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BIOQUIMIC

A
FUNDAMENTOS

Fundamentos
Definicin:
Ciencia que estudia la composicin
de los seres vivos y sus
transformaciones
Objetivo:
Describir la vida en trminos
moleculares

Objetivos del Curso


Proveer las bases moleculares para
comprender el metabolismo y su
regulacin.
Describir la estructura y funcionalidad de
las biomolculas.
Comprender las transformaciones qumicas
vinculadas a los procesos vitales.
Interpretar alteraciones estructurales,
metablicas y regulatorias vinculadas a
fenmenos patolgicos.
Aplicar los conocimientos al diagnstico de
situaciones de inters clnico.

Relaciones entre conocimiento bioqumico y


enfermedades

Los diversos
organismos
vivientes
compartimos
las mismas
bases
estructurales y
fruncionales(c
lulas) y las
mismas clases
de
macromolcula
s, el mismo
cdigo
gentico, las
mismas
unidades
monomricas y
prcticamente
las mismas
vas

Lgica de la Vida
1. Todos los organismos vivos construyen
sus molculas a partir de las mismas
unidades monomricas (aminocidos,
monosacridos, nucletidos).
2. La estructura de las macromolculas
determina su funcin biolgica
especfica.
3. Cada gnero y especie estn definidos
por sus conjuntos de macromolculas
diferenciales.

Generalizaciones
1- Hiptesis gentica
2. Dogma central de la Biologa
3. Hiptesis enzimtica
4. Hiptesis energtica
5. Hiptesis del autoensamble
espontneo

Cmo nos organizamos los seres


vivos?

1.
2.
3.
4.
5.

Organismo
Aparatos/Sistemas
rganos
Tejidos
Clulas

Organelas
Conjuntos supramoleculares
Macromolculas
Monmeros bsicos
Intermedios metablicos
Precursores ambientales

Orden de
Magnitud de
los Niveles de
Organizacin
Corporal
Aparatos y
rganos: m
Tejidos: mm
Clulas: m
Organelos: 0,1
m
Molculas: nm

La creciente complejidad de los organismos pluricelularidad - les llev a perder contacto con
el medio y los nutrientes, que sumado a la divisin del trabajo ligada a la especializacin
tisular requiri el establecimiento de un sistema de conexin a travs de fluidos: la circulacin

eucariotas, de mayor tamao que las procariotas, tienen dficit de superficie de

La presencia de
organelos
(espacios
limitados por
membranas con
molculas y
funciones
especficas) en
las clulas
eucariotas

Organizacin jerrquica celular

Intermedio
s
metablico
s
-Piruvato
AcetilCo
A
Oxalacetato
- -cetoglutarato
- MalonilCoA
-Citrato
-SuccinilCoA
-Fumarat
o

Precursore
s
ambientale
s

Bixido
de
carbono
Oxgeno
Agua
Amoniac
o
Metano

FUNCIONES METABLICAS DE LOS ORGANELOS DE CLULAS EUCARIOTAS

ORGANELA

FUNCION METABLICA

Mitocondrias

Ciclo del cido ctrico. Fosforilacin oxidativa. Oxidacin de cidos


grasos y aminocidos. Sntesis de urea: inicio. Sntesis de hemo:
inicio y final.

Citosol

Gliclisis. Va de las pentosas. Sntesis de cidos grasos.


Gluconeognesis (mayora de las reacciones). Sntesis y
degradacin de glucgeno. Parcialmente: sntesis de urea y de
hemo. Sntesis de purinas y pirimidinas.

Lisosomas

Digestin enzimtica de componentes celulares y material ingerido

Ncleo

Replicacin, transcripcin y reparacin de ADN. Procesamiento de


ARN

Aparato de Golgi

Procesamiento pst-traduccional de protenas secretorias y de


membrana, formacin de membrana plasmtica y vesculas
secretorias.

Retculo
endoplsmico
rugoso

Sntesis de protenas

Retculo
endoplsmico liso

Sntesis de lpidos complejos y esteroides. Modificacin de cidos


grasos. Hidrlisis de glucosa-6-P. Reacciones de biotransformacin

Peroxisomas
(glioxisomas en
plantas)

Reacciones de oxidacin catalizadas por catalasa y aminocido


oxidasas, oxidacin de cidos grasos de cadena muy larga

Membrana
plasmtica

Transporte, soporte de receptores, homeostasis celular

Los seres vivos estamos constituidos por macromolculas, que son


termodinmicamente inestables y cinticamente estables, y en
consecuencia requerimos energa para mantener nuestras
estructuras

Molculas complejas

Degradaci
no
catabolismo

Biosntesis
o
anabolismo

Molculas simples

De los componentes celulares hasta la energa


para hacer trabajo

Anabolismo/Biosntesis
Reacciones de:
Condensacin (empleando ATP o
equivalentes)
Reduccin (empleando NADPH)

Catabolismo/Degradacin
Reacciones de:
Hidrlisis (empleando H2O,
principalmente)
Oxidacin (empleando NAD+,
principalmente )

Siempre presentes en
todos los organismos.
C, O, N, H
2. Elementos formadores
de enlaces covalentes
y de iones
monoatmicos.
Siempre presentes en
los organismos, pero
en menor proporcin.
S, P, Na, K, Ca, Mg, Cl
3. Elementos presentes
en la mayora de los
organismos, en
cantidades muy
pequeas. Fe, Cu, Zn,
Co, Mn. Muchos tienen
ms de un nox estable
y orbitales d libres.
4. Elementos presentes
en algunos
organismos, en
cantidades muy
pequeas. Cumplen

COMPOSICIN
ELEMENTAL DE LOS
SERES VIVOS.
C, H, O, N, S, P, Na, K,
Mg, Ca y Cl constituyen
99,9% de la composicin
de los seres humanos

Elementos ms abundantes en seres


humanos
(% de peso seco)

ENLACES
VS.
INTERACCI
ONES
INTERMOLECULA
RES

Interacciones
Intermoleculare
s
A mayor
fortaleza,
mayor
distancia
efectiva de
sus efectos.
Las
interaccione
s ms
dbiles slo
son efectivas
a muy corta
distancia

Fort
alez
a
dec
reci
ent
e

Tipos y energas relativas de las interacciones intermoleculares

PUENTES DE HIDRGENO
DOBLE LONGITUD DE UN ENLACE COVALENTE
10% DE LA ENERGA DE UN ENLACE COVALENTE

Puentes o enlaces de hidrgeno


rojo, tomos pequeos y electronegativos

Grupos
funcionale
s de
inters
biolgico
1. Memorcen
los
2. Aprendan
a
reconocerl
os
3. Identifique
n las

Reaccion
es

ESTADOS DE
OXIDACIN
DEL TOMO
DE CARBONO
De mas
oxidado a
mas reducido:
Reduccin Biosntesis
De ms
reducido a
mas oxidado:
Oxidacin -

EN EL
METABOLLISMO,
GENERALMENTE:

- LA
OXIDACIN
REQUIERE
NAD+ O FAD
- LA
REDUCCIN
REQUIERE
NADPH

Grupos
funcionales en
biomolculas

MOLECULAS PRIMORDIALES
20 aminocidos (Mayoritariamente Laminocidos)
2 azcares: ribosa y glucosa
(mayoritariamente D-monosacridos)
2 bases purnicas: adenina y guanina
3 bases pirimidnicas: uracilo, timina y
citosina.
cidos grasos (Mayoritariamente de cadena
lineal, Cpar de 16 a 20)
Alcoholes nitrogenados: etanolamina, colina,
esfingosina.
Poliol: glicerol
cido fosfrico (aniones de fosfato)

Las molculas primordiales

Las molculas primordiales

Composicin
molecular de los
seres vivos

Agua
Molcula angular, con dipolo permanente.
Formadora de puentes de H entre s y con
grupos polares(C=O, OH, NH, etc.)
Lquido disolvente de sustancias polares e
iones.
Solvata las especies en disolucin.
Alto punto de ebullicin.
Alta capacidad calorfica (tampn trmico)
Alto calor latente de vaporizacin
Alta constante dielctrica

Solvatacin de Iones
(interaccin in dipolo permanente)

APANTALLAMIENTO DE CARGAS IONICAS POR SOLVATACIN /


HIDRATACION

El efecto de los iones en disolucin se manifiesta


por su fuerza inica, que depende de:
- Su carga elctrica
- Su concentracin

Rol de los iones en la


estabilizacin de las dispersiones
de macromolculas/macroiones
Baja [iones]:
Interaccin fuerte

Alta [iones]:
Interaccin dbil

Interaccin Hidrofbica

Tendencia: minimizar las


interacciones de alta energa.
Ejemplo: apolar - polar

Clatrato: conjunto
de molculas de
agua, asociadas
rodeando una
molcula apolar,
para minimizar las
interacciones
desfavorables
(apolar polar)

inica
Interaccin

es

nt
e
H
Pu

de

es
t
en H
u
P

de

Interaccin
hidrofbica

ISOMERA

Aspartame, Nutrasweet
Edulcorante

Amargo
!

Un aspecto
relevante en
las drogas
teraputicas

Dextrometorfa
no es un
antitusivo

Levometorfano,
su ismero, es
un analgsico

Isomeria plana
Isomera de cadena: lineal vs
ramificada
Leucina / isoleucina
Metilmalonil-CoA / Succinil-CoA

Isomera de posicin: ubicacin del


grupo funcional
cido linolnico: 18:3 (9,12,15) y 18:3
(6,9,12)

Isomera de funcin:
Gliceraldehdo-3-P / dihidroxiacetona-P

Qu tipo de isomera?

Esteroisomeria

Isomera geomtrica: cis/trans


11-cis-retinal / t,t-retinal

Diasteroisomera: diferencias de
posicin que no tienen relacin
especular
Glucosa / galactosa, Glucosa / manosa

Estereoisomeria

Isomera ptica: diferentes estructuras


que guardan relacin especular no
superponible =. Quiralidad.

cido L-lctico / Acido D-lctico

Estereoisomeria
Atropisomera: diferentes estructuras con barrera de
interconversin superior a la de confrmeros.
Como carecen de plano de simetra, son quirales. Ej: gosipol,
aislado del algodn (Gossipyum hirsutum).
Solamente (-) gosipol es espermicida

Estereoisomeria
Enantimeros: imgenes especulares
no superponibles.
No se interconvierten por rotacin de
enlaces

Diastermeros: son esteroismeros,


pero no tiene entre s relacin de
imgenes especulares.
No se interconvierten por rotacin de
enlaces

Rotacin (+):
dextrgiro, d.
Rotacin (-):
levgiro, l.
Ejemplos: algunas
veces esta
terminologa se
emplea para
describir
molculas,
aunque no sean
enanatimeros.
Glucosa o dextrosa
(D-Glc)
Fructosa o levulosa
(D-Fru)
No confundir d
(sentido del giro del
plano de la luz
polarizada) con D
(serie
estereoqumica)

QUIRALIDAD: CONDICIN ESENCIAL


AUSENCIA DE PLANO DE SIMETRA

Isomera ptica - Categoras


D (dextro) o L (levo) a partir de condicin
estructural terica Ej : L-aminocidos, o
experimental Ej: dextrosa (Glc) levulosa (Fru)
+ - : a partir de observacin experimental
R S: a partir de su configuracin absoluta y la
aplicacin de las reglas de Cahn Ingold - Prelog.

Rotacin especfica

Reacciones Metablicas
En el metabolismo ocurre un
nmero limitado y pequeo
de reacciones.
Las reacciones metablicas
siguen los mismos
mecanismos que las
reacciones orgnicas.
En el metabolismo pocos
tipos de reacciones

Reacciones Metablicas
Intercambio de protones.
Reacciones cido base
Sustitucin nucleoflica
Eliminacin
Adicin
Condensacin
Isomerizacin
Oxidacin - reduccin

Reacciones Metablicas
Intercambio de protones. Reacciones cido
base.
Fuerza impulsora. Capacidad de ceder o ganar
protones (H+)
Comportamiento depende del pH del medio
A mayor valor de Ka, mayor disociacin y mayor
fortaleza como cido.
pKa: mide la tendencia de ganar o ceder protones.
pKa bajo: cidos
pKa alto: bases (o cidos muy dbiles)
A (pKa 1 x 10-4 ) frente a agua a pH 7,00, se desprotona, y
se convierte en anin AB (pKa 1 x 10-9 ) frente a agua a pH 7,00, se protona, y se
convierte en catin BH+

La acidez depende de la
concentracin de H+ en disolucin.
Una molcula con tomos de H que
no se disocian no contribuye a la
acidez de la disolucin

pH de sustancias ordinarias y fluidos corporales

Los refrescos industriales contienen benzoato de sodio (pKa del


cido benzoico: 4,202) como agente conservante. Describa la
especie qumica dominante de dicho conservante en estmago
(pH 1,2 2,5) e intestino delgado (pH 6,4 7,3)

Valore
s de
Ka y
pKa de
cidos
y
bases
de
inter
s.

EFECTO DEL pH EN LA IONIZACIN DE MOLCULAS

Los cambios de pH alteran la ionizacin de


molculas orgnicas
A pH bajo, las molculas se protonan en sus grupos
bsicos, cuando el pH es menor que el pKa de los
grupos ionizables (Ej: Aminas)
A pH alto, las molculas desprotonan sus grupos
cidos, cuando el pH es mayor que el pKa de los
grupos ionizables (Ej: cidos carboxlicos)

pH
Ecuacin de HendersonHasselbalch

Disoluciones tampn o
amortiguadoras de pH
(buffers)
Mezclas de cidos o
bases dbiles (poco
disociadas) con sales
solubles de los mismos
cidos o bases
Ej: AcOH/AcONa
(CH3)3N/ )(CH3)3N+H.Cl
Disminuyen la cantidad
de iones H+ u OH- en
disolucin, evitando
variaciones bruscas de
pH cuando dichas
especies cambian su
concentracin.

Ecuacin de Henderson-Hasselbalch

[A- ]: concentracin de la especie aceptadora


de protones (la sal)
[HA
]: concentracin
La
ecuacin
permite: de la especie dadora de
protones
(elproporcin
cido) de especies ionizadas y no
a.
Calcular la
ionizadas, de una sustancia conocido su valor de
Ka y el pH del medio.
b. Calcular la proporcin de cido y sal del cido que
se requiere para preparar una disolucin
amortiguadora de cierto valor de pH.

Disoluciones
Amortiguadoras
de pH
Cuanto ms prximo
es el pH al valor del
pK, mayor capacidad
de tamponamiento.
Cuanto mayor es la
concentracin,
mayor capacidad de
tamponamiento de
protones

-Muy
Tampn de
importante a
fosfatos
nivel
intracelular.
-pKa ptimo
respecto del
pH celular
(Equilibrio
fosfato
bicido/
fosfato
monocido)
- Baja
concentracin

- Muy
Tampn de
importante
a
bicarbonato
plasmtico
-pKa muy
distante del
ptimo
(Equilibrio
bixido de
carbono /
bicarbonato)
- Alta
concentracin
plasmtica de
bicarbonato

Tampn de
- Importante
a
protenas

plasmtico:
albmina srica
- Importante en los
eritrocitos:
hemoglobina
- Grupos ionizables
de las protenas
involucrados en
intercambio de
protones:
Imidazol de His,
grupos amino
terminales
- Baja concentracin
molar debido a su

Electrfilo
s
important
es: iones
metlicos
de Fe, Zn,
Cu
Nuclefilos
important
es: agua,
ROH, RSH,
RNH2

Reacciones de Substitucin Nucleoflica


Agentes nucleoflicos: bases o especies con pares
de e- sin compartir. Agua, ROH, RSH. Ejemplos:
hidrlisis, fosforilaciones

Reacciones de Adicin - Eliminacin

Reacciones de Condensacin
Generan nuevos enlaces covalentes
(C-C)
Requieren aporte energtico
Ej: AcCoA + oxalacetato citrato +
CoA

Reacciones de isomerizacin
- de grupo funcional : Glc-6-P Fru-6-P
- de posicin: 3-P-glicerato 2-P-glicerato
- de cadena: R-metilmalonil-CoA succinil-CoA
- geomtrica/epimerizacin: Gal-1-P Glc 1-P
todo trans-retinal 11-cis-retinal
- ptica: S-metilmalonil-CoA R-metilmalonil-CoA

Reacciones de
Oxidacin Reduccin
Una especie que gana e-, es
un oxidante, y se reduce
(disminuye su Nox)
Una especie que cede e, es
un reductor, y se oxida
(aumenta su Nox)
Algunos oxidantes
biolgicos: oxgeno, NAD+,
FAD
Algunos reductores
biolgicos: NADPH, BH4,
GSH