DIAGNÓSTICO POR EL LABORATORIO DE

ENFERMEDADES BACTERIANAS

MICROBIOLOGÍA CLÍNICA
LEIDY ANDREA GAUTA PORTILLA
2020
 INTRODUCCIÓN

Un adecuado diagnóstico y tratamiento de una infección bacteriana es el resultado

de una serie de análisis que inician desde el estudio básico del paciente, su estado
de vida, condición física, síntomas clínicos y hallazgos al examen médico.
El proceso de apoyo diagnóstico comienza desde que el médico remite al
paciente y cuenta con una historia clínica, allí se consignan los
antecedentes, estado inmunológico, tratamientos sospecha o presunción
diagnóstica y solicitud de pruebas diagnóstica
 Fase pre analítica: incluye todos los
procesos desde la solicitud del análisis
por parte del clínico, hasta el
procesamiento de la muestra.

Fase analítica: abarca todos los

procedimientos relacionados
directamente con el procesamiento de la
muestra.

Fase post-analítica: se fundamenta en la

validación de resultados, elaboración y
emisión del informe por parte del
laboratorio
DIAGNÓSTICO
PRESUNTIVO

Solicitud de exámenes al laboratorio

 • Muestra a tomar
LABORATORIO CLÍNICO
• Condiciones de la toma de la muestra
Y PERSONAL DE
• Transporte al laboratorio para su análisis
ENFERMERÍA
• Recipiente para la toma de la muestra
 ASPECTOS IMPORTANTES

• Las muestras para diagnóstico se obtendrán en lo posible antes de la administración de

cualquier antibiótico.
• La muestra debe ser representativa del proceso infeccioso, evitando en lo posible la
microbiota normal.
• El material empleado para la toma de la muestra debe ser estéril.
• Las muestras deben ser recogidas en cantidad suficiente, colocadas en recipientes estériles o
medios de transporte adecuados y llevarse lo más pronto posible al laboratorio para su
análisis, evitando así que microorganismos de difícil crecimiento o sensibles a cambios
externos no sobrevivan o se enmascaren por la rápida multiplicación de la microbiota normal
u otros microorganismos que crecen más rápidamente.
• Orientar al analista con los datos clínicos suficientes para un exitoso apoyo diagnóstico.
IMPORTANCIA DEL APOYO DIAGNÓSTICO

Se busca identificar de manera exacta el

patógeno presente en una infección con
el fin de tratar correctamente al
paciente y evitar el uso indiscriminado
de antibióticos que genera resistencia
bacteriana y posteriormente redunda
en la carencia de efectividad del
tratamiento de las enfermedades
infecciosas
LABORATORIO Permite aislar, identificar y evaluar la sensibilidad a los antibióticos
CLÍNICO del microorganismo aislado, los resultados se obtienen después de
48h del procesamiento de la muestra
 MICROBIOTA NORMAL

Conjunto de gérmenes que conviven con el

huésped en estado normal, sin causarle
enfermedad.
SITIO DE LA MUESTRA A TOMAR
INFECCIÓN
Tracto Tracto Respiratorio Superior:
respiratorio • Hisopado nasofaríngeo
• Lavado o aspirado de
senos paranasales
• Biopsia
• Hisopado de faringe
posterior y amígdalas.
Tracto Respiratorio Inferior:
• Esputo
• Aspirado transtraqueal,
• Lavado broncoalveolar,
• Biopsia pulmonar
• Sangre
• Líquido pleural.
PATÓGENOS
POTENCIALES
Streptococcus Beta
hemolítico del grupo A,
Streptooccus pneumoniae,
Klebsiella pneumonia,
Pseudomonas aeruginosa,
Neisseria gonorrhoeae, N
meningitidis, Haemophilus
influenzae, Staphylococcus
aureus, Corynebacterium
diphteriae, Bordetella
pertussis, Moraxella
catarrhalis, Legionella
pneumophila,
Mycobacterium tuberculosis.
MICROORGANISMOS
DE LA MICROBIOTA
NORMAL O
CONTAMINANTE
Estreptococos alfa
hemolíticos, estreptococos
beta hemolíticos diferente
al grupo A, Staphylococcus
aureus, S epidermidis,
Neisserias spp,
Haemophilus spp,
Corynebacterium spp, E
coli, bacterias anaerobias.
 SITIO DE MUESTRA A PATÓGENOS MICROORGANISMOS
LA TOMAR POTENCIALES DE LA MICROBIOTA
INFECCIÓN NORMAL O
CONTAMINANTE
Tracto • Biopsia Helicobacter pylori, E coli, Pseudomonas sp,
digestivo gástrica Campylobacter estafilococos coagulasa
• Coprocultivo jejuni, Salmonella negativa, Enterococcus
• Moco o sp, Shigella sp, E sp.,
hisopado coli cepas Bacterias anaerobias
rectal toxigénicas, Vibrio
• Hemocultivo cholerae, Yersinia
sp, Clostridium
difficile.
E
 SITIO DE MUESTRA A PATÓGENOS MICROORGANISMOS DE
LA TOMAR POTENCIALES LA MICROBIOTA NORMAL
INFECCIÓ O CONTAMINANTE
N
Vías • Orina de E coli, Klebsiella Estafilococos coagulasa
urinarias chorro medio sp, Proteus sp, negativos, bacilos
• Cateterismo Enterobacter sp, difterioides, E coli,
vesical Serratia sp, Lactobacillus sp.,
• punción Enterococcus sp, Estreptococos alfa
suprapúbica. Pseudomonas hemolíticos.
aeruginosa,
Staphylococcus
aureus,
Staphylococcus
saprophyticus,
Neisseria
gonorrhoeae.
 SITIO DE MUESTRA A PATÓGENOS MICROORGANISMOS DE
LA TOMAR POTENCIALES LA MICROBIOTA
INFECCIÓN NORMAL O
CONTAMINANTE
Tracto • Secreción Neisseria E coli, Lactobacillus sp.,
genital uretral gonorrhoeae, estreptococos del grupo
• Secreción Treponema D, estafilococos
prostática pallidum, coagulasa negativos.
• Hisopado Mobiluncus sp,
uretral Gardnerella
• Secreción vaginalis,
de cérvix Mycoplasma sp,
uterino. Chlamydia
trachomatis.
SITIO DE LA MUESTRA A TOMAR PATÓGENOS MICROORGANIS
INFECCIÓN POTENCIALES MOS DE LA
MICROBIOTA
NORMAL O
CONTAMINANTE
Sistema • Líquido Neisseria meningitidis, Estafilococos
nervioso cefalorraquídeo Streptococcus coagulasa
Central • Hemocultivos pneumoniae, negativa
• Material de Haemophilus influenza
biopsias del grupo B, Listeria
• Aspirado subdural monocytogenes,
• Cultivo de esputo Mycobacterium
o faringe tuberculosis
 SITIO DE MUESTRA A PATÓGENOS MICROORGANISMOS DE
LA TOMAR POTENCIALES LA MICROBIOTA
INFECCIÓN NORMAL O
CONTAMINANTE
Sangre Hemocultivos, Streptococcus del Estafilococos coagulasa
3 o 4 tomados grupo A, B, D, negativa
en 24 horas Streptococcus
con espacios viridans,
de una hora. Staphylococcus
aureus,
Staphylococcus
epidermidis
(catéteres IV),
Listeria
monocytogenes,
C jeikeium,
bacilos Gram
negativos.
 SITIO DE MUESTRA A PATÓGENOS MICROORGANISMOS DE
LA TOMAR POTENCIALES LA MICROBIOTA
INFECCIÓN NORMAL O
CONTAMINANTE
Heridas Aspirados o Staphylococcus Estafilococos coagulasa
drenajes, aureus, negativa,
hisopado Streptococcus Corynebacterium sp
profundo de pyogenes,
secreción, Clostridium sp,
biopsia de Bacteroides sp,
tejido Pseudomonas
aeruginosa,
Mycobacterium
mariunum,
Nocardia sp,
Enterobacterias.
Después de realizada la toma de la muestra, el procedimiento a realizar es la siembra de la misma en
un medio(s) para el aislamiento del agente

En microbiología se cuenta con herramienta

para identificación rápida y presuntiva para
muchos patógenos. Junto con las siembras
se realiza un examen microscópico directo o
de tinción
 Examen microscópico directo

Solución salina, con yodo, con KOH, con tinta china o en

microscopio de campo oscuro

Permite así evaluar dependiendo del caso, el porcentaje o tipo de

leucocitos, magnitud y tipo de respuesta inflamatoria, calidad de la
muestra, presencia de bacterias, hongos, parásitos o cambios celulares
compatibles con infecciones virales.
 Examen microscópico con tinción

Coloración de Gram, sin embargo pueden emplearse la coloración de ZiehlNeelsen, Auramina-

Rodamina, Giemsa-Wright o de Grocott

Permiten una identificación preliminar del patógeno, si está presente,

para orientar el tratamiento.
Aspectos generales de la toma de la muestra, procesamiento e identificación de agentes
patógenos

Recomendaciones para la toma

de muestras

El médico solicitará un estudio microbiológico con una orientación clara

de acuerdo con la situación clínica del paciente. El personal de
enfermería y laboratorio microbiológico requiere conocimientos e
información precisa para realizar el procedimiento en condiciones
óptimas; y el personal encargado del transporte debe estar capacitado
adecuadamente para mantener la muestra en términos de tiempo y
características hasta su entrega al área de análisis.
Aspectos generales de la toma de la muestra, procesamiento e identificación de agentes
patógenos

Solicitud de estudio

Antes de colectar un espécimen se debe hacer una

selección cuidadosa para garantizar que el sitio fuente
representa el lugar de la enfermedad activa. Las muestras
para cultivo de bacterias se deben obtener con prontitud,
después del inicio de la enfermedad activa y
preferiblemente antes del inicio de antibióticos
Aspectos generales de la toma de la muestra, procesamiento e identificación de agentes
patógenos

Los sitios anatómicos que ofrecen más posibilidad de obtener muestras contaminadas son: la
vejiga desde la uretra y el periné; la sangre, las heridas superficiales y el tejido celular subcutáneo
desde la piel; el endometrio desde la vagina; el oído medio desde el conducto auditivo externo; y
el seno nasal desde la nasofaringe
 Precauciones de bioseguridad

• Protección ocular: gafas o mascarilla con visera.

• Mascarilla.
• Guantes.
• Bata.
• Contenedores para especímenes, a prueba de fugas y
de fácil sellamiento.
• Cumplir con las recomendaciones de manejo de
elementos cortopunzantes: No reenfundar agujas.
Disponer y utilizar adecuadamente el contenedor para
cortopunzantes. No transportar jeringas con agujas.
Identificación de muestras

Toda muestra debe ser etiquetada con los siguientes

datos básicos:
• Nombre completo y edad del paciente.
• Número de historia clínica: en algunas instituciones
corresponde al documento de identificación.
• Habitación donde está ubicado el paciente o servicio
de localización.
• Tipo de muestra y sitio anatómico. Por ejemplo,
secreción de herida quirúrgica abdominal; biopsia
tejido úlcera pie diabético; orina obtenida a través de
sonda vesical permanente; sangre obtenida a través de
catéter venoso central, etc.
• Fecha y hora de recolección.
• Iniciales de la persona que obtiene la muestra.
 Criterios de aceptabilidad o rechazo de muestra

• Cantidades insuficientes Cuando no se mantienen las condiciones

de colección y transporte recomendadas
• Temperaturas inadecuadas se debe obtener una nueva muestra,
• Recipientes rotos o con fugas o deficiente siempre que sea posible.
calidad de la muestra (por ejemplo, esputo
contaminado con saliva; orina obtenida de
bolsa colectora), deben ser tenidos en
cuenta para no procesar el espécimen.
• Toda muestra que llega al laboratorios sin
identificar
• Tiempo no adecuado desde la toma de la
muestra hasta su llegada para el
procesamiento (trasporte demorado)
 MUESTRAS CLÍNICAS

1. Muestras del tracto respiratorio superior: Exudado Faríngeo. Muestra para: Cultivo de Secreción de la
faringe en sospechas de faringitis

Cuidados y recomendaciones:
• No contaminar el escobillón con secreción de cavidad oral o dientes.
• El hisopado de garganta está contraindicado en pacientes con diagnóstico
de epiglotitis.
• No hacer gárgaras ni limpieza con ninguna solución bucofaríngea

Técnica de recolección:
• Colocar al paciente bajo una buena fuente de luz.
• Con un bajalenguas, presionar la lengua hacia abajo para visualizar los
pilares de la faringe y del área tonsilar para localizar el área de inflamación y
exudado.
• Rotar el hisopo de alginato de calcio sobre el área.
• Tomar dos escobillones, hacer con uno extendido en lámina de vidrio y
colocar el otro en el medio de transporte.
 MUESTRAS CLÍNICAS

La muestra se inocula generalmente en agar sangre, se aísla e identifica el agente. Se

realiza examen directo (coloración de Gram, coloración para gránulos de
Corynebacterium) para orientación del laboratorio pero carecen de importancia
diagnóstica presuntiva.

Enfermedades
asociadas:
faringoamigdalitis,
difteria
 MUESTRAS CLÍNICAS

2. Muestras del tracto respiratorio inferior: Esputo por expectoración espontánea Muestra para: Cultivo
de expectoración, secreción respiratoria en sospecha de tuberculosis.

Cuidados y recomendaciones:
• El esputo no es la muestra ideal para el diagnóstico de neumonía; se
recomienda preferiblemente el lavado broncoalveolar.
• Recolectar la muestra en la mañana, en ayunas preferiblemente.
• Instruir al paciente para realizar cepillado de dientes y lavado de la
lengua sólo con agua para remover el exceso de microbiota oral y retirar
prótesis dental en pacientes de edad.
•Para pacientes pediátricos incapaces de producir un esputo, la terapeuta
respiratoria debe obtener la muestra a través de succión.
•Para el estudio de mycobacterias se deben colectar tres muestras
seriadas en días consecutivos para pacientes hospitalizados.
•En pacientes ambulatorios sintomáticos respiratorios con sospecha de
tuberculosis, la primera muestra se toma el día de la consulta médica y las
otras dos al día siguiente, cumpliendo las recomendaciones descritas para
paciente hospitalizados
 MUESTRAS CLÍNICAS

Técnica de recolección: Instruir al paciente para que tosa con fuerza y profundamente, con el fin de
obtener una muestra que provenga del tracto respiratorio inferior, libre de saliva contenida en la cavidad
oral, la cual debe expectorar directamente en un recipiente estéril de boca ancha de tapa rosca.

Se revisa si la muestra contiene mucha saliva y en dado caso se solicita nueva muestra para procesarla. La
muestra se inocula generalmente en agar sangre, agar chocolate, agar Mac Conkey. Se aísla e identifica el
agente hasta el antibiograma si se requiere. Se realiza examen directo con colocación específica para
micobacterias (baciloscopia).

Enfermedades
asociadas: neumonía,
tuberculosis
pulmonar.
 MUESTRAS CLÍNICAS
3. Muestras de: heces (Materia fecal) Muestra para: coprocultivo.

Cuidados y recomendaciones:
• No cultive muestras de consistencia dura.
• Para estudio de Rotavirus y Clostridium difficile, enviar muestra diarreica y no
utilizar escobillón.
• En el caso de pacientes pediátricos, si no es posible recoger muestra de
materia fecal se puede tomar la muestra a través de frotis rectal.
• No se recomienda realizar coprocultivo de rutina para pacientes con estancia
hospitalaria mayor de 3 días, a no ser que el diagnóstico de ingreso haya sido
gastroenteritis.

Técnica de recolección: Recolectar en lo posible más de 2 cc o gramos de

materia fecal
 MUESTRAS CLÍNICAS

La muestra se inocula generalmente en agar sangre, agar Mac Conkey, agar XLD, agar SS.
Se identifica el microorganismo presente, en caso de sospecha de agentes poco
frecuentes o no habituales se debe informar para inocular medios de cultivo especiales.
Se realiza examen coproscópico

Enfermedades asociadas:
Enfermedad diarréica aguda,
shigelosis, salmonelosis,
fiebre tifoidea, cólera.
 MUESTRAS CLÍNICAS

4. Muestras de: orina. Muestra para: Urocultivo

Cuidados y recomendaciones: Realizar higiene de genitales: en mujeres,

es necesario lavar el vestíbulo vaginal y la entrada de la uretra con agua
jabonosa, enjuagar con abundante agua. Secar y separar los labios e
iniciar la micción. En el hombre se debe hacer retracción del prepucio y
lavar el meato urinario con agua jabonosa, enjuagar con abundante agua y
secar. Con el prepucio retraído iniciar la recolección de la orina. En
pacientes ambulatorios es ideal recoger la muestra de la primera micción
del día. La orina debe procesarse inmediatamente o en el menor tiempo
posible (guardándose en el refrigerador). Enfermedades
asociadas: Cistitis,
A la muestra se le realiza un examen con tinción de orina sin centrifugar o uretritis, pielonefritis
del sedimento, cultivo para recuento e identificación, antibiograma.
 MUESTRAS CLÍNICAS

5. Muestra: Secreción uretral.

Cuidados y recomendaciones: Verificar que se haya realizado una limpieza

adecuada de los genitales externos previamente, para eliminar
secreciones contaminantes. La muestra se debe tomar al menos una hora
después de que el paciente haya orinado.
Recolección de la muestra: Inserte un asa bacteriológica de argolla o un
escobillón fino estéril pequeño 1 a 2 cm dentro de la uretra, rótelo y
déjelo introducido al menos por 2 segundos para facilitar la absorción.

De la muestra obtenida se realiza un examen directo coloreado con Gram, Enfermedades

se siembra en agar sangre, agar chocolate y agar Thayer-Martin. Se aísla e asociadas: uretritis
identifica el agente. gonocócica, uretritis
no gonococcica.

6
 MUESTRAS CLÍNICAS

6. Muestra de: Secreciones cervicales

Cuidados y recomendaciones:

La paciente debe haber suspendido el tratamiento antibiótico, aplicación de óvulos o

duchas vaginales 3 días antes de la toma de la muestra. Evitar tener relaciones sexuales
3 días antes de la toma de la muestra y no realizar la toma durante el sangrado
menstrual. Este procedimiento está contraindicado en pacientes embarazadas. Utilizar
espéculo estéril o desechable.

No usar lubricantes durante el procedimiento. En caso de sospechar presencia de

Chlamydia trachomatis tomar la muestra con el escobillón de transporte
correspondiente suministrado por el laboratorio; en este caso no se realiza extendido
en lámina de vidrio.
 Recolección de la muestra:
• Con un primer escobillón estéril remover moco y secreciones del orificio de entrada del cuello
cervical, y desecharlo.
• Con un nuevo escobillón estéril tome cuidadosamente la muestra del canal endocervical y
colóquelo en tubo estéril con tapa rosca o tapón de caucho.
• Con otro escobillón realice extendido en lámina de vidrio para el examen directo.

De la muestra obtenida se realiza un examen directo coloreado con Gram, se siembra en agar sangre,
agar chocolate y agar Thayer-Martin. Se aísla e identifica el agente

Enfermedades
asociadas: vaginitis
 MUESTRAS CLÍNICAS

7. Muestras de: Líquido cefalorraquídeo

Muestra obtenida por punción lumbar. Cuidados y

recomendaciones:
• Procedimiento realizado por personal médico.
• Utilice técnica aséptica.
• En el caso de recolectar la muestra por punción lumbar,
recomendar al paciente luego del procedimiento permanecer
acostado en posición horizontal de 4 a 6 horas.
Recolección de la muestra:
• Realice preparación de piel.
• Obtenga de 1 a 2 ml de muestra en mínimo 3 tubos estériles secos con tapa
rosca o tapón de caucho para estudio citológico, citoquímico y microbiológico.
Esta muestra sirve para la búsqueda de micobacteriosis extrapulmonar.
• Si se requiere PCR (reacción en cadena de polimerasa) paran infecciones por
enterovirus, herpes simple virus o sospecha de tuberculosis, recolectar un tubo
adicional de 1ml y conservar a la menor temperatura posible (debajo de - 10ºC).

La muestra se separa para estudio citoquímico, molecular y microbiológico. Para

el estudio microbiológico la muestra se inocula generalmente en agar sangre y
agar chocolate. Se identifica cualquier microorganismo presente. Se realiza
examen directo coloreado con Gram, tinta china. Enfermedades
asociadas: meningitis.
 MUESTRAS CLÍNICAS

8. Muestras de: sangre. Muestra para: Hemocultivos

La muestra de sangre regularmente se obtiene por de punción periférica (venipuntura) y en rigurosas condiciones de
asepsia. Cuidados y recomendaciones:
• Realizar lavado de manos quirúrgico.
• Mantener técnica aséptica durante todo el procedimiento.
• Utilizar campo estéril para evitar tener contacto con áreas circundantes que ofrezca el riesgo de contaminación.
• Colocar mascarilla al paciente.
• Realizar antisepsia de la zona a puncionar; no palpe la vena sin guantes estériles una vez preparada la piel. • Utilizar
otros guantes estériles para cada punción.
• No cambiar la aguja para envasar la sangre en los frascos colectores.
• Limpiar el tapón del frasco colector con alcohol al 70% antes de puncionar para envasar la muestra.
• Obtener 8 a 10 cc de sangre para cada frasco en pacientes adultos.
• Obtener cada muestra de sitios anatómicos diferentes y con un intervalo de 10 a 15 minutos.

En pacientes pediátricos el volumen de los hemocultivos se ajusta de acuerdo a la edad: • Prematuros extremos
(menos de 1000 gr) 0,5 ml. • Neonatos hasta 1 ml. • Lactantes y niños hasta 6 años 2-3 ml. • Mayores de 6 años 5-10
ml.
La muestra se inocula generalmente en medio bifásico Ruiz-Castañeda, una vez aislado e identificado el
agente, se realiza el respectivo antibiograma.

Enfermedades asociadas: endocarditis, bacteremia, septicemia.

9. Muestras de piel y mucosas: Abscesos Muestra para: Cultivo de Heridas abiertas

Cuidados y recomendaciones:
• Limpiar la herida del borde hacia afuera con gasa impregnada con solución salina
normal y alcohol isopropílico al 70%, con el fin de evitar la contaminación de la
muestra con flora colonizante que no está realmente implicada en el proceso
infeccioso.
• Lavar la parte interna de la herida con solución salina abundante, sin presión. No
usar antisépticos.
 Técnica de recolección:
• Aspire si es posible o pase un escobillón
dentro de la herida. Tome la muestra con dos
escobillones.
• Si emplea medio de transporte coloque uno
en dicho medio y con el otro haga un extendido
en lámina de vidrio.
• Si no tiene medio de transporte coloque los
escobillones en un tubo estéril con tapa.
10. Muestra para: Cultivo de Heridas cerradas.

Cuidados y recomendaciones:
• Herida cerrada con órgano adyacente estéril: lavar con jabón y soluciones
antisépticas a base de yodopovidona o clorhexidina. Posteriormente aplicar alcohol
isopropílico al 70%.
• Herida cerrada con órgano adyacente no estéril: limpiar con solución salina normal y
luego alcohol isopropílico al 70%.
• Cuando se toman muestras para anaerobios por aspiración no se recomienda colocar
tapón de caucho en la aguja, por riesgo de accidente biológico. Utilice el capuchón de
la aguja.
 Colocar el material obtenido en tubo estéril con tapa o dejar el
material en la jeringa, mantener las condiciones ideales para el
crecimiento de gérmenes anaerobios evitando la exposición de la
muestra al medio ambiente.

• Cuando no se realiza punción-aspiración, tomar la muestra con

los escobillones del medio de cultivo para anaerobios.

La muestra se inocula generalmente en agar sangre y agar Mac

Conkey, en casos requeridos en medios para búsqueda de
anaerobios. Se identifica el microorganismo presente. Se realiza
examen directo coloreado con Gram.

Enfermedades asociadas: celulitis, forunculosis, abscesos

subcutáneos y musculares.
 Formando líderes para la
construcción de un nuevo país en
paz