El río Quilca se forma por la confluencia de los río Sihuas y río
Vítor, al norte y sur respectivamente. El río Vítor, a su vez, se forma por la confluencia de el río Yura por la margen derecha y el río Chili por la margen izquierda; este último atraviesa la ciudad de Arequipa. Aguas abajo de Arequipa, el río Chili recibe por la margen izquierda los aportes del río Tingo Grande, que se forma de los ríos Río Andamayo, Mollebaya y Yarabamba. Aguas arriba de la ciudad de Arequipa, se encuentra el embalse Aguada Blanca, casi inmediatamente después de la confluencia de los ríos Blanco y Sumbay, que forman el río Chili. El embalse Aguada Blanca domina una cuenca de 3.895 km². El río Blanco, tributario por la margen izquierda, se encuentra en gran parte regulado por el embalse El Fraile; este embalse regula 1.049 km² de un total de 1.200 km².