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PREDICCIÓN DE PROTEÍNAS

MOONLIGHTING
PROYECTO BIOINFORMÁTICA, UVIC, 2008

Sabina Cisa Wiechzorek


Elisa Durán Moliner
http://moonlighting.onlinewebshop.net
Anna Rosell Miret
Moonlighting - no moonligthing
• Moolighting un mismo producto génico que
desempeña dos o más funciones distintas.

• No moolighting proteínas resultantes de:


• fusiones génicas,
• modificaciones postranscripcionales,
• splicing,
• isoformas u homología.
(h)

Different domains
1.- PREDICCIÓN DE LA LOCALIZACIÓN
CELULAR
2.- PREDICCIÓN DE DOMINIOS

BLOCKS

INTERPRO
3.- PREDICCIÓN DE DOMINIOS
TRANSMEMBRANA

TMHMM SPLIT

TargetP
4.- HOMOLOGÍA REMOTA

PSI-BLAST
5.- SCRIPT EN PERL Y PROGRAMA EN
JAVA
DETECTAR CAMBIOS

LOCALIZACIÓN
CELULAR

EXPRESIÓN EN
FORMACIÓN
DISTINTOS TIPOS
CELULARES
DE
COMPLEJOS
¿ES POSIBLE CARACTERIZAR LAS PROTEÍNAS
MOONLIGHTING MEDIANTE PROGRAMAS
BIOINFORMÁTICOS?
EVALUACIÓN DE PROGRAMAS BIOINFORMÁTICOS PARA LA
PREDICCIÓN DE PROTEÍNAS MOONLIGHTING

Tabla 1. Ejemplo de proteínas moonlighting conocidas

TRANSMEM

INTERPRO
PSI_BLAST
PROTLOC
TARGETP

PRODOM
HMMTOP

PROSITE
TMPRED
TMHMM

BLOCKS
PSORT

SMART
SBASE
SPLIT

PFAM
FUNCIONES

Lens crystallins - + + + + + + +
- - - - 3 - Anc mb ext Mit
Heat shock proteins - - - - - - - -
Phosphoglucose isomerase + + + + + + + +
2 3 1 4 4 Mb ext Cit
Neuroleukin - - - - - - - +
Plasmin reductase - - - - - - - -
- - - - 2 3 Mb ext Nuc
Phosphoglicerate kinase + - - - - - - -
Thymidine phosphorylase + + + + + + + +
- - 2 - 6 5 Mb nuc Mb pl
Endothelial cell grow th f actor - - - - - - - +
Neuropilin (VEGF receptor) - + + + + + + +
1 1 1 - 6 5 Mb nuc Mb ret end
Receptor f or semaphorin III - - - - - - - +

Símbolos: + función localizada; - función no localizada; Anc anclada; mb membrana; ext extracelular; nuc núcleo; Mit mitocondria; Cit citoplasma; pl
plasmática; ret end retículo endoplasmático.
PSI-BLAST: parámetros por defecto (BLOSUM62, expected:10, inclusión threshold:0.002, database: non redundant (NCBI).
Ver tabla completa en http://moonlighting.onlinewebshop.net
Evaluación de programas para la
predicción de dominios transmembrana

PREDICCION TRANSMEMBRANA

6% TMHMM
14% HMMTOP
29%
SPLIT
20% TARGETP
30% TMPRED
1% TRANSMEM

Eficiencia de los distintos programas para la predicción de


regiones transmembrana, evaluada en porcentajes.
Evaluación de programas para la predicción
de dominios

PREDICCIÓN DE DOMINIOS

30
25
20 0 dominios
15 1 dominio
10 2 dominios
5
0
PREDICCION DE DOMINIOS
O
TE

AM

T
KS
E

PR
O

AR
AS

SI

PF

R
O

SM
SB

TE
PR

BL

PR

IN

Program as SBASE
3 PROSITE
2 4
2 BLOCKS
Comparación del número de dominios de interés
localizado por cada programa 5 PRODOM
4
PFAM
8 SMART
INTERPRO

Comparación del número de proteínas en las que se han


localizado los dominios responsables de las dos
funciones características de cada proteína mediante los
programas de predicción de dominios
Evaluación de programas para la predicción de
la localización celular de las proteínas
MOONLIGHTINGS DEBIDO A LOCALIZACIÓN
CELULAR

2,5
Localizaciones

2
encontradas

1,5
1
0,5
0 1

6
44

71

03
52

81

22
67

99

05
01

31

03
P0

P1

P1
P0
P0

P0
N

N
Proteínas

Número de coincidencias entre las localizaciones obtenidas por los programas PSORT y
PROTLOC en comparación con las que han sido descritas previamente para aquellas proteínas en
las que su localización celular constituye la principal causa de su carácter moonlighting
SCRIPT

Hash de arrays Hash

Comparación mediante código

NO
MOONLIGHTING MOONLIGHTING
Estructura física

Psi-blasts
Leer y procesar
Plantilla

No encontrado  Salir
Seleccionar código
Encontrado

Buscar funciones

* Código
No encontradas

Encontradas * Funcion
* Score
* E-value
PROTEÍNAS ENDOCÍTICAS
CON FUNCIONES NUCLEARES
PROTEÍNAS DE
LEVADURAS
EVALUACIÓN DE PROTEÍNAS
ENCIMÁTICAS DE PLANTAS
CONCLUSIONES
PROTEINAS MOONLIGHTING IDENTIFICADAS

28% MOONLIGHTING

72% NO MOONLIGHTING