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3.

Protenas

Las protenas son las molculas que trabajan en el organismo

Estructura de las Protenas


Macromolculas con > 50 AA unidos por enlaces peptdicos. Muchas conformaciones son posibles.

La conformacin determina la funcin.


Conformacin nativa: actividad biolgica.

Niveles de estructura

Secuencia de AA, de N-terminal a C-terminal

3D en regiones localizadas, interacciones en el esqueleto del pptido.

3D de todos los tomos incluyendo tomos diferentes a los de los AA.

Estructura de protenas que constan de varias subunidades.

Estructura 1
Secuencia de AA. Determina conformacion 3-D. Cambio en un slo AA puede alterar las funciones biolgicas.

Anemia de clulas falciformes:

Estructura 2

Conformacin 3D en regiones localizadas de la protena interacciones en el esqueleto del pptido. La cadena lateral R de los aminocidos no est involucradas en la estructura secundaria. 2 tipos principales:
Giros beta, vueltas Beta o vueltas inversas.

Estructura secundaria no repetitiva

Hoja plegada

-Hlice

Estabilizadas por Puentes de hidrgeno especificamente entre el grupo N-H de un enlace peptidico y el grupo carbonilo (C=O) de otro.

-Hlice

Monumento en memoria de Linus Pauling, descubridor de la hlice alfa.

En la alfa hlice sobresalen las cadenas laterales de los AA

Factores que afectan la -Hlice


Prolina
Fuerte repulsin electrosttica Impedimento estrico

Factores que afectan la -Hlice


Prolina:
Conocida como el iminocido por no tener amina primaria. Crea un ngulo por estructura cclica y -amina secundaria.

Factores que afectan la

-Hlice

Fuerte repulsin electrosttica: por la proximidad de cadenas laterales con la misma carga.

Factores que afectan la -Hlice


Impedimento estrico: por proximidad de cadenas laterales abultadas. Isoleucina

Valina

Treonina

Hoja plegada
R alterna, arriba y abajo del plano
Estabilizada por puentes de hidrgeno

Hoja plegada
Paralela Antiparalela

Giros o Vueltas inversas


Permite cambio de direccin necesario para que la protena adopte una estructura mas compacta.

Giros o Vueltas inversas


Favorecidas por Glicina y Prolina.

Estructuras Supersecundarias
Motivos
Combinacin de -hlices y hojas conectadas a travs de giros, que forman patrones que estn presentes en muchas proteinas diferentes. Motivo: se usa para describir a estas estructuras supersecundarias.

Barril : Hojas

Dominios
Unidades estructurales compactas dentro de una protena. Se pliegan y funcionan de forma independiente. Un dominio puede estar formado por motivos.
Protena Piruvato Quinasa: 3 dominios.

Dominios
3D de muchas protenas esta formada por varios dominios. Estabilizadas por las mismas fuerzas que la 3D. Protena Hemoglobina: Dominios alfa hlice.

Funciones de los Dominios


Unir una molcula pequea y contener sitio cataltico.

Hexoquinasa y la glucosa

Funciones de los Dominios


Atravesar la membrana plasmtica en protenas transmembrana

Funciones de los Dominios


Unirse al DNA (en factores de transcripcin)

Dedos de Zinc

Helix-Loop-Helix

Cremallera de Leucina

Estructura

ria 3

Arreglo 3-D de todos los tomos en la molcula.


Interaccin entre cadenas laterales. No siempre es clara la distincin entre estructura 2ria y 3ria Dada por:

Interacciones Covalentes : Puentes disulfuro (-S-S-).


Interacciones no covalentes

ria Fuerzas en la estructura 3


Interacciones No covalentes:
Puentes de hidrgeno entre cadenas laterales polares (p.e. Ser y Thr) Interacciones hidrofbicas entre cadenas laterales no polares (p.e., Val e Ile) Atraccin electrosttica entre cadenas laterales de carga opuesta (p.e., Lys y Glu). Repulsin electrosttica entre cadenas laterales de carga similar (p.e., Lys y Arg, Glu y Asp)

Clasificacin de las protenas


Basada en la forma de las protenas:

a) Protenas globulares (esferoprotenas):

b) Protenas fibrosas (escleroprotenas) :

Protenas Fibrosas

Protenas Fibrosas
Cadenas polipeptdicas organizadas de manera paralela.
Largas fibras u hojas

Mecnicamente fuertes
Insolubles en agua Importante papel estructural

Tropocolgeno
Tres cadenas polipeptdicas Repetitivas: X-Pro-Gly y X-Hyp-Gly. Unidas por puentes de hidrogeno entre hidroxiprolina e hidroxilisina. Con la edad: las hlices se entrecruzan por enlaces covalentes entre Lys e His.

Protenas Globulares
Plegadas con forma esfrica:
Solubles en agua Cadenas polares hacia afuera Cadenas No-polares hacia adentro Mezcla de -hlice y hojas plegadas

Ej: Mioglobina

Fuerzas que estabilizan la estructura de las Protenas

Mioglobina
Un slo polipptido de 153 AA. Un grupo hem en un bolsillo hidrofbico (Fe). 8 regiones de -hlice; no hojas Funcin:

Almacenamiento de oxgeno en el msculo.

Mioglobina
Dos His en interaccin con el grupo hem.

Fe(II) del hem tiene 6 sitios coordinados:


4 interactan con tomos N del hem

1 con N de la Histidina
1 con molcula Oxgeno.

La segunda histidina (E7) actua como compuerta. Disminuye afinidad del Hemo por CO2

Denaturacin
Prdida del orden estructural (2ria, 3ria, 4ria o una combinacin de estas) que lleva a la prdida de actividad biolgica.

Denaturacin se da por:
Calor

Grandes cambios en pH: alteran cargas de las cadenas laterales


Detergentes que altera las interacciones hidrofbicas. Urea o guanidina, que altera puentes de hidrgeno Mercaptoetanol, que reduce los puentes disulfuro

Estructura cuaternaria
Asociacin de cadenas polipeptdicas en protenas de varias subunidades
dmeros trmeros tetrmeros

Interacciones No covalentes
electrostticas, puentes de hidrgeno, hidrofbicas

Ej: Hemoglobina

Estructura de la Hemoglobina (Hb)


Tetrmero de dos cadenas (141 AA) y dos cadenas (146 AA); 22 (153AA la mioglobina).
Cada cadena tiene un grupo hem.

Hb puede unir 4 molculas de O2


Su funcin es transportar oxgeno.

Unin del Oxgeno a la Hemoglobina (Hb)


Cooperatividad positiva: cuando un O2 se une, es ms fcil unir otro O2. Cambios estructurales ocurren al unir molculas pequeas.

La estructura de la Hb oxigenada es diferente de la no oxigenada.

Desoxi- y Oxihemoglobina
Menos espacio central en la oxihemoglobina (rojo)

Comportamiento alostrico:
Propiedad de una protena de mltiples subunidades en la que un cambio conformacional en una subunidad, induce un cambio conformacional en otra subunidad.

Ej: Hemoglobina (Hb)

Interacciones Hidrofbicas
Factores importantes en el plegamiento de la protena para formar estructuras 3D requeridas para su funcin. Son espontneas. Citocromo c: Cadenas laterales hidrofbicas (en rojo) estn hacia el interior y las hidroflicas (en verde) hacia el exterior

La importancia del correcto plegamiento

Plegamiento
Aunque la estructura 1ria contiene la informacin para producir la estructura 3ria. In vivo es ms complicado. Ambiente celular es denso en protenas. Puede iniciar el plegamiento de manera incorrecta Puede asociarse con otras protenas antes de completar el plegamiento. Puede ser necesario que permanezcan sin plegar largo tiempo mientras son transportadas.

Priones y enfermedad

Causan encefalopatas espongiformes como la enfermedad de las vacas locasy la enfermedad de Creutzfeld-Jakob.

Chaperonas del plegamiento proteico


Ayudan a que el plegamiento sea correcto y a tiempo. Primeras descubiertas: Familia de protenas de choque por calor con un peso molecular de 70000 (hsp70). Muy conservadas evolutivamente (de procariotes a humanos). AHSP: Protena estabilizadora de -Hb