Miguel María Grau Seminario nació en la ciudad de San Miguel de 

Piura, en una casona de la calle Mercaderes, hoy Tacna N.º 662. Fue bautizado el 3 de septiembre de
1834, en la parroquia de San Miguel, por el presbítero Santiago Angeldonis, siendo sus padrinos Manuel Ansoátegui y Rafaela Angeldonis. Su partida fue asentada con el
número 953, en el libro respectivo. Consta en dicho documento que al momento de su bautizo era de «un mes y siete días de nacido», por lo que se ha determinado que
su nacimiento fue el 27 de julio de 1834. 34​ n​ 1​
Sin embargo, en la ciudad portuaria de Paita está muy arraigada la creencia de que el nacimiento de Miguel Grau se produjo en dicho puerto, aunque solo se ha dado
como sustento una serie de indicios dispersos y especulativos, mas nunca un documento probatorio. También se ha postulado a  Sullana como otro presunto lugar de su
nacimiento.5​Los defensores de Paita como la cuna del héroe, dicen, por ejemplo, que la partida de bautismo solo corrobora el lugar donde fue bautizado, mas no el de su
nacimiento; que Grau fue elegido diputado por la provincia de Paita, y no por la de Piura; y que, cuando Grau, en su foja de servicios o en su partida de matrimonio, anota
haber nacido en Piura, suponen que solo está aludiendo al departamento, mas no a la ciudad; entre otras especulaciones de ese talante. 6​En respuesta, el historiador
Miguel Seminario Ojeda señala que, de haber nacido en Paita o en Sullana, en su partida de bautismo debió figurar la cláusula  ex licencia parroquia (es decir bautizado
con licencia de su parroquia, sea la de Paita o la de Sullana, según el caso). 7​Además, este mismo historiador, investigando en los archivos, ubicó el censo realizado en
Piura en 1840, donde aparece registrada la familia Grau (el padre y sus cuatro hijos), donde Miguel figura con el número 228, y como nacido en la ciudad de Piura. 8​En
cuanto a la diputación por la provincia de Paita (que Grau ganó en 1876), se debe señalar que, de acuerdo a la  Constitución vigente entonces (la de 1860, artículo 47), no
era requisito obligatorio que el candidato hubiera nacido en la provincia a la que postulaba, sino que bastaba con ser del departamento en general (en este caso, el de  
Piura, erigido en 1861).9​Se entiende, ciertamente, el afecto que Grau tenía por Paita, ya que fue en ese puerto donde forjó su vocación de marino, lo que marcaría toda su
existencia.10​
Fueron sus padres el teniente coronel grancolombiano (más tarde nacionalizado peruano) Juan Manuel Grau Berrío, natural de Cartagena de Indias, que llegó al Perú
formando parte del ejército del Libertador Bolívar; y María Luisa Seminario y del Castillo, piurana de nacimiento, hija del alcalde provincial ordinario de Piura. Fue el tercero
de cuatro hermanos; los mayores se llamaban Enrique Federico y María Dolores Ruperta; y la menor, Ana Joaquina Jerónima del Rosario. 11​La unión de sus padres era
extramarital, pues María Luisa estaba casada con el capitán colombiano Pío Díaz (que por entonces se hallaba en su país de origen), con el que tuvo tres hijos legítimos:
Roberto, Emilio y Balbina.4​Hay que señalar que, en la partida de bautismo del héroe no figura el nombre de María Luisa Seminario como el de su madre, sino el de Josefa
Castillo, lo que ha motivado algunas especulaciones sobre su verdadera filiación; al respecto, se ha sugerido que Luisa Seminario debió usar el nombre de Josefa Castillo
para ocultar el suyo, pues deseaba mantener encubierta su relación con Juan Manuel Grau. Siguiendo la costumbre de la época, Miguel Grau nunca usó ni mencionó su
segundo apellido (Seminario), y solo aparece en su partida de matrimonio, cuando menciona a Luisa Seminario como su madre (1867). 12n​ 2​
Por entonces, el Perú vivía una época de inestabilidad e intrigas políticas que ocasionaban sublevaciones e intentos de golpe de estado. El país acababa de salir de la  
primera guerra civil de su historia republicana (enero-abril de 1834). En 1836 se desató la guerra por el establecimiento de la Confederación Perú-Boliviana, que encumbró
al mariscal Andrés de Santa Cruz como protector de dicha entidad geopolítica; y tras un breve periodo de calma, surgió las guerra entre restauradores y confederados, que
culminó con el triunfo de los primeros en la batalla de Yungay (1839). Se produjo entonces la Restauración en el Perú, asumiendo el poder el mariscal Agustín Gamarra.