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Tema X

AMINOCIDOS, PPTIDOS Y PROTENAS


ndice

1. Introduccin
2. Clasificacin de los aminocidos
3. Estereoqumica
4. Propiedades
5. Algunas reacciones biolgicas
6. Pptidos y protenas
6.1. Introduccin
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas
6.3. Estructura de pptidos y protenas
1. Introduccin
1. Introduccin
- Los aminocidos son cidos carboxlicos que contienen una funcin amina.
- El grupo amina de una molcula y el carboxilo de otra reaccionan uniendo ambos
aminocidos mediante un enlace amida.

-Los enlaces amida entre aminocidos se conocen como enlaces petdicos y el


producto formado por la unin de dos aminocidos se llama dipptido.
-La cadena peptdica puede extenderse mediante la incorporacin de otros
aminocidos (tripptidos, tetrapptidos, etc.). Los polipptidos contienen muchas
unidades de aminocidos.
-Las protenas son polipptidos que contienen ms de 50 aminocidos, son
polmeros formados por 100-300 aminocidos.
-Las protenas ejercen muy diversos papeles en los seres vivos: la seda, el pelo, los
msculos, el tejido conectivo y casi todos los enzimas son protenas.
2. Clasificacin de los aminocidos
2. Clasificacin de los aminocidos
- Se clasifican como , , , etc. De acuerdo con la localizacin del grupo amino
en la cadena carbonada que contiene el cido carboxlico.
NH3 cido 1-aminociclopropanocarboxlico: es un -aminocido y es el precursor
biolgico del etileno en la plantas.
CO2

cido 3-aminopropanoico: conocido como -alanina. Es un -aminocido que


CO2 constituye una de la unidades estructurales de la coenzima A .
H3N


H3 N CO2 cido -aminobutanoico: Conocido como cido -aminobutrico (GABA). Es
un -aminocido y es el principal neurotransmisor inhibitorio cerebral.

-Aunque se conocen ms de 700 aminocidos naturales diferentes, hay un grupo de


20 -aminocidos que se encuentran normalmente presentes en las protenas.
Todos ellos, excepto la prolina, responden a la misma estructura general:

O

H2N
H3N CH C O Prolina
R CO2
2. Clasificacin de los aminocidos

Nombre Abreviacin Estructura Nombre Abreviacin Estructura


Aminocidos con extremos de cadenas non polares Prolina Pro(P) O

O
Glicina Gly(G) N
H2N H OH
OH fenilalanina Phe (F) O

O
Alanina Ala (A)
NH OH
2

NH OH
2
O Triptfano Trp(w) H2N
OH
Valina Val(V) HN

OH O

NH2 O
Leucina Leu(L)
OH Aminocidos con extremos de cadenas polares pero no
ionizados
NH2
O O
Isoleucina Ile(I) Asparagina Asn(N)
H2N
OH OH

NH2 O NH2
O
Metionina Met(M) O O
S
Glutamina Gln (Q)
OH
H2N OH
NH2
NH2
2-Clasificacin de los aminocidos
Nombre Abreviacin Estructura Nombre Abreviacin Estructura
O
Aminocidos con extremos de cadena polares pero no Cistena Cys(C)
ionizados
O HS OH

Serina Ser (S)


NH2

HO OH Aminocidos con extremos de cadena bsicos


O

OH
NH2
O
Lisina Lys(K)
Treonina Thr(T) H2N
OH

OH NH2

NH2
Arginina Arg (R) NH O

Aminocidos con extremos de cadenas cidos H2N N


H
OH
O
NH2
cido Asp(D) O

aprtico
HO Histidina His (H
OH N
OH
O NH2
O O NH2
cido Glu (E) HN

glutmico
HO OH

NH2
O
Tirosina Tyr(Y)
OH

NH2
HO
3. Estereoqumica
3. Estereoqumica
- La glicina es el aminocido ms sencillo y es aquiral.

-En los dems -aminocidos el carbono es un centro estereognico.

- Las configuraciones se especifican mediante la notacin D y L. Todos los


aminocidos que provienen de protenas tienen configuracin L, aunque se conocen
-aminocidos naturales de la serie D.

CO2 NH3
H
CO2 H3N H CO2
Glicina
H3N H R R
(Aquiral)
L-aminocido
H
(Proyeccin de Fischer y en perspectiva)
3. Estereoqumica

- El cambio de la configuracin en aquellos aminocidos que poseen slo un centro


estereognico conduce a la obtencin de su enantimero. Para un aminocido con
ms de un centro estereognico el cambio de configuracin del carbono de L a D da
lugar a un diastereoismero.

CO2 CO2

H3N H H NH3

L-Isoleucina H3C H H3C H D-Allo-Isoleucina

CH2CH3 CH2CH3
4. Propiedades
4. Propiedades
- Los aminocidos son sustancias mucho ms polares de lo que uno esperara de
acuerdo con su frmula molecular.
- Las propiedades que presentan, slidos cristalinos solubles en agua, se atribuyen al
hecho de que la forma estable es un zwitterin o sal interna.
O O

H2N CH C OH H3N CH C O

R R

Formas zwitterinicas de un aminocido

- Los aminocidos son anfteros, contienen un grupo cido y uno bsico.


O O O
H+ H+
H3N CH C OH H3N CH C O H2N CH C O
+H+ +H+
R R R

Zwitterin
Especie presente Especie presente Especie presente
en medio cido en medio neutro en medio bsico
4. Propiedades
O O O
H+ H+
H3N CH C OH H3N CH C O H2N CH C O
+H+ +H+
R R R
a b c

Curva de valoracin de la glicina.


- Valores de pH menores que pKa1: la especie a es la mayoritaria.
- Valores entre pKa1 y pKa :la principal especie es el zwitterin (b). La concentracin
del zwitterin es mxima en el punto isoelctrico pI.
- Valores superiores a pKa2: la especie c es la presente en mayor concentracin.
4. Propiedades
-La glicina se caracteriza por dos pKa: uno corresponde a la posicin ms cida
(pKa1) y el otro a la menos cida (pKa2). Otros aminocidos con cadenas laterales
neutras presentan valores de pKa similares a los de la glicina.
- El punto isoelctrico pI corresponde al valor de pH para el cual el aminocido no
tiene carga neta, corresponde a un mximo en la concentracin del zwitterin.
Aminocido pKa1 pKa2 pI

Glicina 2.34 9.60 5.97


Alanina 2.34 9.69 6.00
Valina 2.32 9,62 5.96
Leucina 2.36 9,60 5.98
Isoleucina 2.36 9,60 6.02
Metionina 2.28 9,21 5.74
Prolina 1.99 10.60 6.30
fenilalanina 1.83 9,13 5.48
Triptofan 2.83 9,39 5.89
Asparagina 2.02 8,80 5.41
Glutamina 2.17 9,13 5.65
Serina 2.21 9,15 5.68
Treonina 2.09 9,10 5.60

pKa1:ionizacin del grupo carboxlico; pKa2: deprotonacin del in amonio


4. Propiedades
- Aquellos aminocidos que poseen cadenas laterales que contienen grupos cidos o
bsicos se caracterizan mediante tres valores de pKa. El valor del pKa extra (puede
ser pKa2 o pKa3) refleja la naturaleza de la funcin presente en la cadena lateral.
- Los puntos isoelctricos de estos aminocidos se encuentran a medio camino entre
los valores de los pKa del monocatin y del monoanin.
Aminocido pka1 pKa2 pKa3 pI

cido Asprtico 1.88 3.65 9.60 2.77

cido Glutmico 2.19 4.25 9.67 3.22

Tirosina 2.20 9.11 10.07 5.66

Cistena 1.96 8.18 10.28 5.07

Lisina 2.18 8.95 10.53 9.74

Arginina 2.17 9.04 12.48 10.76

Histidina 1.82 6.00 9.17 7.59

- Las propiedades cido-base de la cadena lateral de los aminocidos son


importantes tanto para las propiedades de las protenas que los contienen como
para el anlisis de mezclas de aminocidos que pueden ser separados en base a su
capacidad para dar o aceptar protones.
5. Algunas reacciones biolgicas
5. Algunas reacciones biolgicas
- El cido glutmico se forma en la mayora de los organismos por reaccin de cido
-cetoglutrico y amonaco. El cido -cetoglutrico, intermedio del ciclo de Krebs, se
forma a partir de la rotura metablica de carbohidratos, grasas y protenas
provenientes de los alimentos.

- El proceso es una aminacin reductora (formacin de imina y reduccin de sta)


catalizada por un enzima y por accin de un agente reductor (un coenzima). La
reduccin de la imina intermedia tiene lugar de forma estereoselectiva dando lugar
nicamente al cido L-glutmico.
O O O O

+ Enzima
NH3
HO OH Agenteredutor HO OH

O NH2

cido -cetoglutrico cido L-glutmico

- El cido L-glutmico no es, por tanto, un aminocido esencial. No es necesario


tomarlo en la dieta ya que los animales pueden sintentizarlo.
5. Algunas reacciones biolgicas
-El cido L-glutmico es un intermedio clave en la sntesis de otros aminocidos, por
ejemplo la L-alanina, mediante un proceso conocido como transaminacin.
O O O O O O
+
OH + Enzimas
HO O O HO OH

O NH3 NH3 O

cido pirvico cido L-glutmico L-Alanina cido -cetoglutmico

1era etapa: la formacin de la imina 2 etapa: Un enzima cataliza la transferencia de l protn para
obtener un nuevo ismero de la imina
Hcido
HO
base HO
HO HO HO
HO
H O O O
O O
O + 1etapa
N
2etapa N
NH2 O
O O
O
O O
O
cido L-glutmico cido pirvico Imina Imina reordenada

3 etapa: La hidrlisis de la iminia reordenada conduce al formacin del anilina y cido -cetoglutmico

HO HO
HO HO

O O
O O
N +H2O O + H2N
O O
O O
Imina reordenada cido -cetoglutrico L-Alanina
5. Algunas reacciones biolgicas
- La L-fenilalanina se clasifica como un aminocido esencial que sirve como
precursor biolgico de su derivado p-hidroxilado, la L-tirosina.
- Algunas personas carecen del enzima necesario para dicha transformacin y la L-
fenilalanina que toman en su dieta sufre un proceso metablico diferente formando
cido fenilpirvico: O O

Enzimas
OH OH

NH2 O

Lfenilanlanina
cidofenilpirvico
-El cido fenilpirvico puede provocar retraso mental en nios (fenilcetonuria).
-La descarboxilacin de la histidina, por ejemplo, produce histamina, un potente
vasodilatador presente normalmente en los tejidos. La histamina es responsable de
muchos sntomas asociados con alergias, los antihistamnicos reducen los sntomas
mediante el bloqueo de la accin de la histamina.
O

N N
OH Enzimas
CO2
NH2 HN
HN H2N
Histidina Histamina
5. Algunas reacciones biolgicas
La qumica del cerebro y del sistema nervioso central se ve afectada por la presencia
de los neurotransmisores, algunos de ellos formados a partir de tirosina.
O O

HO
OH OH

NH2 NH2
HO HO

Tirosina 3,4dihidroxifenilalanina

HO

HO NH2

Dopamina

HO HO

HO NH2 HO N
H
OH OH
norepinefrina Epinefrina
(Noradrenalina (Adrenalina)
6. Pptidos y protenas
6.1. Introduccin
En pptidos, polipptidos y protenas los aminocidos se unen unos a otros
mediante enlaces amida. El enlace amida entre un grupo amino de una aminocido
y el carboxilo de otro se denomina enlace peptdico.
AminocidoNterminal
Glicina
NH2 O

H AminocidoCTerminal
N
Alanina
OH

O
Alanilglicina
- Por acuerdo las estructuras peptdicas se escriben de manera que el grupo amino
se escribe a la izquierda y el carboxilo a la derecha. As los extremos izquierdo y
derecho de los pptidos corresponden al extremo amino y al carboxlico,
respectivamente. La alanina es el aminocido N-terminal en la alanilglicina y la
glicina es el aminocido C-terminal.
- El orden preciso de enlace en un pptido es su secuencia de aminocidos y se
especifica usando las abreviaturas de tres letras correspondientes a cada aminocido
conectadas por guiones.
- Los aminocidos individuales que componen un pptido son llamados residuos.
6.1. Introduccin

Hechos estructurales importantes:

- El enlace peptdico muestra una geometra plana.

- La conformacin ms estable con respecto a dicho enlace tiene los dos carbonos
en anti, uno con respecto al otro.

- La rotacin en torno al enlace amida es lenta debido a la deslocalizacin del par


electrnico sin compartir del nitrgeno en el grupo carbonilo, lo que da al enlace C-
N cierto carcter de enlace doble.
6.1. Introduccin
La encefalina es un pentapptido.
6.1. Introduccin
Algunos pptidos presentan modificaciones estructurales, un ejemplo es la
oxitocina.
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas
ANLISIS DE AMINOCIDOS EN PPTIDOS Y PROTENAS

-Existen distintos niveles en la estructura peptdica, uno de ellos es la estructura


primaria, que consiste en la secuencia ordenada de aminocidos que forman la
cadena completa y que resulta, en gran medida, determinante del resto de los
niveles estructurales del pptido o la protena.

- La determinacin de sta, por tanto, ha resultado un enorme avance para la


bioqumica (F. Sanger, premio Nobel de Qumica 1958). La estrategia bsica consiste
en :

1.Determinar qu aminocidos estn presentes y en qu relacin molar.


2. Romper el pptido en pequeos fragmentos, separarlos y determinar su
composicin en aminocidos.
3. Identificar los aminocidos de N y C terminales del pptido original y de cada
fragmento.
4. Organizar la informacin de manera que los fragmentos puedan unirse para
revelar la secuencia completa.
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas

1. Anlisis de aminocidos.

Se lleva a cabo la hidrlisis completa de los enlaces peptdicos mediante el


tratamiento con disolucin acuosa de HCl 6M y calefaccin durante 24 h.

La mezcla de aminocidos se separa mediante cromatografa de intercambio inico


(basada en las diferentes propiedades cido-base) y se establece la proporcin
coloreando los residuos (con ninhydrina).

El proceso se encuentra totalmente automatizado y slo requiere del orden de 10 -5-


10-7 g de pptido.
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas
2. Hidrlisis parcial del pptido.

- La hidrlisis enzimtica (petidasas, proteasas o enzimas proteolticas) es una


hidrlisis selectiva que permite convertir el pptido en fragmentos ms
pequeos.

- Por ejemplo, un grupo de enzimas pancreticas, conocidas como


carbopeptidasas, catalizan slo la hidrlisis del enlace peptdico del
aminocido C-terminal. La tripsina, enzima digestivo del intestino, cataliza
slo la hidrlisis de los enlaces peptdicos que involucran al grupo carboxilo de
la lisina o arginina. As, otras muchas enzimas digestivas se usan en al
hidrlisis selectiva de pptidos.

O O O
H
N CH C
H
N CH C
H
N CH C
El sitio catalizado de la Quimotripsina
cuando R es un grupo aromtico
R R' R''
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas

3. Anlisis de los residuos terminales.

- Una secuencia de aminocidos es ambigua a no ser que se conozca el sentido


en que debe leerse. Es necesario conocer cul es el extremo N y C- terminal.

- Como vimos antes, la hidrlisis catalizada por carbopetidasas rompe el


aminocido C-terminal, lo que permite identificarlo.

- Para identificar el aminocido N-terminal se suele aprovechar que el grupo


amino puede actuar como nuclefilo (frente a la menor nucleofilia de los N que
forman parte de los enlaces amida).
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas
NO2

O O O O
H H H
O 2N F + H 2N CH C N CH C N CH2 C N CH C OH

CH(CH3)2 CH2C6H5 CH3

ValPheGlyAla
1fluoro2,4dinitrobenceno

NO2

O O O O
H H H
O 2N CH C N CH C N CH2 C N CH C OH

CH(CH3)2 CH2C6H5 CH3

DNPValPheGlyAla

NO2

O O O O

O 2N CH COH + H2N CH COH + H 2N CH2 COH + H2N CH C OH

CH(CH3)2 CH2C6H5 CH3


DNPVal Phe Gly Ala
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas
Un ejemplo: la cadena B de la insulina
- La reaccin de la cadena peptdica con 1-fluoro-4-nitrobenceno determina el
extremo N-terminal.
- La hidrlisis catalizada por pepsina dan cuatro pptidos (en azul) pero sin
puntos de solapamiento entre ellos.
- Los pptidos en rojo llenan los espacios entre los representados en azul.
- La secuencia en amarillo se asla mediante la hidrlisis catalizada por tripsina.
6.2. Secuenciacin de pptidos y protenas
Mejora en la secuenciacin de ptidos: degradacin
de Edman y secuenciacin automatizada.
La degradacin de Edman (P. Edman) permite el anlisis secuencial y
automatizado de pptidos basada en un mtodo estndar para analizar el residuo
N-terminal, simplemente empezando por el extremo N-terminal y continuando
hacia el C-terminal, identificando un aminocido detrs de otro.

S
O O
H H H
N C S + H2N CH C N PPTIDO HN C N CH C N PPTIDO

R R
fenilisotiocyanato

H S
H S N
N O
H HCl C C O
C C N PPTIDO + H2N PPTIDO

N CH
N CH
H R
R

H S H
S O
N N N
H O
C C O Cl N C C Cl
S C S C C O
C
N CH HN CH Cl
Cl H HN CH HN CH
R R
R R
6.3. Estructura de pptidos y protenas
ESTRUCTURA SECUNDARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS

- La estructura secundaria de un pptido consiste en la relacin conformacional


del aminocido vecino ms cercano con respecto a otro.

- L. Pauling y R. B. Corey establecieron que ciertas conformaciones peptdicas eran


ms estables que otras.

- Dos disposiciones especialmente estables son: la hlice y la hoja plegada .

- Ambas conformaciones se basan en:

-La geometra del enlace peptdico es plana y la cadena principal se dispone en


conformacin anti.

-Se pueden formar enlaces de hidrgeno cuando el grupo N-H de un residuo y el


grupo C=O de otro se encuentran prximos en el espacio. Aquellas
conformaciones que maximizan el nmero de estos enlaces se encuentran
particularmente estabilizadas.
6.3. Estructura de pptidos y protenas
Hlice
Se forma al enrollarse la estructura primaria
helicoidalmente sobre s misma. Se debe a la
formacin de enlaces de hidrgeno entre el -C=O de
un aminocido y el -NH- del cuarto aminocido que le
sigue. Ej: queratina del pelo, cuernos, uas, lana.

Hoja plegada o lmina


En esta disposicin los aminocidos forman una
cadena en forma de zigzag, mediante la formacin de
enlaces de hidrgeno entre los grupos N-H y los C=O
de cadenas adyacentes antiparalelas. Ej: fibrona de la
seda.
6.3. Estructura de pptidos y protenas
ESTRUCTURA TERCIARIA EN PPTIDOS Y PROTENAS
- La estructura terciaria de una protena consiste en el plegamiento de la cadena.
La forma en que se pliega la cadena afecta tanto a sus propiedades fsicas como a su
funcin biolgica.
- Las protenas estructurales, tales como las presentes en la piel, el pelo, los
tendones, la lana o la seda, pueden tener una estructura secundaria tanto de hlice
como de hoja plegada , pero en general tienen una forma alargada de longitud
varias veces el dimetro de la cadena. Se denominan protenas fibrosas y tienden a
no ser solubles en agua.
- Otras protenas, incluyendo la mayora de los enzimas, operan en agua. stas se
denominan globulares y tienen una forma ms o menos esfrica:

Mioglobina
6.3. Estructura de pptidos y protenas
La estructura terciaria de una protena depende de diversos factores:
- Su estructura primaria y secundaria.
- Su entorno. En protenas globulares la parte lipoflica se sita hacia el interior y los
grupos polares en la superficie. El estado nativo de una protena es la estructura
terciaria en la cual expresan su actividad biolgica.
- Conocer el plegamiento de la protena permite entender el mecanismo por el que
un enzima cataliza las reacciones. Ej: carboxipeptidasa.

Zn2+

O
H2N
O
H3N Pptido CH C NH CH C C Arg-145

H R O H2N
CH3
O
H

- La regin interna del enzima donde se localizan los grupos funcionales que
participan en la actividad cataltica se conoce con el nombre de sitio activo.
6.3. Estructura de pptidos y protenas
COENZIMAS
- Los coenzimas, cofactores o grupos prostticos interaccionan tanto con los enzimas
como con el sustrato para producir los cambios qumicos correspondientes que la
protena no puede hacer por s misma (ej: reacciones de oxidacin o reduccin).
- El grupo prosttico hemo (una porfirina) se encuentra rodeado por la mioglobina
(protena del msculo). Esta protena es capaz de almacenar el oxgeno gracias a que
ste se coordina al Fe2+ del grupo hemo, que no se oxida a Fe3+ (incapaz de unirse a
oxgeno) porque se encuentra protegido por esta protena.
6.3. Estructura de pptidos y protenas
ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTENAS: HEMOGLOBINA

- Algunas protenas estn formadas por ensamblaje de dos o ms cadenas. La forma


en que estas subunidades se encuentran organizadas se denomina estructura
cuaternaria.
- La hemoglobina es una protena de la sangre encargada del transporte de oxgeno,
unindose a ste y transportndolo hasta los msculos donde se almacena en la
mioblobina. La hemoglobina se une a oxgeno de la misma forma que la mioglobina,
a travs del grupo hemo, pero es mucho ms grande que sta. La hemoglobina es un
ensamblaje de cuatro grupos hemo y cuatro cadenas proticas, dos llamadas y dos
.
- Algunas sustancias, por ejemplo CO, mucho ms fuertemente al Fe que el oxgeno
por lo que interfieren con el transporte y almacenamiento de oxgeno pudiendo
provocar resultados letales.
hemoglobin protease,
Escherichia coli
(http://www.pdb.org/)
DOI:10.1074/jbc.M412885200