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Octubre 2013
DNA - historia
1865 Gregor Mendel Publico sus resultados sobre los factores de la herencia. Experiments in Plant Hybridization The Natural Science Society
1902 Walter Sutton Interrelaciona la citologa y el Mendelismo (morfologa & herencia). Cromosomas son unidades hereditarias. Esta teora tambin fue desarrollada por Theodor Boveri
Neumococos R vivos inoculados junto con neumococos S inactivados por calor producan la muerte del ratn
live S strain
1944 Oswald Avery,Colin MacLeod,Maclyn McCarty. Reportaron que el principio transformante de Griffith era el DNA.
Maclyn McCarty
1950 Erwin Chargaff Determino que los organismos vivos presentan una proporcin constante entre Adeninas con Timinas y Guaninas con Citosinas.
1950 Rosalind Franklin Obtuvo las fotografas de alta calidad de difraccin de rayos X del DNA
Rosalind Franklin
Maurice Wilkins
1952 Martha Chase y Alfred Hershey empleando bacteriofagos marcados con 35S y 32P demostraron que el DNA es una molcula hereditaria
1953 Francis Crick y James Watson resolvieron la estructura tridimensional del DNA.
1958 Matthew Meselson y Frank Stahl empleando la diferencia de densidades de isotopos demostraron la propiedad semiconservativa de la replicacin del DNA.
1958 Arthur Kornberg Purifico la DNA polimerasa I de E. coli, La primera enzima que sintetiza DNA en un tubo de ensayo 1966 Marshall Nirenberg, H. Gobind Khorana Led descifran el cdigo gentico determinan que los codones (tripletes de nucleotidos de mRNA) son especficos para un aminocido. 1970 Hamilton Smith Kent Wilcox Aislo la primera enzima de restriccin, HindII: que corta el DNA en un sitio de reconocimiento especifico. 1977 Fred Sanger Desarrolla el mtodo del nucletido terminador para el secuenciamiento de DNA. 1978 Somatostatin es la primera hormona humana en producirse por la tecnologa del DNA recombinante. 1983 Kary B. Mullis Propuso el mtodo de Reaccin en Cadena de la Polimerasa (PCR) para amplificar DNA
The oceanic viriomes (all viruses in a habitat) (August 2006) were from the Sargasso Sea, Gulf of Mexico, coastal British Columbia and the Arctic Ocean. The nine biomes (March 2008) were stromatolites, fish gut, fish ponds, mosquito viriome, human-lung viriome, chicken gut, bovine gut and marine viriome. The different technologies used are dye-terminator shotgun sequencing (black), fosmid library sequencing (pink) and pyrosequencing (green). (Graphic based on data sets represented at http://www.genomesonline.org.)
DNA
.
Duplicacin o Replicacin
CCTGAGCCAACTATTGATGAA
PEPTIDE
DNA
Bases nitrogenadas de los cidos nuclicos
RNA
(DNA)
(RNA)
Las dos hebras se mantienen por el apareamiento de bases en el DNA por puentes de hidrgeno
Formas de DNA
Forma A
Forma B
Forma Z
Sentido de la helice Diametro Bases por torcion Distancia entre pares de bases
La forma B es referida a la de Watson Crick Z alternancia de G y C, presente como segmentos en eucariotes y procariotes, con funcion quizas regulatoria de expresin
El DNA puede disociarse o asociarse por la complementaridad de su secuencia nucleotidica: Denaturacin reversible del DNA
La renaturacin permite hacer anlisis de hibridacin, cuando se mezclan dos hebras de DNA que comparten cierto grado de similaridad en su secuencia
Una secuencia con mayor % de GC presentara un tm mayor que una secuencia con alto contenido de AT
(El tm es la Temperatura media., Melting o temperatura de disociacin en el que la denaturacion de las hebras de ADN es del 50%)
Simple hebra
Doble hebra
Debido a las bases nitrogenadas el DNA absorbe luz ultravioleta. El efecto denominado hipercromicidad se da al denaturar el DNA, as las bases estn expuestas y puede absorber mayor cantidad de luz ultravioleta
En eucariotes es complejo y se da en varios orgenes de replicacin una vez que se realiza la replicacin el origen es inactivado
a 3
Organizacin comn de las DNA polimerasa: La palma contiene el sitio cataltico, los dedos posicionan el molde con el nuevo nucletido y el pulgar mantiene la asociacin de la polimerasa y su sustrato, es importante en la procesividad,
c c
Los nucletidos adicionados son nucletidos trifosfatos. El mecanismo involucra iones Mg que coordinan con el grupo fosfato y residuos Asp de la enzima DNA polimerasa
La DNA polimerasa controla la fidelidad de la replicacin. Por efecto estrico discrimina desoxiribonucleotido de un ribonucleotido un
Las enzimas polimeras tienen un mecanismo de relectura o de proofreading (actividad exonucleasa 3 a 5) Evita la mala incorporacin de un nucleotido
El desenrrollamiento del DNA ocasiona un superenrrollamiento positivo en la direccin de la maquinaria de replicacin. DNA girasa es una topoisomerasa II, que rompe el DNA e introduce supercoil negativo a la cabeza de la horquilla de replicacin Fluoroquinolona inhibe DNA girasas en muchas bacterias gram-negativas: ciprofloxacina y levofloxacina (Levaquin)
DNA polimerasas
Cerca de 20 molculas de DnaA se unen a los cuatro repeticiones de 9 bases y hexameros de DnaB (helicasa) se unen a cada hebra de DNA en colaboracin con DnaC. La actividad helicasa requiere de ATP y provoca la liberacin de dnaA. El complejo primasoma (dnaB, dnaC y dnaG) sintetizan el primer de RNA ( 10 a 60 nucletidos)
Composicin de la DNA pol III holoenzima 3 DNA polimerasa 1 copia de una molcula portadora de la pinza deslizante, este incluye tres copias de protena T que enlazan a las 3 DNA polimerasas. La sntesis conjunta de la hebra lder y la hebra rezagada propone el modelo Trombon
La incorporacin de la helicasa en eucariote es dependiente de Cdc6 y Cdt1 y la activacin de la helicasa y ensamblaje de replisoma depende de dos quinasas que son activas en la fase S
El problema de la duplicacin en los extremos (telomeros) puede resolverse por distintos mecanismos. La telomerasa usa su propia molcula de RNA y por transcripcin reversa extiende la hebra en el extremo 3
Telomeros y edad
Metaphase chromosome
Telomeros son capuchones protectivoscaps sobre el extremo de los cromosomas y consisten de repeticiones cortas en tandem de 5-8 bp de una secuencia rica en GC, Previenen desde fusiones Cromosomas y rearreglos del kariotipo.
telomero
centromero
telomero estructura
(TTAGGG)poco
Edad senil
telomerasa (una enzima) requerida para mantener la longitud de las clulas germinales La mayora de las clulas somaticas disminuye el nivel de la actividad de la telomerasa y asi sus cromosomas se acortan en cada divisin
El modelo de recombinacin homologa incluye 5 etapas: 1. Alineamiento de las dos molculas de DNA homologo 2. Ruptura del DNA 3. Invasin de una hebra, ocurren malos apareamiento por eso se denomina heteroduplex 4. Formacin de la estructura de Holliday
El sistema de escisin de nucletido NER repara los daos provocados por radiacin ultravioleta: Puede ocurrir la reparacin en forma global o acoplada a la transcripcin
El sistema de reparacin excision de base BER, repara daos de deaminacion o rupturas en una sola cadena
El sistema de reparacin por recombinacin homologa HR y de unin de extremos EJ, reparan la ruptura de las cadenas de DNA
Cromosomas
En el bacteriofago
En bacterias
En mamiferos
En eucariotas, el DNA se encuentra empaquetado con proteinas histonas dentro de la cromatina. Las unidades bsicas de la cromatina son los nucleosomas.
Las histonas se asocian a la carga negativa del DNA por su alto contenido de aminocidos de carga positiva
Dos copias
Tetramero H3-H4
Dimero H2A-H2B