Protemica

Cmo abordamos el
estudio y comprensin de
un sistema biolgico?
Genoma: representacin estatica de
una sistema biolgico.
Transcriptoma: representacin de la
expresin gnica en estado fisiolgico
determinado.
Proteoma: Visin integrada de
las protenas en un proceso
biolgico.
1. Si y cundo un RNA se traduce.
2. La concentracin relativa de productos gnicos.
3. Modificaciones postraduccionales.
4. Represiones y sobreexpresiones gnicas.
5. Fenotipos resultantes de la actuacin de mltiples
genes.
A partir de la secuencia del DNA no se
puede predecir:
Sistemtico: estudio global de la expresin
proteica, es decir, identificacin de todas las
protenas en referencia a un estado fisiolgico
determinado.
Pragmtico: propone comparar la
expresin proteca de dos situaciones
fisiolgicas y establecer mapas
bidimensionales.
La protemica plantea objetivos
complementarios:
1. Sistemtico. Analizar:
Modificaciones postraduccionales.
Localizacin subcelular.
Interaccin con otras molculas.
Estado fisiolgico de la toma de muestra.
2. Pragmtico. Estudios de expresin diferencial
de protenas en diferentes estados fisiolgicos:
Medicina.
Toxicologa.
Farmacologa.
Aplicacin
1. SEPARAR LAS PROTENAS
Preparar la muestra.
Tecnicas de separacin:
Cromatografa.
Electroforesis 2D.
2. MEDIR ALGUNA PROPIEDAD INTRINSECA:
Masa, espectrometra de masas.
3. COMPARACIN CON BASES DE DATOS.
PMF = Peptide Mass Fingerprinting.
Cmo se caracteriza una mezcla
proteica?
Isoelectroenfoque
Una solucion de
anfolitos es
incorporada en
un gel
Se genera un
gradiente estable
de pH tras la
aplicacin de un
campo elctrico

Se aade una
solucin con
protenas y se
reaplica un
campo elctrico

Tras la tincin, las
protenas aparecen
distribuidas a lo largo
del gradiente de pH
de acuerdo con su
valores de pI

Electroforesis bidimensional
Primera
dimensin:
Isoelectroenfoque

Segunda
dimensin:
Electroforesis en gel
de poliacrilamida/SDS
El gel de
isoelectroenfoque se
situa en un gel de de
poliacrilamida/SDS
Mas de 1000 protenas de E. coli
Geles bidimensionales
Espectrmetro de masas
ICAT
Identificacin y
caracterizacin de
protenas por
espectrometra de
masas
Identificacin y
caracterizacin de
protenas por
espectrometra de
masas