Figura 1. Cladograma de la clase de Reptiles basado en la matriz de caracteres.

1. Presencia de pulmones
2. Cráneo sin Fenestras
3. Modificaciones extremidades en aletas
4. Extremidades terrestres
5. Retraen la cabeza dentro del caparazón
6. Doblan la cabeza dentro del caparazón
7. El caparazón a menudo tiene una exposición superficial reducida de los huesos neurales, o
incluso ninguna
8. Presencia de mesoplastra
9. Cráneo con dos Fenestras
10. Corazón de cuatro cámaras
11. Presencia de escamas imbricadas mudables por ecdisis
12. Dientes anteriores, grandes y muy agudos
13. Presencia de lengua bífida
14. Poseen flujo de aire pulmonar unidireccional por sacos aéreos similares a las aves
15. Oído con apertura externa, parpados móviles
16. Presencia de papada y espinas que corren de la espalda hasta la cola
17. Presencia de lenguas prensiles
18. Tiene almohadillas adhesivas en las plantas de los pies
19. Corazón con tres recamaras, con dos aurículas y un ventrículo
20. Cola larga, puntiaguda, frágil y regenerable
21. Perdida de extremidades
22. Escamas dorsales de la cabeza grandes
23. 18 hileras de escamas dorsales
24. 12 hileras de escamas dorsales
25. Muchas escamas pequeñas en el dorso de la cabeza