Procesamiento Digital de Imgenes en Matlab para

Cuantificacin de Clulas
Jos Hernndez Delgado, Licenciatura en Ingeniera Fsica, Teodoro Crdova Fraga, Modesto Antonio Sosa Aquino, Rafael Guzmn Cabrera; Jos Mara de la Roca Chiapas, Sergio Mrquez
Gamio.

RESUMEN
El anlisis de imgenes mdicas es el estudio de diferentes tipos de imgenes
mediante las cuales se puede obtener informacin benfica para el paciente,
ya que su anlisis se vuelve ms eficiente. El conteo de clulas es una
prctica comn en los laboratorios de biologa y reas afines. Esta tarea se
realiza, generalmente de forma manual y algunas veces mediante la
adquisicin de algn software. Este trabajo presenta una rutina en Matlab para
el procesamiento digital de imgenes de clulas del fmur de ratas wistar con
el objetivo de tener un conteo de cuantas clulas se encontraron y determinar
su rea. Se realiz un conjunto de algoritmos de referencia estndar y
herramientas para el anlisis, visualizacin y deteccin de caractersticas. Con
esto se busca un anlisis ms sencillo de las imgenes.

ALGORITMO

MTODOS

RESULTADOS

Obtener imgenes en escala de grises, separando las matrices RGB y sacar

un promedio de las mismas, quedando solamente una matriz con valores
promedios de las tres matrices RGB.

Visualizacin de la deteccin de las clulas.

Obtener una imagen que contenga solo objetos de inters, esto se har
mediante la binarizacin de la imagen a escala de grises, usando un umbral
que determinara que pixeles sean cero o uno. Estos pixeles con valor de uno
sern considerados objetos de inters.
Post-procesamiento
El filtrado de la imagen depender del ruido, se buscara resaltar la
informacin de inters.
Se hace un anlisis del histograma de la imagen para saber que valores de
intensidad tengo en mi imagen y as poder tener en cuenta procesos
posteriores.
El tipo de objeto a sealar estar contenido en si mismo para considerarse
un objeto y con esto me refiero a que no debe tener elementos alejados de
l.

Procesamiento de la imagen en Matlab

Se eliminara de la imagen objetos que tengan una rea menor a la requerida

para ser considerada clula.

Se comienza por definir un rea en inters (ver Fig.1), de preferencia que

sea del mismo tamao para toda la adquisicin.

Se tendr en cuenta el rea que se desea seleccionar mediante un algoritmo

interactivo (ver Fig.1).

A continuacin se maneja el algoritmo dependiendo del tipo de imagen que

se tenga, en nuestro anlisis tenemos imgenes RGB.

Fig. 3.

Fig. 4.

Fig. 5.

La visualizacin artificial de las clulas muestra que tan acertado es el

algoritmo para la deteccin de las mismas, los resultados de cuantas
clulas fueron contadas son relativos al rea que se desea emplear el
algoritmo.

Se extraen las matrices correspondientes a cada color, tenemos tres

matrices una para cada color se promedian las mismas para tener una sola
matriz que analizar (Fig. 2).

En la binarizacin de la imagen el umbral usado determinara los

resultados, ya que el umbral ser el criterio que determinara que pixeles
tienen valor de uno o de cero. Esto puede remover informacin de inters
para el usuario.

Lo ms simple para la deteccin es aplicar un umbral que quite informacin

de la imagen a escala de grises, despus se binariza la imagen asignando
nuevos valores a los pixeles dependiendo del valor del umbral.

En la Fig.3 se presenta el resultado de la deteccin de clulas, en esta

imagen se puede apreciar como las clulas son encerradas en rectngulos
verdes para un mejor anlisis de la visualizacin.

Al final se emplea una funcin en Matlab (regionprops) que regresa la

informacin de los elementos en la imagen.

Fig. 1.

Fig. 2.

Diferentes tipos de umbral.

Tipos de imgenes a analizar.

La Fig.4 presenta el algoritmo enfocado a otro tipo de estructura, en este

caso se quiere encontrar los ncleos de las clulas para futuras rutinas.
La Fig.5 presenta una mascara de color azul, remarcando solo el rea de
inters, en este caso se puede apreciar como el algoritmo reconoce en un
buen porcentaje las clulas de la imagen.

CONCLUSIONES
RESULTADOS
OBJETIVOS

Con la rutina implementada se logro una buena deteccin de las clulas en

las imgenes, con esto se busca ahorrar tiempo muy valioso y esfuerzo en
el momento de realizar la tarea de conteo de clulas, ayudando as a los
laboratorios y reas mdicas para las cuales es indispensable esta tarea.

Hacer un conteo y deteccin de clulas, mediante un procesamiento

matricial de las imgenes en Matlab de fotografas tomadas a un conjunto
de clulas, determinar su rea en pixeles y posicin.

La binarizacin de las imgenes es un buen y sencillo mtodo para la

deteccin de elementos, sin embargo para esto se necesita tener en
cuenta el valor del umbral, de este depender el anlisis y resultado de
nuestro algoritmo.

Desarrollar una rutina interactiva usando Matlab, con el objetivo anterior.

El algoritmo fue usado en diferentes tipos de imgenes, el resultado no

vario mucho de lo esperado, sin embargo se puede mejorar el proceso
haciendo un mtodo ms interactivo con el usuario, me refiero a que el
usuario pueda interactuar en el anlisis de las imgenes y con esto tener
un resultado ms especifico y definido.
Para tener certeza de que nuestra rutina se puede emplear en el mbito
laboral hace falta probar su eficacia a un numero ms grande de
imgenes, y saber que limites tiene en la practica comn.
Aunque se podra emplear otro tipo de algoritmos los presentados en este
trabajo cuentan con una buena respuesta y los requerimientos
computacionales no son demasiados.