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UNIVERSIDAD AUTNOMA DEL ESTADO DE MXICO

CENTRO UNIVERSITARIO UAEM ATLACOMULCO

ADMINISTRACION DE REDES

BIOCOMPUTACIN

Intento de explotar ciertas propiedades especiales de molculas


biolgicas para la construccin de ordenadores:
Ms pequeos
Ms baratos
Ms rpidos

Por qu?

Si contina la tendencia hacia la miniaturizacin de los chips el tamao


de una puerta lgica de un ordenador ser en el ao 2030 similar al
de una molcula
Pero existen problemas econmicos en la fabricacin de chips: por cada
reduccin en un factor de 2 del tamao, se multiplican por 5 los
costes.
Estas son las dimensiones de las magnitudes que se estn manejando:
Molcula = (1 nanometro)
tomo= (1 Amstrong)
Transistor = (1 micra)
Con la biocomputacin se podra conseguir un ordenador:
50 veces ms pequeo
1000 veces ms rpido

Cundo?

1970: Halobacterium Salinarium: bacteria con propiedades


especiales de respuesta a la luz. Crece en condiciones de
baja concentracin de oxgeno.
BacterioRodopsina (proteina) en su membrana:
recibe luz
se desencadena un cambio estructural
se transporta un protn por la membrana
se genera energa para el metabolismo

URSS -Proyecto RODOPSINA: Hicieron microfilms BIOCROMO


Univ. California. R. Birge. RODOPSINA: Protena de la retina
de mamferos que tiene pigmento que:
absorbe luz ( cromforo)
desencadena un cambio estructural
se produce una liberacin de energa
se genera una seal elctrica (informacin visual al
cerebro)

Cmo?
Las molculas pueden funcionar
como interruptores porque sus
tomos son mviles y cambian de
posicin de un modo predecible
Dirigiendo ese movimiento atmico,
se generan 2 estados discretos en
una molcula (se pueden usar para
representar O y 1).

Utilizacin mixta de:


semiconductores
molculas biolgicas
Hoy ya existen ejemplos: PANTALLAS DE CRISTAL LIQUIDO
DE PORTTILES (semiconductor + molculas orgnicas
que controlan la intensidad de las imgenes)
La protena candidata es la BACTERIORODOPSINA
Se elige la BR frente a la R porque:
Es ms abundante
Presenta mayor estabilidad ( 150 F)
Mejores propiedades pticas

Paralelismo implcito idneo para


almacenamiento de datos tridimensional
(1 billn de bits/cm2) frente al 2D de la
superficie de los discos magnticos (100
mili. bits/cm2)
Los procesos de entrada-salida se completan
en 10 nanosegundos y la tasa de
informacin es de 10MB/s por cada pgina
de memoria.

Utilizacin en:
Memorias 3D. Almacenes de datos. Terabytes. 10e12.
BD
Procesadores asociativos. Simulaciones cientficas
complejas
IA. Computadores neuronales asociativos. Paralelismo.
Aprendizaje, anlisis de datos e imgenes

Definimos como biologa computacional al


uso de la capacidad de procesamiento de
los ordenadores para utilizar algoritmos
determinados que nos permitan entender,
simular y obtener conclusiones sobre los
problemas biolgicos.

Este concepto abarca varias ramas cientficas, como pueden ser la


qumica,
las matemticas, la ingeniera de sistemas, la fsica, la estadstica, etc.
Existen diferentes campos de estudios englobados en la biologa
computacional:
Bioinformtica
Biociberntica
Biomodelado computacional
Genmica computacional
Modelado molecular
Sistemas biolgicos
Prediccin de estructura de protenas
Bioqumica y biofsica
Computacin molecular

Ramas que afecta la


biocomputacin
La rama de la inteligencia artificial ha permitido
realizar estimaciones y simulaciones sobre el
comportamiento del virus del sida, el desarrollo de la
metstasis Este campo permite realizar suposiciones a
travs de datos obtenidos de una base de datos para,
lanzar reglas que indiquen un cierto comportamiento.
Los datos obtenidos son hiptesis que permiten dar una
idea a los cientficos sobre qu aspectos de un
determinado virus o molcula son los importantes para
combatirla. Este campo nicamente sirve como ayuda,
pero no para demostrar nada puesto que lanza
suposiciones.

La informtica grfica permite observar aspectos de una


molcula, ADN, cromosoma hasta el ms mnimo detalle. Con
esta rama se permite dibujar la estructura en tres
dimensiones de una protena, cualquier tipo de virus a travs
de datos obtenidos de una base de datos. No es lo mismo
realizar un estudio con un microscopio que con una
herramienta grfica. Estas herramientas permiten realizar
ampliaciones de zonas de una molcula hasta resoluciones casi
impensables en los microscopios. Adems permiten girar,
trocear cualquier sustancia biolgica.

La simulacin permite estimar el comportamiento de un ser o


molcula. Sirve para realizar estimaciones de clculo para
realizar hiptesis. Estos datos no sirven para demostrar nada,
pero s como ayuda a los especialistas en la materia para
determinar en qu aspectos se deben centrar.

Redes es uno de los campos ms importantes en la actualidad


en la bioinformtica. Qu sera de los expertos que se
encuentran por diferentes lugares del mundo sin internet. El
intercambio de conocimiento entre stos es constante, usando
la web como principal va de comunicacin. Adems, las bases
de datos donde se almacena la informacin no tendran
prcticamente sentido si no se tuviese una va en el que se
pudiese consultar sus datos.

Bioinformtica
Se trata de una disciplina basada
fundamentalmente
en
las
ciencias
biolgicas y biotecnolgicas.
Produce una enorme cantidad de datos, y
el reto de encontrar su significado; es
decir, transformar esta informacin en
til que permita el desarrollo de nuevos
medicamentos, o mayor comprensin del
funcionamiento de los seres vivos, etc.

Se puede describir como la ciencia


que permite crear y gestionar datos
biolgicos, tratando de registrar y
eventualmente simular toda la
complejidad del ser vivo; basndose
en estructuras como los genes, las
protenas, etc.
Representacin de la estructura y
funcin de sistemas biolgicos a
travs de lenguajes formales, para
descripcin, simulacin, anlisis y
eventualmente compilacin.

Se divide en las siguientes


ramas:
Genmica Computacional
Bioinformtica Estructural
Sistemas biolgicos
Algoritmos y Bases de
Datos

Genmica computacional
Trata de descifrar el genoma
humano, comparando genomas de
diferentes especies, en busca de
similitudes y diferencias, analizando
las causas de algunas
enfermedades.
Se encarga del desarrollo de
herramientas computacionales para
el almacenamiento, recuperacin y
anlisis de datos genmicos, como
genes y protenas

Bioinformtica
estructural
Consiste principalmente en la
simulacin del comportamiento
de biomolculas, principalmente
protenas, y sus entornos en
diferentes situaciones.

Biologa de Sistemas
Se enfoca al estudio
sistemtico de interacciones
complejas en sistemas
biolgicos, para entender
mejor la totalidad de los
procesos que ocurren en el
sistema biolgico.

Algoritmos y Bases de
Datos
Almacenan secuencias de genes y
protenas en bases de datos para su
posterior recuperacin y anlisis en
comparaciones y distintos
algoritmos.
A la vez busca la evolucin de los
mismos algoritmos, buscando su
simplificacin y reduccin.

GENOMA HUMANO
El genoma es el conjunto de todos
los cromosomas que hay en un
cuerpo. Estos cromosomas son los
que se heredan de generacin en
generacin
y
est
formada
aproximada mente por 100.000
genes.

Todas las clulas de un ser vivo


tienen el mismo genoma. Este
genoma se define durante el
desarrollo y es hereditario. Aqu
se encuentra escrito diferente
informacin como el color de los
ojos, la calvicie, enfermedades
como el cncer, Parkinson Son
como letras que forman nuestro
organismo.

La decodificacin de esta secuencia


permite determinar enfermedades
genticas que puede sufrir un
individuo, as como el tratamiento de
enfermedades que son incurables
actualmente. Hay un total de
aproximadamente seis mil millones
de letras fragmentado en 46
cromosomas (28 del padre y los
otros 28 de la madre).

SIMBIOSIS ENTRE
INFORMTICA Y
BIOLOGA

Dos ciencias tan distintas


como la biologa y la
informtica se ayudan
mutuamente para poder
avanzar en distintas
investigaciones que se
realizan en cada campo.

La informtica se ha
visto favorecido por la
biologa en

Programacin
lgica
difusa
la programacin difusa se basa en
no
considerar
que
los
conocimientos
pueden
ser
nicamente verdadero ni falso,
sino que hay valores intermedios
que pueden ser vlidos. Se basa
en el conocimiento humano y, las
inferencias que se realizan
tambin se basa en ese
conocimiento.

Mtodos de aprendizaje en inteligencia


artificial
los algoritmos genticos se basan en la
seleccin natural enunciada por Darwing. Este
algoritmo consiste en tener una poblacin de
individuos. Estos individuos se reproducen y
se generan nuevos individuos (es decir un
individuo es la combinacin de genes de los
padres) y en la nuevo poblacin generada
(formada por los padres e hijos) se realiza la
seleccin natural, quedndose con los
individuos mejor adaptados al medio (aquellos
que dan mejor resultado aplicando una funcin
de adaptacin).

Otro mtodo de aprendizaje en la


inteligencia artificial son las redes
neuronales. Se basa en el modo
de funcionamiento del sistema
nervioso sobre cualquier ser vivo.
Este algoritmo se basa en las
neuronas. stas tienen una serie
de entradas y una salida.
Dependiendo de una funcin se
determina qu entrada es la que
se propaga.

Los virus informticos

El funcionamiento de los virus


informticos es muy similar a como
lo realiza un virus biolgico. Un virus
se encuentra dormido dentro del
sistema y gracias a una excitacin
del exterior se activa. Cuando se
activa realizan modificaciones y
daos sobre el husped. Al principio
los cambios que se realizan se
hacen sin que el sistema se d
cuenta.

Tanto los virus informticos como


los biolgicos contienen
informacin necesaria para
reproducirse dentro del sistema,
replicando su informacin.
Pueden sufrir mutaciones
(cambio sobre sus cdigos) y son
altamente especficos, es decir,
se basan en actuar sobre un
lugar y no intentan daar
diferentes zonas del sistema.

Desarrollo de mquinas
ms
potentes
se han
desarrollado investigaciones
por parte de cientficos que han
desarrollado una molcula artificial
que permite realizar mquinas
100.000 millones de veces ms
rpidas que las actuales. El
descubrimiento
permite
generar
circuitos usando procesos qumicos,
reduciendo su tamao al de una
molcula. Esta tcnica se conoce

La
BIOCOMPUTACION
se
relaciona con la computacin
basada en ADN.

El ADN es una molcula que


contiene la informacin que hace
a los seres vivos

Sus unidades se denominan


bases y estn constituidas por
cuatro
molculas
principales:
adenosina, timidina, guanidina y
citosina.

APLICACIONES DE LA BIO
TECNOLOGIA
Diagnsticos
Ingeniera gentica
Sntesis de nuevas protenas
Nuevas plantas y animales
Nuevos alimentos
Nuevos antibiticos
Clonacin

Terapias
Produccin de protenas humanas
Anticuerpos
Transferencia de genes en
animales
Desordenes geneticos

Referencias
Baxevanis, A.D. & B.F. Francis Oullette
(Eds.). 2002. Bioinformatics. A practical
guide to the analysis of genes
Mount, David W. 2001. Bioinformatics.
Sequence and Genome Analysis. Cold
Spring Harbor Laboratory Press.
Rafael Lahoz-Beltr, Bioinformtica
Simulacin, vida artificial e inteligencia
artificial, Ediciones Daz de Santos,
Madrid, 2004

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