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Bioquímica Aplicada
METABOLISMO MICROBIANO
• Los ingenieros debemos ver la célula como
un micro-reactor.
METABOLISMO:
conjunto ordenado de reacciones químicas
que permiten a la célula obtener energía y
poder reductor, así como sintetizar
macromoléculas.
Tipos de metabolismo
• metabolismo primario.
Implica producir la energía, y nuevas moléculas
que necesita para sus acciones vitales de
supervivencia y reproducción.
• metabolismo secundario.
La formación de productos es consecuencia de
una serie de reacciones internas que la célula
realiza como una forma de defensa contra
condiciones adversas.
BASES DEL METABOLISMO PRIMARIO
• La célula es mucho más que un simple reactor por que
tiene la particularidad de generar su propia energía y al
mismo tiempo de reproducirse a gran velocidad
(aproximadamente cada 20 minutos en bacterias, como
E. coli).
• Toda célula viva debe realizar entre otras las siguientes
funciones:
– Asimilación de nutrientes y excreción de los productos
metabólicos.
– Desdoblamiento de moléculas grandes y síntesis de los
componentes celulares (proteínas, lípidos, nucleótidos,
etc).
– Movimientos, contracciones y otras funciones físicas
propias de cada tipo de célula.
– Reproducción.
FASES DEL METABOLISMO:
• ANABOLISMO :
Formación o síntesis de compuestos químicos (Biosíntesis)
• CATABOLISMO :
Degradación o descomposición de compuestos
consumen
METABOLISMO
ENERGÍA
liberan
REACCIONES CATABÓLICAS
(DEGRADACIÓN)
PRINCIPIOS DE BIOENERGETICA
(Termodinámica Bioquímica)
• Procesos endergónicos:
se manifiestan durante los
procesos anabólicos;
requieren que se le añada
energía a los reactivos
(sustratos o combustibles
metabólicos
• Procesos exergónicos:
se libera energía como
resultado de los procesos
químicos (ej, el catabolismo de
macromoléculas)
• Las reacciones endergónicas se
llevan a cabo con la energía
liberada por las reacciones
exergónicas.
Acople catabolismo-anabolismo
MOVIMIENTO
OSMOSIS
FUENTES DE ENERGÍA
CATABOLISMO ADP
ANABOLISMO
ATP
CALOR
PRODUCTOS PRECURSORES
TRANSPORTADORES DE ENERGÍA
La energía en la célula se transporta como energía química
(ATP)
Estructura del ATP
Estructura del ATP
g b a
HIDRÓLISIS DEL ATP
• PPi + H2O 2 Pi
ATP como moneda de intercambio de energía
• MOVIMIENTO
• TRANSPORTE ACTIVO
• BIOSÍNTESIS
• AMPLIFICACIÓN DE SEÑALES
ATP ADP
• OXIDACIÓN DE MOLÉCULAS
COMBUSTIBLES
• FOTOSÍNTESIS
COMPUESTOS RICOS EN ENERGÍA :
•Muchos procesos
químicos celulares de gran
importancia: fotosíntesis,
respiración celular, etc.
son procesos de
oxidación-reducción.
•Así, por ejemplo la
glucosa se oxida al perder
electrones en la Ciertas coenzimas actúan
transportando estos electrones desde
respiración celular, las sustancias que se oxidan a las
mientras que el oxígeno que se reducen: los transportadores
los capta y se reduce. de electrones
PODER REDUCTOR: NAD+
El poder
Sitio reactivo reductor se
refiere a la
capacidad de
ciertas
biomoléculas
de actuar
como
donadoras de
electrones en
reacciones
metabólicas.
FLAVINA ADENINA
DINUCLEÓTIDO
REACCIONES REDOX
• NAD+ + 2 H+ + 2 e- NADH + H+
• FAD + 2 H+ + 2 e- FADH2
TRANSPORTE DE NUTRIENTES
• Mecanismos de transporte
–Difusión facilitada
–Transporte activo: (cambio
conformacional, translocación de
grupos)
Difusión
Transporte activo
Requiere gasto de
energía para
transportar la
molécula de un lado
al otro de la
membrana.
Ocurre contra el
gradiente de
concentración.
La célula utiliza ATP
como fuente de
energía.
FUENTES DE MATERIA Y ENERGIA
• Según las fuentes de carbono y de energía pueden ser:
Por fuentes de carbono:
• Autótrofos. Fuente de C, el CO2
• Heterótrofos. Moléculas carbonadas complejas
Por fuentes de energía.
• Fotótrofos. Fuente de E la luz
• Quimiótrofos. Fuente de E química. Descomposición de
moléculas reducidas
Combinaciones
• Los quimiolitoautótrofos
obtienen energía de la oxidación de compuestos
inorgánicos y carbono de la fijación del CO2. Ejemplos:
bacterias nitrificantes, bacterias oxidantes del azufre, bacterias oxidantes
del hierro,etc.
• Los fotolitoautótrofos
obtienen energía de la luz y carbono de la fijación
del CO2, usando compuestos inorgánicos como
equivalentes reductores. Ejemplos: Cyanobacteria (agua como
equivalente reductor), Chlorobiaceae, Chromaticaceae (sulfuro de
hidrógeno).
Combinaciones
• Los quimiolitoheterótrofos
obtienen energía de la oxidación de compuestos
inorgánicos, pero no pueden fijar CO2. Ejplo: algunos
Nitrobacter spp., Wolinella (con hidrógeno como equivalente reductor),
algunas bacterias oxidantes del hidrógeno.
• Los fotoorganotrófos
obtienen energía de la luz y el carbono y los
equivalentes reductores de compuestos orgánicos.
Clasificación según la obtención de energía y materia
ENERGÍA MATERIA
Degradación de GLUCOGENOLISIS
Vías glucógeno
Metabólicas
de Glucosa Síntesis de GLUCONEOG
glucosa ENESIS
Vía pentosa
fosfato
GLICÓLISIS
anaerobia Lactato
Glucosa
QUIMIÓTROFOS
(quimiorganótrofos)
1) Fermentación
En la cual el proceso redox ocurre en ausencia de
aceptores de electrones terminales.
La obtención de energía es poca, ya que el piruvato
no está oxidado totalmente.
Pierde electrones
la energía liberada se usa
para formar ATP
Gana electrones
ENZIMAS: 2
1. Hexoquinasa 3
2. Glucosa fosfato
isomerasa 4
3. Fosfofructoquinasa 5
4. Aldolasa
5. Triosa fosfato 6
isomerasa
7
6. Gliceraldehido 3
fosfato deshidrogenasa 8
7. 3 fosfoglicerato quinasa
8. Mutasa 9
9. Enolasa 10
10. Piruvato quinasa
Glicolisis
Fase I 1
2
ENZIMAS:
1. Hexoquinasa
2. Glucosa fosfato 3
isomerasa
3. Fosfofructoquinasa
4. Aldolasa 4
5. Triosa fosfato
isomerasa 5
Glicolisis
Fase II 6
ENZIMAS: 7
6. Gliceraldehido 3
fosfato
deshidrogenasa 8
7. 3 fosfoglicerato
quinasa 9
8. Mutasa
9. Enolasa
10
10. Piruvato quinasa
Produce ribosa-5-Fosfato para síntesis de Ac. Nucleicos; Muchos azúcares con carbonos
≠ 6 (triosas, pentosas, heptosas) brindan la oportunidad de dar energía y convertirse luego
en gliceraldehido o fru-6- P . Esta ruta propicia la formación de NADPH2 agentes
VÍA FOSFOGLUCONATO reductores más importantes de la célula síntesis de colesterol hormonas …
ATP ADP
ATP ADP+Pi Vía alternativa
Fru-6- P Fru-1,6 Bi P
Glucosa Glu-6-P P Mg+2 Permite la partición forma
Mg+2 Mg+2 <ahora Fructo-6-Fosfato
triosas fosfato
Hexoquinasa Fosfogluco- si es quinasa
lisomerasa sustrato> Enzima limitante de Aldolasa
la Velc. Vía Glicoli.
En hígado es una enzima muy activa, 1 Glu 2(GA3 P]
fosforila en posición 6 a la glucosa; es Di OHA P GA 3 P Es el único que continua la vía metabólica
una enzima universal de organismos Triosa Fosfato isomerasa Oxidación y fosforilasa del GA3 P
vivos. Requiere ATP y Mg+2 y trabaja a NAD+
conc. Bajas de glucosa. Gliceraldebido Pi
Inhibidores 3-P +2
-Arseniato deshidrogenasa Mg NADH2 a pH 7.3 fisiológico
están ionizados
-Hg .
-Ac. Monoico Acético Ac. 1.3 DPG 1.3 DP Glicerato . . Se denominan Sales
VIA GLICOLITICA Es la 1ra. Rx vía
APD Fosforización Glicolítica donde se
• Funciona en todos los Difosfogli- Mg+2
a nivel del forma ATP
organismos vivos animales y ceroquinasa
ATP sustrato
Este Proceso
vegetales eucarioticos y ocurre 2 veces Pasa a la sangre, hígado y
procarioticos. es captado donde es
Ac. 3PG 3P Glicerato
convertido a glucosa
• Todas las enzimas están en el Gluconeo-génesis
Citosol. Fosfoglicero
-mutasa Mg+2 Lactato
Glicolisis 1mol Glucosa 2ml Ac. láctico Ac. 2PG Ac. Láctico
Inhibidor Complejo; Fluoruro 2 PG Glicerato
NAD+ Deshidroge-
Fosfato unido al Mg H2O
NADH2 nasa láctica
Enolasa Mg+2
Mg+2 Mn
• Todas las Isoenzimas requieren Ac. Fosfoenol Piruvico
Mg Piruvato Quinasa
Fosfoenol Piruvato Ac. Piruvico
• La fosferilzación de Glu es Tiene el mayor potencial Piruvato
ADP ATP
irreversible. energético de todos los
componentes tiene enlace Rx de Fosforilación a
fosfato de alta energía Nivel del Sustrato C. Krebs.
Reducción piruvato a Lactato es en escasa conc. O2.; permite a la
Glicólisis seguir funcionando
Ac. Láctico
…NAD+ Deshidrogenasa
Láctica
…NADH2
Piruvato deshidrogenasa
Ac. Fosfoerol Piruvato Quinasa Descarboxilación
Pirúvico Ac. Pirúvico COOH HSGA CO2 oxidativa del Piruvato
Piruvato
ADP ATP
C=0 H3CO-CO N SCoA
NAD NADH2 Acetil coenzima A
CH3
piruvato
CICLO DE KREBS
Ac 1, 3, DPG Ac 3, PG
Vía glicolítica 2 ATP Fosfogliceroquinasa
4 ATP
Glu
generado
2 ATP Piruvato quinasa
Fosforilar glucosa
Se consumen 2 ATP
Fosforilar Fruc - 6 P
47 Kcal Libera en
Degradar glucosa 100%
G 2 G3P -2 ATP
C6 2 ADP 2 C3P
FASE II:
2 Pi 4 ADP
2 G3P 2P +4 ATP
2 C3P 2 C3
4 ATP
NETO : +2 ATP
Mecanismos de generación de
energía
• Mecanismos de síntesis de ATP
Compuestos ricos en energía que intervienen
en la fosforilación a nivel de sustrato
Piruvato
Transaminación Descarboxilación
Carboxilación Oxidativa
Alanina Acetil Co A
Oxalacetato
Fermentación alcohólica
Fermentación láctica
Fermentación
acido-mixta
Fermentación
butanodiolica
Fermentación
propiónica
Diferentes rutas de fermentación
GLUCOSA
De Butadienol
Homoláctica
Del ácido
propiónico
De ácidos mixtos
Butanol-acetona
1.2. VIA PENTOSA FOSFATO
-generar NADPH y
• Ruta
catabólica en
Zymonona
mobilis
La vía de Entner-Doudoroff de fermentación. La reacción general es
Glucose -------> 2 ethanol + 2 CO2 + 1 ATP (net).
Zymonona móbilis
•Tiene capacidad de producción de bioetanol.
•Originalmente fue aislado de las bebidas alcohólicas, de palma
africana, el mexicano pulque, y como un contaminante de la sidra y la
cerveza en Europa.
•Z. mobilis degrada azúcares a piruvato utilizando la vía de Entner-
Doudoroff.
Transportador
Oxidación de electrones
Reducción
La generación de energía, es producto de reacciones de oxido-
reducción. Se oxida el NADH y se reduce el O2
Respiración aerobia
•Es una combustión controlada del sustrato.
•Glucólisis + Ciclo de Krebs o del Ácido Tricarboxílico (TCA)
COMBUSTIÓN RESPIRACIÓN
E
E E
E
C
CCC
C GLUCOSA CC C
C
CCC CC
C
C CC
CC
C E
C
C
C
E
Respiracion celular
FASE I
FASE II
FASE III
Coenzima-A. (Co-A)
PIRUVATO 3C
HS- CoA
NAD+
CO2
NADH+ H +
ACETIL - S - CoA 2C
Fase 2. Ciclo de Krebs
Se realiza en la Mitocondria.
•El ciclo de Krebs (de los ácidos tricarboxílicos o del ácido cítrico) es
una vía metabólica presente en todas las células aerobias, es decir, las
que utilizan oxígeno como aceptor final de electrones en la respiración
celular.
•Esta intimamente ligado a la Cadena Respiratoria
•Este ciclo aporta poder reductor (NADH2) a la cadena respiratoria y
libera CO2
•Función principal: oxidar completamente acetil CoA h hasta CO2 y
H2O.
•El ciclo de Krebs también proporciona precursores para muchas
biomoléculas, como ciertos aminoácidos. Por ello se considera una vía
anfibólica, es decir, catabólica y anabólica al mismo tiempo.
Enzimas que participan están en la Matriz mitocondrial.
Succinato Deshidrogenasa que está membrana mitocondrial.
1º Síntesis Citrato
Coenzima A
2 NADH2 HSCoA Isomerización
HSCoA CO2 2º Citrato a Isocitrato
2 Piruvato Citrato
2 Acetil CoA
Piruvato Deshidrogenasa
Deshidrogenación
NAD NADH2 Isocitrato y
3ºdescarboxilación
del Isocitrato
Oxalacetato NAD
Deshidrogenación de CO2
NADH2
Malato a Oxalacetato NADH2
8º
3ATP 3ATP α cetoglutarato
NAD 4ºDeshidrogenación
NAD
Malato ½ O2 tiva α
NADH2 cetoglutarato
Fijación de 1 mol de H2O 3ATP
CO2
7º H2O
Succinato
6º
Deshidrogenación del Succinato
1º Síntesis Citrato El C.K. se inicia con la condensación acetil CoA con
el oxalacetato
Forma Citrato + HSC.A
Citrato Sinteasa cataliza la condensación del: Monoflúor acetil CoA con Acetil
CoA + Oxalacetato Citroil CoA Citrato
H2O HSCoA
Citrato Sinteasa es una enzima importante en la regulación del ácido.
Se realiza en 2 etapas:
H2O H2O
3º Deshidrogenación y Descarboxilación del Isocitrato
Se realiza en 2 etapas:
NAD NADH2
CO2
Isocitrato Oxalsuccinato α Cetoglutarato
Nucleosido difosfato
Quinasa
Presdente en casi todos
los tejidos
Su función principal es la
transferencia de
electrones.
El conjunto de reacciones del ciclo ATC se resume en:
Acetil-CoA + 3H2O + 3NAD+ + FAD+ + ADP + Pi
Ácido graso
Glicerina
Glicerina Ácido graso
3 Ácidos grasos
Ácido graso
Lípido
Catabolismo de los lípidos
• El glicerol es absorbido como tal y rápidamente sufre
transformación a dihidroxiacetona fosfato.
Glicerol
Rutas de Gliceraldehído 3
3C
otros P
3C
Ácido Láctico
compuestos Aminoácidos
3C
3C
Ácido pirúvico
en la 3C
Ácidos
respiración Grasos
Ciclo
Otros de los ácidos
aminoácidos de tricarboxílicos
más de
3C
ANABOLISMO
• Son los procesos del metabolismo que tienen como resultado la síntesis de
componentes celulares a partir de precursores de baja masa molecular, por lo
que recibe también el nombre de biosíntesis.
• En estos procesos se consume energía. Los seres vivos utilizan estas reacciones
para formar, por ejemplo, proteínas a partir de aminoácidos.
• Mediante los procesos anabólicos se crean las moléculas necesarias para
formar nuevas células.
Ejemplos del Anabolismo:
• Fotosíntesis,
• Síntesis de proteínas,
• Síntesis de carbohidratos,
• Formación de glucosa a partir de piruvato. Gluconeogenesis,
• Síntesis de DNA a partir de nucleótidos.
Gluconeogenesis.
• Es un mecanismo de síntesis de glucosa.
•La gluconeogénesis es omnipresente, presente en las plantas,
animales, hongos, bacterias y otros microorganismos.
•El proceso es altamente exergónico. Por ejemplo, la vía que
conduce de piruvato a la glucosa-6-fosfato requiere 4 moléculas de
ATP y 2 moléculas de GTP.
GLUCONEOGENESIS
Sintesis de ácidos grasos
•En la etapa preparatoria, se produce malonil-CoA a partir de
acetil-CoA.
•El malonil-CoA, aporta dos de sus tres átomos de carbono al
esqueleto carbonado del ácido graso en crecimiento.
Síntesis de ácidos grasos
•Por acción enzimática se condensan un acetil-ACP y un malonil-ACP
(derivado del anterior), por lo que se juntan 4 carbonos de golpe.