Ligamiento y mapas genéticos

Dr. Antonio Barbadilla

Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos

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Objetivos tema 5: Ligamiento y cartografía genética (mapas)
Deberán quedar bien claros los siguientes puntos
•Los conceptos de ligamiento, recombinación y entrecruzamiento •Cómo calcular las frecuencias de recombinación en loci ligados •Construcción de mapas genéticos a partir de cruzamientos pruebas de 2 y 3 factores (puntos) •Interferencia y coeficiente de coincidencia •Demostración citológica del entrecruzamiento •Análisis de tétradas en hongos ascomicetos •Recombinación mitótica •Cartografía genética en humanos
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•Ligamiento y recombinación en bacterias y virus
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Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos

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Ligamiento: Asociación de genes en el mismo cromosoma formando grupos de ligamientos
Ligamiento total A A a a B B b b a a A A B

B
b

Genotipo F1
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AB / ab

b Gametos (100% gametos parentales) 50 % AB 50 % ab Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 3

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2a ley de Mendel) gametos Genotipos F1 A B -.Segregación independiente (no ligamiento. Antonio Barbadilla a a b b Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos Proporción 1:1:1:1 4 4 .-a b A A a a B B b b AB A A B B b b Ab A A aB a a 50% recombinanB tes B ab Dr.

Mensaje: La frecuencia de gametos recombinantes (FR) debe estar entre el ligamiento total (0%) y la segregación independiente (50%) 0%  FR  50% Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 5 5 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 6 6 .Ligamiento: •Descubrimiento del ligamiento (Morgan con mutantes de Drosophila melanogater) Dr.

Antonio Barbadilla D: Dichaete 7 c: curved Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 7 .Mutantes de Drosophila melanogater Estudio del ligamiento con mutantes +: salvaje Cy: Curly sd: scalloped +: salvaje ap: aptera vg: vestigial dp: dumpy w: white sepia Bar Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 8 8 .Ligamiento: •Simbolismo del ligamiento Configuración en acoplamiento o cis -> AB/ab Configuración en repulsión o trans -> Ab/aB •Prueba de ligamiento: desviación de la proporción 1:1:1:1 en un cruzamiento prueba de un dihíbrido Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 9 9 .Grupos de ligamiento en Drosophila Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 10 10 .Ligamiento a nivel del DNA Haplotipo Dr.

bb aa Baa bb 11 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 11 Fenotipos Genotipos . Antonio Barbadilla ab Aa bb aa Bb aa bb A.Baa bb Cruzamiento prueba Gametos P F1 Ab aB Dr.Cruzamiento prueba: Genotipos P AA BB AB Aa Bb Gametos AB aa bb ab X ab Aa Bb A.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 12 12 .Mensaje: El cruzamiento prueba permite inferir las proporciones de los gametos que se forman en el doble heterocigoto Dr.

Recombinación: la generación durante la meiosis de genotipos haploides distintos de los genotipos parentales Gametos P AB ab F1 Aa Bb AB Gametos Dr. Antonio Barbadilla ab Ab aB Gametos parentales Gametos recombinantes Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 13 13 .

Recombinación: •Recombinación intercromosómica: genes (loci) en diferentes cromosomas (leyes de Mendel) Genotipos F1 A B -.-a b A A a a B B b AB Ab aB A A A A a a a a B B b b B B b b 50% recombinantes b ab Dr. Antonio Barbadilla •Recombinación intracromosómica: genes situados en el mismo cromosoma ---> Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos Entrecruzamiento 14 Proporción 1:1:1:1 14 .

Entrecruzamiento (Crossover): El intercambio de cromátidas no hermanas entre cromosomas homólogos durante la meiosis por un proceso de rotura y reunión del DNA Cromosomas en la meiosis Meiosis sin entrecru zamiento entre los genes Meiosis con entrecru zamiento entre los Dr. Antonio Barbadilla genes 15 Productos meióticos A A a a B B b b A A a a B B b b A A a a B B b b A A a a B b B b Recombinantes 15 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 16 16 .Meiosis y entrecruzamiento Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 17 17 .Entrecruzamiento visto mediante microscopía electrónica Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 18 18 .Entrecruzamiento visto mediante microscopía electrónica Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 19 19 .Entrecruzamiento en el nivel del DNA Dr.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 20 20 .Migración ramal Dr.

Sturtevant (1913). Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 21 21 .Cartografía genética: La cartografía genética asigna el lugar cromosómico de un gen (o locus) y su relación de distancia con otros genes (o loci) en un cromosoma dado A. La distribución y el orden lineal de los genes se pueden establecer experimentalmente mediante el análisis genético Dr.

Supuesto: las frecuencias de entrecruzamiento. y por tanto la frecuencia de recombinación. Antonio Barbadilla Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.m.) o el centimorgan (cM) --> La distancia entre genes (loci) en los Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 22 que la frecuencia de recombinación es del 1% 22 . depende de la distancia entre genes A B C Dr.

Meiosis 1 A C B C 2 3 Dr. Antonio Barbadilla 4 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 23 23 .

•Mayor distancia entre loci --> Mayor número de entrecruzamientos •Más Entrecruzamientos ---> Más Recombinación A mayor frecuencia de recombinación mayor la distancia entre loci El número de etrecruzamientos por meiosis y por cromosoma se puede representar por una distribución aleatoria de Poisson. Antonio Barbadilla e  f (i )  i! 24  i 1 FR  (1  e  ) 2    ln(1  2 FR) Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 24 . con media  Dr.

Mapa a partir de cruzamientos prueba de dos puntos (dos loci en el mismo cromosomas) Se determina la distancia 2 a 2 entre loci y éstas se suman para estimar la distancia genética total de un cromosoma A B Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 25 25 .

Experimento de Morgan pr = Ojos Púrpura vg = Alas vestigiales Ambos alelos son recesivos respecto al salvaje P F1 pr+ pr+ vg+ vg+ X pr pr vg vg pr+ pr vg+ vg X Fenotipos F 2 pr+ vg+ pr vg pr+ vg pr vg+ Dr. Antonio Barbadilla Ejemplo: pr pr vg vg 26 1339 1195 151 154 ____ 2839 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 26 .

y la proporción no es predecible a priori porque depende de la distancia entre los genes estudiados •Las dos clases mayoritarias corresponden a los gametos no recombinantes (parentales). y las minoritarias a los recombinantes (no parentales) •La frecuencia de recombinación (recombinantes/total X 100) refleja la distancia genética entre los dos genes.Metodología •Normalmente heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> AB/ab X ab/ab •No se observa en la F2 la proporción fenotípica 1:1:1:1. Una unidad de mapa o centimorgan (1cM) = 1% de recombinantes •Se ordernan tres genes cuyas distancias se han medido dos a dos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 27 Dr. Antonio Barbadilla 27 .

7 cM Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 28 . Antonio Barbadilla vg 28 10.Fenotipos F 2 pr+ vg+ pr vg pr+ vg pr vg+ 1339 1195 151 305 154 ____ 2839 Proporción no 1:1:1:1. Un test de 2 es muy significativo FR = 305/2839 = 0.7 cM pr Dr.107 = 10.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 29 29 .Orden de los genes Se han estudias tres pares de genes y estas son las distancias entre ellos: distancia A-B = 12. distancia B-C = 7. y distancia A-C = 5 ¿Cuál es el orden de los genes? Las distancias deben ser aditivas y consistentes entre sí Supongamos las tres ordenaciones posibles Dr.

Orden de los genes Ordenaciones posibles Caso 1: Marcador A está en el medio: B B 7 12 A A C 5 C Caso 2: Marcador B está en el medio: A B B 12 A C 5 Caso 3: Marcador C está en el medio: A A Dr. Antonio Barbadilla 7 C 5 12 C B 7 Aditividad 30 C B Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 30 .

4 La mejor estima distancia.Las distancias de mapa no son completamente aditivas A B C FR = x A FR = y C FR < x + y 25. Antonio Barbadilla 19.5 c 31 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 31 23.9 pr Dr.7 Distancia experimento dos puntos b-c . suma (b-pr) + (pr-c) b 5.

Relación entre frecuencia de recombinación y entrecruzamiento (o distancia real de mapa) Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan en un cruce de dos puntos.5 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 32 32 . subestimándose la distancia A y C A B C A A a a B b B b C C c c a b c •La relación entre la distancia real de mapa (número de entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinación entre dos marcadores o loci no es lineal. Antonio Barbadilla FR  0. Cuanto más lejos están los marcadores peor es la estima •La frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50% Dr.

Función de mapa Es una función que permite estimar la distancia de mapa mejor que empleando solamente la frecuencia de recombinación. Antonio Barbadilla Zona de linealidad 33 50 100 150 200 Tema 5: reales Ligamiento y mapas genéticos Unidades de mapa 33 . pues corrige los intercambios (entrecruzamientos) no detectados 50 FR observada (%) 40 30 20 10 1  FR  (1  e ) 2 =1 =2 =3 =4 Número medio de entrecruzamientos por meiosis Dr.

es como si segregaran independientemente ambos loci. ab. a+. +b.¿Por qué la frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%? Demostración 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b Dr. Luego. la FR máxima es 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 34 34 . ++. Antonio Barbadilla Es igual de probable cualquier combinación.

Antonio Barbadilla FR promedio de un doble entrecruzamiento = 8/16 = 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 35 35 .¿Por qué la frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%? Demostración 2: caso completo para 1 ó 2 entrecruzamientos Dr.

Mapa a partir de cruzamientos prueba de tres puntos (tres loci en el mismo cromosomas) Metodología •Triple heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> ABC/abc X abc/abc •Si hay ligamiento. Antonio Barbadilla •Distancias de mapa: a la distancia entre genes consecutivos debe Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 36 sumarse las frecuencias de los dobles entrecruzamientos 36 A B C . no se observa en la F2 la proporción fenotípica 1/8 para cada tipo de gameto •Se agrupan las clases recíprocas (aquellas que tienen un fenotipo mutante en el par recíproco. Las clases recíprocas deben ser de frecuencia parecida •Orden de los genes: •Los fenotipos no recombinantes (parentales) son los más frecuentes •Los fenotipos menos frecuentes resultan de un doble entrecruzamiento •Al comparar los fenotipos no recombinantes con los doble entrecruzados. como el par de fenotipos fenotipos ABC-abc ó Abc-aBC. el gen del medio es el que está cambiado Dr.

Antonio Barbadilla 1/8 b+b pr+pr cc + + + 37 1/8 b b pr pr c c Si están ligados 1/2 bb prpr cc 1/2 b+b pr+pr c+c Ejemplo: Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 37 . c = curved.Tres mutantes marcadores b = Cuerpo negro. pr = Ojos Púrpura. alas curvadas Los tres alelos son recesivos respecto al salvaje P F1 b+ b+ pr+ pr+ c+ c+ X bb prpr cc b+b pr+ pr c+ c X bb pr pr vg vg Si no están ligados 1/8 bb prpr cc 1/8 bb prpr c+c F2 1/8 bb pr+pr cc 1/8 bb pr+pr c+c 1/8 b+b prpr cc 1/8 b+b prpr c+c Dr.

5% 388 367 1412 1383 Total Porcentaje Dr. Antonio Barbadilla 15 000 887 5. F2 Fenotipo Genotipo Número Número de recombinantes entre b-pr pr-c b-c Salvaje Black.9% 3550 23.purp Purp Black. cur Purp.7% 38 El gen pr está en el medio Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 38 .curved b+b pr+pr c+c bb prpr cc b+b prpr cc bb pr+pr c+c b+b pr+pr cc bb prpr c+c b+b prpr c+c bb pr+pr cc 5701 5617 388 367 1412 1383 60 72 388 367 60 72 1412 1383 60 72 2927 19.Resultados del cruzamiento prueba. purp.curved Black Curved Black.

Tetrada meiótica Entrecruzamiento entre b y pr Gametos b b b+ b+ pr pr pr+ pr+ c c c+ c+ b b b+ b+ pr pr+ pr pr+ c c+ c c+ Doble entrecruzamiento en la región b-pr-c b b b+ b+ Dr. Antonio Barbadilla pr pr pr+ pr+ c c c+ c+ b b b+ b+ pr pr+ pr pr+ c c c+ c+ 39 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 39 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 40 40 .7 Distancia b-csin considerar los dobles recombinantes Dr.4 suma (b-pr) + (pr-c) b 5.Mapa genético de los marcadores La mejor estima distancia entre los extremos es la 25.5 c 23.9 pr 19.

la frecuencia de los dobles entrecruzamientos será al producto de la frecuencia de los intercambios sencillos •Coeficiente coincidencia (CC) = (número de dobles entrecruzamientos observados)/(número de dobles entrecruzamientos esperados) •Si CC < 1.CC Dr. dobles incrementados •Interferencia: 1 . dobles disminuidos •Si CC > 1. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 41 41 .Coeficiente de coincidencia: mide si los entrecruzamientos son independientes entre sí •Si los múltiples entrecruzamientos suceden independiemente los unos de los otros.

Mapa de ligamiento parcial de los 4 cromosomas de Drosophila melanogaster Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 42 42 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 43 43 .Mapas genéticos (de recombinación) versus mapas físicos Dr.

Antonio Barbadilla • Describir Ias tasas de recombinación a lo largo del genoma • Predecir la transmisión genética de un gameto • Localización de genes que influyen el fenotipo (QTLs) • Marco de referencia para cartografía física • Marco de referencia para la cartografía de genes asociados a enfermedades Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 44 44 .Importancia mapas de recombinación Dr.

2 x 107 pb 2.0 x 109 pb Humanos Varón 3.3 x 109 pb Dr. coli 4.0 x 107 pb Mosca de la fruta 1.0 x 107 pb 6.5 x 107 pb 9.0 x 107 pb 3.5 x 105 pb 1.5 x 107 pb Fago T4 1.3 x 106 pb 1.3 x 109 pb Mujer 3.2 x 105 pb 2.4 x 108 pb Ratón 3.6 x 105 pb E.0 x 104 pb 1.7 x 107 pb Nemátodo 8.Mapas genéticos versus mapas físicos Frecuencia de recombinación por unidad de DNA Especies Tamaño haploide Unidades de mapa del genoma Tamaño de la unidad mapa Distancia media entrecruzamientos consecutivos 1. Antonio Barbadilla 800 1750 4200 1000 320 280 1700 2809 4782 200 pb 2400 pb 5000 pb 27000 pb 250000 pb 500000 pb 1800000 pb 1200000 pb 700000 pb Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 45 45 .2 x 106 pb Levadura 2.0 x 107 pb Hongo 2.

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 46 46 .Análisis de tétradas Los hongos ascomicetos retienen los cuatro productos haploides de cada meiosis en un saco denominado asca Dr.

permitiendo estudiar aspectos básicos de la genética de la meiosis (un proceso central de la biología de los eucariotas) •Cartografiar los centrómeros como si fuesen loci •Investigar la posibilidad de interferencia de cromátida •Examinar los mecanismos de entrecruzamiento Ustigalo hordei Neurospora Aspergillus Coprinus (basidio nidulans crassa Lagopus Ascobolus miceto) (basidiomiceto) immersus Saccharomyces cerevisiae Tétradas Dr. Antonio Barbadilla Octadas Tétradas Octadas No ordenadas Patrones distintos de ascosporas y ascas en Lineales Neurospora Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 47 47 .Hongos ascomicetos Estos organismos son únicos porque se puede analizar meiosis individuales.

Meiosis y mitosis postmeiótica en la tétrada lineal de Neurospora Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 48 48 .

Distancia de un locus al centrómero en Neurospora No recombinación entre el locus y el centrómero 4:4 Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 49 49 .

Recombinación entre el locus y el centrómero 2:2:2:2 Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 50 50 .

Antonio Barbadilla recombinantes.Distancia de un locus al centrómero: estímese el porcentaje de tétradas que muestran patrones de segregación en la segunda división para ese locus y divídase por 2 Patrones MII = 9 + 11 + 10 + 12 = 42 o sea 14% Puesto que sólo la mitad de los cromosomas que sufren entrecruzamiento son Dr. la distancia de mapa (medida como frecuencia de Tema Ligamiento y mapas genéticos 51 recombinación) será 14/2 = 7 unidades de mapa ó5:cM 51 .

Demostración citológica del entrecruzamiento Técnica de cromosomas arlequinados •Demuestra el intercambio de cromátidas •Coincidencia entre quiasma y lugar de intercambio •La existencia de recombinación mitótica Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos Dr. Antonio Barbadilla 52 52 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 53 53 .Retinoblastoma hereditario por entrecruzamiento mitótico Dr.

Retinoblastoma hereditario por entrecruzamiento mitótico
R R

r
r R r R r

Mitosis
R R
Célula normal R/R

r r
Dr. Antonio Barbadilla

Célula retinoblastoma r/r
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Cartografía en humanos
Mapas genéticos (de recombinación)
•Herencia ligada al cromosoma X •Marcadores polimórficos asignados a colecciones de familias (CEPH). •alozimas •DNA (RFLPs, microsatélites, RAPDs,...) •La caza de genes asociados a enfermedades

Mapas físicos
•Métodos especiales de cultivo celular: hibridación de células somáticas •Hibridación in situ de sondas de DNA en cromosomas metafásicos •Secuenciación del DNA

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Cartografía genética en humanos
Estudios familias •Herencia ligada al cromosoma X marcadores clásicos •Autosómicos marcadores clásicos

•Cartografía marcador-enfermedad
•La caza de genes asociados a enfermedades

•Cartografía marcador-marcador
•Estudios marcadores polimórficos asignados a colecciones de familias (CEPH). DNA (Microsatélites, RFLPs, RAPDs,...)
Dr. Antonio Barbadilla

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gov/CHLC/ Dr.nci.Mapa genético de alta resolución del Cromosoma 1 Homo sapiens.nih. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 57 57 . The Cooperative Human Linkage Center http://lpg.

Cartografía a través de la herencia ligada al cromosoma X (359 loci se han asignado al X) Xg Proteína grupo sanguíneo Ictiosis (un efermedad de la piel) Albinismo ocular Angioqueratoma (crecto celular) Centrómero Fosfoglicerato-quinasa Alfa-galactosidasa Xm Deutan (ceguera color rojo-verde) G6PD Protano (ceguera color rojo-verde) Hemofilía A Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 58 58 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 59 59 . transducción y sexducción en bacterias y recombinación vírica •Conjugación •Ciclo biológico de fagos Dr.Ligamiento y recombinación en bacterias y virus Procesos sexuales en bacterias y virus: Transformación. conjugación.

Procesos sexuales en bacterias y virus Transformación Proceso sexual: combinación del material genético de dos individuos distintos Conjugación Recombinación vírica Transducción Dr. Antonio Barbadilla Sexducción Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 60 60 .

Incorporación del material genético por transformación Se requiere un doble entrecruzamiento para la transformación Ejemplo del uso de la fecuencia de transformación para estimar distancias genéticas: Una cepa his+ met+ se transforma con his. Antonio Barbadilla 61 .(transformantes sencillos/total transformantes) = (34 + 28 )/(34 + 28 + 194) = 0.met.met+ Distancia entre ambos genes = 28 hist+ met194 hist.met34 hist.24 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 61 Dr.

Conjugación bacteriana Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 62 62 .

Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 63 63 .Cinética conjugación bacteriana Dr.

Conjugación. recombinación y mapas Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 64 64 .

Dr. Antonio Barbadilla Unidades en minutos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 65 65 .Mapa bacteriano por conjugación.

Virus bacteriófagos: •Fase lítica o infecciosa •Fase lisogénica (la bacteria o huésped lisogénico y el fago temperado) Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 66 66 .

Virus bacteriófagos: Dr. Antonio Barbadilla Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 67 67 .

Transducción: •Especializada o restringida •Generalizada Dr. Antonio Barbadilla Recombinación bacteriana por transducción Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 68 68 .

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