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GRADO EN QUMICA

2014-15

Tema 3

Protenas

Protenas

PROTENAS
- Son polmeros de aminocidos.
- Formadas principalmente por combinacin
de 20 aminocidos distintos.
- Tamaos, formas y funciones diversas.

La diversidad de las protenas


Peso molecular

N Residuos

N Cadenas

Citocromo c (humano)

13.000

104

Quimiotripsina

21.600

241

Hemoglobina (humana)

64.500

574

Apolipoprotena B

513.000

4.536

619.000

5.628

12

2.993.000

26.926

(pncreas bovino)

(humana)

Glutamina sintetasa
(E. Coli)

Titina (humana)

Diversidad funcional de las protenas


Cataltica: Enzimas.
Regulacin metablica: Hormonas proteicas y sus
receptores.
Control del crecimiento y diferenciacin: ciclinas
Generacin y transmisin de impulsos nerviosos:
receptores de neurotransmisores, canales inicos,
rodopsina
Proteccin inmune: Anticuerpos.
Transporte y almacenamiento: ferritina, albmina,
hemoglobina, mioglobina, protenas formadoras de
canales...

Diversidad funcional de las protenas


Motora (contraccin muscular y motilidad celular
en general): Miosinas, actinas, dinenas, titina.
Estructural:
- Soporte mecnico: queratina, colgeno, protenas
del citoesqueleto.
- Cubiertas externas de virus y bacterias.
Reserva: casena, ovoalbmina.

Aminocidos

Cadena lateral

Esteroisomera de los aminocidos

L-Alanina

D-Alanina

Clasificacin de los aminocidos:


1- No polares o apolares
2- Polares sin carga (a pH fisiolgico)
3- Polares con carga: (a pH fisiolgico)
- carga positiva
- carga negativa

Clasificacin de los aminocidos

Nonpolar
,

(N-H+)
Grupo polar
(O-H+)

Nonpolar

Phe F

Tyr T

Nonpolar
Trp W

(S-H+)

+
H

A pH 7 este
grupo puede
estar cargado
Puede actuar
como dador o
aceptor de H+

Propiedades cido-base
de los aminocidos

Algunos R pueden
tambin ionizarse

Forma no inica

Forma inica
(sin carga neta:zwiterion)

Ecuacin Henderson-Hassenbalch
AH Ka
A- + H+

pH = pKa + log [A-]/[AH]

Propiedades pticas de los aminocidos

Absorbancia

Triptfano

Tirosina

Longitud de onda (nm)

Los grupos sulfidrilo (SH) de la cistena pueden oxidarse y


unirse a otras cistenas formando un enlace covalente fuerte:
puente disulfuro

Cistena
Cistina
Cistena

Como veremos ms adelante, los puentes disulfuro


contribuyen a estabilizar la estructura de muchas protenas.

Pptidos:
el enlace peptdico
..
Reaccin de condensacindeshidratacin que requiere
energa.

Pptidos
Metionina (Met)

Leucina (Leu)

Acido asprtico
(Asp)

Esqueleto polipeptdico

Tirosina
(Tyr)

Cadenas
laterales

Extremo
amino o Nterminal

Extremo
carboxilo o Cterminal
Enlaces
peptdicos

Enlace
peptdico

Extremo aminoterminal o
N-terminal (izda.)

Extremo carboxiloterminal o
C-terminal (dcha.)

Polaridad (direccionalidad) de las protenas

Pptidos importantes
Encefalinas: pptidos opiceos,
percepcin del dolor (5 Aa)

controlan

la

Oxitocina: hormona peptdica que provoca las


contracciones del parto (9 Aa)
Gramicidina S: antibitico peptdico (10 Aa, circular)
Aspartame:
edulcorante peptdico
artificial (2 Aa).

L-Aspartil-L-fenilalanina metil ster

Otras funciones importantes


de los aminocidos
Precursores
de
los
nucletidos
(bases
nitrogenadas), el ATP por ejemplo, y con ellos
tambin del DNA y RNAs.
Precursores de neurotransmisores (serotonina,
dopamina, adrenalina) y hormonas (tiroxina).
Neurotransmisores en s mismos (Glu).
Precursores de muchos otras molculas
biolgicamente importantes: Grupo Hemo,
Agentes
reductores
como
el
Glutation,
Fosfocreatina (proveedor de energa en el
msculo)

Niveles estructurales de las protenas


Estructura
primaria

Secuencia de
aminocidos

Estructura
secundaria

Conformacin espacial
que adoptan porciones
concretas de esos Aas
dentro de la cadena
polipeptdica: hlice ,
hebra-, etc

En cada uno de ellos emergen


nuevas propiedades:

Estructura
terciaria

Conformacin espacial
que adopta la cadena
polipeptdica completa.

Funcin biolgica
en protenas
monomricas

Estructura
cuaternaria

Conformacin espacial
de
una
protena
compuesta por varias
cadenas polipeptdicas.

Funcin biolgica
en protenas
oligomricas

Estructura primaria
Secuencia de aminocidos de una protena

El enlace peptdico
C

C
O

H
N

C
-

Formas hbridas: cierto carcter


de doble enlace: rigidez y
disposicin espacial plana

H
N+

Enlace peptdico: estructura planar

Extremo
carboxilo

Extremo
amino

Enlace peptdico: isomera cis-trans


R1

H
N

O
C

R2

Forma ms estable y mayoritaria

Prolina

H
C

H
N

C
R1

N
C
C
R2

Estructuras secundarias
- Hlice-
- Hebra : Lminas
- Giros
- Hlice del colgeno

Estructura secundaria

Hlice

Extremo amino

Dextrgira
R

Puente H

Extremo carboxilo

Estructura secundaria

Hlice

Los puentes de hidrgeno estabilizan la hlice-

Estructura secundaria
Vista superior

Hlice

R: en el exterior

no es hueca
Las interacciones, inicas o van
der Waals, entre las cadenas
laterales R de los aminocidos
tambin contribuyen a estabilizar
Asp

100 -

la hlice
No todos los Aa son igualmente

Arg103 +

compatibles con esta estructura:


ej. Gly, Pro, Aa de la misma carga
seguidos se repelern.

Estructura secundaria

Hebra

Estructura secundaria
A) Antiparalela

Lmina

B) Paralela

Estructura secundaria

Giros

Giros o bucles (4-5 residuos) dnde la


cadena peptdica cambia de direccin.

Regiones ricas en:


- Prolinas
- Glicinas
Se suelen encontrar
en
la
superficie
proteica y permiten la
compactacin de la
protena.

En

Estructuras supersecundarias o
motivos estructurales:
una misma cadena polipeptdica pueden aparecer

diversas

combinaciones de estructuras secundarias dando lugar a dominios o


motivos estructurales que pueden en algunos casos asociarse a funciones
especficas (en general unin de ligandos, p.e. dominio de unin a ATP, a
Ca++, Zinc, etc). Estos motivos estructurales pueden presentarse en
distintas protenas que muestren esa misma capacidad de unin.

Finger (dedos) de Zinc

Todo

Todo

Estructura terciaria
Estructura 1

Estructura 3

Actividad

- La funcin de las protenas depende de su


estructura: slo una estructura tridimensional
concreta es funcionalmente activa.
- La estructura tridimensional de las protenas est
estabilizada por interacciones dbiles por lo que
no es rgida ni esttica.
- A menudo las protenas experimentan cambios de
conformacin para desempear su funcin.

Estructura cuaternaria
Disposicin espacial en protenas
formadas

por

varias

cadenas

polipeptdicas (oligomricas).
La

estructura

estabilizada

cuaternaria
por

est

interacciones

dbiles entre las distintas cadenas


pero tambin pueden formarse en
algunos

casos

interacciones

covalentes intercatenarias.

Actividad

Clasificacin de protenas segn


su composicin
1. Simples:
Constitudas
nicamente
por cadenas polipeptdicas.

2. Conjugadas:

lbmina

Hemo

Contienen adems un grupo


prosttico (p. e., grupo hemo en la
Mioglobina y Hemoglobina) o
forman complejos con otras
biomolculas (p. e., Lipoprotenas
y Glicoprotenas)

Mb

Clasificacin de protenas segn


su estructura
1. Protenas fibrosas:
Forma filamentosa o alargada con las
que se pueden formar fibras de gran
resistencia y elasticidad (-Queratinas,
Colgeno, Fibrona de la seda, Elastina,
Actina, Miosina). Funcin estructural.

Colgeno

2. Protenas globulares:
De forma ms o menos esfrica realizan
otros tipos de funciones ms dinmicas
(catlisis, transporte, etc): Mioglobina,
Hemoglobina, Lisozima, etc

Mb

1. Protenas fibrosas
Estructuras secundarias y propiedades de las protenas fibrosas

Estructura

Caractersticas

Ejemplos

Hlices , entrecruzadas
por puentes disulfuro

Estructuras duras e insolubles de


diferente dureza y flexibilidad

-queratina del pelo, plumas


y uas

Lminas

Filamentos flexibles

Fibrona de la seda

Gran resistencia mecnica, poca


deformabilidad

Colgeno de los tendones,


matriz sea.

Triple hlice del


colgeno

Protenas fibrosas: -queratinas

Las encontramos en el pelo, lana, uas, plumas, cuernos y


capa externa de la piel. Confieren estructura y resistencia
mecnica.
Estructuras fibrosas insolubles en agua de diferente dureza
o flexibilidad.
Formadas por cadenas de hlices unidas por puentes
disulfuro intercatenarios: diversos niveles de estructura
1.- Hlice dextrgira
2.- Superhlice levgira
de dos cadenas
3.- Protofilamento

4.- Protofibrilla

Abundan los Aa
hidrofbicos

Protenas fibrosas: -queratina

Clulas
Filamento
intermedio
Protofibrilla
Protofilamento

Superhlice
(2 cadenas)
Hlice

Seccin transversal de un pelo

Protenas
fibrosas:
Fibrona
Fibrona de la seda
producida por
araas e insectos.
Estructuras de lmina .
Muy ricas en Ala-Gly
Estabilizada por:
- Puentes de hidrgeno
- Interacciones de van der Waals
Filamentos resistentes
pero flexibles.

Cadena lateral de Ala

Cadena lateral de Gly

Protenas fibrosas: Colgeno


Lo encontramos en la piel, dermis, tendones,
huesos, crnea, vasos sanguneos
Gran resistencia mecnica, poca deformabilidad.
Diversos niveles estructurales formados por mltiples
unidades de tropocolgeno
Cabezas de las molculas
de colgeno

250 nm

Estriaciones

Estriaciones

Protenas fibrosas: Colgeno


Tropocolgeno: 3 cadenas polipeptdicas de ~1000 Aa
Glicinas

Contiene: 35% Gly, 11% Ala


y un 21% Pro y 4-Hyp (4
hidroxiprolina)

Abundan las secuencias:


(Gly-Pro-X)n (Gly-Pro-Hyp)n
Vista
superior

Tropocolgeno
Hlice de
colgeno
levgira

dextrgiro

Qu estabiliza el colgeno?
Enlaces por puentes de hidrgeno.

Enlaces
cruzados
(covalentes).

de

No hay puentes disulfuro.

lisina

Enfermedades del colgeno:


- Escorbuto: deficiencia en vit C. (interviene en la
hidroxilacin de la prolina)
- Osteognesis imperfecta: Enfermedad de los
huesos de cristal: mutacin (cambio de Gly por
otro Aa) en la cadena de procolgeno.
- Sndrome de Ehlers-Danlos: Piel estirable,
articulaciones hipermviles, estatura corta.
Tambin debida a una mutacin (cambio de Gly
por otro Aa) en la cadena de procolgeno.

2. Protenas globulares
Estructura compacta

ncleo hidrofbico (apolar)


superficie hidroflica (polar)

Qu estabiliza la estructura terciaria


de las protenas globulares?
Puentes de hidrgeno.
Atracciones electrostticas (enlaces inicos)
Interacciones hidrofbicas
Interacciones de van der Waals
Puentes disulfuro
(entre cistenas
de hlices
principalmente)

Protenas globulares

Citocromo c

Lisozima

Ribonucleasa

Estructura de protenas globulares


Dominios: un dominio de
plegamiento es una parte de
una protena cuyos residuos
forman pocos contactos con
el resto.

PROTENA
MONODOMINIO

PROTENA CON
2 DOMINIOS

Temperatura:
afecta
a
interacciones dbiles.
pH: afectan a interacciones
inicas y puentes hidrgeno.
Agentes
desnaturalizantes:
urea, cloruro de guanidinio,
detergentes, etc: afectan a
interacciones hidrofbicas.
Agentes reductores: rompen los
puentes disulfuro.

Ribonucleasa A

Apomioglobina

Temperatura (C)
Porcentaje de protena
desnaturalizada

Factores que afectan al


plegamiento y funcin de
las protenas:

Porcentaje de protena
desnaturalizada

Desnaturalizacin y plegamiento
de protenas

Ribonucleasa A

Cloruro de Guanidinio, M

Qu induce, y cmo el plegamiento de una


protena recin sintetizada?
El plegamiento de las protenas no est inducido por la clula sino
que

es

el

resultado

de

la

interaccin

de

la secuencia

polipeptdica con el agua. Toda la informacin necesaria para


adquirir su estructura tridimensional est presente en la secuencia
de aminocidos por lo que algn da se podr predecir.

La secuencia determina la estructura


y
la estructura determina la actividad.

Desnaturalizacin y plegamiento
de protenas
8 M urea y
-mercaptoetanol

INACTIVA
Ribonucleasa reducida desnaturalizada

ACTIVA

8 M urea
Elimina
-mercaptoetanol

Elimina ambos
simltaneamente

Elimina urea
-mercaptoetanol
(trazas)

ACTIVA

INACTIVA
Ribonucleasa desordenada

Ribonucleasa nativa

Plegamiento de protenas en las clulas


El plegamiento de muchas protenas
es un proceso asistido y dirigido por
protenas especializadas:

Chaperonas
Polipptido desplegado

Chaperona

Polipptido plegado

IMPORTANCIA DEL PLEGAMIENTO

Placas amiloides

ENFERMEDADES CAUSADAS POR DEFECTOS


EN EL PLEGAMIENTO
ALZHEIMER:
El mal plegamiento de una protena
normalmente soluble la transforma en una
fibra insoluble que termina formando
agregados: placas -amiloides.

SNDROME DE CREUTZFELDT-JACOB
( enfermedad de las vacas locas):
Una mutacin en una protena (PrP, un prin) genera una
protena mal plegada (PrPs) que induce el mal
plegamiento de otras molculas de la protena. La
protena mutada se comporta como una partcula
infecciosa: infeccin por priones.

Protenas globulares:
MIOGLOBINA

Hemoprotena:
1 cadena polipeptdica:153 aminocidos
(Aa) y Pm: 16700
1 grupo prosttico Hemo (Fe++) que fija
1 molcula de O2
Almacena oxgeno en el msculo

HEMOGLOBINA
Hemoprotena:
4 cadenas polipeptdicas:2 (141 Aa c.u) y
2 (146 Aa c.u) y Pm: 64500
Cada cadena: 1 grupo prosttico Hemo
(Fe++) que fija 1 molcula de O2
Presenta estructura cuaternaria
Transportador de oxgeno (eritrocitos)

Mioglobina, Mb

Histidina 93
(proximal)

Histidina 64
(distal)
Curva de fijacin
de oxgeno

poco sensible a pequeos cambios


en la concentracin de oxgeno

Qu aportan las cadenas polipeptdicas


en la fijacin del O2 al grupo hemo?
Limitan la oxidacin del Fe++ a Fe+++ que no fija O2
(en el hemo libre se oxida fcilmente).
Limitan la formacin de especies reactivas de
oxgeno dainas para la clula que podran
formarse tras la unin del O2 al Fe++.
Evitan la formacin de complejos hemo-O2-hemo
que impediran liberar el O2.

Qu aportan las cadenas polipeptdicas


en la fijacin del O2 al grupo hemo?
Reducen la alta afinidad del grupo hemo libre
por el CO.
Impedimentos estricos reducen
(no eliminan) esta afinidad. La
unin del CO desplaza al O2:
intoxicacin por CO.

Y qu aporta 4 cadenas en lugar de una?


Ofrecen la posibilidad de interaccin entre ellas
que permitan controlar la fijacin de O2 .
Ofrecen lugares de unin para efectores
alostricos que modulen su actividad (H+, CO2,
2,3 bisfosfoglicerato).

Hemoglobina, Hb

pO2
tejidos

pO2
pulmones

2 2

Curva de fijacin
de oxgeno

Curva de fijacin
de oxgeno

Curva de fijacin de oxgeno de la Hb fetal


( 2 2) y de la Hb adulta ( 2 2) : flujo de oxgeno
de la madre al feto. Cmo?

De qu manera se modula esta unin?


1.- Cambios conformacionales (T a R) inducidos por la unin del
O2: unin cooperativa, la unin de O2 a un centro aumenta la
capacidad de unin al resto de los centros.
R

Menor afinidad
por el O2

Mayor afinidad
por el O2

Curva de fijacin
de oxgeno

De qu manera se modula esta unin?


2.- Unin de efectores alostricos (molculas que afectan
a la actividad): H+ ( pH), CO2 y 2,3 bisfosfoglicerato, que
disminuyen la afinidad de la Hb por el O2 favoreciendo
su liberacin.
Se unen a la forma T y
favorecen esta forma
que fija oxgeno con
menor afinidad.

Curva de fijacin
de oxgeno

Defectos en la Hemoglobina:
anemia falciforme

Fibras de
Hemoglobina

cambio en la posicin 6
de un Glu por una Val

Esta deficiencia tiene alguna


ventaja: en portadores con
un nico alelo afectado
protege frente a la malaria.
Mecanismo?

Glbulos rojos
daados

Estructura cuaternaria. Protenas oligomricas


Inmunoglobulinas o anticuerpos
Dominios variables
(VL/VH): lugar de
fijacin del antgeno

Ejemplo de protenas multidominio

4 cadenas polipeptdicas:
- 2 cadenas pesadas
- 2 cadenas ligeras
Glicoprotena
Puentes disulfuro
(CL)

Dominio constante (CL):


motivo estructural muy conservado, plegamiento de inmunoglobulina