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SECCIN I.

Estructuras y funciones de protenas y enzimas


CAPTULO 4. Protenas: determinacin de la estructura
primaria

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FIGURA 41 Diagrama del ciclo de vida de una protena hipottica. 1) El


ciclo de vida empieza con la sntesis en un ribosoma de una cadena
polipeptdica, cuya estructura primaria est dictada por un mRNa. 2)
Conforme procede la sntesis, el polipptido empieza a plegarse hacia su
conformacin natural (representada en color azul). 3) El plegamiento puede
acompaarse de eventos de procesamiento, como divisin proteoltica de una
secuencia lder N terminal (Met-asp-Fen-Gln-Val) o la formacin de enlaces
disulfuro (SS). 4) Las modificaciones covalentes subsiguientes pueden, por
ejemplo, fijar una molcula de cido graso (en color amarillo).

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FIGURA 41 Diagrama del ciclo de vida de una protena hipottica.


(Continuacin)
5) Translocacin de la protena modificada hacia una membrana. 6) La unin de
un efector alostrico (representado en color rojo) puede desencadenar la
adopcin de una conformacin catalticamente activa. 7) Con el tiempo, las
protenas quedan daadas por ataque por sustancias qumicas, desamidacin o
desnaturalizacin, y 8) pueden ser marcadas mediante la fijacin covalente
de varias molculas de ubiquitina (Ub). 9) La protena ubiquitinada despus es
degradada a los aminocidos que la componen, que quedan disponibles para la
sntesis de nuevas protenas.

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primaria

FIGURA 42 Componentes de un
aparato de cromatografa
lquida tpico. R1 y R2: reservorios
de lquido de fase mvil. p: sistema
de bombeo programable que
contiene dos bombas, 1 y 2, y una
cmara de mezcla, M. El sistema
puede ajustarse para que bombee
lquido desde slo un reservorio,
para que cambie de reservorios en
un punto predeterminado a fin de
generar un gradiente de paso, o
para que mezcle lquidos de los dos
reservorios en proporciones que
varan con el tiempo para crear un
gradiente continuo. c: columna de
vidrio, metal o plstico que contiene
la fase estacionaria. F: colector de
fraccin para recolectar porciones,
llamadas fracciones, de lquido de
elucin en tubos de ensayo
separados.

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FIGURA 43 Cromatografa de exclusin de tamao. A: una mezcla de


molculas grandes
(en color caf) y molculas pequeas (rojo) se aplica en la parte superior
de una columna
de filtracin de gel. B: En el momento de entrar a la columna, las
molculas pequeas entran a poros en la matriz de fase estacionaria (gris)
a partir de la cual se excluyen las molculas grandes. c: Conforme la fase
mvil (azul) fluye por la columna, las molculas grandes excluidas fluyen
dentro de la misma, mientras que las molculas pequeas, que estn
protegidas temporalmente del flujo cuando estn dentro de los poros,
se rezagan cada vez ms.

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FIGURA 44 La divisin oxidativa


de cadenas polipeptdicas
adyacentes unidas por medio de
enlaces disulfuro (resaltados en
azul) al efectuar divisin en cido
(izquierda) o reductiva mediante
-mercaptoetanol (derecha)
forma dos pptidos que
contienen residuos cido cisteico
o residuos cisteinilo,
respectivamente.

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FIGURA 45 Uso de sDs-PaGe


para observar la purificacin
sucesiva de una protena
recombinante. El gel se
colore con azul de coomassie.
Se muestran estndares de
protena (carril S) del Mr
indicado, en kDa, extracto
celular bruto (E), citosol (c),
lquido sobrenadante a alta
velocidad (H [por high-speed]), y
la fraccin de DEaE-sefarosa (D).
La protena recombinante tiene
una masa de alrededor de 45
kDa.

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FIGURA 46 IEF-SDS-PAGE
bidimensionales. El gel se
ti con azul de coomassie. un
extracto bacteriano bruto fue
sometido primero a enfoque
isoelctrico (IEF) en un
gradiente de pH de 3 a 10. A
continuacin el gel con IEF fue
colocado en forma horizontal
en la
parte superior de un gel de
SDS, y despus las protenas
se resolvieron ms mediante
SDS-paGE. Ntese la
resolucin muy mejorada de
distintos polipptidos en
comparacin con gel de SDSpaGE ordinario (fig. 4-5).

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FIGURA 47 La reaccin de
edman. El fenilisotiocianato
produce derivados del residuo
amino terminal de un pptido
como un cido feniltiohidantoico.
El tratamiento con cido en un
solvente no hidroxlico libera una
feniltiohidantona, que
posteriormente es identificada
por su movilidad cromatogrfica,
y un pptido un residuo ms
corto. a continuacin se repite el
proceso.

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FIGURA 48
Componentes bsicos
de un espectrmetro de
masa sencillo. una
mezcla de molculas,
representada por un
crculo rojo, un tringulo
verde y un rombo azul, es
vaporizada en un estado
ionizado en la
cmara de muestra. A
continuacin, estas
molculas son aceleradas
por el tubo de vuelo
mediante un potencial
elctrico aplicado a la
rejilla aceleradora
(amarillo). un electroimn
de fuerza de campo
ajustable aplica un campo
magntico que desva el
vuelo de los iones
individuales hasta que
golpean el detector.
Mientras mayor es la masa

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FIGURA 49 Tres mtodos comunes para


vaporizar molculas en la cmara de muestra
de un espectrmetro de masa.

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