TP 8C Pérez/Alimanni

Instrucciones generales

Las moléculas anfipáticas poseen una región hidrofílica (soluble en agua) y otra hidrofóbica
(que repele el agua). En un segmento de proteína con estructura secundaria determinada,
la periodicidad en la hidrofobicidad de sus residuos permite predecir la anfipaticidad. El
momento hidrofóbico es una medida cuantitativa de la dispersión en los valores de
hidrofobicidad entre una cara y otra de la hélice. Por ejemplo, una alfa-hélice anclada en
membrana puede tener una cara hidrofóbica en contacto con la membrana y una cara
hidrofílica hacia el citosol, resultando en un momento hidrofóbico grande.

El servidor HeliQuest (https://heliquest.ipmc.cnrs.fr/) calcula la hidrofobicidad, el momento

hidrofóbico y la carga neta de un segmento de proteína con estructura secundaria de hélice,
mediante análisis de las propiedades fisicoquímicas y la composición de sus aminoácidos.
Puede realizar predicciones sobre α-hélices, hélices 3-10 o 3-11 y hélices π.

Predicción de anfipaticidad

Habiendo completado el trabajo práctico 8a, usted ya dispone de distintas alfa-hélices

predichas en la secuencia aminoacídica de la quitinasa de Autographa californica multiple
nucleopolyhedrovirus (AcMNPV). Utilice el servidor HeliQuest para caracterizar esas
alfa-hélices y determinar si son anfipáticas.

a) En la ventana principal de HeliQuest seleccione la opción Analysis. En la ventana de

parámetros de ejecución, seleccione Helix type: α pues realizaremos el análisis sobre este
tipo de estructura secundaria. El Window size determina el tamaño de la ventana de análisis
y puede seleccionar el tamaño por defecto, 1_TURN, que corresponde a una vuelta de
hélice para el tipo de hélice seleccionada antes. Pegue la secuencia de la alfa-hélice
seleccionada en el campo de texto. Revise los siguientes parámetros disponibles y haga clic
en el botón Process para obtener los resultados.

b) Observe los resultados obtenidos para cada ventana de análisis. Identifique el valor
de hidrofobicidad, el momento hidrofóbico y la cara hidrofóbica (si existiera) en cada
segmento.

La única secuencia encontrada de 18 aa o más es la siguiente. No posee cara hidrofóbica,

el valor de hidrofobicidad es de 0,429 y el momento hidrofóbico es de 0,457.
c) A partir de los valores observados, describa el gráfico circular presentado por el
servidor.

En el gráfico se ven representados helicoidalmente los aminoácidos de la secuencia según

su polaridad: los amarillos son los que poseen residuos no polares, y el resto de colores
representan los residuos cargados. Se ve que figura una N representando el extremo n
terminal que comienza en el aminoácido V y termina en el W.

d) Repita el análisis usando como longitud de ventana FULL. ¿Cómo se modifican los
valores y el gráfico resultantes?

Como la secuencia de análisis y la ventana de 18 coincidían desde un principio no se ve

diferencia en el resultado.