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ARNs en E. coli
mRNA eucariote
tRNA
tRNA estructura primaria
Secuencia lineal de 60 a 95
nucletidos de longitud
( Comnmente 76).
tRNA estructura secundaria
La estructura de hoja de trbol
muestra los brazos y los bucles
o loops.
tRNA estructura terciaria
Nueve enlaces de hidrogeno
entre las bases en los bucles de
simple cadena y el plegamiento
Caracteristicas del tRNA de la estructura secundaria en
una estructura en forma de L
1. Brazo o tallo aceptor 7-bp apareadas del 5'-terminal
con el anticodon y el brazo con 3'-terminal. Puede contener
aceptor del aminocido en los
apareamientos no tipo Watson-Crick.
extremos opuestos de la
2. CCA cola Secuencia 3' terminal. En procariotes el CCA es transcrita, y en eucariotes
molcula.
CCA es adicionada post transcripcional.
3. El brazo D tallo de 4 bp que termina en un bucle o loop que contiene dihidrouridina.
4. El Brazo del anticodon tallo de 5 bp apareadas y contiene el loop del anticodon.
5. El Brazo TC tallo de 5 bp apareadas que contiene la secuencia TC donde es una
pseudouridina.
6. Un brazo variable, tRNAs de clase 1 contiene 3 a 5 bases y tRNA de clase 2 contiene
13 a 21 bases formando un tallo de 5 bases apareadas
7. Las bases que han sido modificadas por metilacin se encuentran fuera del anticodon.
Aminoacil-tRNA sintetasas
Catalizan la unin aminocido - tRNA.
Nomenclatura de tRNA-sintetasas and charged tRNAs
Aminoacido: serine
tRNA : tRNAser
aminoacyl-tRNA sintetasa: seryl-tRNA sintetasa
Aminoacyl-tRNA: seryl-tRNAser
Tipos de tRNA-sintetasas
Existen dos tipos de Aminoacil tRNA sintetasas clasificadas en la forma inicial de
la unin del aminoacido a la adenina del CCA terminal del tRNA:
CLASE I. Aminoacila inicialmente el 2 OH de la adenina, luego por una
transesterificacion esta unin se traslada al 3 OH. Comprende las sintetasas para
los tRNA de los aminoacidos: Leu,Ile,Val,Cys,Met,Glu,Gln,Arg,Tyr,Trp.
CLASE II. Aminoacila el 3 OH de la adenina. Comprende las sintetasas para los
tRNA de los aminoacidos: His,Pro,Ser,Thr,Asp,Asn,Lys,Gly,Ala,Phe
La aminoacil tRNA
Etapa de activacin
sintetasa une una
adenosina monofosfato
AMP, al grupo COOH para
crear un aminoacil
adenilato intermediario.
Etapa de
transferencia Luego el apropiado tRNA
desplaza el AMP.
La aminoacil tRNA
sintetasa puede realizar el
proceso de relectura o
proofreading valiendose
de los determinantes de
identidad del tRNA
Transcripcin
La informacin gentica almacenada en el DNA es
transcrita a una copia de RNA complementario.
La hebra de ADN que ha servido como molde se
denomina hebra antisentido y la otra hebra de ADN es
denominada hebra codante o con sentido y la secuencia
es idntica a la del RNA sintetizado ( Excepto en las
posicin de T que son cambiadas por U)
Terminacin :
En algunas celulas existe
una secuencia seal que
desencadena la
terminacion, en otras el
proceso no es claro
Transcripcin procariotes
Promotor
El promotor reconocido por la polimerasa conteniendo el factor sigma
tiene dos secuencias conservadas, cada una de seis nucleotidos,
separadas por 17-19 nucleotidos, en la posicion menos 10 y menos 35
Elementos adicionales UP element promotores de genes rRNA
aumentan la interaccion enzima DNA
Extended 10 element carece de la region -35 (genes gal)
Elemento discriminador hebra bajo del elemento -10
Inicio de la transcripcin en procariotes
Factor sigma mantiene estable la unin de la RNA polimerasa
al promotor en el DNA. Este factor de iniciacin es especifico para la transcripcion de
diferentes grupos de genes en E. coli. El factor 70 puede dividirse en 4 regiones. La
region 2 se une a una hebra del elemento -10.
La subunidad sigma es posicionada dentro de la estructura holoenzima para hacer
factible el reconocimiento de varios elementos promotor
Edicion pirofosforolitica por reincorporacion de un PPi , l
enzima puede incorporar otro nucleotido y continuar con l
sintesis.
Edicion hidrolitica la polimerasa retrocede uno a ma
nucleotidos y corta el producto y remueve el error
Terminacin de la transcripcin procariote
Terminacin Rho dependiente
En la terminacin dependiente de r no se
presenta el tramo de poliA, aunque s se
forma una horquilla en la que la RNA
polimerasa hace una pausa y si se
encuentra la protena r presente se
detiene la transcripcin.
No se conoce a detalle el mecanismo de
disociacin, pero en este se produce la
hidrlisis de ATP por efecto de r.
Terminacin de la transcripcin Procariote
Rho independiente
Se une al surco
menor del DNA
Se intercala entre G y C
Los mRNA al menos contienen un ORF
Componentes requeridos para las 5 etapas principales de la sntesis de protenas en E. coli
5 3
3 5
RNA
Pol.
Ribosome
mRNA
Ribosome
5
En Eucariotes los procesos de transcripcion y
traduccin ocurren en diversos compartimientos
Citoplasma
DNA
Transcripcin
RNA
Procesamiento de RNA
Exportacin
Nucleo
Un gen de eucariote
Sitio de inicio 3 UTR
5 UTR
de transcripcin Regin no traducida Regin no traducida
Intrones
Promotor/ Secuencia
Regin de Control Exones Terminador
RNA Transcripto
Presenta un codon
de inicio y otro de
termino. ATG para
Met como codon de
inicio. TAA, TAG, y
TGA como codones
stop de la
traduccion del
polipeptido.
El cdigo es universal. En la evolucin el cdigo gentico
parece haberse congelado. La mayora de codones tiene el
mismo significado en distintos organismos. (Diferencia del
cdigo de mitocondria en animales)
Variacin de codones en mitocondria
Codones
AGA
UGA AUA AGG CUN CGG
NORMAL Stop Ile Arg Leu Arg
Animales
Vertebrados Trp Met Stop + +
Drosofila Trp Met Ser + +
Levaduras
Saccharomyces cerevisiae Trp Met + Thr +
Torulopsis glabrata Trp Met + Thr ?
Schizosaccharomyces pombe Trp + + + +
Hongos filamentosos Trp + + + +
Tripanosomas Trp + + + +
Plantas superiores + + + + Trp
Chlamydomonas reinhardtii ? + + + ?
? No ha sido observado
N es cualquier nucleotido
+ mantiene el mismo significado
Numero de codones por
aminocido
El cdigo es
degenerado. Muchos
aminocidos tiene mas
de un codon a
excepcin de Met y Trp.
Codon-anticodon interacciones
Degeneracion de la tercera base
Y la hipotesis del titubeo
El apareamiento codon-anticodon es crucial en la lectura
del codigo genetico el apareamiento de bases es
antiparalelo
La hipotesis de Crick esta referida a la tercera posicion del
codon, o primera posicion del anticodon (posicion de
bamboleo)
En la tercera posicion del codon pueden ocurrir
apareamientos no canonicos, ocurre el bamboleo o
alternacion del nucleotido sin alterar la secuencia del
polipeptido
Ventaja del bamboleo: disociacin del tRNA del mRNA
mas rapida
Regla del bamboleo:
1 Reconocimiento de un codon
Anticodon
Codon
2 Reconocimiento de 2 codones
Anticodon
Codon
3 Reconocimiento de 3 codones
Anticodon
Codon
Inosina = Adenosina
Inosina = Citidina
Guanosina = Uridina
Inosina = Uridina
AUC
mRNA
5 3
3 5 tRNAleu
Un tRNAleu puede leer dos de
Los codones de leucina
GAU Base del bamboleo
CUA
mRNA G
5 3
El codigo esta
escrito en el
sentido 5 a 3 del
mRNA
El codigo no se
sobrelapa cada
nucleotido es
leido una sola vez,
de manera
continua en un
MARCO DE
LECTURA (ORF)
Marco de lectura ORF
Esta determinado por el codon de inicio AUG
siempre el triplete siguiente es ledo como un codon hasta el stop
INICIO .. FIN
...AGAGCGGA.AUG.GCA.GAG.UGG.CUA.AGC.AUG.UCG.UGA.UCGAAUAAA...
MET.ALA.GLU.TRP.LEU.SER.MET.SER
Inicio de un marco de lectura in procariotes and eucariotes
Puede ocurrir en codones internos AUG en mRNA procariote
En eucariotes solo puede ocurrir en el primer codon AUG
5
SD AUG AUG SD AUG
mRNA de eucariote