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Unidad de Investigacin en Telemedicina y e-Salud (UITES)

Taller de Snomed CT
Aproximacin a la terminologa mdica
Jess Cceres Tello Madrid, 22/06/2011

ndice
01 Las preguntas que nos debemos hacer 02 Lneas generales 03 comprendiendo Snomed CT

Introduccin a Snomed CT

El contenido de Snomed ha sido desarrollado por clnicos durante ms de 3 dcadas El contenido de Snomed CT posibilita la transferencia de conocimiento entre diferentes profesionales de la salud.

Introduccin a Snomed CT

01. Introduccin La interoperabilidad I

Introduccin a Snomed CT

01. Introduccin Interoperabilidad II

Demasiados modelos, sistemas, estructuras, etc


Introduccin a Snomed CT

00. Definicin

La interoperabilidad semntica posibilita la normalizacin de los

datos intercambiados y su contexto para que puedan ser


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comprensibles e interpretados de igual manera por todos los participantes en el proceso

Pero qu es SNOMED CT?

Es un conjunto de trminos clnicos muy amplia Facilitar el uso de datos clnicos:


Almacenamiento Recuperacin Intercambio Entendimiento
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Creado por Clnicos Compuesto por tres grandes tablas


Conceptos Descripciones Relaciones

01.0 Introduccin Qu es Snomed CT?


SNOMED RT Snomed Reference Terminology CTV3 Clicinical Terms Version 3

College of American Pathologists (CAP)


mbito: Ciencias bsicas, bioqumica y especialidades mdicas

National Health Service (NHS)


mbito: Atencin primaria (Cdigos Read)

Terminologa clnica de referencia completa cuyo contenido y expresividad facilitan el diseo de documentacin clnica y el proceso de informacin en el mbito de la salud. Permite que mdicos, investigadores y pacientes compartan datos comparables. Es esencial para la recoleccin, recuperacin, agregacin y reutilizacin de datos mdicos as como favorecer el intercambio de informacin. Compuesta por conceptos, trminos y relaciones.
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01.1 Introduccin Ejemplos de implementacin con Snomed CT


Sistema de registros mdicos preparado para SNOMED CT,:
Ingreso de datos mdicos Soporte para la toma de decisiones Vnculos con bases de conocimientos Interfaces de mensajes de rdenes-informes mdicos Soporte para comunicar o compartir registros, etc.

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Almacn de datos (warehouse). Sistema de diagnstico departamental Sistema de soporte para la toma de decisiones Sistema para la creacin de consultas Un sistema de codificacin que vincula conceptos codificados con SNOMED CT a agrupaciones o clasificaciones administrativas, DRG o CIE10. Sistema de soporte para el diseo o implementacin de mensajes

1.2 Estructura de Datos Componentes de Snomed CT. Visin general

Mecanismo de Historial
Posibilitan la actualizacin de las publicaciones de Snomed, guardan informacin sobre cambios en los datos

Son grupos menores de conceptos, descripciones o relaciones de Snomed CT

Mecanismo de Subconjuntos

Extensiones Tablas Principales


Conceptos Descripciones Relaciones

Mecanismo de Referencias Cruzadas

Relacionan conceptos Snomed con otras clasificaciones o esquemas CIE-9 o CIE-10

Herramientas de desarrollador y otros

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Archivos de ndices, palabras equivalentes, trminos duplicados, Tablas de formas cannicas

1.3 Aplicaciones con Snomed CT Enfoques: Integrado y basado en componentes


Enfoque basado en componentes

Desarrollo rpido de la funcionalidad

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relacionada con Snomed Identificacin de forma separada los mdulos reutilizables y los reemplazables Permite la comparticin de un nico servidor de terminologa Reduccin del mantenimiento y el coste asociado de cada instalacin Alineacin garantizada de las publicaciones de Snomed CT Coherencia entre interfaz de usuario y las diferentes aplicaciones en lo relativo a su acceso a Snomed CT

Enfoque de integracin

Independencia de desarrollos

realizados por terceros Acceso personalizado a Snomed CT adatado a las necesidades de los usuarios

2.0 Contenido SNOMED CT Documentacin


Gua de Usuario:
Describe el contenido, la estructura y la terminologa de Snomed CT. Visin general y ejemplos de uso Explica el contenido y los principios utilizados para modelar la terminologa Dirigido a personal de rea mdicas, directores, comerciales, gerentes de productos de software y lderes de proyectos de adquisicin, implementacin y uso

Gua Tcnica de Implementacin:


Gua para la implementacin tcnica de aplicaciones habilitadas para Snomed CT Dirigido a desarrolladores de software, especialistas en informtica mdica, compradores e integradores de sistemas

Gua de Referencia Tcnica:


Describe la estructura de archivos de Snomed CT segn IHTSDO Dirigido a cualquier particular u organizacin que desee desarrollar o utilizar Snomed CT

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2.0 Contenido SNOMED CT Ficheros de datos: Basic tables


<Tipo de Archivo>_<Tipo de Contenido>_<Subtipo de contenido>_<Pas|Espacio de Nombres>_<fecha de versin>.<Extensin>

sct1_Concepts_Core_INT_20100131.txt
390.023 Conceptos Cada fila representa a un concepto mdico Cada concepto tiene un identificador nico y una descripcin completas que especifica la naturaleza del concepto

sct1_Descriptions_es_INT_20100430.txt:
1.053.939 Descripciones Cada fila asocia a un trmino con un concepto mdico, este trmino puede utilizarse para representar al concepto Cada descripcin tiene su identificador nico y adems, el texto de un trmino y el identificador del concepto que puede representar Debe utilizarse conjuntamente con la tabla de subconjunto de idioma.

sct1_Relationships_Core_INT_20100131.txt:
1.420.532 Relaciones Cada fila representa una relacin entre dos conceptos El tipo de relacin se identifica por la referencia a otro concepto

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2.0 Contenido SNOMED CT Ficheros de datos: Language subset table


Conjunto de conceptos, descripciones o relaciones apropiadas para un idioma, dialecto, pas, especialidad, organizacin, usuario o contexto en particular
Lista de identificadores de Snomed (SCTID) miembro del subconjunto Tipos de subconjuntos: Idiomas: ISO 639 Conceptos de un dominio (especialidad mdica, organizacin, etc.) Descriptores de un dominio, trminos duplicados, conceptos de un contexto, ..

der1_Subsets_es_INT_20100430.txt
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Cada fila de la tabla describe una publicacin de un subconjunto Incluye los subconjuntos de Snomed CT que se agrupan en la tabla de miembros

der1_SubsetMembers_es_INT_20100430.txt:
Cada fila representa un miembro de un subconjunto El miembro puede ser un concepto o una descripcin. Se pueden agrupar uno o ms subconjuntos.

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2.1 Tablas en SNOMED CT Tabla de Conceptos


conceptID
139784008 100419000

conceptStatus
0 10

fullySpecifiedName
Entire tuberculum sellae (body structure) DUOVAC -M (product)

CTV3ID
XS10s XU07K

snomedID
T-D1463 C-D2631

isPrimitive
1 1

conceptID: Identificador nico del concepto conceptStatus: Estado del concepto:


0: Activo 1: Retirado 2: Duplicado 3: Desactualizado 4: Ambiguo 5: Errneo 6: Limitado 10: Trasladado a otra parte (extensin o al ncleo) 11: Traslado pendiente

fullyspecifiedName: frase nica que describe al concepto. Relacionado con Term en la tabla de descripciones CTV3ID: Cdigo asignado en Clinical Terms Version 3 (Cdigos Read) snomedID: identificador Snomed RT isPrimitive: Indica si un concepto es primitivo (son relaciones is a) o completamente definido

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2.1 Tablas en SNOMED CT Tablas de Descripciones


descriptio nID
1361819017

descriptionSta tus
0

ConceptID
283815003

Term
mordedura de animal en la espalda (trastorno)

InitialCapi talStatus
0

Description Type
3

LanguageCo de
es

129754601 6

283816002

mordedura de animal en el trax

es

descriptionID: Identificador nico de la descripcin descriptionStatus: Estado del concepto:


0: Activo 1: No Activo 2: Duplicado 3: Desactualizado 4: Ambiguo 5: Errneo 6: Limitado 10: Trasladado a otra parte (extensin o al ncleo) 11: Traslado pendiente

conceptId: Identificador nico del concepto Term: Indica el texto que describe el concepto InitialCapitalStatus: (0: Falso; 1: Verdadero) descriptionType: Indica el tipo de descripcin definida:
0: No especificado 1: Preferido 2: Sinnimo 3: FullSpecifiedName

Languagecode: indica el lenguaje y/o dialecto del trmino (ISO 639)

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2.1 Tablas en SNOMED CT Tablas de Relaciones


relationShi pID
3565950025 3572296020

conceptID 1
101763002 101764008

relationShipType
116680003 116680003

conceptID 2
370126003 370126003

characteristicType
0 0

Refinability
0 0

relationShipGroup
0 0

relationShipID: Identificador nico de la relacin conceptID1: Indentificador del primer concepto (rol hijo) relationShiptype: Identificador nico del concepto que representa el tipo de relacin entre los conceptos relacionados characteristicType: seala si una relacin especifica una caracterstica definitoria del concepto origen o una posible caracterstica calificativa de ese concepto:
0: relacin definitoria

CTV3ID: Cdigo asignado en Clinical Terms Version 3 (Cdigos Read) snomedID: identificador Snomed RT isPrimitive: Indica si un concepto es primitivo (son relaciones is a) o completamente definido

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2.4 Servicios de Terminologa basados en Snomed CT

Esquema general
Edicin Internacional de Snomed CT

Instalacin Actualizacin

Bsqueda de Frases

Navegacin por la jerarqua

Distribucin de la Extensin

Instalacin Actualizacin

Subconjuntos Referencias Cruzadas Palabras claves

Aplicacin de Subconjuntos

Obtencin de conceptos

Crear/Editar Subconjuntos Crear/Editar una Extensin

Obtencin de historial

Servicios de Terminologa Ampliados

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Obtencin referencias cruz.

A p l i c a c i n

03.01 Componentes Conceptos


Es un significado clnico identificado por un identificador numrico (ConceptID) Se representan con un nombre completo nico legible al ser humano (Descripcin completa) Su definicin formal se basa en las relaciones con otros conceptos Representan diferentes niveles de detalle clnico La granularidad favorece la posibilidad de codificacin de datos mdicos con el nivel apropiado de detalle. Ejemplo:
55679008 Neumona peribronquial (trastorno)

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03.01 Componentes Jerarquas en Snomed CT

Hallazgo clnico Procedimiento Entidad observable Estructura corporal Organismo Sustancia Prod. Farmacutico/biolgico Espcimen Conceptos especiales Objeto fsico

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Fuerza fsica Evento Ambiente o localiz. geogrfica Contexto social Situacin con contex. Explcito Estadificaciones y escalas Conceptos de enlace Calificadores Elementos de registro

03.01 Componentes Descripcin I


Trminos o nombre asignados a un concepto de Snomed CT. Un identificador de descripcin identifica una descripcin Cada concepto tiene una descripcin completa Ejemplo: ConceptID 22298006
Descripcin completa (Fully Specified Name): Infarto de miocardio (trastorno) DescriptionID 898593010 Trmino preferido: Infarto de miocardio DescriptionID 898589016 Sinnimo: Infarto cardaco DescriptionID 898591012 Sinnimo: Ataque al corazn DescriptionID 898592017 Sinnimo: Infarto de corazn DescriptionID 37441018

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Introduccin

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Definicin Principios bsicos


Grupos multidisciplinares de desarrollo (mdicos, informticos) Los desarrollos centrados en la estrictamente las polticas editoriales calidad respetando

Usuarios y proveedores deben participar en los controles de calidad Las barreras para la adopcin y uso de la terminologa deben ser mnimas.

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La gramtica de Snomed CT

Creada para la representacin de expresiones de Snomed CT. Utilizada para propsitos de demostracin
Legibilidad para humanos y procesable por las mquinas

Ejemplos:
31978002 | fracture of tibia 417662000 | past history of clinical finding| :246090004 | associated finding| =(31978002 | fracture of tibia| : 272741003 | laterality| =7771000 | left| )

<concepto>:<relacin>=<concepto> <concepto>:{<relacion>=<concepto>,<relacion>=<concepto>} <concepto>:<relacion>=(<concepto>:<relacion>=<concepto)


http://www.ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/Docs_01/Technical_Docs/abstract_models_and_representational_forms.pdf
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05.01 Snomed CT Browsers Introduccin


Browser CliniClue Federation Health Browser URL
http://www.cliniclue.com http://www.federationhealth.com/browser

Free
x x

Registration required
x

Webbased
x

Local installa tion


x

Notes

Data is Australian national release (with medicines terminology) and is restricted to Australian IP addresses. HealthTerm also contains modules for request submission, concept modelling, qualification, distribution, subset extraction, translation and mapping. Athens account required Available for download in Android Market and runs on Android 2.2 Platform

HealthTerm

http://www.carecom.dk/Joomla/index.php?opti on=com_content&task=view&id=12&Itemid=27

HLi LExPlorer MedTalk Minnow Mycroft NCI Terminology Browser OpenKnoME 5.4d and ClaW Workbench Protg SNOB SnoFlake Virginia Tech Browser

http://www.snomed.cfh.nhs.uk/lexplorer

http://www.pyebrook.com/2010/11/medtalk%E 2%84%A2-snomed-ct%C2%AE-browser/

http://www.ict.csiro.au/downloads.php?swid=1 7&title=Snapper+-++Minnow+Edition

Java based, available for multiple platforms

http://apelon.com/Products/Mycroft/tabid/99/ Default.aspx http://nciterms.nci.nih.gov/ http://www.opengalen.org/sources/software.ht ml

x x

x x

http://protege.stanford.edu

http://snob.eggbird.eu

http://snomed.dataline.co.uk

Java-based, extensible, plug and play environment Multi-lingual interface, users can edit and add descriptions Users must work in a healthcare organization that has a SNOMED CT license. Browses current SNOMED CT release (typically updates data within a few days of the release)

http://terminology.vetmed.vt.edu/SCT/menu.cf m

Visual Read

http://www.visualread.com

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05.01 Snomed CT en dispositivos mviles Snomobile


Caractersticas

Creado para el iPhone Bsqueda de conceptos Histrico de bsquedas

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Gracias por su atencin


Jess Cceres Tello jesus.caceres@isciii.es

Unidad de Investigacin en Telemedicina y e-Salud Avda. Monforte de Lemos, 5 28029 - Madrid. Espaa

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