CAPITULO 1 1.1 Los sistemas vivos necesitan tn repertorio limitado de étomos xy moléculas 1.2 Hay cuatro clases principales de biomoléculas, 1.3 El dogma central describe los, principios basicos de la transferencia de informacién biol6gica 1.4 Las membranas delimitan la célula y desempefian funciones celulares La Bioquimica y la unidad de la vida ‘Appesarde la inmensa diferencia que hay entre sus masas ~el elefante africano tiene una masa 3x 10"° veces mayor que la de la bacteria E.coli~ y su complejidad, el funcionamiento bioquimico de estos dos organismos es increiblemente parecido. [Ecol Eye of Science/Photo Researches. Elephant: Imagebroker/Alamy] U ;no de los principales objetivos de la bioquimica, uno que ha sido logrado con ro- tundo éxito, consiste en comprender qué significa, a nivel molecular, estar vivo. Otro objetivo trata de ampliar estos conocimientos hasta el nivel de organismo —es decir, de comprender los efectos de las manipulaciones moleculares sobre la clase de vvida que desarrolla un organismo. Por ejemplo, comprender cémo funciona a nivel ‘molecular la hormona insulina ilustra c6mo controla el organismo los niveles de com- bbustible en su sangre. Con frecuencia, este tipo de conocimiento facilta la comprensién de los estaddos patolégicos como, por ejemplo, la diabetes, que aparece cuando la sefia- lizacién de la insulina deja de funcionar. A su vez, este conocimiento puede ser una fuente de ideas sobre cémo poder tratar la enfermedad. Durante més de.tn siglo, la bioquimica ha sido un rea de investigacién activa. Se ha apreridida.mucho sobre,cémo manipulan la energia y la informacién diversos ‘organismos. Sin embargo, uno de los resultados mis fascinantes de Ia investigacion bioquirnica ha sido la constataciOn de que, desde el punto de vista bioquimico, to- dos los organismos tienen mucho en comiin. A nivel molecular, los organismos son extraordinariamente uniformes. A esta observaci6n se la denomina frecuentemente Ta unidad de la bioquimica pero, en realidad, ilustra la unidad de la vida. En 1954, el bioquimico francés Jacques Monod condens6 esta idea en la frase “Todo lo que ha resultado ser cierto en [la bacteria] E. colitambién debe ser verdad en los elefantes”. Esta uniformidad pone de manifiesto el hecho de que todos los organismos de la Tie- ra han surgido a partir de un ancestro comtin. En las primeras etapas de la evolucién de la vida surgié un conjunto de procesos bioquimicos esenciales, comiin a todos los 3 Powered by CamScannerorganismos. La diversidad de la vida en el mundo moderno se ha generado mediante procesos evolutivos que han actuado sobre este conjunto de procesos a lo largo de millones 0 incluso miles de millones de afios. Comenzaremos nuestro estudio de la bioquimica centrandonos en los aspectos comunes. Examinaremos las moléculas y los componentes moleculares utilizados por todas las formas de vida y, posteriormente, consideraremos las normas que gobiernan cémo se-accede a la informacién bioldgica y cémo se transmite de una generacién ala siguiente. Por tiltimo, ofreceremos una visién general de la unidad fundamental de la vida —la célula. Esto es sélo el principio. A medida que vayamos explorando los fundamentos quimicos de la vida nos encontraremos una y otra vez con todas las moléculas y estructuras que se ven en este capitulo. 1.1 Los sistemas vivos necesitan un repertorio limitado de atomos y moléculas Se han identificado noventa elementos naturales y, sin embargo, sdlo tres de ellos —el oxigeno, el hidrégeno y el carbono— representan el 98% de los atomos de un organis- mo. Ademis, la abundancia de estos tres elementos en la vida difiere tremendamente de su abundancia en la corteza terrestre (Tabla 1.1). 3A qué puede atribuirse esta dispari- dad entre lo que est disponible y lo que pasa a formar parte de los organismos? Una de las razones de que el oxigeno y el hidrégeno sean tan abundantes se debe a la ubicuidad del agua, o “la matriz de la vida’, como la denominaba el bioquimi- co Albert Szent-Gyérgi. Esta diminuta molécula —que consta tnicamente de tres 4tomos— hace que la vida en la Tierra sea posible. De hecho, hoy en dia, la opinién general es que todo tipo de vida necesita agua, y éste es el motivo por el que se han de- dicado tantos esfuerzos en las tiltimas décadas para determinar si Marte tuvo agua en el pasado y si atin la tiene. La importancia del agua para la vida es tan decisiva que su presencia equivale a afirmar que podria haber vida. En el Capitulo 2 consideraremos las propiedades del agua y cémo estas propiedades facilitan la bioquimica. Después del oxigeno y del hidrdégeno, el siguiente elemento mas abundante en los seres vivos es el carbono. En los sistemas vivos, la mayorfa de las grandes moléculas estén compuestas, mayoritariamente, de carbono. Las moléculas combustible estén formadas en su totalidad por carbono, hidrégeno y oxigeno. Los combustibles biolégicos, al igual Tabla 1.1 Composiciones quimicas expresadas como porcentaje del ntimero total de atomos aaa ea ae la hl le cae aha Composicién en Elemento Seres humanos (%) ‘Agua de mar (%) _Corteza terrestre (%) Hidrégeno 63 66 0,22 Oxigeno 25,5 33 47 Carbono 9,5 0,0014 019 Nitrégeno 14 <0,1 <0] Calcio 0,31 0,006 35 Fésforo 0,22 <0,1 <0,) Cloro 0,03 0,33 <0,] Potasio 0,06 0,006 25 Azufre 0,05 0,017 <0,1 Sodio 0,03 0,28 25 Magnesio 0,01 0,003 2,2 Silicio <0) <0,1 28 Aluminio <0,1 <0,1 79 Hierro <0] <0,1 45 Titanio <0) <0,1 0,46 Los demas <0,1 + <0) <0,1 Nota: A causa del redondeo, los porcentajes totales no suman e! 100%. Fuente: Tomado de E. Frieden, The chemical elements of life, Sei Am, 227(1). 1977. n. 54 Powered by CamScannerque los combustibles que impulsan méquinas,reaccionan con el oxigeno para producir di6xido de carbono y agua. Cuando se trata de combustibles biol6gicos, esta reaccién, denominada combustién, proporciona la energia necesaria para impulsar el funciona ‘miento de la célula. Para hacernos una idea de por qué el carbono es particularmente idéneo para la vida, comparémoslo con el slicio, su pariente més cercano entre los ele- ‘mentos naturales. En la corteza terrestre, el silicio es mucho mas abundante que el car- bono (ver la Tabla 1.1) yal igual que el carbono, puede formar cuatro enlaces covalen- tes —una propiedad crucial ala hora de construir moléculas grandes. Sin embargo, los enlaces carbono-carbono son mis fuertes que los enlaces silicio-silcio, Esta diferencia en la fortaleza del enlace se traduce en dos consecuencias importantes. En primer lugar, se pueden construir moléculas grandes utilizando un esqueleto de enlaces carbono-car- bono debido a la estabilidad de estos enlaces. En segundo lugar, se libera més energia ‘cuando se produce la combustién de enlaces carbono-carbono que cuando el silicio re- acciona con el oxigeno, Por tanto, las moléculas basadas en el carbono son materiales de construccién més robustos y son mejores combustibles que las moléculas basadas en el silicio. Incluso después de haber sido sometido a combustién, el carbono oftece una ven- taja frente al silicio El diéxido de carbono se disuelve ficilmente en agua y puede existir en forma de gas; por tanto, permanece en los circuitos bioquimicos, es emitido por un tejido 0 por un organismo para ser utlizado por otro tejido 0 por otro organismo. Por el contrario, el silicio es précticamente insoluble tras reaccionar con el oxigeno. Cuando se ha combinado con el oxigeno, queda permanentemente fuera dela circulacién, Otros elementos desempefian un papel esencial en los sistemas vivos —parti cularmente el nitrégeno, el f6sforo y el azufre. Ademis, algunos oligoelementos son absolutamente imprescindibles para una serie de procesos vitales a pesar de estar pre- sentes en cantidades diminutas en comparaci6n con el oxigeno, hidrégeno y carbono. A medida que avancemos en nuestro estudio de la bioquimica iremos viendo el uso especifico que se da a estos elementos. Powered by 12 Biomoléculas 5 camScanner026 Capitulo 24 + Quimica orgénica Recuerde que la unién de stomos pa- recidos se denomina “concatenacion”. Lacapacidad del carbono para conca- tenarse se analiz en la seccién 22.2. ‘Blementos comunes en fos com- ‘puestas orgdnicos. Observe que todos los hidrocarburos satistacen la regla dat octeto. Figura 24.1 Clasifcacion de Jos hidrocarburos. ‘a quimica orgénica estudia los compuestos del carbono. Los quimicos del siglo xvi utilizaban la palabra “orgénico” para describir las sustancias que se obtenian de fuentes vivas, como plantas y animales. Estos quimicos crefan que la naturaleza posefa cierta fuerza vital y que s6lo las cosas vivas podian producir compuestos orgénicos. Esta concepcidn romantica se deseché en 1828, cuando el quimico alemén Friedrich Wobler preparé urea, un compuesto orgénico, a partir de la reaccién de dos compuestos inorgénicos, cianato de plomo y amoniaco acuoso: Pb(OCN); + 2NH; + 2H;0 —> 2(NH;),CO + Pb(OH)s En la actualidad se conocen més de 20 millones de compuestos orgénicos sintéticos y naturales. Este mimero es mucho mayor que los 100000 o més compuestos inorgénicos que se conocen. Ea Clases de compuestos organicos El carbono puede constituir mas compuestos que ningtin otro elemento, porque los dtomos de carbono tienen la capacidad de formar enlaces carbono-carbono sencillos, dobles y triples, y también de unirse entre s{ formando cadenas 0 estructuras cfclicas. La rama de a quimica que estudia los compuestos del carbono es la quimica orgdnica. Las clases de compuestos orgénicos se distinguen de acuerdo con los grupos funcio- nales que contienen. Un grupo funcional es un grupo de dtomos responsable del com- ortamiento quimico de la molécula que lo contiene. Moléculas diferentes que contienen a misma clase de grupo 0 grupos funcionales reaccionan de manera semejante. Ast, mediante el aprendizaje de las propiedades caracterfsticas de unos cuantos grupos funcio- nales, es posible estudiar y entender las propiedades de muchos compuestos orgénicos. En Ja segunda mitad de este capitulo analizaremos los grupos funcionales conocides como alcoholes, éteres, aldehidos y cetonas, cidos carboxflicos y aminas. La mayor parte de los compuestos orgénicos se derivan de un grupo de compuestos conocidos como hidrocarburos, debido a que estén formados sdlo por hidrégeno y car- bono. Con base en la estructura, los hidrocarburos se dividen en dos clases principales: aliféticos y arométicos. Los hidrocarburos aliféticos no contienen el grupo benceno 0 anillo bencénico, en tanto que los hidrocarburos aromdticos contienen uno o mds de ellos. Hidrocarburos alifaticos Los hidrocarburos aliféticos se dividen en alcanos, alquenos y alquinos, que estudiaremos a continuacién (figura 24.1). [oom] [=] Cad Powered by CamScanner24.2 Hidrocarburos alifaticos Alcanos |) Los aleanos tienen la formula general CyH2_.2, donde n = 1, 2, . .. La principal caracte- ristica de las moléculas hidrocarbonadas alcanos es que sdlo presentan enlaces covalentes sencillos. Los alcanos se conocen como hidrocarburos saturados porque contienen el niimero maximo de dtomos de hidrdgeno que pueden unirse con la cantidad de dtomos de carbono presentes, El aleano mas sencillo (es decir, con n = 1) es el metano, CH,, que es un producto natural de la descomposicién bacteriana anaerobia de 1a materia vegetal subacuitica, Debido a que se recolecté por primera vez en los pantanos, el metano leg6 a conocerse como “gas de los pantanos”. Las termitas constituyen una fuente bastante inveros{mil pero comprobada de metano. Cuando estos voraces insectos consumen madera, los microorga- nismos que habitan en su sistema digestivo degradan la celulosa (el componente principal de la madera) hasta metano, diéxido de carbono y otros compuestos. ;Se calcula que las termitas producen anualmente 170 millones de toneladas de metano! También se produce en algunos procesos de tratamiento de desechos. A escala comercial, el metano se obtiene del gas natural. En la seccién “Quimica en accién” de la pagina 1038 se describe un compuesto interesante formado por moléculas de metano y de agua. En la figura 24.2 se representan las estructuras de los primeros cuatro alcanos (desde n= L hasta n = 4), Bl gas natural es una mezcla de metano, etano y una pequefia can- tidad de propano. En el capitulo 10 revisamos el esquema del enlace en el metano. En efecto, se supone que los tomos de carbono en todos los alcanos presentan hibridacién sp’. Las estructuras del etano y el propano son tinicas dado que sélo hay una forma de unir los dtomos de carbono en estas moléculas. Sin embargo, el butano tiene dos posibles esquemas de enlace, dando como resultado isdmeros estructurales, n-butano (la n indica normal) ¢ isobutano, moléculas que tienen la misma formula molecular pero diferente estructura. Los alcanos como los isémeros estructurales del butano se describen como de cadena lineal o de estructura ramificada. El n-butano es un alcano de cadena lineal porque los dtomos de carbono estén unidos a lo largo de una Ifnea. En un aleano de cadena amificada, como el isobutano, uno o més dtomos de carbono estén unidos por lo menos 4 otros tres étomos de carbono. En la serie de los alcanos, a medida que aumenta el niimero de dtomos de carbono, se incrementa ripidamente el nimero de is6meros estructurales. Por ejemplo, el butano, Cito tiene dos isémeros; el decano, CjcH:z, tiene 75 is6meros, y el aleano, C3pHea, jtiene més de 400 millones, 0 4 X 10° isémeros posibles! Por supuesto, la mayor parte de estos is6meros no existe en Ia naturaleza ni se ha sintetizado. De cualquier manera, los ntimeros ayudan a explicar por qué el carbono se encuentra en muchos mis compuestos que cual- quiet otro elemento, El ejemplo 24.1 se refiere al ntimero de is6meros estructurales de un aleano. xhae -Butano Isobutane Powered by 1027 Las termitas son una fuente natural de metaro. Figura 24.2 Estructuras de fos primeros cuatro alcanos. Observe ‘que el butano puede existr en dos formas estructuraimente diferentes, denominadas iscmeros structures. CamScanner1028 Capitulo 24 + Quimica orginica 2,2-dimetilpropano Problema similar: 24.1. Gone {Cusntos isémeros estructurales se pueden identificar para el pentano, CsHy:? Estrategia Para moléculas de hidrocarburos pequefios (ocho étomos de carbono 0 menos), es relativamente fécil determinar el niimero de isGmeros estructurales por ensayo y error. Solucién El primer paso es escribir la estructura de cadena lineal: ft ill eales me ihe zereviat aes we ‘También es factible otra estructura ramificada: 22-imetipropano pe95) No podemos dibujar otra estructura para un aleano cuya férmula molecular sea CsHj3- Asi, el pentano tiene tres isGmeros estructurales, en los que los nimeros de stomos de carbo- 1no € hidrégeno permanecen constantes a pesar de las diferencias de estructura. Ejercicio de préctica ;Cuintos issmeros estructurales hay en el aleano C,H? En Ia tabla 24.1 se indican los puntos de fusi6n y ebullicién de los isomeros de cade- na lineal de los primeros 10 alcanos. Los primeros cuatro son gases a temperatura ambien- te y del pentano al decano son liquidos. Al aumentar el tamafio molecular se increments cl punto de ebullicién porque aumentan las fuerzas de dispersién (vea la seccién 11.2). Nomenclatura de los alcanos La nomenclatura de los alcanos y de todos los demés compuestos orgéinicos se basa en Jas recomendaciones de la Unién Internacional de Quimica Pura y Aplicada (IUPAC). Los cuatro primeros alcanos (metano, etano, propano y butano) tienen nombres no sistemicos. Como se observa en Ia tabla 24.1, el ntimero de tomos de carbono se refleja en el pref {jo griego de los alcanos que contienen entre cinco y 10 carbonos. A continuacién aplica- emos las reglas de la IUPAC para los siguientes ejemplos: 1. El nombre base del hidrocarburo est dado por Ia cadena continua més larga de dto- mos de carbono en la molécula. Asf, el nombre base del siguiente compuesto ¢ heptano, porque hay siete dtomos de carbono en Ia cadena més larga. CH; 1 2 3a. alos 6 2 (CH; —CH,—CH,—CH—CH,—CH;—CH Powered by CamScanner242 Hidrocarburos alifaticos 1029 PES ae Namero de Nombre del Formula ‘atomos de Punto de Punto de hidrocarburo molecular carbono fusién (°C) ebullicién ("C) Metano cH, 1 182.5 1616 Etano CHj—CH; 2 1833 88.6 Propano CH,—CH,—CH, 3 189.7 421 Butano CHy—(CH):—CH, 4 1383 -05 Pentano CHs—(CH,)s—CHs 5 1298 36.1 Hexano CHy—(CH;);—CH, 6 -%53 68.7 Heptano (CHy—(CH))s—CHy 7 906 984 Octane CH)—(CH.),—CHy 8 568 125.7 Nonano CHs—(CH2);—CH 9 535 1508 Decano CH;—(CH.)s—CHs, 10 -297 1749 2. Un alcano menos un dtomo de hidrégeno es un grupo alquilo. Por ejemplo, cuando se remueve un ‘tomo de hidrégeno del metano, queda el fragmento CH, que recibe el nombre de grupo merilo. De manera similar, al eliminar un tomo de hidrégeno de Ja molécula de etano se forma un grupo etilo, 0 C:Hs. En la tabla 24.2 se muestran los nombres de varios grupos alquilo comunes. Cualquier ramificacién de la cadena més larga se nombra como un grupo alquilo. 3. Cuando se reemplazan uno o més dtomos de hidrégeno por otros grupos, el nombre del compuesto debe indicar Ia localizacién de los étomos de carbono donde se ron los reemplazos. El procedimiento que se sigue es numerar cada uno de los étomos de carbono de la cadena més larga en la direccién en que las localizaciones de todas las ramificaciones tengan los ntimeros mds pequefios. Considere las dos diferentes formas para el mismo compuesto que se presentan a continuacién: CH CH; 1 3 4 5, 1 2 a al ies (CHy—CH—CH,—CH,—CH3 — CH;—CH,—CH;—CH—CH 2maipetano “meipentano El compuesto del Jado izquierdo tiene la numeracién correcta, ya que el grupo meti- lo esté localizado en el carbono 2 de la cadena del pentano; en el compuesto del lado Leese Nombre Formula Metilo CH; Etilo —CH,—CH; n-Propilo —CH,—CH,—CHs n-Butilo =CHy—CHy—CH;—CHy ie Isopropilo ie CHs c f-Butilo® sarees CHy * La tetra # significa terciaio. Powered by CamScanner1030 ieee) Capitulo 26 Quimica orgénica ‘Amino Fluoro Cloro Bromo Yodo Nitro Vint 5. derecho, el grupo metilo esté localizado en el carbono 4. Asi, el nombre del compues- to es 2-metilpentano y no 4-metilpentano. Observe que el nombre de la ramificaci6n y el nombre base se escriben como una sola palabra y que, después del niimero, se coloca un guidn. Cuando hay mas de una ramificaci6n de grupos alquilo de la misma clase, se utilizan los prefijos di-,rri-0 fetra- antes de! nombre del grupo alquilo. Considere los siguien- tes ejemplos: CH; CHy CHs 12 Fl A 1 2 af «gg CH;—CH—CH—CH,—CH,—CH, yey elie CH; 22eimetierano 3.3dimeibexano Cuando hay dos 0 més grupos alquilo diferentes, los nombres de los grupos se dis- ponen alfabéticamente. Por ejemplo: CH; C2Hs he de hy ee fe Se (CH,—CHy—CH—CH—CH,—CH;—CH3 “ti 3.metheptano Por supuesto, los aleanos pueden tener muchos tipos diferentes de sustituyentes. En la tabla 24.3 se incluyen los nombres de algunos sustituyentes, como el nitro y el bromo. Asi, el compuesto NO: Br ord aes 5 6 CHy—CH—CH—CH,—CH2—CH3 se nombra 3-bromo-2-nitrohexano, Observe que los grupos sustituyentes se disponen alfabéticamente en el nombre y que la cadena se numera en la direcci6n que da el ‘mimero més pequefio para el primer stomo de carbono sustituido. Powered by (@ CamScanner