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Enzimas: conceptos bsicos y

cinticos

ENZIMAS
CATALIZADOR BIOLGICO
Poder cataltico
Especificidad
S +

ES

E + P

S= Sustrato
P= Producto
ES= Complejo enzima-sustrato

Enzyme

Nonenzymatic half-life

Uncatalyzed rate (kun, s-1)

Catalyzed rate (kcat, s-1)

Rate enhancement
(kcat/kun)

OMP decarboxylase

78,000,000 years

2.8 10-16

39

1.4 1017

Staphylococcal nuclease

130,000 years

1.7 10-13

95

5.6 1014

AMP nucleosidase

69,000 years

1.0 10-11

60

6.0 1012

Carboxypeptidase A

7.3 years

3.0 10-9

578

1.9 1011

Ketosteroid isomerase

7 weeks

1.7 10-7

66,000

3.9 1011

Triose phosphate
isomerase

1.9 days

4.3 10-6

4,300

1.0 109

Chorismate mutase

7.4 hours

2.6 10-5

50

1.9 106

Carbonic anhydrase

5 seconds

1.3 10-1

1 106

7.7 106

Abbreviations: OMP, orotidine monophosphate; AMP, adenosine monophosphate.


Source: After A. Radzicka and R. Wofenden. Science 267 (1995):90-93

1. Anhidrasa carbnica
Transporte de CO2

- 14% es transportada unida a la Hemoglobina


- Como bicarbonato (HCO3-) en la sangre.

A pesar que est reaccin ocurre a velocidad razonable en ausencia de catlisis,


existe la enzima anhidrasa carbnica que cataliza este proceso.
La enzima es requerida ya que la hidratacin de CO2 y deshidratacin de HCO3-,
est asociada a procesos rpidos. Particularmente de transporte, donde el HCO3debe deshidratada en el pulmn. CO2 debe ser convertido en HCO3- para la
generacin del humor acuoso y de otras secreciones. CO2 y HCO3- son sustratos
y productos de varias enzimas.

2.Enzimas proteolticas

Tripsina (enzima digestiva)

Trombina (coagulacin sanguinea)

La especificidad de una enzima se debe a la precisa interaccin


del sustrato con la enzima. Esta precisin es el resultado de la
intrincada estructura tridimensional de la enzima (protena).

Clasificacin
Class

Type of reaction

Example

1. Oxidoreductases

Oxidation-reduction

Lactate dehydrogenase

2. Transferases

Group transfer

Nucleoside monophosphate
kinase (NMP kinase)

3. Hydrolases

Hydrolysis reactions (transfer of functional


groups to water)

Chymotrypsin

4. Lyases

Addition or removal of groups to form


double bonds

Fumarase

5. Isomerases

Isomerization (intramolecular group


transfer)

Triose phosphate isomerase

6. Ligases

Ligation of two substrates at the expense of


ATP hydrolysis

Aminoacyl-tRNA synthetase

Enzimas
Sitio activo: lugar en la enzima donde ocurre la catlisis.
Sitio cataltico
Sitio de Unin
E-S

SITIO ACTIVO

- PUENTES DE H
- INTERACCIONES INICAS
- ENLACES COVALENTES

Cofactores
Cofactor

Enzyme

Coenzyme
Thiamine pyrophosphate

Pyruvate dehydrogenase

Flavin adenine nucleotide

Monoamine oxidase

Nicotinamide adenine dinucleotide

Lactate dehydrogenase

Pyridoxal phosphate

Glycogen phosphorylase

Coenzyme A (CoA)

Acetyl CoA carboxylase

Biotin

Pyruvate carboxylase

-Deoxyadenosyl cobalamin

Methylmalonyl mutase

Tetrahydrofolate

Thymidylate synthase

Metal
Zn2+

Carbonic anhydrase

Zn2+

Carboxypeptidase

Mg2+

EcoRV

Mg2+

Hexokinase

Ni2+

Urease

Mo

Nitrate reductase

Se

Glutathione peroxidase

Mn2+

Superoxide dismutase

K+

Propionyl CoA carboxylase

COFACTORES
1.- GRUPOS PROSTTICOS:
i.- Estn fuertemente unidos a la E
ii.- Forman parte del sitio activo.
2.- COENZIMAS.
i.- Pequeas molculas orgnicas consideradas cosustratos que no estn permanentemente unidas al
sitio activo. Muchas derivan de vitaminas.
ii.- Debe reaccionar con la E.
iii.- Debe unirse al sitio activo.
iv.- Cambia qumicamente y se separa del sitio activo.

Vitaminas

Sustratos

Productos

Formacin complejo enzima-sustrato

Grupos catalticos

Puentes de H, refuerza la especificidad

Modelos del complejo Enzima-sustrato

Nociones de Cintica Qumica


(Recordatorio)

B
A

Cintica Enzimtica

Estado Estacionario

Ecuacin de Michaelis-Menten

Tiene unidades de
concentracin

KM es una importante caracterstica de la interaccin E-S y es independiente de


las concentraciones de enzima y sustrato

[S] > > KM, entonces V0 = Vmax

[S] = KM, entonces V0 = Vmax/2

[S] < < KM, entonces V0 = (Vmax/ KM) [S]


Por lo tanto, la KM es igual a la concentracin de sustrato a la cual la velocidad
de reaccin es la mitad de su velocidad mxima.
O dicho de otra forma, la concentracin de sustrato a la que la mitad de los sitios
activos de la Enz estn ocupados.

KM para algunas Enz y sustratos


Enzyme

Substrate

Chymotrypsin

Acetyl-l-tryptophanamide

5000

Lysozyme

Hexa-N-acetylglucosamine

-Galactosidase
Threonine deaminase

Lactose

4000

Threonine

5000

Carbonic anhydrase

CO2

8000

Penicillinase

Benzylpenicillin

50

Pyruvate carboxylase

Pyruvate

400

HCO3-

1000

Arginine-tRNA synthetase

KM(M)

ATP

60

Arginine

tRNA

0.4

ATP

300

Resumen
Representacin de la Ecuacin de Michaelis-Menten

Linearizacin de la Ecuacin de Michaelis-Menten

Significados de la KM

Significados de Vmax y de k2 (kcat)

Ejemplo:
Una solucin 10-6 M de anhidrasa carbnica cataliza la formacin
de 0,6 M H2CO3 por segundo cuando est saturada con sustrato.
Por lo tanto, k2 es 6 x 105 s-1. Este nmero de recambio es uno de
los mas grandes conocidos. Cada reaccin catalizada toma lugar
en un tiempo igual a 1/k2, lo cual es 1.7 s

Eficiencia Cataltica (kcat/KM)

Eficiencia Cataltica (kcat/KM)


kcat/KM est determinada por la velocidad de formacin del
complejo ES.
Lmite de k1 est dada por la difusin (108 y 109 s-1M-1)
Enzyme

kcat/KM (s-1M-1)

Acetylcholinesterase

1.6 108

Carbonic anhydrase

8.3 107

Catalase

4 107

Crotonase

2.8 108

Fumarase

1.6 108

Triose phosphate isomerase

2.4 108

-Lactamase

1 108

Superoxide dismutase

7 109

Source: After A. Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding (W.
H. Freeman and Company, 1999), Table 4.5.

Complejos multienzimticos

Protenas andamio (scafolding)

Microdominios de membrana

Sustratos Mltiples
Desplazamiento secuencial.
Lactato deshidrogenasa

Doble desplazamiento (Ping-Pong).

Enzimas Alostricas
Enzimas que no responden a la cintica de Michaelis-Menten.

Efecto Temperatura y pH

Inhibicin Enzimtica

Inhibicin Reversible Competitiva

Inhibicin Reversible Competitiva

Inhibicin Reversible No Competitiva

Inhibicin Reversible No Competitiva

Anlisis de las Inhibiciones

Mecanismos moleculares de la regulacin enzimtica

1.
2.

3.
4.

1. Isoenzimas

2. Vida Media y disponibilidad de la Enzima

3. Control Alostrico

4. Modificacin covalente

Enzimas Alostricas

Enzimas Alostricas
Aspartato Transcarbamoilasa

Sustrato

Protena Alostricas
Unin cooperativa de Oxgeno a la Hemoglobina.
(OJO que no es enzima, slo es un ejemplo de alosterismo)

Grupo prosttico Hem de la Hemoglobina.

Grupo prosttico Hem de la Hemoglobina.

Estructura de la Hemoglobina y transicin estado T a R.

Efecto de 2,3-Bifosfoglicerato

Hemoglobina fetal
Cadena

Estado T

Efecto del pH y CO2 en la liberacin de Oxgeno: Efecto Bohr

Efecto del pH y CO2 en la liberacin de Oxgeno: Efecto Bohr

Estabiliza la estructura de la deoxihemoglobina, favoreciendo la liberacin de O 2