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Structfunc DNA
Structfunc DNA
1. Froton. J. S. (1972) Molecules and Lile (Moléculasy vida)John WiJeyand Sons, N.Y.
2. McElroy, W. D. y Glass, B. (eds.) 1975. The Chemical Ras/s 01Heredity (La base quí-
mica de la herencia), J ohn Hopkins Press, Baltimore
2 Aunque había razones para cree:!!"que el DNA podría ser el de la estructura complementaria y bifilar (duplex) del DNA y con 3
CAPrrULo 1: material genético, había aún más razOlnespara asignar este papel a ello el reconocimiento de cómo podía replicarse esta molécula. El SECCION 2 :
Estructura y las proteínas. Se pensaba que cada molécula de DNA era un apareamiento complementari~ de los constituyentes del nucleóti- La Estruetura
Función del polímero repetitivo de una clase de unidad tetranucleotídica. do de una cadena con los de la segunda cadena fué postulado para Primaria
DNA Como existen solamente 256 posibles ordenaciones de las cuatro explicar, de una forma sencilla, como un DNA duplex puede
bases en un tetranucleótido, solo podría haber 256 clases de dirigir el ensamblaje de dos moléculas idénticas a él mismo. Según
moléculas de DNA. ¿Cómo podría ,entonces ser expresada la este modelo, cada cadena del duplex sirve de molde sobre el cual
complejidad de los genes, usando una capacidad de información se fabrica la cadena complementaria.
tan limitada? Las proteínas, con un tamaño mayor y compuestas Estos descubrimientos y otros importantes que les siguieron,
de veinte aminoácidos, parecían más aptas para desempeñar un condujeron al conocimiento de que el DNA tiene dos funciones
papel genético. Y es preciso también recordar que, en la década de principales, separadas entre sí. Una consiste en transportar la
1930, el DNA era todavía llamado ácido timonucleico y existía la información genética que conlleva el fenotipo especial de la célula;
creencia ampliamente difundida de que se encontraba solamente el DNA es transcrito a RNA y el RNA es luego traducido al
en las células animales. El RNA habíatsido aislado solo de células lenguaje de los aminoácidos de las proteínas. La otra función
vegetales y era denominado ácido rimonucJeico, De hecho, las principal del DNA es su propia replicación. Para duplicar el
células vegetales y las animales se distinguían a veces sobre la base genotipo de la célula, el DNA actúa de molde para convertir un
. de esta característicaquímica. '
cromosoma en dos cromosomas idénticos.
1944 - 1960. Este periodo se inicia con la primera evidencia 1960 - el tiemoo presente. El comienzo de esta época no está
importante de que el DNA es la sustancia genética: el descubri- marcado por ningún suceso específico. Es una época en que los
miento realizado en 19443 de que el JDNA preparado a partir de conceptos generalmente sostenidos, tanto en relación con la
una cepa de neumococo, podía "transformar" a otra cepa. El DNA estructura como con las funciones dobles del DNA no han
purificado transportaba un mensaje genético que podía ser promovido ningún reto, sino que más bien van ganando terreno. A
asimilado y expresado por células de otra cepa. Posteriormente se pesar de que no haya descubrimientos que marquen esta época, la
admitió que el DNA era una molécula mucho más compleja que la justificación para distinguir un tercer periodo se basa en un cambio
repetición de un tetranucleótido y que variaba su composición de radical del punto de vista en relación al DNA. La genética y el
unos organismos a otros4. Sin embargo, como las trazas de DNA se han convertido en una rama de la bioquímica. A pesar de
proteína no podían ser excluidas como contaminantes del DNA su complejidad química, el DNA está siendo modificado, disecado,
transforman te, quedaron algunas dud31Sacerca de si el DNA era el analizado y sintetizado en el tubo de ensayo. Empieza a
material genético y el impacto de estos descubrimientos genéticos vislumbrarse el dinamismo metabólico del DNA que no había sido
resultó relativamente pequeño. anticipado. El DNA sufre lesiones y es reparado. Las moléculas de
Se hicieron luego dos descubrimtientos muy persuasivos. El DNA intercambian entre sí partes de las mismas. Las moléculas de
primero fué la demostración en 1952'5 de que la infección de E. DNA son degradadas y modificadas, retorcida~.! y relajadas, de
coli por el bacteriófago T2 implicaba la inyección del DNA del forma específica; son transcritas en reverso a partir' de RNA y
virus dentro de la célula huesped. Las estructuras proteicas del también directamente en RNA. El DNA ejerce su función no solo
virus parecían no servir más que para inyectar el DNA en el en el núcleo, sino también en las mitocondrias y en los
interior de la bacteria y luego eran en $Umayor parte abandonadas cloroplastos. Hay ahora un estímulo para determinar la secuencia
fuera de la célula. El DNA del virus dirigía por tanto a la célula total de bases del DNA y para volver a sintetizarle. Existe también
bacteriana, haciéndola producir muchas copias idénticas del virus confianza en que los giros metabólicos del DNA en la célula
que la había infectado. Este experimento expuso, de forma podri'án ser comprendidos con tanto lujo de detalles como por
dramática, el papel del DNA como portador de información para ejemplo los de la glucosa.o el ácido glutámico.
producir las proteínas propias del virus y para duplicar su DNA
muchas veces.
Un segundo hecho notable'fué t:i1descubrimiento en 19566, 2. La Estructura Primaria 7
3. Avery O.T., McLeod,C.M.,yMcCarty,H. (1944)J. Exp, Med. 79,137.Hotckiss,R. Las dos clases de ácido nucleico, los ácidos ribonucleicos,
D. in McElroy, W.D. y Glass (eds) (1957) The Chemical Basis of Heredity. (La base RNA, y los ácidos desoxitribonudéicos, DNA, son polímeros de
química de la herencia)Johns Hopkins Press, BaJltimore,p. 321
4. Chargaff, E. (1950) Experiel;ltia6, 201 nucleótidos.
5. Hershey, A.D. (1953) CSHS 18,135
6. Watson,J.D. y Crick, F.H.C. (1953) CSHS 18, 123
4 TABLA 1-1 s
CAPITULO I : Nomenclatura de los ácidos nucleicos SECCION 2 :
Estructura y La Estructura
Función del Primaria
DNA Base Nucleósidoa Nucleótidoa Acido nucleico
H'N/H
Punnas
O
". H
base
L~)-H
N N Adenina Adenosina Adenilato RNA
Desoxiadenosina Desoxiadenilato RNA
-o-~-o---s:YH2 I fJ
Guanina guanosina Guanilato RNA
-¿ .'c O,C" Desoxiguanosina Desoxiguanilato DNA
losla'~ ~\i::-(;lH
3" 02' Inosina Inosinato
OH H 1""°""""
2',desox, adenilato y
azuea, Idesoxi,,;bo.a} guanilato
",,"'W, dol!
Deoxiadeno.ina 5',lo.lato
Nucleó.ido Ide,óxiadeoo,;na)
Pirimidinas
Nueleó1li<to Ide,oxiadeno.;na 5',fo,lato)
Citosina Citidina Citidilato RNA
H'N""H o o H'N/H Desoxicitidina Desoxicitidilato DNA
N:?'i N H, CH3 H'N N H Timina Timidina Timidilato DNA
o H~
1'2:~1:~H
N N O O.?::-N
[]c
7; :,
H ~-:--~/l.:i:::
GIC
I~ :, :~H
~ N O O~~
1~':,
ÓJ( H
Uracilo Uridina Uridilato RNA
~ ~
11 11 11 H 11
~
'0- P -0-CH2 '0- P-0-C 2 '0 -P -0-CH2' -O- P-0-C 2 a, Nucleásido y nucleárido son términos genéricos que incluyen tanto formas ribo-como
R:J
I O I O I O I O desoxirribo. Los desoxirribonuc1eósidos y los desoxirribonuc1eótidos se designan como
'0 '0 '0 '0 desoxinuc1eósidos y desoxinuc1eótidos, respectivamente, para hacer los nombres menos
complicados. Los nucleótidos de hipoxantina van entre llaves porque son precursores de
~ ~ ~ ~ los purinnucleótidos, pero no son componentes comunes de los ácidos nucleicos.
"pO ~"
por métodos químicos como enzimáticos. Y conviene dejar claro
que esta rotura, dependiendo de que lo que se rompa sean los
enlaces de tipo fosfato, puede dar origen tanto al fosfonucIeósido
Na+-OI ° H'N/H 5' que ocurre naturalmente, como a su isómero 3' (Fig. 1-3),
-r=H
I e
JC:'-':N
ROTURA S' ROTURA 3'
~ifo
-o-p=o
I . ,
I
O f
5'H..t':
0-[=0
I
Na+.O -P=O 'l/°';j Base1 5'Hc
I O
? H-<::f =L N~H
I
G ~o
"h:--t" 2V°';j
');:-('
Base
1
HzC. 5' N N'AN/H I o
~
'o-p=o I
. HI I 'o-p=o
o ~ ..> I
5'H e
I - --- ~ o
I
Na+. 0 -P=O O
I
O
IH3C N~H '~-' ""'V"'J-'
H265'H )L
I ~ T
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I
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'o-p=o I
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O s'~A
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p 3'
,,.
5'H2c
,
o
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'o-p=o
.
,
o
,
N+- I
a O-p=O
1"
O
I
extremo3'
pApCpGpTp
S'~C
S'~G
S""'--?
...
p 3'
T
~ -,
I
-o-p=o
o "Y'l
'~I '-,
o
I
FIGURA 1.2 I .o-p=o
Segmento de un polidesoxinucleótido, como sal sádica, o I
1 o1
nomenclatura. En la práctica ordinaria, los términos timidina y FIGURA 1-3
desoxiITibotimidina (desoxitimidina) se usan indistintamente y el Roturas de las cadenas polinucleotídicas. La rotura en 5' libera S'.mononucleótidos
ribonucleósido y los ribonucleótidos de timina llevan el prefijo (S'.fosforil termini); la rotura en 3' libera 3'-mononucleótidos (3' fosforil termini).
ribo.
Debido a la libre rotación en tomo a los enlaces de tipo
Las cadenas polinucleotídicas son largos polímeros sin fosfato, las cadenas de polinucIeótido se consideraron en un
ramificaciones y con enlaces entre d fosfato 5' de un nucleótido y principio como altamente flexibles y capaces de adoptar confor-
el hidroxilo en posición 3' del azúcar del siguiente (Fig. 1-2). El maciones esencialmente al azar. Sin embargo, estudios8 más
diagrama esquemático de cadenas de nucleótidos (Fig. 1-2, abajo a detallados han indicado ya que los principales grados de libertad
la derecha) resulta con frecuencia de utilidad y puede visualizarse
tanto en dirección horizontal como vertical Por tanto, la columna 8. Lewitt, M. (1972) en Polymerization in Biological Systemil. (Polimerización en siste-
mas biológicos), Ciba Foundation Symposium 7, EIsc:vier, N.Y. p. 147.
vertebral del polímero es una cadena de: .
8 de rotación están limitados a los dos enlaces O-P en la unión 9
CAPITULO I : fosfodiester y al 'enlace glucosílico entre la base y el azúcar. Por Timin. Adenin.
SECCION 3:
tanto, existen una serie de restricciones impuestas sobre la I--Z.S5Á ¡ H
Estructura y
/ La Doble
Función del
DNA
columna vertebral del ácido nucleico que le permiten adoptar
relativamente pocas conformaciones y 'que le confieren una CH3
-1i O"""""""'H-N . N
Hélice
~ Y
'
H
considerable rigidez. Considerar a la cadena única de polinucleó- I--Z.90A--.¡
tido como algo que puede plegarse al azar. no ofrece garantía.
" l' '-"""""""",.r '\ ~,
d'~N-../ )=N "",
3. La Doble Hélice9-1 O
i>v
# f/
t ,l;50"
----
l.
~ --------- "
11.1A - _: I ~.... '\
~
Hay que distinguir dos cosas entre las bases nitrogenadas de
los nucleótidos, que son cruciales para la estructura secundaria de
los ácidos nuc1eicos. Una de ellas se basa en la presencia de grupos Citosina
\
H I--z'S3Á ¡ Gu.nin.
/.--Z.S6Á--.¡
N
Y H
tanto grupos cetónicos como amínicos; pueden formar dos " l' ~"""""""'H_'~'\i
puentes de hidrógeno. De hecho, puede formarse un puente de /-(1-'--'-;)=. ".
hidrógeno adicional entre los nitrógenos del núcleo en el par A-T y
también en el par G-C (Fig. 1-4).
La segunda importante diferencia ,entre las bases es que
tienen distinto tamaño: las pirimidinas T ó U y C son más
,¡ '~~~
v'5Z.'
i>1/1' O"""""""H-N
- '".-\ - - - - - ""\
-- -.- - - - 10.SA
I I .
~o~~
h"'i<'.~
10 (v) Los únicos pares de bases que permiten esta estructura 11
son A-T y G-C. Todos los pares de bases tienen la misma forma y SECCI0N 3 :
CAPITULO I :
el mismo tamaño. Los enlaces glicosídicos tienen las mismas La Doble
Estructura y
Función del posiciones y orientaciones en estos pares. Las bases modificadas Hélice
DNA (véase Capítulo 2, Sección 10) pueden entrar también en la
formación de pares, siempre que formen puentes de hidrógeno con
su pareja correspondiente.
(vi) Un importante elemento de simetría en la hélice es un
doble eje de rotación (diada) que pasa a través del plano de cada
par de bases y relaciona los enlaces glicosídicos N-C. La rotación
de un par de bases 1800 permite a los grupos correspondientes, el
azúcar y el fosfato de las dos cadenas antiparalelas, tener la misma
conformación. Como resultado de ello, la conexión entre los o
Esqueleto p
azúcar-fosfato
5'/ "Ai -"T~'
/3' "'-0 """-" 345'
5' P
5' / .
.
'C'. =-::"'>G
.
"'.
h5'
~!i>..,-,¡,¡¡.
P 3'
Surcomayor
5./ 't_~~
/ 3' -""", h5'
P
3'
13.4A
5' /'~~.
P
, :ro. =:::?Zg -. H5'
5' .
5' / Ií.1:::.-Jf'.
/ 3' ~,¡ ~ h5' P
OH
extremo 3' extremo 5'
FIGURA 1-8
Segmento de un DNA duplex mostrando la orientación
FIGURA 1-6 antiparalela de las cadenas'complementarias.
Modelo en el e!!pacío de la doble hélice del DNA
4. Desnaturalización y Renaturalización
FIGURA 1.9
Modelo de rotación en tomo al enlace ]!/..(; glicosídico. Una de las más notables características de la hélice de DNA y
La conformación a"ti se ve favorecida amte la sin. (Cortesía del que además es crucial para sus funciones durante la replicación y la
Prof. H. Sundaralingam)
transcripción, es la facilidad con que sus cadenas componentes
híbridos son desoxi A. ribo-U, desoxi T. 000 A, desoxi C. ribo G y pueden separarse y volverse a juntar. Son muchas las técnicas que
desoxi G. ribo C. Estos pares de bases existen en los híbridos de se han encontrado para medir esta conducta de fusión y
transcripción generados por la RNA poJiiimerasa(véase Capítulo "reannealing" (reasociación). Sin embargo, quedan por resolver
10). importantes cuestiones acerca de la cinética y la termodinámica de
Una significativa consecuencia de esta estructura es que la desnaturalización y la renaturalización y acerca de como estos
cualquier secuencia de bases es tolerada d!rentro de una determina- procesos pueden estar influenciados por otras moléculas, tanto en
da cadena. DNAs de. idéntica composición de bases pueden tener el tubo de ensayo como en la célula.
secuencias de bases totalmente diferentes. Sin embargo, una vez
dada la secuencia y la orientación de una <cadena,el apareamiento Desnaturalización
de bases se ajusta a las reglas y el antiplaralelismo determina la
secuencia y orientación de la cadena compllementaria. Las cadenas del DNA duplex se separan cuando se rompen los
La más importante consecuencia del modelo duplex para la enlaces de hidrógeno existentes entre las bases. Esta fusión de la
estructura del DNA es la introducción del concepto de comple- estructura secundaria puede llevarse a cabo en solución, aumentan-
mentariedad 13, el cual proporciona la explicación para una precisa do la temperatura ó bien por titulación con ácidos ó álcalis. Los
replicación de una cadena muy larga (Fig:.. 1-10). Esta característi- ácidos protonizan los nitrógeno s del anillo de A,G y C; los álcalis
ca inherente a la estructura del DNA es la base no solo de su desprotonizan los nitrógeno s del anillo de G y T. La poco
replicación, sino también de su capacidalld para transmitir infor- corriente labilidad de los enlaces glicosídicos de la purina a b,ajo
mación. La complementariedad ha venid@ a explicar la transcrip- pH hace que la utilización de ácidos no sea conveniente para' los
ción y la traducción y de esta manera 1msecuencia completa de experimentos de desnaturalización.
u poli d lA - T)
..
~ 1.4-
> DNA CI
+
".e
f C')
- 50 3o
~
.r¡
1.2- ~
..
«
1.0 -
I , I I I ,
viejo nuevo nuevo viejo
60 Tm 100 80 100
TEMPERATURA en °e Tm:C
FIGURA 1-12
Curvas de fusión de DNA (a la izquierda) y dependencia entre Tm y contenido
de G-C(a la derecha).
Renaturalización
FIGURA 1-11 15.Marmur, J., Rownd, R. y Schildkraut, c. L. (1963) en Prog.N.A. Res. and Mo/, Bio/.
Estrucutra secundaria en un DNA monocatJenario. Los duplex se forman 1,231.
por annealing (asociación) de regi'mes compIcnentarias. 16.Inman, R.B. (1967) 1MB 28,103.
16 la Tm' empiezan a reasociarse y llega mmmomento en que vuelven Las "curvas Cot" para virus y bacterias (Fig. 1-13) se 17
a formar la hélice original. La renatuuralización suele medirse en aproximan a la cinética de segundo orden esperada y a valores de SECCION 5 :
CAPITULO 1 :
Estructura y
función del descenso en la absorbancia (efecto hipocrómico), por N que son iguales al número total de bases en el cromosoma. Hay Tamaño
Función del su comportamie¡;lto durante la sedimentación ó bien por su falta muy pocas, si es que hay alguna, secuencias que se repiten. Por el
DNA de susceptibilidad frente a las nucleasas específicas para cadenas contrario, la cinética de la renaturalización del DNA eucariótico
sencillas. muestra, generalmente, una curva compleja que refleja la presencia
Un ejemplo de la precisión de la renaturalización se encuentra de varias clases de secuencias. Parte del DNA, caracterizado por
en el "annealing" (asociación) de una cadena de DNA del tipo sedimentación como un satélite de la banda principal (Capítulo 1,
salvaje del fago A con la cadena comp1!ementaria de un mutante de Sección 7) tiene una secuencia sencilla repetida 107 veces o más y
A que 'lleva una deleción de 100 ó mas residuos. El producto parece se renaturaliza muy rápidamente. La mayor parte del DNA es
ser normal al microscopio electrónico. excepto en que, en la parte única y se renaturaliza lentamente; el valor de N es muy elevado.
Pares de nucleótidos
correspondiente a la deleción, el trozo de cadena sencilla del
tipo salvaje que no ha: podido aparearse forma un asa que sirve de 102 104 106 108 1010
puente entre las dos regiones duplex 17'"Tales moléculas hetero-du- ¡ ¡ ¡ ¡ i
plex permiten realizar un refinado rñapeo físico de la localización o o
o
cteTos genes en el cromosoma. ~
La cinética de la renaturalizacióm proporciona una medida Ü
O
precisa y sensible de la complementari~dad (o diversidad) existente ti)
«
en una población de moléculas de DNA- La renaturalización es un w
cr 0.5
proceso que se realiza en dos pasos y que comienza con una lenta Z
O
nucleación durante la cual pequeñas :secuencias de bases que se Ü
complementan forman pares. Esto va seguido de un rápido "cierre U
«
en cremallera" de las secuencias vecilMlspara formar el duplex. El cr
u.
ritmo del proceso total esta gobernadID por la cinética de segundo 1.0
orden de la reacción de nucleación. La constante de este ritmo ~;! 102 104
debe ser inversamente proporcional al número de pares de bases N,
.
BACTERIAS
EUCARIOTAS
N° cramasamas (haploide)
~n~m l~OO 4.6 17
Drosophila (mosca de la fruta) 165,000 56 4
Hombre 2,900,000 <990 23
Pez pulmonado 102,000,000 34.7700 19
'"nslocación - 58x109
Drosophila que se ha medido por esta técnica y la masa de DNA
determinada cito lógicamente (Fig. I - 15). Las moléculas Corren a
lo largo de toda la longitud del cromo soma sin que haya
discontinuidad en el centrómero. La continuidad se conserva a lo
largo de todo el ciclo de la célula. Estos datos son la más completa
D.hydei 'ipo ,ilvestre -- 40x 109 confirmación de que un cromosoma animal, del mismo modo que
un cromosoma bacteriano ó v{rico, esta compuesto por una sola
molécula de DNA en forma de filamento o cadena.
del,eeión ...-.. 24x 109
6. Forma
D.virilis 47 x 109
El DNA extendido sobre una rejilla del microscopio elec-
<1
trónico aparece como un círculo duplex (un lazo cerrado) y como
una varilla (Fig. 1 - 16). En la naturaleza sin embargo, el DNA está
condensado en el cromosoma de una célula o en la cabeza de un
D.americana --+"- 79 x 109 virus23, después de replegarse miles de veces.
Es lamentable que se conozca tan poco de la disposición del
DNA en el cromosoma24. En la estructura del cromosoma
FIGURA 1-15 eucariótico las proteínas histónicas tienen una importante influen-
Longitud del DNA en el cromosoma más grande <dedivetSasespecies cia; las proteínas no histonas y el RNA pueden jugar también un
de Drosopllila. determinadas por viscosimetrial (Kavenoff, R, y
Zimm, B. H. (1973) Chromosoma 41, 1; (1973) CSHS 38,,1). cierto papel. La única molécula de DNA duplex de un cromosoma
eucariótico está en forma de complejo con estas proteínas,
o
formando una sola fibra de cromatina enrollada sobre sí misma.
Como resultado de ello, la longitud del cromo soma resulta mucho
más reducida que la del DNA contenido dentro de él.
Los duplex circulares aislados de virus, bacterias y mito con-
drias aparecen como plegados sobre si mismos25 (Fig. 1 - 17).
Estas formas se denominan superplegadas (superenrolladas o
superhelicoidales) debido a que contienen un número mayor del
DNA circular
standard de pares, adecuado a su longitud duplex y consecuente-
mente poseen en compensación un número extra de vueltas nega-
tivas. Se piensa que los superenroIlamientos se originan durante el
DNA lin,al
proceso de cerrado del círculo duplex, cuando en parte de su
longitud las bases no están apareadas sino formando el complejo
con las proteínas. La subsiguiente eliminación de la proteína al
aislar el DNA, deja el círculo desenrroIlado.
J
22 La molécula superenroIlada desplegada puede tener un 23
CAPITULO I : número extra de pares de bases distribllJiidosal azar a lo largo de su
Estructura y longitud, de acuerdo con un punto de:vista26, o bien localizadas SECCION 6 :
Función del Forma
como si fueran una burbuja desnaturalizada, según opinión de
DNA
otros27. Este último modelo ofrece una más obvia, aunque no
necesariamente más correcta explicacoon para la observada capa-
cidad del DNA viral superenroIlado p¡mraligarse o. soltarse de una
. región específica, por proteínas con mna gran afinidad por DNA
monocatenari028. A través de cualquiiera de estos dos puntos de
vista resulta claro que en el DNA <cerrado covalentemente y
superenrollado negativamente, hay almacenada energía libre positi-
va, que es liberada cuando el DNA se desenrolla y queda relajado.
El retorcido extra del superenroIDI.amientopuede relajarse de
varias maneras. La rotura de una cadellila,como si fuese mediante
una escisión endonucIeolítica, permite el desenroscamiento favore-
cido desde el punto de vista energético; la ligazón enzimática de
los extremos rotos restauraría el círcUilo covalente. Los álcalis y el
calor relajan el, superenrollamiento. Y hay aún otra manera, al
lograr intercalar, entre los pares de bases apilados2 9, una molécula
plana como la del bromuro de etidio- Se ha calculado que cada
molécula de bromuro de etidio desenroSlCa 120 el superenrollamien-
to, por lo cual se requieren 30 molécuillasde bromuro de etidio por
paso de rosca. Después de la descarga 'completa del superenrolla-
Íniento negativo, la posterior adición debromuro de etidio hace que
el DNA se superpliegue y se superenmille de nuevo, pero esta vez
con revueltas en sentido positivo.
El DNA procariótico esta organÍillado como un cromosoma
pero sin histonas. En su lugar, todo desrcansa sobre el RNA, de una
sola manera. Los intentos realizados para ver el plegado del DNA
en el cromosoma de E. coZ¡ se deben: ,al reciente éxito logrado al
aislar la estructura intacta3 0-31. Est"eroplastos preparados por
degradación de la pared celular con lisozíma, son lisados posterior-
mente con un detergente no iónico, en presencia de una elevada
concentración de sales O dé una poliarnina (por ej. espermidina).
Los cromosomas intactos, plegados, permanecen unidos a fragmen-
tos de membrana, si la temperatura se mantiene por debajo de los
100 (véase Capítulo 7, Sección 12.). El cromosoma contiene
alrededor de unos 50 lazos retorcidos, cada uno de unas 20.u de
longitud, organizados en una estructIura con múltiples enrosca-
miento s (Fig. 1 - 18a). La rotura de U!J11 solo filamento de un lazo,
26. Bauer, W. y Vinograd,J. (1970) JMB 47, 419: ilIavidson, N. (1972) JMB 66, 307.
27.Kato, A. C., Bartok, K., Fraser, M.J. y Denharde;. D.T. (1973) BBA 308,68.
28.Beard, P., Morrow, J.F. y Berg, P. (1973) J. vr11'ol,12, 1303; Morrow,j.F. y Berg, P.
(1973) J, Virol. 12,653.
29.Crawford, L.V. y Waring,M,J. (1967) JMB 25, :!3. DIMERO PARCIALMENTE SUPERENROLlADO
30.Stonington, G.o. y Pettijohn, O,E. (1971) PNAS 68, 6, Pettijohn, D.E. Miles, E. y FIGURA 1-17
Hecht, R. (1973) CSHS, 38,31. .
3l.Worcel, A. y Burgi, E. (1972) JMB, 71, 127: W\orcel,A., Burgi,E., Carlson, L.y Ro- Formas superenrollada y relajada del ONA mitocondrial de células de riiión de
binton,J. (1973) CSHS 38, 43: Delius, H. y Wom:el,A, (1974) JMB 82,107. hamster muy joven, transformadas por el virus del polioma. La lomgitud del
oontorno del monómera es de unas 5 micras (Cortesía del Praf. J. Vinograd).
f
7. Composición de bases32
24 mediante la acci6n de una DNasa permite el relajamiento de ese 25
CAPITULO 1:
lazo en particular, sin afectar a los otros (Fig. 1 - lSb). Los análisis del DNA realizados, establecen que todas las SECCION 7 :
Tratamientos con RNasa A, que actua sobre RNA monocatenario, Composición de
Estructura y especies tienen una equivalencia de A para T y de G para C. La Bases
Función del o con RNasa H, que actúa sobre el RNA de un híbrido DNA- proporción del contenido de bases amínicas se ajusta a la de bases
DNA RNA, despliegan el cromosoma (Fig. I .- ISa, b). Estos resultados cetónicas. El número de purinas es igual al de pirimidinas. Esta
sugieren que las columnas vertebrales del RNA forman el núcleo notable característica de la composición de bases del DNA no se
que organiza los lazos de DNA dentro del cromosoma condensado comprendió hasta después de haberse descubierto, cuando la
de E.coZ¡. construcción de un modelo demostró el apareamiento de bases A
con T y G con C mediante enlaces de hidrógeno. La amplia e
inmediata aceptación del modelo de bases apareadas, para el
DNA, no fué sin embargo universal y tres años después de su
a) publicación fué propuesto un modelo "en el que dos cadenas de
DNasa
polinucleótidos estan unidas a un polipéptido, de tal manera que
15005 12005 8505
cada grupo carbonilo del péptido está ligado por un enlace de
hidrógeno al grupo amínico en posición 6 de la adenina o de la
cf@ citosina y cada grupo amínico del péptido se une al grupo cetónico
RNasa
en 6 de la guanina o del uracilo (o de la timina)"33.
El contenido (fracción molar, frecuencia) de cada una de las
cuatro bases standard (A, T, G YC) en el DNA duplex establece el
/ contenido de cada una de las otras tres. La composición de bases
de los DNAs se expresa generalmente por su contenido en G más
C. En un duplex esta es la fracción molar de pares G-C (es decir el\
número de pares G-C dividido por el número total de pares de
bases). La regla de la compleÍnentariedad dicta también que el
1555 contenido relativo de G-C en el duplex es igual en cualquiera de los
dos filamentos.
La composición de bases puede determinarse por sedimenta-
ción hasta equilibrio en cloruro de cesio; la densidad de flotación
medida es una función directa del contenido en G-C32. Las
b) medidas de la estabilidad del DNA duplex, tales como el punto
medio de la fusión térmica, pueden también coITelacionarse
RNasa H directamente con el contenido G-C. Las cadenas individuales
con composiciones de bases distintivas pueden separarse por
Lazo 1 sedimentación de un duplex desnaturalizado.
El contenido G-C es el mismo en todas las células de una
RNasa A especie, pero varía considerablemente de una especie a otra,
Lazo Z
especialmente entre las bacterias, donde oscila entre 0.3 y 0,7; el
contenido de G-C en los organismos superiores es generalmente
inferior a 0,50 (en el hombre es 0,40).
Las bases pueden estar o no distribuidas uniformemente en
FIGURA 1.18
toda la longitud del DNA. El DNA procedente de especies bacteria-
Un esquema para el cromosoma replegado de E. co/i. El cromosoma nas (procarióticas) fragmentado en varios cientos de ped¡lzos, todos
contiene unos 50 superenrrollados, organiZados porun núcleo central
de RNA. La acción cortante de las DN relaja lazos individuales y
ellos de un tamaño aproximado coITespondiente a 104 pares de
reduce progresivamente el valor de 'sedimc:ntación (S) desde 1550 a
155. El tratamiento con RNasa despliega ;por completo el cromoso- 32.Sober, H.A. (ed) (1970) Handbaok af Biochemistry. Selected Data for Molecular Blo.
ma para darle la forma que sedimenta lenttamente. Los resultados de logy (Manual de Bioquímica. Datos Seleccionados para Biología molecular) 2.a Edi.
la acción de la RNasa A (sobre regiones de cadena única) y de la ción. The Chemical Rubber Co. Cleveland (Sección H).
RNasa H (sobre RNA hidridado con DNA) sugiere un modelo de dis- 33.Chargaff, E. en McElroy, W.D. y Glass, B. (eds) (1975) The Chemlcal basis of Heredi.
posición del RNA en el cromosoma ple;gado (Según Worcel, A y ty (La base química de la herencia) Johns Hopkins Press, Baltimore, p. 521.
Burgi, E. (1972) JMB 71,127).
¡
26 bases, sedimenta hasta equilibrio en un gradiente de densidad en Una banda satélite principal :¡ue representa el 11 por ciento del 27
cloruro de cesio, formando un pico simétrico. Por el contrario, el DNA de la rata canguro posee la siguiente secuencia repetitiva de SECClON 8:
CAPrrULO 1 : un decanucleótid038.
Estructura y
DNA fragmentado de organismos superiores (eucarióticos) está Funciones
Función del
DNA
con frecuencia distribuido de manera asimétrica, con uno o más
picos más pequeños separados del pico principal (Fig. 1 - 19)34. El
5' - GGACACAGCG -3'
DNA del pico más pequeño o correspondiente a los hombros del Una medida cuantitativa de la fracción total de DNA que esta
pico principal se llama DNA satélite y puede tener un contenido fuertemente reiterada, puede lograrse facilmente determinando la
en G-C, considerablemente diferente del correspondiente al DNA velocidad con que se reasocia (reanneal) el DNA fragmentado que
principal. ha sido desnaturalizado.
I
1.0- ,- ~~~pal - Aunque la función genética de los DNAs satélites esta en su
mayor parte indeterminada, los genes para el RNA ribosómico se
han encontrado en una banda satélite bien discreta y con
frecuencia allí se hallan reiterados muchas veces. En una banda
«
> satélite de DNA de cierto sapo sudafricano (Xenopus laevisJ los
¡:
« genes para el RNA ribosómico estan repetidos cientos de veces a lo
..J
w
a: 0.6- largo del DNA; los genes 18 S Y 28 S para el RNA estan separados
«
¡j por segmentos (espaciadores) de relativamente alto contenido en
z c-c3 9.
o:
lO
a: Un interesante aspecto de la secuencia del DNA, que le puede
O
en
lO
«
conferir importantes características estructurales secundarias,
Satélite
es una simetría rotacional de 1800 con sede en estas cortas se-
0.2 - cuencias. Ejemplos de tales secuencias se encuentrán en los sitios
de restricción y modificación del DNA (Capítulo 9, Sección 5) y
I en un sitio potencialmente regulador cerca del gen de un tRNA
1.68 1.70 1.72 (Capítulo 11, Sección 4).
DENSIDAD Un aspecto de la composición de bases, pobremente
FIGURA 1-19 comprendido pero sin embargo casi invariable, es la' modificación
DNA nuclear embrionario de Drosaphila melanogaster de ciertas bases, generalmente C, por metilación (Capítulo 2,
(Cortesía del Prof. D.S. Hogness). Sección 10)4o. En los DNAs de vegetales y animales, más del 10
por ciento de los residuos de C llevan un grupo ~' -metilo y un
En un satélite de DNA de ratón35 pueden reiterarse ciertas pequeño porcentaje de los residuos de purinas tienen grupos
secuencias hasta 106 veces. Un satélite poco corriente, hallado en N-metilo. Hay también modificaciones de bases y sustituciones por
varias especies de cangrejos, es esencialmente un copolímero de A análogos en los DNAs bacterianos y de fagos, las cuales se cree que
y T alternantes, con solo un tres por ciento de residuos de G y C protegen al DNA frente a las nucleasas intracelulares (Capítulo 9).
distribuidos entre ellos36. El poli d (A-T) semejante al del satélite
(véase Capítulo 4, Sección 15) puede constituir hasta una cuarta
parte de DNA total. En una especie de Drosophila se han deter-
8. Funciones
minado las secuencias de las tres bandas satélites, comprobándose
En último término, la estructura del DNA debe'comprenderse
que se trata de un particular heptanucleótido repetido unas
107 veces3 7. Las secuencias alineadas como se mUestra a conti- de acuerdo con todas sus funciones y lo inverso es igualmente
cierto. Debemos resolver y reconstituir cada una de las funciones
nuación, están estrechamente relacionadas:
de la célula y comprender su localización y regulación dentro de la
5' - ACAAATT - 3' célula. Sin embargo, como admitimos que hay un creciente
5' - ACAAACT - 3' número y variedad de funciones del DNA y como conocemos que
5' - ATAAACT - 3'
38. Fry, K., Poon, R., Whitcome, P., Idriss,J., Salser, W., Mazrimas,J.,y Hatch, F. (1973)
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num Press.
I
28 el número de enzimas que se necesitan para catalizarlas se TABLA 1-4 29
CAPITULO 1 :
multiplica, esta meta podría parecer inalcanzable. Otra barrera Funciones del DNA y enzimas SECCION 8 :
1. Replicación
enzimáticas in vivo. Sin embargo, los mutantes erróneos y sin
~IIIIIIIIIIII sentido pueden tener pérdidas, y bajos niveles de determinada
actividad enzimática en la célula pueden ser suficientes para man-
2. Transcripción
tener la tasa de crecimiento y una conducta fisiológica buena. La
actividad enzimática perdida por completo por deleción de un gen
~IIIIIIIIIIII puede también ser remplazada por un sistema enzimático
R- mensajero auxiliar.
3. Transcripción
inversa
- -
RNA
11" I11111-11111111
hibrido DNA
III) Las funciones, definidas a grosso modo, incluyen muchos
pasos individuales, y muchas funciones diferentes pueden tener
pasos individuales en comun. Por tanto, diferentes funciones
a+
pueden implicar a muchos de los mismos enzimas. Por otra parte,
4. Recombinación
las actividades enzimáticas que parecen similares in vitro, pueden
=:::::::::~::::::::::::
a- c- b+
tener en la célula localizaciones y papeles completamente diferen-
tes.
5. Reparación
lllli 1.LLolil 1I11111111I
RotUra J)
desajustes
'-.hueco
FIGURA 1-20
Algunas funciones del DNA