cuerpo de una persona que ha estado enferma y que ya se ha recuperado, puede seguir produciendo anticuerpos. Esto originara un falso positivo. o En segundo lugar, hay personas que producen una baja cantidad de anticuerpos, por lo que stos pueden pasar desapercibidos y no ser medidos, dando lugar a un falso negativo. Sera el caso, por ejemplo, de personas que padezcan una inmunodeficiencia, o que se encuentren en el periodo ventana de la infeccin en el momento de realizar la prueba, o que estn infectadas por una cepa extraa. o En tercer lugar, pueden aparecer falsos positivos cuando se da inespecificidad entre antgeno-anticuerpo. En estos casos de diagnstico de enfermedad es recomendable la eliminacin (mediante centrifugacin) de clulas de la sangre que puedan interferir con el ensayo y pueda ocasionar un resultado falso positivo, careciendo aqul de especificidad. Tambin, debemos tener en cuenta que cuando se trata de diagnosticar una enfermedad que posee un valor predictivo positivo bajo en una determinada poblacin, es decir, que esa enfermedad tiene muy baja incidencia en dicha poblacin, es necesario volver a confirmar el resultado positivo mediante otro mtodo de diagnostico independiente. Normalmente, se lleva a cabo un western blot donde se detecta la presencia de varios anticuerpos, simultneamente, frente a la misma infeccin en una muestra. El resultado del western se considera positivo cuando aparecen al menos 5 bandas, que indica que 5 anticuerpos diferentes estn presentes en el sujeto frente a esa infeccin. Entonces es cuando se diagnostica como positivo a dicho paciente. Este principio tiene muchas de las propiedades de un inmunoensayo ideal: es verstil, robusto, simple en su realizacin, mediante el uso de la fase slida, una separacin fcil entre la fraccin retenida y la fraccin libre. 1.5. Tcnica de Westhern Blot El Western blot, o inmunoblot, es una tcnica analtica usada para detectar protenas especficas en una muestra determinada (una mezcla compleja de protenas, como un extracto tisular). Mediante una electroforesis en gel se separan las protenas atendiendo al criterio que se desee: peso molecular, estructura, hidrofobicidad, etc. Hay casi tantas posibilidades como tipos de electroforesis existen. Luego son transferidas a una membrana adsorbente (tpicamente de nitrocelulosa o de PVDF) para poder buscar la protena de inters con anticuerpos especficos contra ella. Finalmente, se detecta la unin antgeno-anticuerpo por actividad enzimtica, fluorescencia entre otros mtodos. De esta forma se puede estudiar la presencia de la protena en el extracto y analizar su cantidad relativa respecto a otras protenas. Esta tcnica es hoy en da imprescindible en varios campos de la biologa, como la biologa molecular, la bioqumica, la biotecnologa o la inmunologa. Existe toda una industria especializada en la venta de anticuerpos (monoclonales y policlonales) contra decenas de miles de protenas diferentes. El Western blot fue desarrollado en el laboratorio de George Stark, en la Universidad de Stanford. El nombre (Western, occidental en ingls) le fue dado por W. Neal Burnette, 5 y consiste en un juego de palabras con una tcnica anloga pero que usa DNA, el Southern (sureo) blot, que en este caso debe su nombre a su descubridor, Edwin Southern. Otras tcnicas que fueron nombradas siguiendo este criterio son el Northern blot (en el que se separa e identifica RNA), el Eastern blot, el Southwestern blot. El Western blot se basa esencialmente en separar las principales estructuras del virus en un gel de poliacrilamida, mediante la aplicacin de corriente elctrica la cual hace correr estas protenas y glicoprotenas de acuerdo a su peso molecular. Una vez separadas, son transferidas a un papel de nitrocelulosa donde se agrega el suero en estudio y si ste tiene anticuerpos contra las estructuras virales nos daremos cuenta por la presencia de bandas. Los resultados que nos informa el laboratorio son tres: un resultado positivo es cuando aparecen mltiples bandas, un resultado negativo es cuando no aparece ninguna banda y un resultado indeterminado es cuando slo aparece alguna o algunas bandas pero que no son suficientes para ser considerado como positivo 1.6. Electroforesis La electroforesis es un mtodo de laboratorio en el que se utiliza una corriente elctrica controlada con la finalidad de separar biomoleculas segn su tamao y carga elctrica a travs de una matriz gelatinosa. Fue empleado por primera vez por en el ao 1937, pero su importancia vino a incrementarse cuando en los aos cincuenta E. L.Durrum y Arne W.K. Tiselius , impulsaron la electroforesis de zona, nombre que se asigno a la separacin de materiales en un campo elctrico en presencia de algn tipo de soporte; aunque este trmino se limito originalmente al anlisis de coloides y partculas submicroscopicas , se ha convertido en estos ltimos aos en una metodologa aplicada a sustancias de bajo peso molecular. Fundamento. Cuando una mezcla de molculas ionizadas y con carga neta son colocadas en un campo elctrico, estas experimentan una fuerza de atraccin hacia el polo que posee carga opuesta, dejando transcurrir cierto tiempo las molculas cargadas positivamente se desplazaran hacia el ctodo (el polo negativo) y aquellas cargadas positivamente se desplazaran hacia el nodo (el polo positivo). El movimiento de las molculas est gobernado tambin por dos fuerzas adicionales; inicialmente la friccin con el solvente dificultar este movimiento originando una fuerza que se opone , por otro lado las molculas tienen que moverse en forma aleatoria o movimiento browniano debido a que poseen energa cintica propia denominado difusin. La energa cintica de las molculas aumenta con la temperatura, por ello a mayor temperatura mayor difusin. Mtodos electroforeticos zonales. Son los ms comunes, dada su alta aplicabilidad en diferentes campos. Son tiles para lograr la separacin de mezclas complejas. Se aplican pequeas cantidades de la disolucin de protenas a un soporte slido, que se impregna con una solucin tampn. Los soportes son en general polmeros y forman un gel poroso que restringe el movimiento de las molculas a travs del medio durante la electroforesis y disminuyen los flujos de conveccin del solvente.
Como soporte han sido utilizados papel (celulosa), almidn, poliacrilamida, agarosa y acetato de celulosa, entre otros. Este mtodo tiene gran poder resolutivo por que se aplica una cantidad pequea de protena a una zona estrecha, mientras que la longitud del trayecto es mucho mayor que la zona de aplicacin. El equipamiento requerido es simple, fuente de poder, cubeta vertical u horizontal donde se colocan el soporte y dos electrodos Los ms utilizados son: Electroforesis en gel de poliacrilamida. Los geles de poliacrilamida se forman por polimerizacin de la acrilamida por accin de un agente entrecuzador, es qumicamente inerte, de propiedades uniformes, capaz de ser preparado de forma rpida y reproducible. Forma, adems, geles transparentes con estabilidad mecnica, insolubles en agua, relativamente no inicos y que permiten buena visualizacin de las bandas durante un tiempo prolongado. Adems tiene la ventaja de que variando la concentracin de polmeros, se puede modificar de manera controlada en el tamao del poro, lamentablemente cada vez se emplea menos en diagnostico debido a su neurotoxocidad. Electroforesis en geles de gradientes. El uso de geles de poliacrilamida que tienen un gradiente creciente de concentracin de archilamida + bisacrilamida, y en consecuencia un gradiente decreciente en el tamao del poro, pueden tener ventajas sobre los geles de concentraciones uniformes de acrilamida. En un gel en gradiente la protena migra hasta alcanzar una zona donde el tamao de poro impida cualquier avance. Una vez se alcanza el lmite del poro no se produce una migracin apreciable aunque no se detiene completamente. Una de las ventajas de este tipo de geles es que resuelve mejor las bandas pues las concentra en regiones ms estrechas, adems de incrementar el rango de pesos moleculares que se pueden resolver en un mismo gel comparado con los de una concentracin fija. Electroforesis en geles de agarosa. La agarosa es un polisacrido (originalmente obtenido de algas, como el agar- agar, pero de composicin homognea), cuyas disoluciones (tpicamente de 0.5 a 2 %) poseen la propiedad de permanecer liquidas por encima de 50 grados C y formar un gel, semislido al enfriarse. Este gel est constituido por una matriz o trama tridimensional de fibras polimricas embebida en gran cantidad de medio lquido, que retarda el paso de las molculas, se usa usualmente para separar molculas grandes de alrededor 20.000 nucletidos.
3.1. Estudio del sistema Opern Un Opern se utiliza como una unidad gentica funcional formada por un grupo o complejo de genes capaces de ejercer una regulacin de su propia expresin por medio de los sustratos con los que interaccionan las protenas codificadas por sus genes. Este complejo est formado por genes estructurales que codifican para la sntesis de protenas (generalmente enzimas), que participan en vas metablicas cuya expresin generalmente est regulada por otros 3 factores de control, llamados: Factor promotor: zona que controla el inicio de la transcripcin del opern, ya que la ARN Polimerasa tiene afinidad por ella. Realmente, como un gen es cada unidad de transcripcin independiente, y puesto que el opern tiene un nico promotor que controla toda su expresin, no hay elementos para decir que se trate de "varios genes" de expresin coordinada; ms correcto sera decir que el opern es un nico gen que codifica un ARNm policistrnico (es decir, con muchos codones de inicio y paro, con lo que a la hora de traducirse dar lugar a varias protenas independientes). Operador: zona de control que permite la activacin/desactivacin del promotor a modo de "interruptor gnico" por medio de su interaccin con un compuesto inductor. Esto lo logra porque tiene secuencias reconocibles por protenas reguladoras. Gen regulador: alguno de los genes del opern pueden codificar factores de transcripcin que se unan al promotor, regulando as la propia expresin del opern. A toda regulacin de la expresin realizada desde dentro del gen u opern se le llama "regulacin en cis", pero puede haber tambin genes muy alejados del opern que codifiquen factores de transcripcin para uno o varios otros genes u operones, y en este caso se hablara de "regulacin en trans". Segn el tipo de regulacin que presenten, los operones se clasifican en inducibles, represibles y constitutivos. Opern inducible Opern inducible es el que en condiciones normales no se expresa, se activa en respuesta a un agente inductor que funciona como Activador, en el momento que el inductor se une al operador, se activa el promotor y comienza la transcripcin de los genes estructurales. El modelo clsico de este tipo de opern es el operon lactosa. Otros ejemplos de operones inducibles son aquellos que codifican para enzimas que participan en el metabolismo de sustratos como operon maltosa, arabinosa, etc. Suelen ser operones que participan en rutas catablicas, para la obtencin de metabolitos energticos. Opern reprimible Opern reprimible o represible es el que en condiciones normales s expresa las protenas estructurales an en ausencia de inductor, en respuesta a un agente represor se activan. El inductor funciona como represor y se une al operador, inhibiendo el funcionamiento del promotor y la transcripcin de los genes estructurales. Ejemplos de este tipo de operon son los operones que codifican para la sntesis de aminocidos, como opern trp, his, etc. Suelen ser operones que participan en rutas anablicas, para la obtencin de monmeros de macromolculas. Opern constitutivo Opern constitutivo es el opern que siempre se expresa, y por lo tanto no estn regulados ni por inductores ni por represores. Aparece en operones que tienen alguna mutacin en alguno de sus elementos reguladores y el sistema de control falla y hace que estn expresando los genes estructurales de manera constitutiva.
3.2. Estudio de elementos genticos mviles. Los elementos genticos mviles son los plsmidos , los virus y los transposones . Adems de los genes que lleva el cromosoma bacteriano, las bacterias pueden contener otros genes llevados en los plsmidos, que son molculas de DNA de doble cadena mucho ms pequeas y tambin circulares. La mayora de los plsmidos pueden ser transferidos de clula a clula. Esta transferencia de DNA por contacto clula a clula se conoce como conjugacin . Parte de los plsmidos puede integrarse reversiblemente al cromosoma bacteriano, en cuyo caso se conocen como episomas . El factor F (de fertilidad) de E. coli es un plsmido presente en las clulas F+ dadoras (machos) y puede ser transferido a las clulas F- (hembras) receptoras; estas clulas pueden transformarse en F+ y transferir, a su vez, el factor F. Cuando el factor F se integra al cromosoma de una clula de E. coli (transformndolas en una clula Hfr), parte del cromosoma o (en raras ocasiones) todo el cromosoma puede ser transferido a otra clula de E. coli por conjugacin. En el momento de la transferencia, el cromosoma se replica por el mecanismo de crculo rodante y una copia de DNA de cadena simple entra a la clula receptora linealmente, de modo que los genes bacterianos penetran uno tras otro, en una secuencia fija. Luego se sintetiza la cadena complementaria. Como la velocidad a la cual los genes bacterianos entran en la clula receptora es constante a una temperatura dada, la separacin a intervalos regulares de las clulas que se conjugan permite mapear el cromosoma bacteriano. Otros elementos genticos mviles son los virus bacterianos o bacterifagos ; estn formados por DNA o RNA envuelto en una cubierta protenica. Dentro de la clula hospedadora, el cido nucleico viral puede utilizar los recursos metablicos de la clula para sintetizar ms molculas de cido nucleico viral y ms protenas virales. Empaquetados en sus cubiertas protenicas, las partculas de virus pueden provocar la lisis celular y escapar de la clula (ciclo ltico) para comenzar un nuevo ciclo de infeccin. El DNA de algunos virus, conocidos como virus atenuados, puede integrarse en el cromosoma del hospedador de la misma manera que un episoma y replicarse junto con el cromosoma iniciando un ciclo lisognico. Cuando se integra en un cromosoma hospedador, el DNA de un virus bacteriano se conoce como profago . De tanto en tanto, los profagos se separan del cromosoma y establecen un nuevo ciclo de infeccin. Los virus pueden servir como vectores de material gentico, transportando genes de una clula a otra, proceso conocido como transduccin . La transduccin general ocurre cuando el DNA hospedador, fragmentado en el curso de la infeccin viral, se incorpora a nuevas partculas virales que llevan estos fragmentos a una nueva clula hospedadora. La transduccin especializada ocurre cuando un profago, al liberarse del cromosoma hospedador, lleva con l, como parte del cromosoma viral, genes del hospedador que luego son transportados a una nueva clula hospedadora. 3.3. Estudio de virus bacterianos. Estos virus infectan a las bacterias. Generalmente tienen una forma complicada, con una cpsida geomtrica, un cuello en el que se inserta una cola o vaina ms o menos larga, y unos apndices de fijacin. En su interior se encuentra el material gentico en forma de ADN o ARN. El bacterifago se fija a la pared bacteriana e inyecta el ADN en el interior mientras que la cpsida no entra en la bacteria. El ADN utiliza la maquinaria celular para expresar su mensaje gentico: se produce la transcripcin de algunos genes, la replicacin del ADN o ARN viral, la transcripcin de genes tardos y la sntesis de las protenas de la cpsida. Posteriormente, en un mecanismo que recuerda a las cadenas de ensamblaje de una fbrica, se ensamblan las nuevas cpsidas, se introduce el cido nucleico, se aade la cola y, mediante una enzima codificada por el virus, se produce la destruccin de la pared bacteriana y la lisis (ruptura) de la clula, con la salida de unos 1.000 bacterifagos por bacteria que infectarn a las clulas vecinas. El proceso es tan rpido y eficiente que se ha utilizado como modelo para estudiar los mecanismos bsicos de la gentica molecular. La mayora de los bacterifagos se reproducen de un modo semejante a ste, el cual se denomina ciclo ltico de multiplicacin. Algunos bacterifagos han desarrollado otra estrategia de multiplicacin ms sutil que se conoce como ciclo lisognico: en ciertos casos, como en el bacterifago lambda, que infecta aEscherichia coli, una vez inyectado el ADN en el interior de la bacteria tiene lugar un proceso de recombinacin homologa entre la molcula de ADN circular del bacterifago y la de la bacteria, y el ADN queda integrado en el ADN del husped.En pocas palabras, el ADN del fago y el de la bacteria se unen.
Se produce entonces la transcripcin de un nico gen del fago, que codifica a una protena que acta como represor, ligndose al operador e impidiendo la expresin del resto de las protenas del fago. El fago, que en este estado se denomina profago, se comporta entonces como un gen y no causa ningn dao a la bacteria; su ADN se replica con el del husped, de modo que cada bacteria hija hereda una copia del mismo. El ciclo lisognico puede transformarse en ltico si se inactiva el represor por cualquier agente (luz ultravioleta u otros). En estas condiciones, el ADN del fago se transcribe, se replica, se sintetizan sus protenas constituyentes y se produce el ciclo ltico, destruyndose la bacteria.
Esta capacidad de destruccin de bacterias que tienen algunos virus llev a algunos investigadores de la extinta URSS a pensar una terapia radicalmente diferente a la tradicional para acabar con algunas de nuestras bacterias patgenas: la fagoterapia. Se trata de encontrar fagos que ataquen a nuestras bacterias patgenas y que por lo tanto las destruyan. Como los fagos bacterianos no tienen ningn efecto sobre el ser humano, este tratamiento sera inocuo, pero eficaz. Podra ser una alternativa al tratamiento tradicional con antibiticos. Con la cada de la Unin Sovitica la investigacin se paraliz, aunque algunos laboratorios estn empezando a reconsiderarla.
4.1. Expresin gentica de los eucariotas. El cromosoma eucariota Los cromosomas de los eucariotas consisten en ADN y protenas que parecen jugar un importante rol en la regulacin de los genes eucariotas. El ADN de cada cromosoma es una larga cadena de ADN bicatenario. El ADN eucariota se presenta en dos formas. La cromatina que es la forma no empaquetada ("uncoiled") y tiene un 50% de protenas. Los cromosomas que son ADN y protenas empaquetados ("coiled") y se forman durante los primeros estadios de la divisin celular. Las protenas asociadas al ADN se conocen colectivamente con el nombre de histonas. Son polipptidos relativamente cortos cargados positivamente (bsicos) y por lo tanto son atrados por las cargas negativas del ADN (cido) Las histonas son sintetizadas en cantidad durante la fase S ( S por sntesis) del ciclo celular. Una de las funciones de esas protenas est relacionada con el empaquetamiento del ADN en la forma del cromosoma: los 2 metros de ADN de la clula humana son empaquetados en 46 cromosomas de un largo combinado de aproximadamente 200 nm. La clula tiene unas 90 millones de molculas de histonas siendo la mayora perteneciente a un tipo conocido como H1. Se conocen cinco tipos de las siguientes histonas (H1, H2A, H2B, H3, y H4 , 8 molculas en total); con la excepcin de la H1 la mayor parte de las histonas de los eucariotas son muy similares. El nucleosoma es la unidad fundamental de "empaquetamiento" del ADN eucaritico. El "carretel" ("core") del mismo consiste en dos molculas de H2A, H2B, H3, y H4; alrededor de las cuales el ADN se enrolla dos veces (1). La histona 1 est fuera del "carretel". Este nivel de empaquetamiento ("packing") se conoce como "cuentas de un collar" (2). El siguiente nivel se conoce como la fibra de 30 nm, cuyos detalles de organizacin no se conocen completamente. Las fibras se condensa a posteriori en dominios en bucle de 300 nm (3). Los dominios son parte de las secciones condensadas (4) (700 nm) de los cromosomas (el cromosoma tiene un ancho de unos 1.400 nm en la metafase) (5). Replicacin del cromosoma de los eucariotas Los nucletidos trifosfatos (en la formas de ATP, GTP, CTP y TTP) se enganchan de acuerdo al modelo semi-conservativo. Otros detalles de la replicacin del ADN son consistentes con los hallazgos en procariotas. El ADN eucariota tiene muchas horquillas de replicacin y tambin sntesis bidireccional. El ADN eucariota se sintetiza mucho ms lentamente que el del procariota, en humanos, a unos 50 nucletidos por segundo y por horquilla de replicacin. Luego de la replicacin el nuevo ADN se asocia inmediatamente con histonas. Regulacin de la expresin gnica en eucariotas La regulacin gentica de los eucariotas, especialmente en los multicelulares se complica por el proceso de diferenciacin que ocurre en los organismos multicelulares. Cada organismo multicelular comienza como una sola clula llamada cigoto que se divide por mitosis. Las clulas se diferencian en variados tipos funcionales utilizando algunos genes e ignorando otros. Los genes hometicos (Homeobox genes) dirigen la organizacin general del cuerpo y la posicin de los rganos en respuesta a un gradiente de molculas regulatorias. El momento ("timing") en que se expresa un determinado gen parece seguir una secuencia, tal como la produccin de hemoglobina fetal en los glbulos rojos de los mamferos, que cambia a hemoglobina adulta poco antes del nacimiento. Claramente la inactivacin de ciertos genes ocurre en cada adulto y ello est relacionado con el cncer, la prolongacin de la vida y tanto otro... Tipos de cromatina La heterocromatina es una cromatina que se tie ms fuerte y es ms condensada. Laeucromatina se tie dbilmente y es ms "abierta" o sea es menos condensada. La eucromatina permanece dispersa (no condensada) durante la interfase, momento donde ocurre la transcripcin del ARN. Algunas regiones de la heterocromatina parecen ser estructurales (como la heterocromatina que se encuentra cerca de la regin de los centrmeros). Los cuerpos de Barr (cromosomas X irreversiblemente inactivados), son tambin heterocromatina condensada. Otras regiones de heterocromatina varan de clula a clula. A medida que la clula se diferencia, la proporcin heterocromatina/eucromatina se incrementa, reflejando la especializacin de la clula a medida que se diferencia. Los cromosomas "plumosos" de los insectos tienen en sus "plumas" o lazos ("loops or puffs") reas de sntesis activa de ARN sugiriendo, nuevamente que los genes activos estn situados en la eucromatina. Los eucariotas tambin tienen protenas especficas que intervienen en los procesos de sntesis en manera similar a la de los procariotas, sin embargo, tal como cabra esperarse el proceso es mucho ms complicado. 4.2. Mutacin. La mutacin es la nica fuerza que genera variabilidad gentica en las poblaciones, por la creacin de genes mutantes nuevos sin necesariamente conocer su efecto en un individuo ni en la poblacin, siendo las que determinan el proceso evolutivo de las especies. La mutacin gnica se define como cualquier cambio sbito en la estructura de un gen que determine un efecto gentico, es decir, incluso el cambio de una base en la secuencia de aminocidos podra determinar un nuevo efecto sobre la funcin definida para ese gen, ser una mutacin. Adems una mutacin siempre es aleatoria (sbita) en su efecto, es decir, las mutaciones no se pueden asegurar previamente si sern positiva, negativa o neutra, slo una vez que ocurren deben sufrir un proceso de adaptacin a largo plazo para definitivamente permanecer y llegar a producir un cambio significativo de la frecuencia gnica en la poblacin
TIPOS DE MUTACIONES Puntuales y pseudopuntuales * Cambios de base Transiciones: Purina por purina y pirimidina por pirimidina Transversiones: Purina por pirimidina y pirimidina por purina * Desfases (cambio en el nmero) Delecin Insercin Cromosmicas Deleciones Duplicaciones Inversiones Translocaciones Las mutaciones pueden ser espontneas mediante varios mecanismos diferentes, incluyendo errores de replicacin del DNA y lesiones fortuitas de ste; o mediante mutgenos. Los mutgenos son agentes que aumentan la frecuencia de mutagnesis, generalmente alterando el DNA y en este caso son inducidas. MUTACIONES ESPONTNEAS Errores en la replicacin del DNA Durante la sntesis del DNA puede producirse un error en la replicacin porque se forme un emparejamiento ilegtimo de nucletidos como A-C que da lugar a la sustitucin de una base por otra. Cada una de las bases aparece en el DNA en una de varias formas llamadas tautmerosque son ismeros que se diferencian en las posiciones de sus tomos y en los puentes que se forman entre ellos. Esas formas estn en equilibrio. La forma ceto es la que se encuentra normalmente en el DNA mientras que las formas imino o enol son menos frecuentes. La capacidad del tautmero menos frecuente de una base de emparejarse errneamente y producir mutaciones durante la replicacin del DNA fue puesta de manifiesto por primera vez por Watson y Crick. A estos emparejamientos errneos se les llama cambios tautomricos. Tambin pueden ocurrir emparejamientos errneos cuando una de las bases se ioniza, esto sucede con ms frecuencia que los cambios tautomricos. Transiciones Todos los emparejamientos errneos anteriores producen mutaciones por transicin, en las que una purina es sustituida por otra purina y una pirimidina es sustituida por otra pirimidina. Transversiones No pueden realizarse por emparejamientos errneos como los debidos a cambios tautomricos. Pero s pueden realizarse si una base sufre un cambio tautomrico mientras que la otra base rota sobre su enlace glucosdico y quedan enfrentadas sus cargas. Desaminacin Es una de las ms frecuentes debido a la inestabilidad qumica, afectando gravemente a la replicacin del ADN provocando transiciones. En este caso la base se modifica antes de la replicacin debido a los radicales que provoca el metabolismo. La desaminacin de citosina produce uracilo, as los residuos de uracilo que no sean reparados se emparejarn con adenina durante la replicacin produciendo la conversin de un par GC en uno AT, se produce una transicin. Cambios de fase Estas mutaciones pueden ser inserciones o deleciones. Las inserciones se producen por un deslizamiento o "resbaln" de la cadena sintetizada con lo que se forma un lazo de varios pares de bases. En la siguiente ronda de replicacin se aadirn tantas bases como comprenda el lazo ya que cuando se produce el "resbaln" sigue replicndose por donde se qued antes del "resbaln". Las deleciones se producen por un deslizamiento o "resbaln" de la cadena molde, como las que hay que copiar no se pueden no se aaden a la caden hija. Despurinizacin El ADN pierde de alguna manera alguna de sus bases y si hay un hueco la reparacin introduce una base. La frecuencia de las mutaciones espontneas es generalmente baja. EFECTOS DE LOS CAMBIOS Se expresan cuando el gen pasa a su protena correspondiente. Los efectos de los cambios pueden ser: Cambios de sentido: se cambia un aminocido por otro Sin sentido: la mutacin se produce porque se transforma en un codn de terminacin. Desfases: si hay una delecin de la base, la pauta de lectura cambia y se produce un gran cambio en la protena y es muy grave. Mutaciones silenciosas: son mutaciones sin efecto: UUU (Phe)---> UUC (Phe) El aminocido que cambia es muy parecido y la protena sigue funcionando. En eucariotas tienen un efecto muy grave ya que pueden provocar enfermedades, se dan sobre todo, cuando hay una delecin de 5.000 pb (pares de bases) que afecta a dos genes y producen la enfermedad como problemas respiratorios de inteligencia. MUTACIONES INDUCIDAS Existen puntos de un gen donde la mutacin es ms frecuente se llaman PUNTOS CALIENTES. Al genotipo silvestre o salvaje se le utiliza como patrn y en el que se produce la variacin se le llama mutante. Una estirpe mutante puede cambiar a otra y luego volver a la inicial, a esto se le llama regresin. Los mutantes se inducen con mutgenos que son de varios tipos y cada uno induce una mutacin distinta, aunque suele ser al azar. Los mutgenos son de varios tipos: Mutgenos Qumicos Algunos compuestos qumicos son suficientemente parecidos a las bases nitrogenadas normales del DNA para, ocasionalmente, incorporarse a ste en lugar de las bases normales, tales compuestos se llaman anlogos de bases. Una vez en su sitio tienen propiedades de emparejamiento distintas de aquellas a las que han sustituido, de este modo, causan mutaciones al provocar que, durante la replicacin, se inserten frente a ellas nucletidos incorrectos. El anlogo de base original slo estn en una cadena sencilla pero puede provocar el cambio de un par de nucletidos que se replica en todas las copias de ADN descendientes de la cadena original. Ejemplos son: 5-bromurouracilo, 2-aminopurina. Modificadores de bases: cido nitroso: provoca una desaminacin que modifica las bases C-->U, G--->X, con lo que se produce un apareamiento errneo. Hidroxilamina: provoca una transicin de G-->A y se da principalmente en bacterias. Agentes alquilantes: introducen grupos alquilo a las cuatro bases en muchas posiciones, produciendo transiciones, etilmetanosulfonato y la nitrosoguanidina. Agentes intercalantes: son molculas planas que imitan pares de bases y son capaces deddeslizarse entre las bases nitrogenadas apiladas en el ncleo de la doble hlice, mediante un proceso de intercalacin. En esta posicin el agente puede producir deleciones o deleciones de un par de nucletidos. Algunos agentes intercalantes son: proflavina, naranja de acridina y ICRs.
Prdida del emparejamiento especfico: Un gran nmero de mutgenos daan una o ms bases, haciendo imposible el posterior emparejamiento especfico. El resultado es un bloqueo en la repliacin, puesto que la sntesis del DNA no sigue ms all de una base que no puede especificar una complementaria mediante puentes de hidrgeno. Este fallo es replicado por el mecanismo SOS. Radiaciones UV que producen dmeros de timina, rayos X y las radiaciones gamma que rompen el DNA.