Ligamiento y mapas genticos

Objetivos tema 5: Ligamiento y cartografa gentica (mapas)

Debern quedar bien claros los siguientes puntos
Los conceptos de ligamiento, recombinacin y entrecruzamiento Cmo calcular las frecuencias de recombinacin en loci ligados Construccin de mapas genticos a partir de cruzamientos pruebas de 2 y 3 factores (puntos) Interferencia y coeficiente de coincidencia Demostracin citolgica del entrecruzamiento Anlisis de ttradas en hongos ascomicetos Recombinacin mittica Cartografa gentica en humanos

Ligamiento y recombinacin en bacterias y virus

Ligamiento: Asociacin de genes en el mismo cromosoma formando grupos de ligamientos

Ligamiento total A A a a B B b b a a A A B

B
b

Genotipo F1 AB / ab

b Gametos (100% gametos parentales) 50 % AB 50 % ab 3

Segregacin independiente (no ligamiento, 2a ley de Mendel) gametos

Genotipos F1 A B -- -a b
A A a a B B b b

AB

A A

B B b b

Ab

A A

aB

a a

50% recombinanB tes B

ab

a a

b b

Proporcin 1:1:1:1

Mensaje: La frecuencia de gametos recombinantes (FR) debe estar entre el ligamiento total (0%) y la segregacin independiente (50%) 0% FR 50%
5

Ligamiento:

Descubrimiento del ligamiento (Morgan con mutantes de Drosophila melanogater)

Mutantes de Drosophila melanogater

Estudio del ligamiento con mutantes
+: salvaje Cy: Curly sd: scalloped

+: salvaje
ap: aptera vg: vestigial dp: dumpy

w: white

sepia

Bar

D: Dichaete

c: curved

Ligamiento:
Simbolismo del ligamiento Configuracin en acoplamiento o cis -> AB/ab Configuracin en repulsin o trans -> Ab/aB Prueba de ligamiento: desviacin de la proporcin 1:1:1:1 en un cruzamiento prueba de un dihbrido

Grupos de ligamiento en Drosophila

Cruzamiento prueba:
Genotipos P AA BB AB Aa Bb Gametos AB aa bb ab X ab Aa Bb A- Baa bb Cruzamiento prueba

Gametos P
F1

Ab aB
ab

Aa bb aa Bb aa bb

A- bb aa Baa bb

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 10 Fenotipos Genotipos

Mensaje: El cruzamiento prueba permite inferir las proporciones de los gametos que se forman en el doble heterocigoto
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 11

Recombinacin: la generacin durante la meiosis de genotipos haploides distintos de los genotipos parentales
Gametos P AB ab

F1

Aa Bb

AB Gametos

ab Ab
aB

Gametos parentales Gametos recombinantes

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 12

Recombinacin:

Recombinacin intercromosmica: genes (loci) en diferentes cromosomas (leyes de Mendel)

Genotipos F1 A B -- -a b
A A a a B B b

AB Ab aB

A A
A A a a a a

B
B

b
b B B b b

50% recombinantes

ab

Recombinacin intracromosmica: genes situados en el mismo cromosoma ---> Tema 5: Ligamiento y mapas genticos Entrecruzamiento

Proporcin 1:1:1:1

13

Entrecruzamiento (Crossover): El

intercambio de cromtidas no hermanas entre cromosomas homlogos durante la meiosis por un proceso de rotura y reunin del DNA
Cromosomas en la meiosis
Meiosis sin entrecru zamiento entre los genes Meiosis con entrecru zamiento entre los genes A A a a B B b b

Productos meiticos
A A a a B B b b

A A a a

B B b b

A A a a

B b B b

Recombinantes
14

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

Meiosis y entrecruzamiento

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

15

Entrecruzamiento visto mediante microscopa electrnica

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

16

Entrecruzamiento visto mediante microscopa electrnica

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

17

Entrecruzamiento en el nivel del DNA

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

18

Migracin ramal

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

19

Cartografa gentica:
La cartografa gentica asigna el lugar cromosmico de un gen (o locus) y su relacin de distancia con otros genes (o loci) en un cromosoma dado

A. Sturtevant (1913). La distribucin y el orden lineal de los genes se pueden establecer experimentalmente mediante el anlisis gentico
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 20

Supuesto: las frecuencias de entrecruzamiento, y por tanto la frecuencia de recombinacin, depende de la distancia entre genes
A B C

Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.m.) o el centimorgan (cM) --> La distancia entre genes (loci) en los Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 21 que la frecuencia de recombinacin es del 1%

Meiosis 1

4
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 22

Mayor distancia entre loci --> Mayor nmero de entrecruzamientos Ms Entrecruzamientos ---> Ms Recombinacin A mayor frecuencia de recombinacin mayor la distancia entre loci
El nmero de etrecruzamientos por meiosis y por cromosoma se puede representar por una distribucin aleatoria de Poisson, con media

e f (i ) i!

1 FR (1 e ) 2 ln(1 2 FR)

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

23

Mapa a partir de cruzamientos prueba de dos puntos (dos loci en el mismo cromosomas)
Se determina la distancia 2 a 2 entre loci y stas se suman para estimar la distancia gentica total de un cromosoma A B

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Experimento de Morgan pr = Ojos Prpura vg = Alas vestigiales Ambos alelos son recesivos respecto al salvaje P F1 pr+ pr+ vg+ vg+ X pr pr vg vg pr+ pr vg+ vg X Fenotipos F 2 pr+ vg+ pr vg pr+ vg pr vg+ 1339 1195 151 154 ____ 2839 pr pr vg vg

Ejemplo:

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Metodologa
Normalmente heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> AB/ab X ab/ab No se observa en la F2 la proporcin fenotpica 1:1:1:1, y la proporcin no es predecible a priori porque depende de la distancia entre los genes estudiados Las dos clases mayoritarias corresponden a los gametos no recombinantes (parentales), y las minoritarias a los recombinantes (no parentales) La frecuencia de recombinacin (recombinantes/total X 100) refleja la distancia gentica entre los dos genes. Una unidad de mapa o centimorgan (1cM) = 1% de recombinantes Se ordernan tres genes cuyas distancias se han medido dos a dos
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 26

Fenotipos F 2 pr+ vg+ pr vg pr+ vg pr vg+ 1339 1195 151 305 154 ____ 2839

Proporcin no 1:1:1:1. Un test de 2 es muy significativo FR = 305/2839 = 0,107 = 10,7 cM pr vg

10,7 cM Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Orden de los genes

Se han estudias tres pares de genes y estas son las distancias entre ellos: distancia A-B = 12; distancia B-C = 7; y distancia A-C = 5

Cul es el orden de los genes? Las distancias deben ser aditivas y consistentes entre s
Supongamos las tres ordenaciones posibles

Orden de los genes

Ordenaciones posibles Caso 1: Marcador A est en el medio: B B 7

12

A A C

Caso 2: Marcador B est en el medio: A B B 12 A C 5 Caso 3: Marcador C est en el medio: A A 5 12 C B 7

Aditividad

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Las distancias de mapa no son completamente aditivas

A B C

FR = x A

FR = y C

FR < x + y
25,4 La mejor estima distancia, suma (b-pr) + (pr-c)

b 5,9 pr

19,5

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 30 23,7 Distancia experimento dos puntos b-c

Relacin entre frecuencia de recombinacin y entrecruzamiento (o distancia real de mapa)

Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan en un cruce de dos puntos, subestimndose la distancia A y C

A A a a

B b B b

C C c c

La relacin entre la distancia real de mapa (nmero de entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinacin entre dos marcadores o loci no es lineal. Cuanto ms lejos estn los marcadores peor es la estima La frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50% FR 0,5
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 31

Funcin de mapa
Es una funcin que permite estimar la distancia de mapa mejor que empleando solamente la frecuencia de recombinacin, pues corrige los intercambios (entrecruzamientos) no detectados

50

FR observada (%)

40

30
20 10

1 FR (1 e ) 2
=1 =2 =3 =4

Nmero medio de entrecruzamientos por meiosis

Zona de linealidad

50 100 150 200 Tema 5: reales Ligamiento y mapas genticos Unidades de mapa

32

Por qu la frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%?

Demostracin 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b

Es igual de probable cualquier combinacin, ++, ab, a+, +b, es como si segregaran independientemente ambos loci. Luego, la FR mxima es 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 33

Por qu la frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%?
Demostracin 2: caso completo para 1 2 entrecruzamientos

FR promedio de un doble entrecruzamiento = 8/16 = 50%

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 34

Mapa a partir de cruzamientos prueba de tres puntos (tres loci en el mismo cromosomas)
Metodologa
Triple heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> ABC/abc X abc/abc Si hay ligamiento, no se observa en la F2 la proporcin fenotpica 1/8 para cada tipo de gameto Se agrupan las clases recprocas (aquellas que tienen un fenotipo mutante en el par recproco, como el par de fenotipos fenotipos ABC-abc Abc-aBC. Las clases recprocas deben ser de frecuencia parecida Orden de los genes: Los fenotipos no recombinantes (parentales) son los ms frecuentes Los fenotipos menos frecuentes resultan de un doble entrecruzamiento Al comparar los fenotipos no recombinantes con los doble entrecruzados, el gen del medio es el que est cambiado Distancias de mapa: a la distancia entre genes consecutivos debe Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 35 sumarse las frecuencias de los dobles entrecruzamientos

Tres mutantes marcadores b = Cuerpo negro; pr = Ojos Prpura; c = curved, alas curvadas Los tres alelos son recesivos respecto al salvaje P F1 b+ b+ pr+ pr+ c+ c+ X bb prpr cc b+b pr+ pr c+ c X bb pr pr vg vg
Si no estn ligados 1/8 bb prpr cc 1/8 bb prpr c+c 1/8 bb pr+pr cc 1/8 bb pr+pr c+c 1/8 b+b prpr cc 1/8 b+b prpr c+c 1/8 b+b pr+pr cc 1/8 b+b pr+pr c+c Si estn ligados 1/2 bb prpr cc 1/2 b+b pr+pr c+c

Ejemplo:

F2

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

36

Resultados del cruzamiento prueba, F2

Fenotipo Genotipo Nmero Nmero de recombinantes entre b-pr pr-c b-c

Salvaje Black, purp, cur Purp,curved Black Curved Black,purp Purp Black,curved

b+b pr+pr c+c bb prpr cc b+b prpr cc bb pr+pr c+c b+b pr+pr cc bb prpr c+c b+b prpr c+c bb pr+pr cc

5701 5617 388 367 1412 1383 60 72

388 367 60 72

1412 1383 60 72 2927

19,5%

388 367 1412 1383

Total
Porcentaje

15 000

887
5,9%

3550
23,7%
37

El gen pr est en el medio

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

Tetrada meitica
Entrecruzamiento entre b y pr

Gametos

b b b+ b+

pr pr pr+ pr+

c c c+ c+

b b b+ b+

pr pr+ pr pr+

c c+ c c+

Doble entrecruzamiento en la regin b-pr-c

b b b+ b+

pr pr pr+ pr+

c c c+ c+

b b b+ b+

pr pr+ pr pr+

c c c+ c+
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Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

Mapa gentico de los marcadores

La mejor estima distancia entre los extremos es la 25,4 suma (b-pr) + (pr-c)

b 5,9 pr

19,5

23,7

Distancia b-csin considerar los dobles recombinantes

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Coeficiente de coincidencia: mide si los entrecruzamientos son independientes entre s Si los mltiples entrecruzamientos suceden independiemente los unos de los otros, la frecuencia de los dobles entrecruzamientos ser al producto de la frecuencia de los intercambios sencillos Coeficiente coincidencia (CC) = (nmero de dobles entrecruzamientos observados)/(nmero de dobles entrecruzamientos esperados) Si CC < 1, dobles disminuidos Si CC > 1, dobles incrementados Interferencia: 1 - CC
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 40

Mapa de ligamiento parcial de los 4 cromosomas de Drosophila melanogaster

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

41

Mapas genticos (de recombinacin) versus mapas fsicos

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Importancia mapas de recombinacin

Describir Ias tasas de recombinacin a lo largo del genoma Predecir la transmisin gentica de un gameto Localizacin de genes que influyen el fenotipo (QTLs) Marco de referencia para cartografa fsica Marco de referencia para la cartografa de genes asociados a enfermedades Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 43

Anlisis de ttradas
Los hongos ascomicetos retienen los cuatro productos haploides de cada meiosis en un saco denominado asca

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Hongos ascomicetos
Estos organismos son nicos porque se puede analizar meiosis individuales, permitiendo estudiar aspectos bsicos de la gentica de la meiosis (un proceso central de la biologa de los eucariotas) Cartografiar los centrmeros como si fuesen loci Investigar la posibilidad de interferencia de cromtida Examinar los mecanismos de entrecruzamiento

Ustigalo hordei Neurospora Aspergillus Coprinus (basidio nidulans crassa Lagopus Ascobolus miceto) (basidiomiceto) immersus Saccharomyces cerevisiae

Ttradas

Octadas

Ttradas Octadas

No ordenadas

Patrones distintos de ascosporas y ascas en Lineales Neurospora Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 45

Meiosis y mitosis postmeitica en la ttrada lineal de Neurospora

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Distancia de un locus al centrmero en Neurospora

No recombinacin entre el locus y el centrmero

4:4

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Recombinacin entre el locus y el centrmero

2:2:2:2

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Distancia de un locus al centrmero: estmese el porcentaje de

ttradas que muestran patrones de segregacin en la segunda divisin para ese locus y divdase por 2

Patrones MII = 9 + 11 + 10 + 12 = 42 o sea 14% Puesto que slo la mitad de los cromosomas que sufren entrecruzamiento son recombinantes, la distancia de mapa (medida como frecuencia de recombinacin) ser 14/2 = 7 unidades de mapa cM

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

51

Clases de colonias transformadas A B c + + + + + + + + + + + + -

N de colonias 215 22 56 37 11 22 21

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Ligamiento y recombinacin en bacterias y virus

Procesos sexuales en bacterias y virus: Transformacin, conjugacin, transduccin y sexduccin en bacterias y recombinacin vrica Conjugacin Ciclo biolgico de fagos

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Procesos sexuales en bacterias y virus

Transformacin

Proceso sexual: combinacin del material gentico de dos individuos distintos

Conjugacin

Recombinacin vrica Transduccin

Sexduccin
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 54

Incorporacin del material gentico por transformacin

Se requiere un doble entrecruzamiento para la transformacin Ejemplo del uso de la fecuencia de transformacin para estimar distancias genticas: Una cepa his+ met+ se transforma con his- met34 hist- met+ Distancia entre ambos genes = 28 hist+ met194 hist- met- (transformantes sencillos/total transformantes) = (34 + 28 )/(34 + 28 + 194) = 0,24
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 55

Conjugacin bacteriana

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Cintica conjugacin bacteriana

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Conjugacin, recombinacin y mapas

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

58

Mapa bacteriano por conjugacin.

Unidades en minutos
Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 59

Virus bacterifagos: Fase ltica o infecciosa Fase lisognica (la bacteria o husped lisognico y el fago temperado)

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Virus bacterifagos:

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos

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Transduccin:

Especializada o restringida Generalizada

Recombinacin bacteriana por transduccin

Tema 5: Ligamiento y mapas genticos 62