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Desarrollan un software para investigar el origen de enfermedades infecciosas

Automatizacin del proceso El equipo de investigacin trabaj desde 2008 a 2010 bajo las directrices del profesor asociado de la Escuela de Biologa de Georgia, King Jordan, en estrecha colaboracin con los Centros para el Control y Prevencin de Enfermedades (CDC, por su sigla en ingls), interesados por aquel entonces en un sistema rpido y preciso que pudiera automatizar el anlisis de los genomas secuenciados de las bacterias causantes de enfermedades. Determinar el orden de las bases del ADN de un genoma completo se ha vuelto relativamente fcil y barato en los ltimos aos, gracias a los avances tecnolgicos apunta Jordan. Sin embargo, la parte difcil segua siendo descifrar la informacin contenida en la secuencia del genoma. Nuestro software da ese siguiente paso. Analiza las secuencias, encuentra los genes y proporciona pistas sobre cules estn implicados en hacer que las personas enfermen, explica el profesor. Y proceso. automatizada, todo ello de forma agilizando sobremanera el Mientras manualmente el anlisis sola tardar semanas, meses o un ao, ahora supone unas 24 horas, aade Jordan, adems da nombre al de Biologa Computacional y Bioinformtica Jordan Lab, en ingls- en el Instituto de Tecnologa de

quien laboratorio

Georgia. Aunque en un principio CG-pipeline fue desarrollado para el CDC, actualmente se utiliza en todo el mundo para la investigacin en salud pblica. El brote de E. coli del pasado verano fue su estreno ms destacado. Andrey Kislyuk, uno de los doctorandos de Bioinformtica que ayud a Jordan a crear el software, lo utiliz mientras trabajaba en la compaa de biotecnologa Pacific Biosciences, en Estados Unidos, para entender por qu la cepa de la bacteria que caus el brote originado en Alemania fue tan virulenta. El software se us para determinar qu material gentico de dos cepas previamente diferenciadas de E. coli se haban combinado en una nueva y muy virulenta cepa, matiza Kislyuk. El resultado de esa cepa hbrida, como el investigador la define, parece ser ms letal que cualquiera de sus antecesoras, como se pudo comprobar mientras dur la alerta sanitaria. Con todo, su anlisis mediante este sistema permiti agilizar la deteccin de esta cepa desconocida hasta el momento.

Contra la listeriosis Sin embargo, no fue esta la nica infeccin alimentaria virulenta registrada el verano pasado y en la que se puso a prueba CG-pipeline. Otro doctorando de bioinformtica que intervino en el diseo del software, Lee Katz, analiz la bacteria que caus una pandemia por listeriosis en Estados Unidos mientras trabajaba en el CDC. Este brote se detect en los melones de una nica explotacin agraria de Colorado que estaban contaminados con listeria. Tambin fue un caso inusual, pues era la primera vez que

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las autoridades sanitarias estadounidenses vinculaban con fruta fresca un brote de esta bacteria, ms frecuente en carnes procesadas, vegetales y productos lcteos no pasteurizados. Durante varios meses se confirmaron 146 casos de listeriosis y 30 vctimas mortales, convirtindose en el brote ms mortfero de enfermedades transmitidas por alimentos en Estados Unidos de los ltimos 25 aos. Usando CG-pipeline, Katz fue capaz de identificar un importante marcador del genoma epidemiolgico, el cual ayudar a hacer un seguimiento de las cepas invasivas de Listeria. La plataforma software puede utilizarse para analizar cualquier secuenciacin del genoma microbiano. As, ya se ha probado con una bacteria causante de una variedad de enfermedades infecciosas, incluido el clera, la salmonela y la meningitis bacteriana. Con todo, Katz contina trabajando en estrecha colaboracin con el Laboratorio Jordan para mejorar el programa.

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