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MSc(e). BIOTECNOLOGÍA
UNIVERSIDAD LIBRE
BARRANQUILLA COLOMBIA
2018
INTRODUCCIÓN
"COMBUSTIÓN ENZIMÁTICA" DE LA LIGNINA.
La lignina, es el polímero aromático más abundante en la tierra (con una masa total de
aproximadamente 160 gigatoneladas) y el segundo compuesto, detrás de la celulosa, en contribuir a la
biomasa terrestre (Schimmel et al., 1994).
Sus funciones biológicas, dar rigidez a las plantas vasculares y proteger sus polisacáridos estructurales
(celulosa y hemicelulosa) del ataque microbiano, son consistentes con el hecho de que la lignina es
probablemente el compuesto orgánico natural más recalcitrante a la biodegradación (Hammel, 1997).
Una vez que los árboles y otras plantas leñosas mueren y su biomasa se incorpora al suelo, este material
recalcitrante debe ser biodegradado y reciclado por los microorganismos para mantener el ciclo natural
del carbono.
Los principales organismos responsables de la degradación de los materiales lignocelulósicos son hongos
filamentosos, y entre ellos los degradadores más eficaces son los basidiomicetos (Crawford, 1981;
Eriksson et al., 1990). De todos los basidiomicetos, los más interesantes son los llamados de
podredumbre blanca, por su capacidad para degradar extensamente la lignina (Kirk y Farrell, 1987).
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
• Martinez D et al., "Secuencia del genoma del hongo degradante de lignocelulosa Phanerochaete chrysosporium cepa RP78", Nat Biotechnol, 2004 Jun; 22 (6): 695-
700.
INTRODUCCIÓN
"COMBUSTIÓN ENZIMÁTICA" DE LA LIGNINA.
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
• Martinez D et al., "Secuencia del genoma del hongo degradante de lignocelulosa Phanerochaete chrysosporium cepa RP78", Nat Biotechnol, 2004 Jun; 22 (6): 695-
700.
INTRODUCCIÓN
SISTEMA LIGNINOLÍTICO DE LOS HONGOS DE
PODREDUMBRE BLANCA
La naturaleza recalcitrante y heterogénea de la lignina da lugar a
que los hongos de podredumbre blanca deban emplear métodos
inusuales de biodegradación capaces de hacer frente a varios
problemas (Hammel, 1997).
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
• Martinez D et al., "Secuencia del genoma del hongo degradante de lignocelulosa Phanerochaete chrysosporium cepa RP78", Nat Biotechnol, 2004 Jun; 22 (6): 695-
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INTRODUCCIÓN
PEROXIDASAS LIGNINOLÍTICAS.
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
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INTRODUCCIÓN
LACASAS.
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INTRODUCCIÓN
OXIDASAS PRODUCTORAS DE H2O2
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
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700.
INTRODUCCIÓN
METABOLITOS DE BAJO PESO MOLECULAR
ligninolíticos que han sido estudiados en relación con la degradación de la lignina. Antes incluso del
descubrimiento de la LiP, Shimada et al. (1981) observaron que P. chrysosporium sintetizaba VA de forma
paralela a la aparición de la actividad ligninolítica, observándose posteriormente que este metabolito tenía
un efecto positivo sobre la producción de LiP (Faison et al.,1986).
Por el contrario, en la oxidación de compuestos fenólicos (Harvey y Palmer, 1990; Chung y Aust, 1995;
Koduri y Tien, 1995) y colorantes de tipo azo (Paszczynski y Crawford, 1991) que inhiben la LiP en
ausencia de VA, el radical catiónico del VA actúa como mediador redox, y lo mismo se ha propuesto para
la oxidación de algunos sustratos aromáticos no fenólicos (Tien y Ma, 1997).
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
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INTRODUCCIÓN
APLICACIONES BIOTECNOLÓGICAS
La capacidad que presentan los hongos de podredumbre blanca para degradar el polímero de lignina los
ha convertido en herramientas potenciales en distintas fases de la fabricación de papel (Martínez et al.,
1992; Bajpai y Bajpai, 1998), que supone el más importante uso industrial no alimenticio de la biomasa
vegetal en el mundo.
La obtención de la pasta de celulosa con la que se fabrican las hojas de papel implica básicamente el
aislamiento de la fibras celulósicas que constituyen la mayor parte de la estructura de la madera, por
medios químicos o mecánicos, hasta obtener una suspensión acuosa (pasta de papel). Puesto que la
lignina actúa como una especie de cemento entre las fibras, su eliminación es un paso clave en este
proceso. Además, los compuestos derivados de la lignina son los responsables del color de la pasta
obtenida químicamente, que debe ser eliminado antes de fabricar el papel.
El tratamiento de la madera con hongos capaces de degradar la lignina en un paso previo a la fabricación
de la pasta (en procesos de “biopasteo”) podría reducir el gasto energético en este proceso, al eliminarse
parcialmente el "cemento" entre las fibras.
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
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OBJETIVOS
MATERIALES Y MÉTODOS
ORGANISMOS Y VECTORES
Cepas de E. coli
DH5α (Hanahan, 1983): La cepa bacteriana se cultivo a 37ºC en placas con medio LB sólido, con
resiembras periódicas conservadas a 4ºC. Para su conservación de forma indefinida a -80ºC, se añadió
glicerol al 20% a cultivos que habían crecido en medio LB líquido (Sambrook y Russell, 2001).
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
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MATERIALES Y MÉTODOS
ORGANISMOS Y VECTORES
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
• Martinez D et al., "Secuencia del genoma del hongo degradante de lignocelulosa Phanerochaete chrysosporium cepa RP78", Nat Biotechnol, 2004 Jun; 22 (6): 695-
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MATERIALES Y MÉTODOS
ORGANISMOS Y VECTORES
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
• Martinez D et al., "Secuencia del genoma del hongo degradante de lignocelulosa Phanerochaete chrysosporium cepa RP78", Nat Biotechnol, 2004 Jun; 22 (6): 695-
700.
MATERIALES Y MÉTODOS
CLONACIÓN DE GENES Y CONSTRUCCIÓN DEL VECTOR DE EXPRESIÓN.
1. 1 ml TRIzol®,
2. Homogenizar 5 min 12000 g (4-10 °C)
3. Incubar durante 5 min
4. Agregar 0,2 mL de cloroformo
5. Incubar durante (2-3) min
6. Centrifugar 15 min a 12000 g (4 °C)
La parte Acuosa superior transparente (Contiene ARN), las capas interfásicas
(Contienen el ADN) y las capas rojas orgánicas inferiores (Contienen las
proteínas).
• Burdsall, H.H. Jr.; Eslyn, W.E. 1974. A new Phanerochaete with a Chrysosporium imperfect state. Mycotaxon. 1(2):123-133.
• Martinez D et al., "Secuencia del genoma del hongo degradante de lignocelulosa Phanerochaete chrysosporium cepa RP78", Nat Biotechnol, 2004 Jun; 22 (6): 695-
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MATERIALES Y MÉTODOS
REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR).
1 CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCGACGT-------------CACGAGATCTCAACCCCCTGCCGCC
2 GCCTTAAGGGCTTGGAGCTGTTCGCTGCA------------GTGCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG
CEBADOR 2
GCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG
--CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCGACGT-------------CACGAGATCTCAACCCCCTGCCGCC
CEBADOR 1
CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCG
GCCTTAAGGGCTTGGAGCTGTTCGCTGCA------------GTGCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG----
Los cebadores se diseñaron con sitios de restricción EcoRI y XbaI insertados (subrayados) que permiten
la clonación direccional del ADN amplificado en el marco con la secuencia líder del factor α en el vector de
expresión pPICZαA.
MATERIALES Y MÉTODOS
REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR).
La amplificación se llevó a cabo en las siguientes condiciones:
GCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG
---CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCGACGT-------------CACGAGATCTCAACCCCCTGCCGCC
Sitio de corte
Sitio de corte
CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCG
GCCTTAAGGGCTTGGAGCTGTTCGCTGCA------------GTGCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG------
XbaI
EcoRI
GCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG
---CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCGACGT-------------CACGAGATCTCAACCCCCTGCCGCC
Extremos cohesivos
CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCG
GCCTTAAGGGCTTGGAGCTGTTCGCTGCA------------GTGCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG------
Extremos cohesivos
MATERIALES Y MÉTODOS
Clonación con vector pUCm-T-lipH2 :
GCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG
---CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCGACGT-------------CACGAGATCTCAACCCCCTGCCGCC
Extremos cohesivos (b)
CGGAATTCCCGAACCTCGACAAGCG
GCCTTAAGGGCTTGGAGCTGTTCGCTGCA------------GTGCTCTAGAGTTGGGGGACGGCGG------
Extremos cohesivos (a)
ADN Ligasa
XbaI EcoRI
fragmento de 1050 pb
pPICZαA
pPICZαA-lipH2
MATERIALES Y MÉTODOS
Transformación de P. pastoris:
pPICZαA-lipH2
pPICZαA-lipH2
P. pastoris X-33
P. pastoris X-33
MATERIALES Y MÉTODOS
Selección de colonias recombinantes :
Electroporación de impulso
P. pastoris X-33
(MM) (MD)
Replicación
Crecieron
Fenotipos que Se seleccionaron todo los
Fenotipos Mut+ Normalmente
utilizan metanol transformantes Mut+
(MM) y (MD)
3-4 d de incubación “Los Mut- fenotipos crecieron muy
lentamente en las placas de MM”.
La inserción se
cebadores universales utilizados comprobó mediante
PCR
5'AOX1
(secuencia: 5'-GACTGGTTCCAATTGACAAGC-3') Analizado por secuenciación
de ADN
3'AOX1
(secuencias: 5'-GCAAATGGCATTCTGACATCC-3')
MATERIALES Y MÉTODOS
Generación de recombinantes multicopia:
Pichia pastoris es capaz de integrar múltiples copias de ADN transformante mediante recombinación en el
genoma en sitios de homología de secuencia. La cepa de Pichia recombinante que se había confirmado con la
integración de lipH2 se usó como receptor en este experimento de transformación para generar los
recombinantes de múltiples copias.
Colonias recombinantes Placas en YPDS (Zeocina)
Electroporación de Pichia
múltiples.
Selección
1000 μg/ml de Zeocina
verificación Controles
El cultivo del transformante de P. pastoris incluyó dos fases: una fase de crecimiento en glicerol y una fase de
inducción en metanol.
(extracto de levadura al 1%,
peptona al 2%, fosfato de Se Incubó a 30ºC y 250 r/min
Primera fase potasio 100 mmol/L, pH 6,0, durante aproximadamente 18 h.
Cepas de P.
pastoris Mut +
YNB al 1,34%, (4×10-5) % de
biotina, 1% de glicerol)
Medio complejo en
matraces de 250 ml
tamponado 50 mL
(Glicerol)
Se Centrifugó
10000 x g durante Precipitado, Se evaluaron por electroforesis en gel
1 minuto dodecilsulfato de sodio-PAGE (SDSPAGE).
Los resultados de la secuenciación mostraron que el fragmento amplificado, ADNc de LiPH2, que es exactamente
el mismo que el descrito previamente (de Boer, 1987), codifica una proteína con 350 aminoácidos y no contiene
el péptido señal putativo de 21-aa. El vector pUCm-T-lipH2 se muestra en la Figura 1.
Los resultados de la PCR y del análisis de la secuencia indican que el gen de la lignina peroxidasa de P.
chrysosporium se clonó con éxito en P. pastoris.
La peroxidasa de lignina no se detectó en el cultivo de recombinante de copia baja o de copia única. Los
resultados indican que el recombinante de múltiples copias es más eficiente en la producción de lignina
peroxidasa.
GRACIAS
LIGNINA
• E. Sjöström (1993). Wood Chemistry: Fundamentals and Applications. Academic Press. ISBN 0-12-647480-X.
• Taiz, Lincoln; Zeiger, Eduardo (2006). Fisiología vegetal 1. Universitat Jaume I. p. 549. ISBN 9788480216012. Consultado el 24 de mayo de 2012.
CCAGTCAGCCGAACCGGACATGGCCTTCAAGCAGCTCTTCGCCGCGATCACCGTCGCCCTCTCGCTCAC
CGCTGCCAACGCGGCCGTGGTCAAGGAGAAGCGCGCCACCTGCGCCAACGGCAAGACCGTCGGCGACGCG
TCCTGCTGCGCCTGGTTCGATGTCCTCGACGACATCCAGGCAAACATGTTCCATGGCGGCCAGTGCGGCG
CCGAGGCGCACGAGTCGATCCGTCTCGTCTTCCACGACTCCATCGCCATCTCGCCCGCCATGGAGGCCAA
GGGCAAGTTCGGCGGCGGCGGTGCCGACGGCTCGATCATGATCTTCGATACTATCGAGACTGCATTCCAC
CCCAACATCGGTCTCGACGAGGTCGTCGCGATGCAGAAGCCGTTCGTCCAGAAGCACGGTGTCACTCCCG
GAGACTTCATCGCCTTCGCCGGTGCTGTCGCGCTCAGCAACTGCCCGGGTGCTCCGCAGATGAACTTCTT
CACCGGCCGCAAGCCCGCTACCCAGCCTGCTCCGGACGGTCTCGTCCCCGAGCCCTTCCACACCGTCGAC
CAGATCATCGCCCGCGTGAACGACGCCGGTGAGTTCGATGAGCTCGAGCTCGTCTGGATGCTTTCTGCCC
ACTCCGTTGCTGCAGTCAACGATGTGGACCCGACCGTCCAGGGCCTGCCCTTCGACTCCACCCCCGGAAT
CTTCGACTCGCAGTTCTTCGTCGAGACTCAGTTCCGTGGCACTCTCTTCCCCGGCTCCGGTGGCAACCAG
GGTGAGGTCGAGTCCGGTATGGCCGGCGAGATCCGCATCCAGACCGACCACACTCTCGCCCGCGACTCCC
GCACCGCTTGCGAGTGGCAGTCGTTCGTCAACAACCAGTCCAAGCTCGTCGACGACTTCCAGTTCATCTT
CCTCGCCCTCACTCAACTCGGCCAGGACCCGAACGCGATGACCGACTGCTCCGACGTCATCCCCCTCTCG
AAGCCCATCCCCGGCAACGGCCCCTTCTCCTTCTTCCCGCCCGGCAAGTCCCACAGCGACATCGAGCAGG
CTTGCGCCGAGACCCCCTTCCCCAGCCTCGTCACCCTCCCCGGCCCCGCCACCTCGGTCGCTCGCATCCC
CCCGCACAAGGCCTAAATTCTTGCAGAATCGGCTGCGATGTTAACGGTTATCCTACTCAACGGTCCATTC
GTCACGGAATATCGGTCTCTGTACTAGAAGTGTTCCTCTCGTGTATCCCAGTGTATTGTTTGCATCCCGT
GTCCAAGAATCAATCCGGATTGTATTCACCTAAA