Del genotipo

al fenotipo

Johana M. Guevara M. Bact. PhD. (Johana.Guevara@javeriana.edu.co)

Instituto de Errores Innatos del Metabolismo
Fenoti
po??
DOGMA CENTRAL
ADN ARNMaduración
Proteína

Transcrito Primario ARN maduro

AAAAAA
 ADN ARN Proteína

Maduración

Plegamiento – Glicosilaciones - Direccionamiento

REGULACIÓN Estabilidad
Elementos Reguladores Actividad

ADN ARN Proteína

RNA
Accesibilidad Maquinaria reguladores
(modificación histonas) Maduración
Nature Reviews Drug Discovery 13, 673–691 (2014)
Law, J. A. & Jacobsen, S. E. Establishing, maintaining and modifying DNA methylation patterns in plants and animals. Nature Rev. Genet. 11, 204–220 (2010)
Medio
ambiente

DOGMA CENTRAL
Calentando
para el
parcial……
Caso 1
Usted está estudiando el efcto de algunas mutaciones en el
gen NAGLU sobre la expresión de la proteína a 30°C.

Madura

Esto puede deberse a:

a. Transición de una G del codon AAG al inicio

de la proteína

b. Cambio de una C por una A en un codon

UGC al inicio de la proteína

c. Una inserción de 100 nt en un exón

d. Una mutación en la región reguladora

Usted está estudiando el efcto de algunas mutaciones en el
gen NAGLU sobre la expresión de la proteína a 30°C.

Madura

Esto puede deberse a:

a. Transición de una G del codon AAG al inicio

de la proteína

b. Cambio de una C por una A en un codon

UGC al inicio de la proteína

c. Una inserción de 100 nt en un exon

d. Una mutación en la región reguladora

Usted está estudiando el efcto de algunas mutaciones en el
gen NAGLU sobre la expresión de la proteína a 30°C.

Madura
Caso 2
¿Cómo puedo buscar secuencias que
puedan corresponder a regiones
codificantes?
¿Cómo puedo buscar secuencias que
puedan corresponder a regiones
codificantes?
¿Cómo puedo buscar secuencias que
puedan corresponder a regiones
codificantes?
 ¿Podría ser?
+1 +1

GEN A

GEN B
 Hipotesis
Promotor Terminador
+1
OPERON A

OPERON B
Promotor
Terminador

+1
 σ - - - - +
rho - - - + -
Pol β - - + - -
Pol α - + - - -
Fragmento 5’ + + + + +
 σ - - - - +
rho - - - + -
Pol β - - + - -
Pol α - + - - -
Fragmento 5’ + + + + +
 σ - - - - +
rho - - - + -
Pol β - - + - -
Pol α - + - - -
Frag 3’ + + + + +

C
 σ - - - - +
rho - - - + -
Pol β - - + - -
Pol α - + - - -
Frag 3’ + + + + +

C
Caso 3
 Hipotesis:

Célula El factor de transcripción X, codificado por el

Madre gen FTX, está involucrado en mantener las
células madre en estado indiferenciado.

Experimento:

Comparar __________ entre células

madre vs epitelio-músculo-neurona

Epitelio A. Secuencia del Gen FTX

B. Presencia del transcrito del
Gen FTX
Músculo Neurona
C. Elementos en cis del gen FTX
D. Presencia del gen FTX
 Hipotesis:

Célula El factor de transcripción X, codificado por el

Madre gen FTX, está involucrado en mantener las
células madre en estado indiferenciado.

Experimento:

Comparar __________ entre células

madre vs epitelio-músculo-neurona

Epitelio A. Secuencia del Gen FTX

B. Presencia del transcrito del
Gen FTX
Músculo Neurona C. Elementos en cis del gen FTX
D. Presencia del gen FTX
 Hipotesis:

Célula El factor de transcripción X, codificado por el

Madre gen FTX, está involucrado en mantener las
células madre en estado indiferenciado.

Experimento:

Para comparar la expresión del gen FTX

entre células madre vs epitelio-músculo-
neurona se realizó un ___________
Epitelio

Músculo Neurona
 Hipotesis:

Célula El factor de transcripción X, codificado por el

Madre gen FTX, está involucrado en mantener las
células madre en estado indiferenciado.

Experimento:

Para comparar la expresión del gen FTX

entre células madre vs epitelio-músculo-
neurona se realizó un ___________
Epitelio

NORTHERN BLOT

Músculo Neurona WESTERN BLOT

 Hipotesis:

Célula El proceso de diferenciación celular esta

Madre relacionado con la expresión del gen FTX.

CM E M N
RESULTADO
Northern Blot:

Epitelio
Hipotesis es:

Músculo Neurona
CORRECTA o INCORRECTA
 Hipotesis:

Célula El proceso de diferenciación celular esta

Madre relacionado con la expresión del gen FTX.

CM E M N
RESULTADO
Northern Blot:

Epitelio
Hipotesis es:

Músculo Neurona
CORRECTA o INCORRECTA
 Hipotesis:

Célula El proceso de diferenciación celular esta

Madre relacionado con la expresión del gen FTZ.

CM E M N
RESULTADO
Northern Blot:

Epitelio
Hipotesis es:

Músculo Neurona
CORRECTA o INCORRECTA
 Hipotesis:

Célula El proceso de diferenciación celular esta

Madre relacionado con la expresión del gen FTZ.

CM E M N
RESULTADO
Northern Blot:

Epitelio
Hipotesis es:

Músculo Neurona
CORRECTA o INCORRECTA
 CM E M N
RESULTADO
Northern Blot
Célula FTZ:
Madre

Cual(es) de los siguientes mecanismos en podrían

explicar el resultado observado en E, M y N:
A. Metilaciones en el promotor del gen FTZ
B. Reclutamiento de HATs en el locus del gen
Epitelio FTZ
C. Mutaciones del gen FTZ
D. Síntesis de un RNA regulador

Músculo Neurona complementario al gen FTZ

E. Metilaciones en el promotor de un gen que
codifica para un represor del gen FTZ
 CM E M N
RESULTADO
Northern Blot
Célula FTZ:
Madre

Cual(es) de los siguientes mecanismos en podrían

explicar el resultado observado en E, M y N:
A. Metilaciones en el promotor del gen FTZ
B. Reclutamiento de HATs en el locus del gen
Epitelio FTZ
C. Mutaciones del gen FTZ
D. Síntesis de un RNA regulador

Músculo Neurona complementario al gen FTZ

E. Metilaciones en el promotor de un gen que
codifica para un represor del gen FTZ
Caso 4
El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en levaduras
es un gen inducible. La proteína codificada por
este gen es responsable de degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Elemento en Cis
________________
Elemento en Trans
________________
Efector
________________
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Elemento en Cis Represor

Elemento en Trans Alcohol Oxidasa
Efector AOX1
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Elemento en Cis
________________
Elemento en Trans
________________
Efector
________________
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Elemento en Cis Silenciador

Elemento en Trans
Efector
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Elemento en Cis Silenciador

Elemento en Trans Represor
Efector
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Elemento en Cis Silenciador

Elemento en Trans Represor
Efector Metanol
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

a. El gen se expresa cuando hay metanol

b. Este gen presenta un tipo de regulación
positiva.
c. El gen probablemente tiene una expresión
basal en ausencia de metanol
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Que pasa con la expresión de AOX1 si

ocurre una mutación que inactiva el gen
del represor?
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

Que pasa con la expresión de AOX1 si

ocurre una mutación que inactiva el gen
del represor?
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

¿El represor requerirá alguna secuencia de

direccionamiento para llegar a ser una
proteína funcional?
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

¿El represor requerirá alguna secuencia de

direccionamiento para llegar a ser una
proteína funcional?

NLS
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

¿Que pasa con la expresión de AOX1 si se

agrega al medio de cultivo metanol y
posteriormente un ARNds (siRNA) que
contiene una cadena antisentido al ARNm
de AOX1?
 El gen de la alcohol oxidasa (AOX1) en
levaduras es un gen inducible. La proteína
codificada por este gen es responsable de
degradar metanol.
La expresion de este gen está regulada por la
actividad de un represor que interactua con un
silencer. El represor se inactiva en presencia de
metanol.

¿Que pasa con la expresión de AOX1 si se

agrega al medio de cultivo metanol y
posteriormente un ARNds (siRNA) que
contiene una cadena antisentido al ARNm
de AOX1?
Tarea
 +1

3’ TAATACC GTGTAGACCTACGTTGTAC TTGCC T AGATTGACTA 5’

T E E

5’ ATTATGGCACATCTGGATGCAACATGAACGGATCTAACTGAT 3’

Secuencia RNAm
UTR
Marco Abierto de Lectura
RBS - SD
PROMOTOR
Secuencia proteína
Recuerden
que……
ARNpol

ADN ARN Proteína

 ¿Cómo reconoce la ARN
polimerasa lo que hay que
transcribir?

?
 ¿Cómo reconoce la ARN
polimerasa lo que hay que
transcribir?
 ¿Cómo reconoce la ARN
polimerasa lo que hay que
transcribir?

Factor sigma (procariotas)

 ¿Cómo reconoce la ARN
polimerasa lo que hay que
transcribir?

TGFs (eucariotas)
¿Hasta donde transcribir?
¿Hasta donde transcribir?
ARNpol

ADN ARN Proteína

Ribosoma
 +1

3’ TAATACC GTGTATACCTACGTTGTAC TTGCC T AGATTGACTA 5’

¿Cómo sabe el
T E E

5’ ATTATGGCACATATGGATGCAACATGAACGGATCTAACTGAT 3’

ribosoma lo que
se tiene que
traducir?
 +1

3’ TAATACC GTGTATACCTACGTTGTAC TTGCC T AGATTGACTA 5’

T E E

5’ ATTATGGCACATATGGATGCAACATGAACGGATCTAACTGAT 3’
Marco Abierto de
Lectura
Inicio (AUG) ------
STOP
Éxitos en el
parcial……