Universidad Nacional Autnoma de Mxico Facultad de Qumica Bioqumica Experimental GLOSARIO BIOLOGA MOLECULAR Rizo Grajales Norma A.

Clulas competentes: Las clulas que tienen la capacidad de absorber las molculas de DNA se dice son competentes. Algunas clulas son naturalmente competentes en ciertas etapas de su crecimiento, mientras que otras requieren ser tratadas con calcio u otros iones y exponerse a varios choques de calor y fro. Las clulas competentes se utilizan en los estudios de transformacin. Conjugacin: Transferencia de DNA de una clula bacteriana a otra. Enzimas de restriccin: Enzimas que reconocen y catalizan el rompimiento de secuencias de DNA de doble banda en sitios especficos de cada banda, generando extremos romos o pegajosos (cohesivos). Aisladas por lo general de bacterias. Extremos cohesivos: Extremos prominentes 5 o 3 de banda sencilla de fragmentos de DNA producidos por la actividad de enzimas de restriccin. Extremos romos: Extremos de los fragmentos de DNA que producen las enzimas de restriccin cuando cortan el DNA en la misma posicin en ambas bandas. Kilobase (kb): Secuencia de mil bases de una molcula de cido nucleico. Induccin: Capacidad que tienen los organismos para sintetizar ciertas enzimas slo cuando las necesitan; por ejemplo, en E.

coli, las enzimas que utilizan lactosa slo se sintetizan cuando est presente su sustrato lactosa. El termino induccin se refiere tambin a la activacin de la transcripcin de un gen como consecuencia de un inductor que interacta con una protena reguladora. Lisis alcalina: Uso de una solucin alcalina de detergente que lisa las clulas y desnaturaliza al DNA. Se utiliza en el aislamiento de DNA de las clulas microbianas. Plsmido: Molcula de DNA circular extracromosmico que tiene la capacidad de duplicarse en forma autnoma. Promotor: Secuencia de bases de una molcula de DNA que la RNA polimerasa reconoce y a la que se une, promoviendo as la transcripcin. Sitios de restriccin: Secuencias especficas cortas del DNA de doble banda que son reconocidas y atacadas por las enzimas de restriccin. Traduccin: Proceso de sntesis de protenas, llevado a cabo en los ribosomas, en el que la secuencia de bases de la clave de tradas del mRNA se convierte en los aminocidos apropiados de la protena para la cual codifica. Transcriptasa reversa: Sintetiza una copia de DNA a partir de una molcula de mRNA.

Transcripcin: Proceso por el que la enzima RNA polimerasa sintetiza una molcula de RNA de banda sencilla que es complementaria de un molde de DNA. Transduccin: Transferencia de genes bacterianos de una bacteria a otra por un bacterifago. Transformacin: En ingeniera gentica, trmino que se utiliza para describir la introduccin de DNA exgeno en las clulas. Vector: Molcula de DNA, por lo comn un plsmido o un bacterifago, en el que pueden insertarse (clonarse) fragmentos de DNA extrao. El vector posee tpicamente uno o ms genes de resistencia a los antibiticos a manera de marcadores seleccionables y uno o ms sitios de restriccin nicos, con frecuencia dentro de esos genes de resistencia. El vector tiene tambin la capacidad de duplicarse en forma autnoma en un organismo hospedante definido, como es el caso de E. coli. REACTIVOS Dodecil Sulfato de Sodio: (SDS) Un fuerte detergente cargado negativamente usado para desnaturalizar protenas en la electroforesis de gel de poliacrilamida SDS. El detergente SDS disuelve los componentes lipdicos y las protenas de la pared celular. El hidrxido de sodio desnaturaliza el DNA cromosomal y plasmdico en hebras simples; los crculos intctos de DNA plasmdico permanece entrelazado. Gel de agarosa: Carbohidrato polimrico inerte que forma un gel cuando se hierve en agua y se deja enfriar. Los cidos nucleicos pueden separarse en agarosa con base en su tamao y conformacin al aplicar una corriente elctrica a travs del gel (un ejemplo de electroforesis).

Escherichia coli: Bacteria en forma de bacilo, gramnegativa, que no forma esporas y se encuentra en el intestino grueso de la mayora de los mamferos, entre ellos el hombre. Es la bacteria que mejor se ha caracterizado desde el punto de vista gentico. Buffer Tango: Es un buffer diseado especialmente para usarlo en digestiones dobles. Composicin del Buffer: 33mM Tris-acetato (pH 7.9 at 37C), 10mM acetate de magnesio, 66mM acetato de potasio, 0.1mg/ml BSA. Glucosa/Tis/EDTA: (Solucin GTE) La glucosa mantiene la presin osmtica, mientras que el Tris amortigua a las clulas a pH8.0. El EDTA une los cationes divalentes en la bicapa lipdica, debilitando la cubierta celular. Siguiendo la lisis celular, el EDTA limita la degradacin de DNA por la unin de iones MG++ que son un cofactor necesario para las nucleasas bacterianas. Etanol: Un lavado con etanol remueve algunos remanentes de sal y SDS de la preparacin. Es un buen disolvente, y puede utilizarse como anticongelante. Tambin es un desinfectante. Su mayor potencial bactericida se obtiene a una concentracin de aproximadamente el 70 %. Isopropanol: El alcohol precipita rpidamente cidos nucleicos pero precipita lentamente las protenas. De esta manera, una precipitacin rpida preferencialmente nos brinda o baja los cidos nucleicos. IPTG: El IPTG suele utilizarse como inductor artificial del opern lac, ya que es capaz de unirse al represor LacI, pero no es un sustrato para la -galactosidasa y no puede ser metabolizado por la bacteria.

Plsmido PET-TEM-1: El plsmido pET, contiene el gen 10 del fago T7, en un sistema de expresin adecuado, tal como un procariota, por ejemplo un microorganismo perteneciente al gnero Escherichia, Bacillus, Salmonella, Listeria, Yersinia, etc. Tris-EDTA: El buffer Tris amortigua la solucin de DNA, el EDTA protege el DNA de la degradacin de DNAasas por la unin de cationes divalentes (especialmente MG++) que son los cofactores necesarios para la actividad DNAsa. Acetato de potasio/cido actico: El cido actico pasa el pH a neutral, permitiendo que las hebras de DNA se renaturalicen. Al mismo tiempo, el acetato de potasio precipita el SDS de la suspensin celular, junto con los lpidos y protenas asociadas. La renaturalizacin cromosomal del DNA est atrapado en el precipitado de SDS/lpido/protena. nicamente los plsmidos pequeos de DNA, fragmentos de DNA cromosomal, y molculas de RNA se escapan del precipitado y permanecen en solucin. Bromuro de etidio: (BrEt) Es un agente intercalante usado comnmente como marcador de cidos nucleicos en laboratorios de biologa molecular para procesos como la electroforesis en gel de agarosa. Cuando se expone esta sustancia a luz ultravioleta, emite una luz roja-anaranjada, que se intensifica unas 20 veces despus de haberse unido a una cadena de ADN. Este efecto es debido al aumento de la hidrofobia del medio, y no a la rigidificacin del anillo bencnico, no estando ste entre pares de bases del ADN. Como el bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta sustancia tiene un poderoso efecto mutgeno y, posiblemente puede ser cancergeno o teratgeno.

Medio LB: Medio nutritivo, utilizado para el crecimiento de bacterias. Conocido tambin como caldo Luria o caldo Luria-Bertani. Este medio son comnmente utilizados en biologa molecular para la preparacin de DNA plasmdico y protenas recombinantes; y sigue siendo uno de los medios ms comnes para mantener y cultivar cepas de Escherichia coli. Existen diferentes formulaciones para este medio: Pptidos y peptonas Vitaminas (incluida la vitamina B) Elementos traza Minerales Los pptidos y las peptonas son provedos por la triptona. Las vitaminas y los elementos traza son provedos por el extracto de levadura. Los iones sodio para el transporte y le balance osmtico estos son provedos por el cloruro de sodio. La bacto-triptona es utilizada para proveer aminocidos esenciales para el crecimiento bacteriano, de vez en cuando el extracto de levadura es utilizado para proveer componentes orgnicos tiles para el crecimiento celular. Kanamicina: La Kanamicina es un antibitico del grupo de los aminoglucsidos, de amplio espectro, bactericida,1 activo sobre bacterias Gram positivas, Gram negativas y Mycobacterium, por lo que se indica en una amplia gama de infecciones. La kanamicina se asla del hongo Streptomyces kanamyceticus.2 Debido a su frecuente toxicidad, el uso de kanamicina se ha limitado ltimamente al uso oral y tpico.

BSA: (Albmina srica de bovino) Tambin conocida como fraccin V. Es una protena srica que tiene muchas aplicaciones bioqumicas incluyendo ELISAs (Ensayos Inmunosorbentes Ligados a Enzima) e inmunoblots. Tambin es utilizado como nutriente en los cultivos celulares y microbiolgicos. En digestiones de restriccin la BSA es utilizada para estabilizar algunas enzimas durante la digestin de DNA. Esta protena no afecta a otras enzimas que no la necesitan para su estabilizacin. La BSA es comnmente utilizada como estndar de peso molecular, para determinar la cantidad de otras protenas, comparando una cantidad desconocida de protena con cantidades conocidas de BSA. Propiedades fsicas:

Numero de residuos: 607 Peso Molecular: 69323.4 Da pI in agua a 25 C: 4.7 Absorbancia Optica de 1 g/l a 279nm: 0.667 mL mg-1 cm-1 a 279nm Dimensiones: 40x40x140 angstroms cbicos.