Aminoácidos, péptidos y

proteínas
Rodrigo Sandoval, Ph.D.
Procesos Biológicos I
Carrera de Medicina
Proteínas
 Biopolímeros de α-amino ácidos.
 Amino ácidos están unidos por enlaces
peptídicos.
 Variedad de Funciones:
 estructura
 enzimas
 transporte
 protección
 hormonas
Estructura de Proteínas

=>
Aminoácidos

Moléculas orgánicas que presentan

un radical amino y un radical
carboxilo. Existen más de cien en
la naturaleza.
 Amino ácidos
 Unidades Estructurales de las proteínas
 Usadas también en vías bioquímicas
 20 aminoácidos estandar (α-aminoácidos)
 Dos grupos funcionales:
 Grupo ácido carboxílico
 Grupo amino en el carbono alfa (α)
 Diferentes grupos sustituyentes (R)
 Sus propiedades van a dictar el
comportamiento del aminoácido R side
chain
|
H2N— C —COOH
|
Estructura de los
Aminoácidos
H
H2N CO2H
C
R
R – Puede ser una serie de grupos
funcionales
Aminoácidos Estandar

 20
 Difieren en características de su
Sustituyente:
 -H or alquil
 Contienen -OH
 Contienen azufre
 Contienen nitrógenos no básicos
 tienen -COOH
 Tienen un nitrógeno básico
Clasificación de los
aminoácidos
 Clasificación por la estructura de R
 apolares
 Polares
 Aromáticos
 Acídicos
 Básicos
Aminoácidos apolares

 Hidrofóbicos, neutrales, alifáticos

 Aminoácidos polares

 Hidrofílicos, neutrales, generadores de

puentes de H
Aminoácidos Aromáticos

 Voluminosos, neutrales, polaridad

depende de R
Aminoácidos acídicos y básicos

Acídicos  Básicos
 Grupo R = ácido  Grupo R = amina
carboxílico  Acepta H+
 Donor H+  Cargados
 Cargados positivamente
negativamente
Abreviaciones (1 y 3 letras)
Alanina A, Ala Leucina L, Leu
Arginina R, Arg Lisina K, Lys
Asparragina N, Asn Metionina M, Met
Ácido Aspártico D, Fenilalanina F, Phe
Asp Prolina P, Pro
Cisteina C, Cys Serina S, Ser
Glutamina Q, Gln Treonina T, Thr
Ácido Glutámico E, Triptofano W, Trp
Glu Tirosina Y, Tyr
Glicina G, Gly Valina V, Val
Histidina H, His
Isoleucina I, Ile
Aminoácidos escenciales
Arginina (Arg)  Triptofano (Trp)
Treonina (Thr)  Metionina (Met)
Lisina (Lys)  Histidina (His)
Valina (Val)  Leucina (Leu)
Fenilalanina (Phe)  Isoleucina (Ile)
Otros aminoácidos pueden
presentar interés biológico,
porque forman parte de proteínas
de microorganismos, porque dan
lugar a moléculas fundamentales
(tiroxina) o porque sufren
modificaciones como
metilaciones, fosforilaciones, ...
( β-alanina; forma parte de
coenzimas, ácido γ-aminobutírico;
neurotransmisor de las sinapsis
 Estereoquímica de los
aminoácidos
 Los aminoácidos (excepto gly) son
ópticamente activos

 Proyecciones de Fischer:
 Quilaridad de los

Aminoácidos
Gly, ácido 2-amino-acético, es aquiral
 En todos los demás, el carbono α del
aminoácido es el centro quiral
 La referencia estereoquímica delos
aminoácidos es la proyección de Fischer
de la L-serine
 Proteínas derivan exclusivamente de L-
aminoácidos

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Configuraciones D y L

 d = dextrorotatorio
 l = levorotatorio
 D, L = relativo a gliceraldehído
Importancia de la
estereoquímica
 Todos los AA encontrados en
proteínas tienen geometría L
 D-AA se encuentran en Bacterias

 Geometría de las proteínas afectan

la reactividad (unión de sustratos en
enzimas)
 Talidomida
 Aminoácidos no estándar

 Derivados de AA
 Modificación de AA
luego que la proteína
es sintetizada
 Residuos terminales
o grupos R
 Adición de grupos
alquilo pequeños,
hidroxilos, etc.
 D-AA
 Bacterias
Aminoácidos poco comunes

 4-Hidroxiprolina, 5-hidroxilisina se
encuentran en fibras de colágeno.
 D-Ácido Glutámico en pared celular
de bacterias.
 D-Serina en gusanos.
 Ácido γ-Aminobutírico,
neurotransmisor.
 β-Alanina, constituyente de la
vitamina ácido pantoténico
Propiedades de los
Aminoácidos
Alto punto de fusión, sobre 200°C.
 Solubles en agua más que en solventes
orgánicos.
 Momentos dipolares mayores que
aminas o ácidos simples.
 Menos acídicos que la mayoría de los
ácidos carboxílicos y menos alcalinos
que la mayoría de las aminas.
O
+ _
pKa = 10
H3N CH C O pKb = 12
R
 Propiedades ácido-base

 Recordar H3PO4 (múltiples pKa)

 AAs también tienen múltiples pKa debido a sus

múltiples grupos ionizables
pK1 ~ 2.2
(protonado bajo 2.2)

pK2 ~ 9.4
(NH3+ bajo 9.4)

pKR
 Zwitteriones

 Tanto los grupos –NH2 como –COOH en un

aminoácido sufren ionización en estado acuoso.
 ApH fisiológico (7.4), se forma un zwitterion
 Tanto cargas + como –
 Neutro
 Anfótero
 Grupo Amino protonado
 Grupo Carboxilo deprotonado

 Soluble en solventes polaresdebido a su carácter

iónico
 Estructura de R también influencia la solubilidad
 pH e ionización

 Considere la glicina:

O O O

OH- OH-
H3N CH C OH H3N CH C O H2N CH C O
+ +
H3O H3O
H H H

Glycine ion at Zwitterion of glycine Glycine ion at

acidic pH (charge = 0) basic pH
(charge = 1+) (charge = 1-)

 Note que no hay formación de la especie no

cargada
 Titulación de la Glicina

 pK1
 [cation] = [zwitterion]

 pK2
 [zwitterion] = [anion]

 Primer punto de equivalencia

 Zwitterion
 Moleculea no tiene carga neta
 pH = pI (punto Isoelectrico)
 pI = promedio de pKa = ½ (pK1 +
pK2)
 pIgly = ½ (2.34 + 9.60) = 5.97
Punto Isoeléctrico

 pH al cual los aminoácidos existen

como zwitteriones (neutros).
 Depende de la estructura de la cadena
sistituyente.
 Aminoácidos Acidicos, pH isoeléctrico
~3.
 Aminoácidos Basicos, pH isoeléctrico
~9.
 Aminoácidos neutros, pH isoeléctrico
es levemente ácido, 5-6.
 El enlace peptídico
 Cadena de aa = péptido o proteína
 Residuos de aminoácidos conectados por
enlaces peptídicos
 Residuo = AA – H2O
Estrucutra del enlace
peptídico
 El enlace peptídico es un enlace
amida.
 Amidas son muy estables y neutras.

=>
 Formación del enlace
peptídico

 El grupo amino de una molécula se

condensa con el grupo ácido del otro.
 Polipáptidos tienen generalmente pesos
moleculares menores de 5000.
 Pesos moleculares de las proteínas pesan
desde 6000-40,000,000.
Polipéptidos

 Polímeros lineales (sin

ramificaciones)
 Monómeros de AA unidos de cabeza
a cola
 Residuos terminales:
 Grupo amino libre (N-terminal)
 Se dibuja a la izaquierda
 Grupo carboxilato libre (C-terminal)
 Se dibuja a la derecha
 Valores de pKa de AAs en
 Oligopéptidos
Moléculas formadas por un número de aminoácidos
inferior a 100.

Oligopéptidos con actividad biológica:

•Algunas vitaminas del grupo B: ácido pantoténico y ácido
fólico.
•Hormonas: adrenocorticotrofina (ACTH), melanotrofina
(MSH), insulina y glucagón, gastrina y secretina y
angiotensina.
•Neuropéptidos: encefalinas
•Antibióticos: alcaloides
Bradiquinina

 Oligopéptido, 4 a 10 aminoácidos.
 Se nombra de izquierda a derecha:
arginylprolylprolyl……arginine.
PROTEÍNAS

 DEFINICIÓN
Biopolímeros de aminoácidos de mas
de 6000 daltons, indispensables para
la procesos vitales de los seres vivos.
Están formadas por C, H, O, N y S
 SIMPLES
Por su naturaleza CONJUGADAS
química

FIBROSA
CLASIFICACIÓN DE LAS Por la forma que GLOBULAR
PROTEINAS adopta

ENZIMAS

PROTEÍNASDE
TRANSPORTE
CONTRÁCTILES Y
Por su función MÓTILES
Biológica DE DEFENSA

REGULADORAS

NUTRIENTES

HORMONAS
 Proteínas. Clasificación
Holoproteínas o proteínas simples (sólo contienen aminoácidos)
:
Globulares: solubles( ) e insolubles ( )
•Globulinas: inmunoglobulinas, seroglobulina,
lactoglobulina,...
•Albúminas: ovoalbúmina, lactoalbúmina,...
•Histonas: forman la cromatina
•Protaminas: unidas al ADN en espermatozoides
•Gluteninas: en semillas.
Fibrilares o escleroproteínas:
•Colágeno: tejidos conectivos
•Queratinas: estructuras dérmicas(pelo, uñas,...)
•Elastinas: fibras musculares (actina y miosina)
•Fibrinógeno: coagulación sanguínea
 Proteínas. Clasificación
Heteroproteínas o proteínas conjugadas: formadas por una parte
proteica (grupo proteico) y otra no proteica (grupo prostético). Se
clasifican según la naturaleza del grupo prostético.

•Fosfoproteínas: algunos aá. están fosforilados (caseína de la

leche)
•Cromoproteínas: llevan unido un pigmento
Porfirínico: con el grupo porfirínico (hemoglobina,
citocromos)
no porfirínico: con un ion metálico como Cu
(hemocianinas)
•Glucoproteínas: con un oligosacárido como la mucina de la
saliva
•Lipoproteínas: con un lípido como el transporte de colesterol
•Nucleoproteínas: con ácidos nucleicos como ribosomas o
cromatina
PROPIEDADES DE LAS
PROTEINAS
 PROPIEDADES ÁCIDOS-BASE: punto
isoeléctrico.
 SOLUBILIDAD:
 Forman dispersiones en agua
 Efecto del pH: hace variar la carga.
 Efecto de las sales:
Baja [ ]: aumenta la solubilidad
Alta [ ]: disminuye la solubilidad
 Efecto de solventes poco polares:
disminuye la solubilidad.
 Proteínas. Propiedades
Solubilidad: solubles en agua donde forman dispersiones
coloidales. En la estructura, los aminoácidos hidrófilos se
encuentran al exterior y los hidrófobos al interior. Hay
excepciones.
Las proteínas fibrosas suelen ser insolubles.

Punto isoeléctrico: el valor del pH para el cual las cargas

positivas y negativas de los radicales de los aminoácidos están
compensados. En este valor las proteínas son insolubles, por lo
que el pH fisiológico debe ser diferente.

Poder amortiguador o tampón: debido a su carácter anfótero

regulan el pH del medio
Proteínas. Propiedades
Proteínas. Propiedades
Proteínas. Funciones
Energética: lactoalbúmina, caseína,...
Estructural: colágeno, histonas,..
Hormonal: insulina
Transportadora: hemoglobina, proteínas de
membrana,...
Antibiótica: actinomicina
Contráctil: actina, miosina,...
Homeostática: regulan las condiciones del medio
(pH)
Inmunológica: inmunoglobulinas
Marcadoras: proteínas de membrana
Protectora y lubricante: mucina, proteínas del
líquido sinovial
Separación y purificación
Tamaño proteico

 En general, proteínas contienen >

40residuos
 Mínimo necesario para alcanzar
estructura terciaria
 Usualmente 100-1000 residuos
 % de cada aminoácido varía
 Proteínas se separan conforme sus
diferencias de tamaño y composición
 Factores a controlar
 pH
 Mantener el pH estable para evitar denaturación o
degradación química
 Presencia de enzimas
 Pueden afectar estructura (ej. proteasas/peptidasas)
 Temperatura
 Controla la denaturacion (0-4°C)
 Controla la actividad de las enzimas
 Grupos tiol
 Reactivos
 Adicionar grupos protectores para prevenir formación de
nuevos enlaces disulfuro
 Exposición al aire, agua
 Denatura u oxida
Procesos generales de
separación
 Detectar/cuantificar proteínas (ensayo)
 Determinar la fuente (tejido)
 Extraer proteina
 Suspender la fuente celular en tampones
 Homogenizar
 Cortar en piezas pequeñas
 Romper células
 Contenido soluble mezclado con el tampón
 Centrifugar para seperar materiales solubles e
insolubles
 Separar proteínas de interés
 Basado en solublilidad, tamaño, carga o
Solubilidad

 Precipitación selectiva de proteínas

 Manipular
 Concentración de sales
 Solventes
 pH
 Temperatura
Concentración de sales

 Adicionar pequeñas concentraciones de

sal incrementa la [Proteina]
 Sal impide la agregación de proteínas
 Salting-in

 Salting out
 Aumentando más la [sal] disminuye la
[proteina]
Otros métodos de
solubilización
 Solvente
 Similar a salting-out
 Adicionar solventes orgánicos (acetona,
etanol) para interactuar con agua
 Disminuye el poder de solvatación

 pH
 Proteinas son menos solubles al pI
 Precipitación Isoelectrica
 Temperatura
 Chromatografía

 Fase móvil
 Mezcla disuelta en
líquido o sólido

 Fase estacionaria
 Matriz porosa sólida

 Componentes de la
mezcla pasan a través
de una columna
basada en diferentes
propiedades
 Espectroscopía UV-Vis

 Monitorear
concentraciones de
proteína de cada
fracción
 λ = 280 nm
 Absorbancia de
grupos aromáticos
 Electroforesis
 Migración de iones en un campo eléctrico
 Movilidad electroforética es función de la carga,
tamaño, voltaje, pH
 Cargas positivas se mueven hacia el electrodo
negativo (catodo)
 Proteínas cargadas negativamente se mueven
hacia el electrodo positivo (anodo)
 Proteínas a su pI no migran en ninguna dirección