UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DEL ESTADO DE MORELOS

FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

Biología Molecular

IV. Biología genómica

Dr. Alexis J. Rodríguez Solís

1
 Neutralismo y reloj molecular
 Neutralismo:
 La teoría neutralista de la evolución molecular establece que la
gran mayoría de los cambios evolutivos a nivel molecular son
causados por la deriva genética de mutantes y no mutantes
selectivamente neutros.
 Deriva genética:
 Es una fuerza evolutiva que actúa junto con la selección
natural cambiando las frecuencias alélicas de las especies en el
Motoo Kimura tiempo. Es un efecto estocástico que es consecuencia del muestreo
aleatorio en la reproducción y de la pérdida de unos alelos por azar
Japón (1924-1994)
y no por selección natural.
 Se trata de un cambio aleatorio en la frecuencia de alelos de una
generación a otra. Normalmente se da una pérdida de los alelos
menos frecuentes y una fijación (frecuencia próxima al 100%) de los
más frecuentes, resultando una disminución en la diversidad
genética de la población.
Neutralismo

 Evolución a nivel molecular

 La mayor parte de las mutaciones

son selectivamente neutras

 La deriva genética es el
mecanismo más importante
Neutralismo vs sección natural
Neutralismo
 Ejemplo: Hemoglobina

 En 1980, dos genes de la hemoglobina fueron

secuenciados.

 Aunque ambos codificaban el mismo producto, sus secuencias

de nucleótidos diferían en el 0.8% si sólo se tenían en cuenta
las sustituciones de un aminoácido por otro, y en un 2.4% si se
incluían en la comparación los aminoácidos presentes en un
gen y ausentes en otro.
 Otros genes secuenciados posteriormente en otros organismos
llevaban a la misma conclusión: en la secuencia de ADN, los
organismos quizá sean heterocigotos para todos sus loci.
 La gran variación revelada por estos estudios constituye uno
de los fundamentos de la teoría neutralista, otro de los
desafíos a la teoría sintética.
Nueutralismo: Polimorfismo
 Biología:
 Diversidad de aspecto que, en algunas especies, presentan los individuos de una
población en el mismo estadio de desarrollo.
 Genética:
 Hace referencia a la existencia en una población de múltiples alelos de un gen. Es decir,
un polimorfismo es una variación en la secuencia de un lugar determinado del ADN entre
los individuos de una población.

 En cuanto al polimorfismo, los neutralistas sostienen que este es

selectivamente neutro y que se mantiene en una población mediante el aporte
mutacional y la eliminación al azar.

 Desde el punto de vista neutralista, el polimorfismo y la evolución molecular

no son dos fenómenos distintos: el polimorfismo es sólo una fase de la
evolución molecular.
Nueutralismo:
El Reloj molecular

 Un gen o proteína se pueden considerar relojes

moleculares, puesto que su tasa de evolución es
relativamente constante a lo largo de períodos largos, y
toma valores semejantes en distintas especies.
El Reloj molecular
 La noción de "reloj molecular" fue acuñada por Emile
Zuckerkandl y Linus Pauling, quienes en 1962 subrayaron que
la cantidad de diferencias en los aminoácidos de
la hemoglobina entre linajes encajaba con la tasa evolutiva
de divergencia basada en la evidencia fósil.

 Esta observación fue generalizada, afirmando que la tasa de

Emile Zuckerkandl cambio evolutivo de cualquier proteína específica era
Austria (1922-2013)
aproximadamente constante a lo largo del tiempo y de
diferentes linajes.

 Asimismo, se aplicó a la evolución de las secuencias de ADN,

en particular a la teoría de la evolución neutra.

Linus Pauling
EUA (1901-1994)
El Reloj molecular

 Las mutaciones neutras alteran el ADN de diferentes linajes de manera

independiente.

 Si es poco el tiempo en que divergieron dos especies entonces se han

acumulado pocas mutaciones en el ADN de cada uno.

 Si es mucho tiempo desde la divergencia, entonces se han acumulado más

mutaciones.

 Por eso el número de mutaciones diferentes entre el ADN de dos especies

diferentes indica los tiempos de divergencia de ambas especies.
El Reloj molecular
El Reloj molecular
 La hemoglobina está implicada en el transporte de oxígeno en la sangre; lo lleva desde
los pulmones a los tejidos, y devuelve el CO2 a los pulmones.
 En tiburones y vertebrados superiores, la molécula de hemoglobina es un tetrámero
formado por dos cadenas a y dos cadenas b idénticas. (En mamíferos, cada cadena a está
constituida por 141 aminoácidos y cada cadena b por 146 aminoácidos).

Tasa de evolución en el gen de la globina a. Los valores

por encima de la diagonal corresponden al porcentaje
observado de aminoácidos diferentes (P) entre las
secuencias de globina a en las especies.

Los valores por debajo de la diagonal son las diferencias

esperadas por residuo aminoacídico [k = – ln (1 – P)].

En la base de la tabla se muestran los valores medios de k

y los tiempos estimados de divergencia (en millones de
años).
 El Reloj molecular

Tiempo total: 2t

L: Longitud de la secuencia
n: Número de cambios
P: Proporción de cambios=n/L
λ: Tasa de sustitución por
Tiempo (t) aminoácido = P/2t
Dos secuencias de aminoácidos, cada una de las cuales ha sufrido una evolución
independiente a partir de un ancestro común durante t unidades de tiempo, están
separadas por un tiempo total de 2t unidades, puesto que hay t unidades de tiempo en cada
linaje después de la separación. La proporción de residuos aminoacídicos que difieren en la
secuencia se denomina P y el número total de residuos (aminoácidos) es L. En este
ejemplo concreto, L = 10 y P = 3 /10.
El Reloj molecular: Ecuaciones
 P a la proporción de aminoácidos diferentes que encontramos al comparar ambas proteínas (por
tanto, P=n/L). Designaremos como λ a la tasa de sustitución por aminoácido y por unidad de tiempo
(por tanto, λ=P/2t).
 Además, asumiremos que los cambios son independientes.
 La probabilidad de que un aminoácido no cambie en una unidad de tiempo es 1-λ y, por tanto, la
probabilidad de que un aminoácido no haya cambiado después de 2t unidades de tiempo es (1-λ)2t.
La probabilidad de que un aminoácido no haya cambiado después de 2t unidades de tiempo, deberá
ser igual a la proporción de aminoácidos que no han cambiado (1-P); por tanto:

 Tomando logaritmos:

 Si λ es la tasa de sustitución de aminoácidos por unidad de tiempo, la proporción esperada de

aminoácidos diferentes entre dos secuencias después de un tiempo t es k=2λt; por tanto:
Ejercicio:
 Calcula la proporción esperada de aminoácidos diferentes entre dos
secuencias de acuerdo a los siguientes proporciones de cambio:
 ¿Qué te indican estos valores?

Proporciones de cambio (P) Proporción de aminoácidos diferentes (K)

0.9 2.3026
0.8 1.6094
0.7 1.2040
0.6 0.9163
0.5 0.6931
0.4 0.5108
0.3 0.3567
0.2 0.2231
0.1 0.1054
0.01 0.0101
0.001 0.0010
0.0001 0.0001
Ejercicios:
 Calcular P y K para los siguientes grupos de secuencias, que secuencias tendrán menor
tiempo de divergencia.
Actividad Antimicrobiana
 A)
 IINTLQKYYCRVRGGRCAVLSCLPKEEQIGKCSTRGRKCCRRK Humana (Homo sapiens)
 IISGLQKYYCKIRSGQCALIGCLPKEEQIGRCSLRVRKCCRKK Toro (Bos Taurus)

 B)
 FWGALAKGALKLIPSLFSSFSKKD Alacrán (Pandinus imperator)
 FWGALAKGALKLIPAITNAFSSKK Alacrán (Heterometrus spinifer)

 C)
 FFGSLLSLGSKLLPSVFKLFQRKKE Alacrán (Centruroides suffusus suffusus)
 --GSALKIGAKLLPSVVGLFKKKKQ Hormiga (Pachycondyla goeldii)
Secuencias

43 aa
Humana (Homo sapiens)
Toro (Bos Taurus)

24 aa
Alacrán (Pandinus imperator)
Alacrán (Heterometrus spinifer)

25 aa
Alacrán (Centruroides suffusus suffusus)
Hormiga (Pachycondyla goeldii)
Alineando todas la secuencias
Alineando solo las de artrópodos
Alineando solo las de alacrán
Genes ortólogos, homólogos y parálogos
 Gen.
 Partícula de material genético que, junto con otras, se halla dispuesta en un orden
fijo a lo largo de un cromosoma, y que determina la aparición de los caracteres
hereditarios en los seres vivos.
 Homología.
 la homología de secuencias se refiere a la situación en la que las secuencias de dos
o más proteínas o ácidos nucleicos son similares entre sí debido a que presentan un
mismo origen evolutivo. Usualmente se puede concluir que dos secuencias son
homólogas sobre la base de la alta similitud que las mismas presentan.
 Similitud.
 No obstante, la similitud de secuencias es un resultado que proviene directamente
de la observación, mientras que la homología es una interpretación de que una alta
similitud entre dos secuencias se debe a que las mismas poseen un origen común.
Genes homólogos

 Se refiere a la situación en la que

las secuencias de dos o
más proteínas o ácidos
nucleicos son similares entre sí
debido a que presentan un mismo
origen evolutivo.
Genes ortólogos

 Son aquellas secuencias homólogas que se han

separado por un evento de especiación.

 Es decir, cuando una especie diverge en dos

especies separadas, las copias divergentes de un
mismo gen en las especies resultantes se dice que
son ortólogas.

 En otras palabras, las secuencias ortólogas son las

secuencias que se encuentran en diferentes
especies y que son altamente similares debido a
que se han originado en un ancestro común
Genes parálogos

 Las secuencias homólogas se dicen parálogas si las

mismas se hallan separadas por un evento
de duplicación.