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UNIVERSIDAD NACIONAL

DEL SANTA

BIOQUMICA II
cidos nucleicos
Esteban V. Horna Bances

Objetivos

Describir los nucletidos y sus componentes


usando la nomenclatura recomendada.
Indicar los principales intermediarios y
enzimas que intervienen en la sntesis de
nucletidos
Explicar el catabolismo de los nucletidos y
su regulacin.
Describir el mecanismo de transmisin de
informacin gentica.

CIDOS NUCLEICOS

cido Desoxirribonucleico
(ADN) y cido
Ribonucleico (ARN
Compuestos de
Nucletidos (unidades
monomricas)
Nucletidos son
derivados de dos
compuestos: Purina y
Pirimidina
Purina: Adenina(A) y
Guanina (G)
Pirimidina: Citosina
(C),Timina (T) y Uracilo
(U)

Bases, Nuclesidos y
Nucletidos
Frmula

Base (X=H)

Nuclesido
X=Ribosa o
Desoxirribosa)

Nucletido X=
Ribosa o
Desorribosa
fosfato)

Citosina (C)

Citidina

Citidin
monofosfato

Uracilo (U)

Uridina

Uridin
monofosfato

Timina (T)

Timidina

Timidin
monofosfato

Adenina (A)

Adenosina

Adenosin
monofosfato

Guanina (G)

Guanosina

Guanosin
monofosfato

Estructura de nuclesidos

Unin de bases a azcar es


a travs de enlace -Nglucosdico entre carbn
anomrico de azcar y el
N9 de purina o N1 de
pirimidina.
Bases pueden existir de
dos formas la syn y la anti.
La anti predomina.
Nuclesidos pueden existir
como formas mono, di y tri
fosforiladas, llamados AMP,
ADP o ATP. Fosforilacin de
nuclesidos se da en
carbono 5

Estructura de nuclesidos
fosforilados

Funciones de nuclesidos
fosforilados

Sirven para almacenar energa (ATP)


Forman parte de importantes enzimas
(NAD+,NADP+, FAD, CoA
Sirven como mediadores de procesos celulares
importantes en eventos de transduccin de
seales (AMPc)
Controlan numerosas reacciones enzimticas
mediante efecto alostrico en la actividad
enzimtica
Servir de intermediarios activados (S- adenosil
metionina o SAM en sntesis de glucgeno y
glucoprotena)

AMPc
Mensajero secundario
involucrado en pasar
seales de transduccin de
la superficie celular a
protenas internas como la
Protein cinasa (PKA
dependiente de AMPc) que
fosforila una serie de
protenas
AMPc involucrado en
regulacin de canales de
iones por interaccin
directa con ellos como en
activacin de receptores a
molculas olorosas
Formacin ocurre en
respuesta a activacin de
receptores acoplados a
Adenilato ciclasa
(receptores de hormonas o
de olores)

Otros derivados y nucletidos


sintticos

GMPc como mensajero secundario.


ARNt tienen 80 diferente nucletidos modificados en
mas de 60 diferentes posiciones
Se sintetizan anlogos y se usan por potencial
terapetico: agentes antitumorales (6-mercaptopurina,5fluoruracilo, 5-yodo-2-desoxiuridina y 8-tioguanina
Tambin se usan como agentes antivirales (AZT o
azidotimidina y ddl o dideoxinosina contra VIH)
Varios anlogos de purina se usan contra la gota
(alopurinol)
Otros en transplante de rganos para suprimir sistema
inmune y reducir probabilidad de rechazo por hospedero

Metabolismo de Nucletidos

Los requerimientos metablicos de nucletidos se cubren mediante la dieta o por


sntesis de novo de precursores de bajo peso molecular.
Hidrlisis extracelular de cidos nucleicos ingeridos ocurre mediante las
acciones concertadas de endonucleasas, fosfodiesterasas y nuclesido
fosforilasas en la secuencia:
cido nucleico-->Oligonucletido-->Nuclesidos-->Bases
Si purinas no se reutilizan van a cido rico y si las pirimidinas tampoco, van a
-aminoisobutirato, NH3 y CO2
La sntesis de purinas y pirimidinas involucra un nuclesido activado llamado 5fosforribosil-1-pirofosfato (PRPP) en la siguiente forma:

Biosntesis de nucletidos de
purina

Ocurre principalmente en el hgado. La sntesis del


primer nucletido de purina, Inosin monofosfato,
comienza con 5-fosfo--ribosyl-1-pirofosfato, PRPP. A
travs de una serie of reacciones utilizando ATP,
derivados de tetrahidrofolato (THF), glutamina, glicina
y aspartato, esta ruta rinde IMP. La tasa limitante de
la reaccin es catalyzada por glutamin-PRPPamidotransferasa.
La sntesis de IMP requiere cinco moles of ATP, dos
moles of glutamina, un mol of glicina, un mol of CO 2,
un mol de aspartato y dos moles de formato. Los
grupos formilo son portados por tetrahidrofolato (THF)
en la forma de N5,N10-metenil-THF and N10-formil-THF.

Biosntesis de nucletidos de
purina

1. glutamin
fosforibosilpirofosfato
amidotransferasa
2. glicinamida
ribnucletido synthase
3. glicinamida
ribnucletido
transformilasa
4. formilglicinamida
sintetasa
5. aminoimidazol
ribnucletido sintetasa
6. aminoimidazol
ribnucletido carboxilasa
7. succinil aminoimidazol
carboxamide
ribnucletido sintetasa
8. adenilsuccinato liasa
9. aminoimidazol
carboxamida
ribnucletido
transformilase
10. IMP ciclohidrolasa

Biosntesis de nucletidos de
purina

El IMP representa una punto


de ramificacin para la
biosntesis de purina, porque
puede convertirse en AMP o
GMP a travs de 2 rutas de
reacciones distintas.
La reaccin que genera AMP
requiere energa en la forma
de GTP; que lleva a GMP
requerir energa en la forma
de ATP. La utilizacin de GTP
en la ruta para la sntesis de
AMP permite a la clula
controlar las proporciones de
AMP and GMP cercanas a la
equivalencia. La acumulacin
del exceso de GTP llevar a
la sntesis acelerada de AMP
a partir del IMP, a expensas
de la sntesis de GMP. Por
otro lado, dado que la
conversin de IMP a GMP
requiere ATP, la acumulacin
del exceso de ATP lleva a
sntesis acelerada de GMP
sobre la de AMP.

Rutas de rescate de
nucletidos de purina

La sntesis de nucletidos de bases pricas y los nuclesidos de


purina ocurren en las llamadas rutas de rescate.
Las bases libres pricas: Adenina, Guanina e Hipoxantina pueden
reconvertirse a sus correspondientes nucletidos por
fosforribolisacin .
Dos transferasas clave estn involucradas en el rescate de purinas:
Adenosin fosforribosiltransferasa (APRT), que cataliza la siguiente
reaccin:
Adenina + PRPP <> AMP + PPi
e hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa (HGPRT), que
cataliza las siguientes reacciones:
Hipoxantina + PRPP <> IMP + PPi
Guanina + PRPP <> GMP + PPi
Una enzima de importancia crtica en el rescate de purinas en
clulas en rpida divisin es la Adenosin desaminasa (ADA), la cual
catalyza la desaminacin de Adenosina a Inosina. La deficiencia en
ADA resulta en el desorden llamado inmunodeficiencia combinada
severa

Rutas de rescate de purinas

Ciclo de nucletidos de
purina

La sntesis de AMP a partir de IMP y el rescate de IMP


va catabolismo del AMP tiene el efecto neto de la
desaminacin del aspartato a fumarato. Este proceso
se denominado Ciclo de nucletido de purina. Este
ciclo es muy importante en las clulas musculares.
Incrementos en la actividad muscular crean una
demanda por un incremento en el ciclo de Krebs
para generar mas NADH y ATP. Sin embargo, el
msculo carece de la mayora de enzimas de las
reacciones anaplerticas. El msculo reemplaza los
intermediarios del ciclo de Krebs en la forma de
fumarato generado por el ciclo de nucletidos de
purina

Ciclo de nucletidos de
purina

Regulacin de la sntesis de
nucletidos de purina
Los pasos limitantes esenciales de la tasa de sntesis se dan en
los dos
primeros pasos:
La sntesis de PRPP por la PRPP sintetasa es retroalimentada
por nucletidos 5 de purina, predominantemente AMP y
GMP, es mayor la inhibicin cuando se tiene la
concentracin correcta de ambos nucletidos.
La reaccin de amidotransferasa catalizada por la PRPP
amidotransferasa es alostricamente inhibida por unin de
ATP, ADP y AMP a un sitio inhibitorio y GTP ,GDP y GMP a
otro; y por otro lado, la actividad enzimtica es estimulada
por PRPP.
En la ramificacin de la ruta de IMP a AMP y GMP, la
acumulacin excesiva de ATP lleva a la aceleracin de la
sntesis de GMP, y el exceso de GTP lleva a la sntesis
acelerada de AMP.

Regulacin de sntesis de
purinas

Catabolismo de nucletidos de
purina
El catabolismo
de los
nucletidos de
purina lleva
ultimadamente
a
la produccin
de
cido rico que
es insoluble y
es
excretado en la
orina como
cristales de
urato de sodio

Biosntesis de nucletidos de
pirimidina

La sntesis de las pirimidinas es menos compleja que la de las purinas, y se


diferencia en que se ensambla como base libre y no hay ruta ramificada
La primera base sintetizada proviene de 1 mol of glutamina, un mol de ATP,
un mol de CO2 (que forma carbamoil fosfato) y un mol de aspartato. Un mol
adicional de glutamina y ATP se requieren en la conversin de UTP a CTP.
El carbamoil fosfato, usado en sntesis de nucletidos de primidina,
proviene de la glutamina y el bicarbonato, dentro del citosol, mientras que
el del ciclo de la rea lo es del amonaco y bicarbonato en la mitocondria.
La reaccin del ciclo de la rea es catalizada por la sintetasa I del carbamoil
fosfato (CPS-I), mientras que la de la sntesis de pirimidina es catalizado
por la sintetasa II de carbamoil fosfato (CPS_II).
El Carbamoil fosfato se condensa con aspartato en una reaccin que limita la
velocidad de la biosntesis de los nucletidos de pirimidina, catalizada por la
aspartato trascarbamoilasa (ATCasa).
A continuacin se muestra la sntesis usando la CPS-II

Biosntesis de nucletidos de
pirimidinas

1. Aspartato transcarbamoilasa,
ATCase
2. Carbamoil aspartato
deshidratasa
3. Dihidroorotato deshidrogenasa
4. Orotato fosforibosiltransferasa
5. Orotidin-5'-fosfato carboxylasa

Sntesis de nucletidos de
timina

El dUMP proveniente del metabolismo de UDP o CDP se


convierte a dTMP por accin de la timidilato sintetasa.
El grupo metilo es donado por N5,N10-metilen THF, y se
convierte a DHF (reaccin nica)
El THF se regenera del DHF por accin de la DHF reductasa
y el THF se convierte en N5,N10-THF por accin de la serin
hidroximetil transferasa

Regulacin de la biosntesis de
pirimidina

La regulacin de la sntesis de pirimidina ocurre mayormente en el


primer paso, catalizado por la aspartato transcarmoilasa, ATCasa
La ATCasa, protena multifuncional en clulas de mamferos, es
capaz de catalizar la formacin de carbamoil fosfato, carbamoil
aspartato y dihidroorotato. La actividad carbamoil sintetasa de este
complejo es denominado carbamoil fosfato sintetasa II (CPS-II)
La ATCasa y por lo tanto la actividad de la CPS-II est localizada en
el citoplasma y prefiere glutamina como sustrato, es activada por el
ATP e inhibida por el UDP, UTP, dUTP, and CTP.
La actividad de la ATCasa es inhibida por la glicina , al competir este
por el sitio de unin de la glutamina; el ATP acta, como en las
purinas, a nivel de la formacin de PRPP, un incremento del nivel de
PRPP activa la sntesis de pirimidinas
Tambin existe regulacin de la sntesis de pirimidinas a nivel de la
OMP descarboxilasa, la cual es competitivamente inhibida por la
UMP y, en menor medida, por CMP, finalmente, la CMP sintetasa es
inhibida por retroalimentacin porf CTP y activada por GTP

Formacin de
Desoxirribonucletidos

El proceso comienza
con la reduccin de
rNDPs seguida de
fosforilacin para dar
dNTPs, catalizada por
la misma nuclesido
difosfato cinasa que
fosforila rNDPs a rNTPs,
usando ATP como
donante de fosfatos.
La ribonucletido
reductasa (RR) es una
enzima multifuncional
que se oxida durante el
proceso y luego es
reducida por
tiorredoxina o
glutarredoxina, las que
se oxidan y son
reducidas
posteriormente en
reacciones catalizadas
por tiorredoxin
reductasa y glutation
reductasa
respectivamente.
NADPH es donante de
electrones

Regulacin de la formacin de
dNTPs

La Ribonucletido reductasa es la nica enzima usada en la


generacin de todos los desoxirribonucletidos, por lo que su
actividad y especificidad por sustrato debe ser altamente
regulada para asegurar una produccin balanceada de los
cuatro dNTPs requeridos para la replicacin del AND
La regulacin ocurre por unin de los efectores de
nuclesidos trifosfato a los sitios de actividad o a los sitios de
especificidad del complejo enzimtico.
Los sitios de actividad se unen a ATP o dATP y los sitios de
especificidad se unen a ATP, dATP,dGTP o dATP con alta
afinidad.
La unin de ATP a los sitios de actividad lleva al incremento
de la actividad enzimtica, mientras que la unin de dATP la
inhibe. La unin de nucletidos a los sitios especficos
permite que la enzima detecte la abundancia relativa de los
cuatro dNTPs y ajustar su afinidad por los menos abundantes
dNTPs, para alcanzar un balance en la produccin

Interconversin de
nucletidos

Durante el catabolismo de los cidos nucleicos se liberan


nuclesidos mono y difosfato, los cuales no se acumulan en un grado
significativo debido a la accin de nuclesido cinasas, que incluyen
Nuclesido monofosfato (NMP) cinasas y nucletiso difosfato (NDP)
cinasas que catalizan reacciones dependientes de ATP del tipo:
(d)NMP + ATP <> (d)NDP + ADP
Hay cuatro clases de NMP cinasas que catalizan respectivamente la
fosforilacin de:
1. AMP y dAMP; conocida como adenilato cinasa.
2. GMP y dGMP.
3. CMP, UMP y dCMP.
4. dTMP.
La enzima adenilato cinasa es importante para asegurar los niveles
adecuados de energa en clulas como las hepticas y musculares; la
reaccin predominante es.
2ADP <> AMP + ATP
Las NDP cinasas catalizan la reaccin del tipo:
N1TP + N2DP <> N1DP + N2TP
Donde N1 puede representr una purin ribo o desoxirribonucletido.
La actividad de las NDP cinasas puede variar de 10 a 100 veces mas
que la de las NMP cinasas, diferencia que mantiene en actividad a
niveles relativamente grandes de (d)NTPs con respecto a los
(d)NDPs
A diferencia de la especificiad por sustrato vista en las NMP cinasas ,
las NDP cinasas reconocen un amplio espectro de (d)NDPs y (d)NTPs.

Polinucletidos

Se forman por condensacin de 2 o mas nucletidos, entre


el alcohol de un 5fosfato de un nucletido y el 3-hidroxilo
de un segundo, con la eliminacin de H 20, formando enlace
dister.
El enlace dister exhibe direccionalidad, la estructura
primaria de ADN y ARN procede de 5-- 3: 5'-pGpApTpC-3

Experimento de Avery y Mc
Leod

Estructura del ADN

La existencia de interacciones de pareamiento


especfico entre bases fue descubierto en el curso de
los estudios dirigidos para determinar la estructura
tridimensional del ADN. Maurice Wilkins y Rosalind
Franklin obtuvieron dos cadenas que se enredaban
en una estructura helicoidal regular

A partir de estos datos, James Watson y Francis Crick infirieron un


modelo estructural para el ADN. Las caratersticas del modelo son:
1. Dos cadenas de polinucletido que se enredan alrededor de un
eje comn, las cadenas corren en sentidos opuestos
2. Los esqueletos de azcar-fosfato estn fuera y, entonces las
bases pricas y pirimdinicas quedan en el interior de la hlice
3. Las bases yacen casi perpendicularmente al eje de la hlice y
las bases adyacentes tienen una separacin de 3,4 , la estructura
helicoidal se repite cada 34 , por lo tanto hay 10 bases por vuelta
de la hlice. Existe una rotacin de 36 grados por base, por lo
tanto 10 bases por vuelta).
4. El dimetro de la hlice es 20 .

Modelo de Watson y Crick

Modelos de replicacin
El modelo de ADN de Watson
y Crick consideraba que las
dos hebras del ADN eran
complementarias, y que la
replicacin de cada una de
ellas da lugar a dos
molculas de ADN dplex,
cada una de las cuales
contiene una hebra del
ADN progenitor. Es lo que
denominamos
replicacin
semiconservadora.
Pero
existen
otras
dos
posibilidades de replicacin
por
las
cuales
se
obtendran dplex de ADN
hijos iguales a los del
progenitor: la conservadora
y la dispersora:

Experiencia de Meselson y
Stahl
Meselson y Stahl trabajaron con
E. coli y demostraron que su
ADN se replicaba por el
mecanismo semiconservador
propuesto por Watson y Crick:
1) Cultivaron E. coli (varias
generaciones) en un medio
cuya nica fuente de N era
NH4Cl marcado con el istopo
pesado N15.
2) Continuaron el cultivo de
esas E. coli marcadas con N15 en
un medio con N14NH4Cl normal
como nica fuente de N (varias
generaciones).
3) Extrajeron ADN de las muestras
y determinaron la densidad de
flotacin por centrifugacin en
gradientes de densidad de CsCl.

Estructura del ADN

Estructura del ADN

ADN

La doble hlice tiene varias formas debido a condiciones inicas


y preparacin del cristal. Forma-B prevalece. Regiones ricas en
dinucletidos pCpG pueden existir en conformacin Z

Parmetros de principales
Hlices de ADN
PARMETROS

FORMA A

FORMA B

FORMA Z

Direccin de rotacin
helicoidal

Derecha

Derecha

Izquierda

Residuos por vuelta de hlice

11 pares de bases

10 pares de
bases

12 pares de
bases

Relacin de hlice por residuo


()

33

36

-30

Inclinacin de la base
relacionada con eje de hlice
()

20

Surco mayor

Angosto y profundo

Amplio y
profundo

Plano

Surco menor

Amplia y superficial

Angosto y
profundo

Angosto y
profundo

Orientacin de enlace Nglucosdico

Anti

Anti

Anti para
pirimidinas y
syn para
purinas

Mas
prevalente
dentro de
clulas

En
fragmentos
de bases
alternadas de
purinapirimidina

Comentarios

Formas de ADN

Enrrollamiento del ADN

Propiedades trmicas del


ADN

Cuando el ADN se replica en las clulas, las hlices deben


separarse en un proceso llamado desnaturalizacin, el cual
tambin se puede hacer in vitro (por incremento de
temperatura)
La temperatura necesaria o de licuefaccin (T m) depende de
composicin de pares de bases, los ricos en G-C son mas
estables, por lo que la Tm depender de la composicin de bases.
Al enfriar las hlices, stas se unirn nuevamente en base a la
formacin de los pares de bases correctos (anillamiento o
hibridacin) y su tasa depender de la secuencia de nucletidos
de las dos cadenas de ADN
Tcnicas de estudio:
Cromatografa: HPLC y de afinidad, la ltima usada en
hidroxiapatita, que tiene mas afinidad por la cadena doble que
por la cadena simple
Electroforesis: usando agarosa, como ADN es elctricamente
negativo migra en campo elctrico

Propiedades trmicas del


ADN

Diferencias entre ADNs

E.Coli y su ADN

Metabolismo del ADN

El genoma eucaritico es mucho mas grande que el de


procariotes, presenta grande cantidades e ADN no
codificable, cuyas funciones no estn completamente
comprendidas, puede actuar para controlar la expresin
gentica como actuar como buffer evolutivo para soportar
mutacin de nucletidos sin alterar la integridad del
organismo.
Tiene clase de ADN repetitivo, los altamente repetitivos y
los moderadamente repetitivos, el ADN del genoma que
consiste en genes es identificado como no repetitivo.
Otra caracteristica es que el ADN eucaritico poseen
intrones, que son porciones de ADN que separan los exones
codificantes del gen, excepcionalmente se encuentran
intrones en ADN procaritico, Esencialmente todos los
genes humanos poseen intrones

Exones e intrones

Estructura de la cromatina

Cromatina es un trmino para designar a la estructura en que el ADN


existe en las clulas, determinada y estabilizada mediante la
interaccin del ADN con las protenas ligadoras de ADN
Hay dos clases de estas protenas: las histonas, que son la principal y
existen 5 diferentes, llamadas H1,H2A, H2B, H3 y H4
La otra clase se llama protena no histona que incluye factores de
transcripcin, polimerasas, receptores de hormona y otras enzimas
nucleares, existiendo mas de 1 000 diferentes tipos.
Las histonas y sus protenas forman el llamado nucleosoma
El centro o ncleo del nucleosoma contiene una estructura protenica
octamrica que tiene 2 subunidades, cada una con H2A,H2B,H3 y H4.
La histona H1 ocupa un espacio internucleosomal y es identificada
como histona ligadora.
El corazn nucleosomal contiene aprox. 150 bp de ADN, el ADN
ligador entre cada nucleosoma vara entre 20 a mas de 200 bp.
El corazn nucleosomal aoarecera como cuentas en una rosario si el
ADN fuera llevado hsta su estructura lineal y observada bajo el M.E.
El nucleosoma se arregla en forma solenoide que a su vez se arregla
para mayor compactacin del ADN en la forma caracterstica de la
cromatina. La estructura ADN-protena es estabilizada por la
adhesin de una pritena no histona

Nucleosoma

Histonas

Genoma viral

Flujo de la informacin
gentica

Flujo de informacin
gentica

Direccin de replicacin

Direccin de replicacin

Replicacin de ADN

Protenas en el tridente de
replicacin

ADN polimerasa I

Replicacin del ADN

Los estudios realizados acerca de la replicacin del ADN se deben


al descubrimiento (en 1956, por Arthur Kornberg y cols.) de la
enzima ADN-polimerasa I. La ADN-polimerasa I de E. coli cataliza
la sntesis de los polmeros de ADN a partir de los cuatro
desoxirribonuclesidos-5'-trifosfato, en presencia de Mg2+ y con
eliminacin de pirofosfato:
dNTP + (dNMP)n (dNMP)n+1 + PPi
El crecimiento de la cadena se realiza en direccin 5' ===> 3'.
El ADN de doble hebra intacto no ceba la reaccin, a no ser que
contenga mellas en alguna de sus dos hebras.
La ADN-polimerasa I presenta adems 2 actividades
exonuclesicas (3'==>5' y 5 ==>3'), que ejercen funciones de
"correccin de pruebas", al eliminar nucletidos no apareados.
En la sntesis de ADN interviene adems otra enzima: la ADNligasa. Esta enzima repara las mellas que pueden existir en las
hebras de ADN. La ADN-ligasa puede unir los extremos de 2
cadenas de ADN si son los dplex de una misma hebra
complementaria.

Replicacin del ADN

Los mutantes deficientes en ADN-polimerasa I condujeron al


descubrimiento de las ADN-polimerasas II, III y III*. sta, junto
con la protena copolimerasa III*, constituye la forma
responsable de la replicacin del ADN, mientras que la ADNpolimerasa I funciona como auxiliar, as como en la reparacin
del ADN.
Okazaki encontr que ambas hebras del ADN se replican
formando cortos fragmentos, de hasta 2000 restos
nucleotdicos, los cuales se unen por accin de una ADNligasa. Esos fragmentos se denominan fragmentos de Okazaki.
La replicacin del ADN requiere la participacin de protenas
desenrolladoras y destorcedoras. Adems, dicha replicacin
necesita ser cebada por la accin de la ARN-polimerasa-ADNdirigida, que fabrica unos cortos tramos de ARN cebadores
sobre los que se construye el ADN; posteriormente, los ARN
cebadores son escindidos y eliminados.
Mientras que en los procariotas los fragmentos de Okazaki son
de 1000 a 2000 nucletidos, en los eucariotas son mucho ms
cortos (de 100 a 150 nucletidos).
El ADN puede tambin ser sintetizado por la ADN-polimerasaARN-dirigida o transcriptasa inversa , presente en algunos
virus de ARN cancergenos as como en clulas normales.

Accin de Transcriptasa
reversa

Replicacin del ADN

El mecanismo de la replicacin del ADN fue originariamente caracterizado en


la bacteria E.coli, que contiene 3 diferentes tipos de enzimas capaces de
catalizar la replicain del ADN , identificadas como ADN polimerasas (pol) I,II
y III. Pol I es la qur tiene la mayor actividad replicante an cuando su rol
primario es asegurar la fidelidad de la replicacin en E. coli mediante la
reparacin de AND daado o que no concuerda. La rfeplicacin del genoma
de E. coli es el trabajo de la pol III, la cual es mucho menos abundante que
la ploI pero con una actividad cien veces mayor
Se han identificado 5 diferentes AND polimerasas eucariticas, identificadas
como , , , and . La polimerasa que es equivalente a la E. coli pol III es
pol-. La equivalente a la pol I en eucariotes es la pol- . La polimerasa es
responsible de la replicacin del ADN mitocondrial.
La capacidad de ADNpolimerasas para replicar el ADN requiere un nmero
de protenas accesorias adicionales, la combinacin de las ppolimerasas con
varias de las protenas accesorias se conoce como Holoenxima AND
ppolimerasa. Las protenas accesorias incluyen:
1. Primasa
2. Protenas accesoria de procesisividad
3. Protenas ligadoras de cadena simple
4. Helicasa
5. DNA ligasa
6. Topoisomerasas
7. Uracil-DNA N-glucosylasa

Enzimas involucradas en
Replicacin de ADN

ADN polimerasas

Proceso de Replicacin de
ADN

El proceso se inicia en sitios especficos en


cromosomas llamados orgenes de replicacin , que
requiere un 3-OH libre, procede especficamente en
la direccin 5--3en ambas cadenas en forma
concurrente en una manera semiconservativa
(cadena hija est asociada a una cadena paterna).
En el origen de replicacin el ADN debe disociarse y
desenrredar para permitir el acceso de la ADN
polimerasa, esta reaccin es llevada a cabo por la
helicasa, las cadenas simples son estabilizadas por
las protenas ligadoras de cadenas simples , y de esa
manera son accesibles a las actividades
enzimticas requeridas para que la replicacin
prosiga, el sitio de cadenas desenrredadas se llama
tridente de replicacin.

Proceso de Replicacin de
ADN

ADN Polimerasa III

Protenas en Replicacin de
ADN

Replicacin del ADN

Replicacin del ADN

La hipottica secuencia de etapas en la


replicacin del ADN quedara as:
1) Reconocimiento del punto de iniciacin.
2) Desenrollamiento del ADN.
3) Cebado por el ARN (de 50 a 100 restos) gracias
a la accin de una ARN-polimerasa-ADN-dirigida.
4) Formacin de ADN sobre los ARN cebadores.
5) Eliminacin de los ARN cebadores.
6) Unin de los fragmentos de ADN: primero, las
brechas que quedan entre los fragmentos de
Okazaki se rellenan por accin de la ADNpolimerasa I, y los terminales 5' y 3' se "sueldan"
por accin de la ADN ligasa.

Sistema de reparacin

ARN

El ARN es una molcula heterognea, de diverso tamao, siendo el tamao


promedio en E.coli de 1,2 kilobases (kb= unidad de 1000 pares de bases). Las
clulas contienen varios tipos de ARN:
1. ARN mensajero (ARNm), que es el templete o plantilla para la sntesis de
protena o traduccin, puede producirse una molcula por cada gen o grupo de
genes que se expresa en E. coli,
2. ARN de transferencia (ARNt), que lleva los Aminocidos en una forma
activada al ribosoma para formacin de enlace peptdico, en una secuencia
dictada por el templete o plantilla . Hay al menos uno por cada uno de los 20
aminocidos. Consiste de aprox. 75 nucletidos (un peso molecular de aprox.
25 kd), que lo convierte en la mas pequea de las molculas de ARN.
3. ARN ribosomal (ARNr), que es el mayor componente de los ribosomas, tiene
un rol cataltico y uno estructural en la sntesis proteica. En E. coli existen tres
tipos llamados: ARN 23S,16S, y 5S, por su comportamiento de sedimentacin.
Una molcula de cada una de estas formas se encuentra en cada ribosoma
Es el mas abundante, seguido por el ARNt.
Las clulas eucariticas poseen adems pequeas molculas de ARN llamadas
ARN nuclear pequeo, (smARN) que participan en el corte de los exones
Una pequea molcula de ARN en el citosol tiene participacin en el
sealamiento del destino de protenas recientemente sintetizadas hacia
compartimentos intracelulares o destino extracelular

ARN
Tipo

Cantidad
relativa
(%)

Coeficiente Masa (kd)


de
sedimenta
cin (S)

Nmero de
nucletidos

ARNr

80

23

1.2x 103

3700

16

0.55x103

1700

3.6x101

120

2.5x101

75

ARNt

15

ARNm

Heterogn
eo

Transcripcin o Sntesis de
ARN

Todo el ARN celular es sintetizado por ARN


polimerasas
La sntesis de ARN a partir de un templete de ADN se llama
transcripcin y es catalizada por la enzima ARN polimerasa
La ARN polimerasa requiere los siguientes componentes:
1. Un templete. El templete a plantilla preferido es el ADN
de doble cadena. El ADN de cadena simple tambin puede
servir como templete. El ARN, sea de cadena simple o
doble no es un templete efectivo, ni tampoco lo son los
hbridos de ARN-ADN.
2. Precursores activados. Se requieren todos los cuatro
ribonuclesidos trifosfatos: ATP, GTP, UTP, y CTP.
3. Un ion metlico divalente: Mg2+ or Mn2+ son efectivos.

Transcripcin o sntesis de
ARN

Transcripcin o sntesis de
ARN

La sntesis de ARN es como la de ADN en varios aspectos:


1. La direccin de la sntesis es 5--3
2. El mecanismo de alargamiento es similar: el grupo 3 -OH
al final de la cadena en crecimiento hace un ataque
nucleoflico en el nuclesido trifosfato mas interno del
nuclesido trifosfato entrante.
3. La sntesis es dirigida por la hidrlisis del pirofosfato, al
contrario de la ADN polimerasa, la ARN polimerasa no
requiuere un primer y carece de habilidad de nucleasa
usada por la ADN polimerasa para cortar nucletidos que
no correspondan.
Los tres tipos de ARN. ARNm, ARNt y ARNr son sintetizados
popr la misma ARN polimerasa en E. coli siguuiendo las
instrucciones dadas por un templete de ADN. En clulas de
mamfero, existe una divisin entre los diferentes tipos de
ARN polimerasas.

Transcripcin o sntesis de
ARN

Transcripcin o sntesis de
ARN

Transcripcin o sntesis de
ARN

Transcripcin o sntesis de
ARN

Los ARN son sintetizados por la ARN-polimerasa-ADN-dirigida a


partir de los ribonuclesidos-5'-trifosfato.
La ARN-polimerasa cataliza la reaccin, que se produce en
presencia de Mg2+ y produce pirofosfato:
NTP + (NMP)n ---- (NMP)n+1 + PPi
El funcionamiento de la ARN-polimerasa es similar al de la ADNpolimerasa, pero no necesita cebador. Desarrolla el proceso de
sntesis en sentido 5' ===> 3'.
Se ha comprobado que in vivo slo se transcribe una hebra de
ADN.
La ARN-polimerasa requiere factores especiales para el
reconocimiento del punto de iniciacin. El primer nuclesido-5'trifosfato o nucletido iniciador es siempre el ATP o el GTP y se
fija a la polimerasa para formar el complejo de iniciacin.
Los ARNm son modificados por el acoplamiento de una larga cola
de poli A a su extremo 3'.
Los ARNr se generan a partir de una larga cadena precursora que
finalmente es escindida para dar lugar a los ARN acabados.
A partir de un solo gen pueden ser transcritas muchas cadenas de
ARN simultneamente.

Transcripcin o sntesis de
ARN

Cada gen experimenta transcripcin en ARN-r y


forma unas 100 hebras de ste simultneamente y
a medida que las molculas de ARN-polimerasa se
deslizan a lo largo del gen.
Por ltimo hay que aadir que existen unas ARNpolimerasas-ARN-dirigidas, tambin conocidas por
ARN-replicasas, que se forman en clulas
bacterianas infectadas por virus-ARN.
La ARN-replicasa requiere ARN como patrn y no
funciona con el ADN. Pero adems, en contraste con
las ADN- y las ARN-polimerasas, las ARN-replicasas
exhiben especificidad de patrn (la ARN-replicasa
inducida por el virus Q puede utilizar como patrn
solamente el ARN del propio virus: no replica los
ARN de la clula husped).

Traduccin o sntesis de
protenas

Los ribosomas son orgnulos de muy pequea dimensin


(unos 180 en procariotas y 200-220 en eucariotas),
formados por ribonucleoprotenas, y presentes en todos los
tipos de clulas ya que son esenciales en la biosntesis de
protenas.
Estn formados por ARNr y protenas (60-65% de ARNr y 3540% de proteinas).
Son diferentes los ribosomas de clulas procariticas y los de
clulas eucariticas. Aunque en ambos casos estn
constituidos por 2 subunidades desiguales -una grande y otra
pequea- que permanecen establemente unidas cuando en
el medio hay una concentracin relativamente elevada de
Mg2+.
Hay que recordar que los ribosomas mitocondriales y los
cloroplastidiales se asemejan por sus caractersticas a los de
procariotas:

Traduccin: sntesis de
protenas

Los ribosomas procariticos (70 S) pueden encontrarse libres


en el citoplasma o asociados en forma de rosarios llamados
polirribosomas o polisomas (constituidos por cierto nmero
de ribosomas unidos a una nica molcula de ARNm durante
la sntesis de proteinas).
Los ribosomas eucariticos (80 S) pueden encontrarse libres
en el citoplasma o como polirribosomas, igual que los de
procariotas. Pero tambin aparecen unidos a la superficie del
retculo endoplasmtico rugoso, y en el ncleo celular
(donde son sintetizados).
Por ltimo, los ribosomas aparecen en el interior de
cloroplastos y de mitocondrias de las clulas eucariticas.
Pero estos ribosomas presentan un coeficiente de
sedimentacin similar al de los ribosomas procariticos (70
S).

Ribosomas

Traduccin o sntesis de
protenas

Para estudiar el proceso de biosntesis proteica, reconocemos


3 etapas: iniciacin, prolongacin y terminacin.
Previamente a estas 3 etapas se producir la sntesis de los
aminoacil-ARNt.
Se sabe que algunas de las protenas de los ribosomas tienen
una funcin cataltica. La funcin del ARNr no est todava
clara. Pero parece que el conjunto de ARNr-protenas que
constituye los ribosomas acta como un sistema mecanoqumico que podemos incluir en el mismo tipo de
bioestructuras que la actinomiosina del msculo y los
microtbulos de los flagelos eucariticos.
Estudiaremos el proceso de traduccin en procariotas y
sealaremos despus las diferencias con la traduccin en
eucariotas.

ARNt

Traduccin o sntesis de
protenas

Sntesis de los aminoacil-ARN-t


Previamente a la sntesis polipeptdica est la de los
aminoacil-ARN-t a partir de aminocidos y ARN-t por accin
de aminoacil-ARN-t sintetasas, cada una de las cuales es
estrictamente especfica de un aminocido y de su
correspondiente ARN-t. La reaccin que catalizan es:
aminocido + ARN-t + ATP ======> aminoacil-ARN-t +
AMP + PPi
Iniciacin de las cadenas polipeptdicas
La traduccin de los codones de ARN-m se desarrolla en
sentido 5'==>3'.
Dentro del ribosoma (en la subunidad mayor) se conocen 2
centros: 1) el centro peptidilo (o centro P) y 2) el centro
aminoacilo (o centro A).

Traduccin o sntesis de
protenas

Sntesis de Aminoacil-ARNt

Cdigo gentico

Como los nucletidos que se combinan en el ADN son solamente 4 (A, G, C y


T), y los aminocidos proteinogenticos son 20, se necesitara tripletes de
nucletidos para codificar los aminocidos. Esta conclusin fue confirmada
posteriormente mediante experimentos bioqumicos directos realizados con
ribosomas.
El nmero de tripletes diferentes posibles es de 43 = 64. Como son 20 los
aminocidos posibles, el cdigo gentico es degenerado: tiene mltiples
vocablos de cdigo para todos los aminocidos, con excepcin del Trp y la
Met.
La degeneracin reside, generalmente, en la tercera posicin de su codn,
esto es, en su extremo 3': el nucletido de esta posicin es mucho menos
especfico que el primero y que el segundo.
La iniciacin de la cadena empieza en el codn AUG, que codifica a la Nformilmetionina, iniciadora en los procariotas, y a la metionina iniciadora en
los eucariotas.
Los tripletes UAA, UAG y UGA no codifican a ningn aminocido, pero
constituyen seales de terminacin de cadena: probablemente el UAA sea el
terminador de cadena normal.
Los codones se leen a lo largo de la cadena del ARN-m en sentido 5' ==> 3'.
Actualmente se considera que el cdigo gentico es casi con toda certeza,
universal.

Trinucletidos y Cdigo
gentico

Cdigo gentico

Codones y anticodones

Etapas de Sntesis de
protenas

Etapas de sntesis de
protenas

Transcripcin y traduccin

Transcripcin y Traduccin