ENZIMAS

ENZIMAS
Las enzimas son protenas con funcin cataltica Las enzimas son catalizadores biolgicos que permiten que las reacciones metablicas ocurran a gran velocidad en condiciones compatibles con la vida. En las clulas, la actividad secuencial de muchas enzimas permite que las molculas se degraden, o bien se formen molculas de mayor tamao a partir de molculas sencillas. Desde el punto de vista qumico, las enzimas son protenas globulares, algunas de ellas con estructura cuaternaria. Para cumplir su funcin requieren conservar su estructura nativa, en particular se destaca una regin conocida como sitio activo, que es responsable de catalizar la reaccin. Las enzimas se clasifican de acuerdo al tipo de reaccin que catalizan Las enzimas pertenecen a seis grupos que aparecen a continuacin: 1. Oxidoreductasas, actan en reacciones de oxidoreduccin y se las llama tambin deshidrogenasas. 2. Transferasas, transfieren grupos funcionales de un compuesto a otro. Las quinasas representan un grupo especializado que transfiere grupos fosfato. 3. Hidrolasas, rompen un enlace adicionando una molcula de agua. 4. Liasas, rompen enlaces por mecanismos distintos a la hidrlisis o la oxidacin. Las decarboxilasas y aldolasas son ejemplos de liasas. 5. Isomerasas, catalizan reacciones de interconversin de ismeros. 6. Ligasas, unen molculas utilizando energa proveniente del ATP. Tambin se llaman sintetasas. El nombre de cada enzima hace referencia al sustrato y al tipo de reaccin que cataliza. La denominacin sistemtica de una enzima se realiza segn reglas nomenclaturales mediante cuatro nmeros precedidos de la abreviatura E.C. (Enzymatic Code). Por ejemplo, la enzima que reduce el nitrgeno atmosfrico a amonio en los rizobios, la nitrogenasa, es la E.C.1.18.6.1. Hay enzimas que para actuar necesitan un componente no proteico Algunas enzimas para actuar requieren un componente adicional que se llama cofactor. Los cofactores pueden ser inorgnicos (Fe+2, Mn+2, Zn+2, etc.) o molculas orgnicas complejas llamadas coenzimas. Las coenzimas derivan de vitaminas o son la vitamina misma. Las enzimas son protenas eficientes, especficas y regulables Las enzimas son catalizadores biolgicos que, como los catalizadores qumicos, aceleran reacciones y no se consumen durante la reaccin, por lo que pueden intervenir muchas veces catalizando la misma reaccin: son molculas eficientes. A diferencia de otros catalizadores, las enzimas tienen un sitio activo que les permite unir y orientar las molculas que intervienen en la reaccin y de esa forma maximizan la posibilidad de formacin o ruptura de enlaces necesarios para la obtencin de productos. El interior de la clula es denso y, aunque los sustratos y las enzimas estn en nmero relativamente pequeo, se pueden encontrar y dar lugar al complejo ES porque estn en continuo movimiento. Las enzimas se mueven ms lentamente que los sustratos y la velocidad de encuentro va a depender de la concentracin de sustrato presente. El sitio activo tiene una forma determinada por el ordenamiento espacial de los -R que es nica y que es reconocida por su sustrato. Esta es la base de otra de las caractersticas de las enzimas que es su especificidad. 11

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En el sitio activo los grupos -R estn prximos debido a los plegamientos originados por las estructuras secundaria y terciaria, a pesar de que estn alejados en la estructura primaria de la enzima. Estos -R participan en la reaccin, algunos uniendo y orientando el sustrato y otros, formando o rompiendo enlaces. Algunas enzimas presentan especificidad absoluta porque la topografa del sitio activo adems de ordenada es rgida lo que se ha esquematizado con el modelo de llave-cerradura. Sin embargo, muchas enzimas presentan especificidad relativa porque pueden catalizar el mismo tipo de reaccin con ms de un sustrato estructuralmente similar o permitir la unin de un sustrato no complementario que igual permita la formacin de productos.

En el metabolismo, el producto de la accin de una enzima es el sustrato de la siguiente enzima y aunque las reacciones tienden al equilibrio, no llegan nunca a l porque los sustratos y productos estn en continua transformacin. El conjunto de reacciones que forman una va metablica est controlado por enzimas cuya estructura vara segn la concentracin de sustratos, productos, compuestos intermedios o de productos finales de las mismas: las enzimas son regulables. Las enzimas no modifican la constante de equilibrio sustrato producto, lo que hacen es bajar la energa de activacin, aumentando la velocidad de reaccin para alcanzar el equilibrio. Las enzimas tienen un pH y una temperatura ptimos Las enzimas son catalizadores biolgicos que tienen una configuracin nativa determinada por las fuerzas estabilizadoras de la protena. Cualquier factor externo que altere esas fuerzas va a modificar la actividad de la misma. La grfica muestra la variacin de la actividad de una enzima mitocondrial a distintos pH.

Modelo llave-cerradura modelo de ajuste inducido.

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Los valores de pH o temperatura ptimos varan segn la enzima pero en todos los casos permiten que la estructura del sitio activo sea la ms adecuada para la catlisis. La cintica enzimtica ayuda a conocer el mecanismo de reaccin La cintica enzimtica estudia las velocidades de las reacciones catalizadas por enzimas y su variacin frente a cambios de parmetros experimentales. La velocidad de una reaccin qumica corresponde al nmero de molculas de reactivo(s) que se convierten en producto(s) por unidad de tiempo y depende de la concentracin de los compuestos includos en el proceso y de la constante de velocidad que es una caracterstica de la reaccin. Por ejemplo, la conversin reversible de A en B tiene una velocidad de reaccin directa cuya ecuacin es: v= k+1 [A] y otra inversa que es v inversa = k-1 [B] donde k+1 y k-1 son las constantes de velocidad y [A] y [B] simbolizan las concentraciones de A y B respectivamente. En el equilibrio, las dos velocidades son iguales lo que lleva a definir la constante de equilibrio de la reaccin (Keq) Keq = k+1/k-1 = [B] / [A] Todas las enzimas actan en general de la misma manera, an cuando el mecanismo de accin de cada enzima es nico. Los reactivos y los productos estn en concentraciones cientos o miles de veces mayores que las de la enzima en una reaccin enzimtica tpica. Por lo tanto, cada molcula de enzima cataliza la conversin en producto de varias molculas de reactivo. A los reactivos en bioqumica los llamamos sustratos y su conversin en productos ocurre en el sitio activo de la enzima. El complejo que se forma cuando el sustrato y la enzima se combinan se llama complejo enzima-sustrato (ES). Entre la unin del sustrato a la enzima y la reaparicin de enzima libre y productos se producen una serie de pasos que se resumen a continuacin:

La cantidad de producto formado a partir de una determinada concentracin de sustrato y de enzima vara con el tiempo. Solamente en los primeros minutos de la reaccin existe una relacin lineal entre el producto formado y el tiempo. La velocidad de la reaccin calculada a partir de los datos de esos primeros minutos, es lo que llamamos velocidad inicial (Vo) y este es el trmino al que nos referiremos de ahora en adelante cuando hablemos de velocidad. La velocidad (Vo) de una reaccin enzimtica se puede medir por la variacin de la cantidad de sustrato transformado, o la cantidad de producto formado por unidad de tiempo. En algunas reacciones en las que intervienen coenzimas, la velocidad puede medirse por la cantidad de coenzima transformada por unidad de tiempo en lugar de medir el sustrato o el producto. Las reacciones catalizadas por enzimas tienen cintica de saturacin Cuando se miden las velocidades iniciales (Vo) de una reaccin enzimtica con distintas concentraciones de sustrato [S] en las mismas condiciones de pH y temperatura y manteniendo constante la concentracin de enzima [E], se obtiene una curva como se representa a continuacin:

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Para valores bajos de [S] la vo aumenta en forma directamente proporcional a la [S]. En ese tramo, cada vez ms molculas de S forman el complejo ES y la reaccin tiene cintica de primer orden. En este caso la reaccin se representa como Vo k [S] 1 A determinada [S], todas las molculas de S estn formando ES y entonces la vo se hace independiente de la [S], la cintica de la reaccin es de orden 0 y se alcanza la Vmx. En este caso la reaccin se representa como vo k [S] 0. La reaccin en presencia de mayor [S] no produce mayor velocidad porque todas las molculas de enzima estn saturadas con sustrato. La relacin entre la Vo y [S] se puede expresar cuantitativamente La cintica de las reacciones esquematizadas anteriormente fue caracterizada por los investigadores Michaelis y Menten. La ecuacin de Michaelis-Menten es: Vo = Vmx . [S] Km + [S] (1)

Esta ecuacin es una descripcin cuantitativa de la relacin entre la velocidad (vo) de una reaccin catalizada por una enzima, la concentracin de sustrato [S] y dos constantes Vmx y Km (constante de Michaelis). Esta ecuacin es una hiprbola equiltera con coordenadas vo y [S] y donde Vmx es la asntota de la grfica. La ecuacin puede ser usada para demostrar que la concentracin de sustrato necesaria para alcanzar la mitad de Vmx, es numricamente igual a Km. Las unidades de Km son, por lo tanto, unidades de concentracin, usualmente molaridad. Km puede definirse como la [S] a la que la enzima alcanza la mitad de su velocidad mxima o la [S] a la que la mitad de las molculas de enzima estn formando ES. En condiciones definidas de pH y temperatura, los valores de Km y Vmx son las constantes cinticas de una determinada enzima frente a su sustrato. Km y Vmx se calculan por el mtodo de las inversas

La forma de determinar Km por el mtodo grfico definido antes, no es la usada en la prctica; rara vez se llega a medir Vmx por problemas tales como la solubilidad del sustrato a concentraciones altas. Se utiliza entonces, la transformacin de la ecuacin (1) realizada por Lineweaver-Burk que consisti en tomar la inversa de cada trmino. La ecuacin queda como : 1 = Km . 1 + 1 Vo Vmx [S] Vmx (2)

La representacin grfica con coordenadas 1/vo y 1/[S] es una recta. El corte de la recta con el eje de las ordenadas permite calcular Vmx y el corte con el eje de las abscisas permite calcular Km.

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Las enzimas pueden ser inhibidas por molculas especficas Algunos antibiticos, medicamentos quimioteraputicos, insecticidas y herbicidas son sustancias que interfieren en el funcionamiento de enzimas especficas. En las clulas naturalmente se producen inhibiciones de enzimas lo que se conoce como biorregulacin. Los inhibidores pueden unirse reversible o irreversiblemente a las enzimas. Los inhibidores irreversibles se unen covalentemente a residuos aminoacdicos de la enzima impidiendo su accin. Este es el efecto de Hg+2, Pb+2 , los gases neurotxicos y los compuestos arsenicales. Los inhibidores reversibles se unen a la enzima por el mismo tipo de interacciones que se producen entre las enzimas y los sustratos y dentro de ellos se encuentran los inhibidores competitivos y no competitivos. Inhibicin competitiva Cuando un inhibidor competitivo (Ic) y un sustrato S estn en presencia de una enzima, compiten entre s por ocupar el sitio activo de la misma. El inhibidor competitivo tiene generalmente una estructura similar a la del sustrato por lo que tiene posibilidad de formar un complejo EIc que no permite formar el complejo ES. El complejo EIc no da productos y disminuye el nmero de molculas de E libres en condiciones de interaccionar con el S. Por eso la cantidad de producto formado con la misma cantidad de sustrato es menor en presencia de inhibidor competitivo. La unin del inhibidor competitivo a la E es reversible y por eso se puede aumentar el nmero de molculas de E libre aumentando la [S]. Las sulfas que inhiben pasos metablicos exclusivos de bacterias y el fluoruracilo que se usa para tratar el cncer, son ejemplos de inhibidores competitivos. A nivel de bioregulacin se puede citar como ejemplo la inhibicin por producto cuando se empieza a acumular el producto de una reaccin. En la figura se esquematizan la interaccin enzima sustrato y el mecanismo de accin de dos tipos de inhibidores.

Inhibicin no competitiva

Cuando el efecto de una sustancia inhibidora no se puede revertir aumentando la [S], el inhibidor es no competitivo. Este compuesto se une a un sitio distinto al sitio activo y por eso puede formarse el complejo 15

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enzima-sustrato-inhibidor (EIS) que no da productos. De hecho, la presencia del inhibidor acta como si disminuyera la [E] presente y por eso nunca se llega a la Vmx por ms que se aumente la [S]. Las molculas de E libre que estn en condiciones de actuar y dar producto, se comportan como si no hubiera inhibidor y por eso el Km de la reaccin no vara. Las modificaciones de las constantes cinticas de una enzima frente a un inhibidor competitivo y a uno no competitivo, se presentan en la figura siguiente:

Enzimas alostricas

La mayora de las enzimas que catalizan reacciones sucesivas en las vas metablicas tienen cintica de Michaelis Menten. Sin embargo la regulacin de la va est a cargo de enzimas alostricas que tienen una cintica distinta. Las enzimas alostricas catalizan pasos ubicados al principio de la va o en puntos de ramificacin de la misma y su actividad est modulada por la unin de molculas fisiolgicamente importantes que se conocen como efectores o moduladores. Adems del sitio activo, estas enzimas tienen sitios alostricos a los que se unen los moduladores alostricos. La unin del modulador al sitio alostrico origina cambios conformacionales que se trasmiten a travs de la molcula de la protena hasta el sitio activo alterando las propiedades catalticas de la enzima. Los que incrementan la actividad cataltica, se conocen como moduladores positivos. Los que reducen o inhiben la actividad cataltica son moduladores negativos.

Un ejemplo de regulacin alostrica en una va metablica es la inhibicin por retroalimentacin donde la acumulacin de producto final acta como modulador negativo de la primera enzima de la va como se esquematiza a continuacin. 16

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Modificaciones covalentes

Existen enzimas que se regulan por el pasaje de una forma activa a inactiva debido a la formacin o rotura reversible o irreversible de enlaces covalentes. En muchos casos no es suficiente la modulacin alostrica para la regulacin de todas las vas metablicas. Por eso algunas enzimas tienen un mecanismo rpido de regulacin que permite el pasaje de una forma activa a una forma inactiva. Un ejemplo de este tipo de regulacin es la unin de un grupo fosfato a un OH de un residuo de aminocido de la molcula de enzima que permite la transformacin de una forma en otra. Esta es una modificacin covalente reversible.

La transformacin de zimgenos en enzimas activas es un tipo de modificacin covalente irreversible. Esto ocurre en enzimas en las que se elimina parte de la cadena proteica y, como consecuencia, el nuevo ordenamiento (plegamiento) permite la formacin del sitio activo en la molcula. Este es el caso de la transformacin de pepsingeno, tripsingeno o quimiotripsingeno en enzimas proteolticas activas. En las clulas eucariotas la compartimentacin es otra forma de regular el funcionamiento simultneo de distintas reacciones; por ejemplo la degradacin de los cidos grasos ocurre en la mitocondria y su sntesis en el citoplasma.

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