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Progreso y retos sobre el desarrollo de clulas mnimas: resea bibliogrfica

Autores: Hiriart Ramirez Erick Germain1, Lpez Snchez Yazmn Aurora1.


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Facultad de Qumica, UNAM.

Palabras Clave
Clulas mnimas, bioingeniera, genoma, enzimas, ADN, endosimbiontes.

Resumen
Durante el estudio del campo biolgico se han desarrollado nuevas tecnologas con el fin de mejorar los procesos naturales para obtener mayores rendimientos dentro de los sistemas biolgicos y celulares, tal es el caso de la bioingeniera, la cual estructura nuevas alternativas dentro de los procesos y sistemas con un fin aplicable. Dentro del marco estipulado, el desarrollo del trabajo comprende los retos y progresos de esta rama, a partir del campo de estudio de las clulas mnimas, las cuales tienen el nmero de componentes mnimos y suficientes para desarrollar su proceso de vida. Dentro de los primeros estudios de la clula mnima, se seleccionaban los genes necesarios para desarrollar funciones altamente efectivas dentro de una clula. Se han reportado grandes avances, entre ellos la caracterizacin mnima de genes en Mycoplasmagenitalium y la aplicacin de vesculas y liposomas como membranas celulares con caractersticas limitantemente definidas, as como endosimbiontes de Escherichia-coli. A partir de los fundamentos creados, se describieron los procesos top-down y bottom-up presentados por Pier et al y en conjunto a los avances desarrollados de Michel y Foley, que proponen en el primer proceso una sntesis qumica para generar el genoma y en el segundo es obtener clulas muy simples para construir una ms compleja. Mediante el avance de estos estudios se han tratado de implementar pruebas que conlleven a aplicaciones de nivel industrial.

Introduccin
Con el acelerado avance que se ha tenido en el campo biolgico constantemente surgen nuevas ideas para desarrollar nuevas tecnologas, es as como van emergiendo nuevas reas de estudio; tal es el caso de la Biologa sinttica o como tambin se

conoce Bioingeniera, dicho trmino fue usado por primera vez en el ao 2000 por Barbara Hoboc y ms tarde en el 2005 por Eric Kool [1]. Segn la Comunidad de Biologa Sinttica la definicin ms aceptada para bioingeniera es la siguiente: Biologa sinttica, es el diseo y construccin de nuevas partes biolgicas, dispositivos o

sistemas y el rediseo de sistemas biolgicos naturales ya existentes, usados con propsitos tiles [2]. En este sentido minimizar el genoma de un organismo natural es una de las ramas de la biologa sinttica.Es importante resaltar que la idea de clula sinttica surge desde hace casi 100 aos [1].

componentes celularesdejando slo los que se consideren esenciales. La base para asumir que se pueden omitir algunos genes del genoma de los organismos es la siguiente: la complejidad del genoma es consecuencia de la evolucin de millones de aos, por lo que los antiguos organismos posean genomas ms sencillos [5], por lo que es razonable asumir que las protoclulas tempranas eran mucho ms simples que las actuales clulas [3]. Esta complejidad ha trado como consecuencia, por ejemplo; la presencia deredundancias, intrones o tranposones en el genoma [5], los cuales parecen no ser muy tiles para el desarrollo de la clula, por esta razn suena conveniente pensar que los genomas contienen partes no esenciales y con ello disminuir la complejidad.

Estas nuevas investigaciones no slo tienen la finalidad de lograr un mejor entendimiento sobre los sistemas vivos, sino que adems tiene el propsito de resolver problemas sociales [1], como
ambientales o medicinales [6]. El objetivo del presente trabajo es conocer los avances que se han dado alrededor del tema de clulas mnimas, as como saber que obstculos y retos han surgido.

Definicin de Clula mnima


Distintos autores apuntan a la misma idea de una clula mnima: El termino de clulas mnimas comprende a los genes y a la maquinaria biomolecular bsicos para la vida [1]. Una clula mnima es definida como un sistema biolgico con el nmero mnimo de genes requeridos para llevar a cabo funciones celulares esenciales, incluyendo crecimiento y reproduccin en un ambiente ptimo [6]. Una clula mnima se define como una clula artificial que tiene el nmero de componentes mnimos y suficientes para ser considerado vivo [5]. Cualquiera de las definiciones anteriores sugiere que podran obtenerse organismos menos complejos que los que existen en la actualidad si se descartan ciertos genes o

Requerimientos bsicos para la construccin de una clula mnima


Saber qu caractersticas tiene una clula mnima. Antesde la construccin de una clula mnima se requiere saber qu tanto de los componentes de esta se pueden considerar como mnimos para que dicha clula no pierda su caracterstica de viviente [5]. Pero, qu que significa que un organismo este vivo?, distintos autores apuntan a que a nivel celular se puede ver como la relacin de tres propiedades bsicas: automantenimiento (metabolismo), la autoreproduccin y evolucionabilidad [5], [6]. Existen organismos vivos que no poseen las tres caractersticas antes mencionadas al

mismo tiempo, estos pueden presentar slo dos de ellas [5]. As que el trmino clula mnima no se cierra a una construccin particular, sino que hace referencia a una gran familia [5], la figura 1 una esquematiza la idea bsica de clula viva.

procariontes y ha encontrado que el genoma puede contener hasta un 20% de redundancia (vase tabla 1) [5].
Tabla 1. Redundancias genticas en pequeos genomas endosimbiontes y parsitos (Pier et al, 2005)

Fig. 1. La nocin de clula mnima. Esta definicin no identifica una estructura particular, sino que es un trmino descriptivo para una amplia variedad de clulas mnimas (Pier et al, 2005).

Herramientas de diseo, construccin y manipulacin Grandes progresos se han visto en cuanto a la construccin de genoma, un ejemplo de ello es que se ha logrado sintetizar el genoma de Mycoplasmagenitalium por el J. Craig Venter Institute, adems ellos tambin han logrado mejorar la tecnologa de ensamblamiento enzimtico de genes in vitro, pero no slo eso, tambin han logrado trasplantar 1.08 millones de pares de bases [1]. Otra importante rea de estudio han sido los liposomas y las vesculas como posibles membranas celulares. Se han encontrado importantes avances al respecto dentro de las reas de permeabilidad, estabilidad, auto-reproduccin y reacciones dentro de los organelos mencionados. Por un lado se sabe que las vesculas son capaces de multiplicarse a s mismas, por otro lado

Genoma mnimo Como se coment anteriormente una clula mnima requiere un genoma mnimo y para reducirlo se han apoyado en eliminar partes redundantes, uno de los trabajos ms citados es el que se ha realizado en la bacteria Mycoplasmagenitalium, pues se encontr que de 480 regiones que codifican para protena, aproximadamente 256-350 son esenciales en condiciones esenciales de laboratorio [5] [6] [1]. Distintas investigaciones de este estilo han arrojado que entre 200-300 genes definen a un genoma mnimo y aunque esto es una gran simplificacin sigue estando en cuestin si es posible reducirlo ms [5]. Se han realizado estudios para saber el tamao del genoma en una serie de

presentan resistencia a la permeabilidad de solutos; ha habido avances en este sentido, se estn desarrollando estudios respecto a la fusin de vesculas, con la finalidad de producir vesculas que contengan todos los componentes necesarios para una clula viva. En cuanto al rea de las reacciones, se han llevado a cabo con xito distintas reacciones dentro de ellas, lo cual muestra la viabilidad de usarlas como hospederos de reacciones biolgicas [5]. En los ltimos aos se ha dado un gran progreso en la minimizacin del genoma de Escherichia-coli, secuenciacin de genomas mnimos en bacterias endosimbiontes, identificacin de genes esenciales y la integracin de sntesis bioqumica [1].

Enfoque bottom-up y progresos A continuacin algunas definiciones: Esta metodologa sugiere la construccin de la clula a partir de la integracin por sntesis in vitro de ADN, ARN, protenas y membrana sinttica [1]. Este enfoque propone construir un genoma artificial a partir del mtodo de sntesis qumica, es decir partiendo de cero [4] (Fig. 3)

Dos enfoques para la construccin de una clula mnima


Se ha sugerido dos diferentes direcciones para el diseo y construccin de clulas mnimas: top-down y bottom-up (Fig. 2)

Fig.3. Esquematizacin de la evolucin prebitica molecular. Este esquema corresponde al enfoque bottom-up (Pier. 2002)

De lo que trata esta metodologa es empezar de molculas muy simples y con ellas construir una estructura ms compleja [3]. Por obvias razones estos estudios estn relacionados con el origen de la vida y la evolucin biolgica [6]. Sin embargo el avance por este camino has sido muy corto, pues ha mostrado muchas complicaciones [3]. Enfoque top-down y progresos. La definicin de esta metodologa vara en las distintas referencias, a continuacin se mencionan algunas: Bsicamente se refiere a la reduccin del genoma de una bacteria in vivo [1]. Este trmino ha sido usado para indicar que mediante el uso de agentes celulares externos (ADN y enzimas) se puede construir una clula simple [5]. La idea que

Fig. 2. Una representacin esquemtica de las dos direcciones de trabajar el proyecto de una clula mnima. (Pier, 2002)

ambos autores quieren dar a entender es que a partir de la maquinaria existente se desea obtener una nueva clula, que pueda ser considerada viva. Este enfoque ha tenido mucho ms xito pues no parten de cero. (Fig.4)

cada uno de los atributos que se buscan en una plataforma celular. 1.- Mecanismos celulares slidos: para controlar y relacionar la replicacin cromosmica y la divisin celular (crecimiento, replicacin genmica y reproduccin celular) 2.- Estructura fsicamente slida: deben de poseer una gran resistencia fsica el estrs, pues las clulas serian sometidas a ambientes con agitacin vigorosa y aireacin forzada, a su vez tambin deben conferir resistencia a la toxicidad. Adems se desea que las membranas celulares sean resistentes a medios lipfilos y puedan existir aplicaciones en reas como el tratamiento de aguas residuales, sntesis qumica o produccin de biocombustibles. 3.- Disminucin de la deriva gnica: considerando que las clulas se mantendrn bajo un ambiente constante en un biorreactor la variacin gentica ser innecesaria, por lo cual ser preciso crear una maquinaria celular queconsidere los mecanismos de variacin gentica como: transposones y cambios por estrs. 4.- Simple y eficaz transcripcin, translacin y regulacin de sistemas: esto para optimizar el flujo metablico que existe en la relacin energa/recursos primarios. 5.- Interacciones matemticamente definidas y sistemas cinticos predecibles. Aunque las clulas sintticas mnimas y plataformas celulares biolgicas comparten algunas caractersticas, difieren en que el desarrollo de una clula mnima presenta las funciones bsicas para la vida celular, en cambio el desarrollo de una plataforma

Fig. 4. Esquematizacin de la aparicin de la vida desde el enfoque top-down para la construccin de clulas mnimas (Pier. 2002)

Aplicaciones
Algunos estudios han mostrado que la reduccin de genes que regulan ciertas vas metablicas mejoran su productividad, indicando que la construccin de clulas mnimas podra hacer los procesos biolgicosms eficientes. Tal fue el caso de la protena clorofenicolacetiltransferasa y el aminoacodo L-tronina [6]. Sin embargo segn Foley et al, las clulas mnimas como tales son slo una base para el diseo y la construccin de organismos que realmente puedan ser usados para fines industriales, a estos organismos se les ha nombrado plataformas celulares. Bsicamente las plataformas celulares poseen 5 cualidades [6], sin duda, entre estas veremos caractersticas similares con las clulas mnimas, sin embargo las plataformas celulares son un proyecto ms ambicioso, a continuacin se comentar

celular proveer las bases generales para que estos sistemas puedan ser manejados para fines industriales [6].

Referencias
[1] Michel C Jewett and Anthony C Foster. Update on designing and building minimal cells. Julio 2010. En linea<www.sciencedirect.com> [2] http://syntheticbiology.org/ [3] Pier Luigi Luisi. Toward the engineering of minimal living cells. 2002. En lnea <http://complex.upf.es/~andreea/2006/Bib/ Towardlivingengineeredcell_deluisi.pdf> [4] Liu-yan Zhang, Su-hua Chang, Jing Wang. How to make a minimal genome for synthetic minimal cell.En lnea <http://www.springerlink.com/content/t177 1u06563w665m/> [5] Pier Luigi Luisi, Francesca Ferri, PasqualeStano. Approaches to semisynthetic minimal cell: a review. 2005. En lnea <http://www.springerlink.com/content/y218 jk71n1k40785/> [6] P.L. Foley, M. L. Shuler. Considerations for design and construction of a synthetic platform cell for biotechnological applications. 2009. En linea<http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10. 1002/bit.22575/pdf>

Conclusiones
Despus de analizar la informacin recabada es notable que las dificultades en la construccin de una clula mnima sinttica se deban a la falta de entendimiento de los sistemas vivos, pero adems tcnicos. La introduccin del sistema es complicado ya que es difcil determinar que genes son los que deben ser empleados y cuales evitados para que no se obtengan intermediarios de consumo energtico alto o con procesos poco tiles, esto con el propsito de lograr un fin til. Se necesita recabar ms informacin experimental respecto a la combinacin de ADN, ARN y enzimas dentro del proceso de top-down para lograr que la clula logre trabajar con el mnimo nmero de genes y en un futuro lograr aplicaciones selectivas hacia procesos industriales o de mayor investigacin.