También por esos días supo la resolución de la Junta de llamar
a elecciones de diputados para la formación de un Congreso. O'H
iggins fue elegido por aclamación como diputado representante d e Los Ángeles.28 El 5 de abril de 1811 llegó a Santiago para in tegrarse al Congreso cuando este fuera inaugurado. El 30 de abr il, junto con los diputados de provincias, consiguió que fuera n integrados a la Junta de Gobierno con derecho a voz y voto h asta que se constituyera el Congreso y juntos presentaron una formal protesta por el aumento de 6 a 12 los diputados que ser ían elegidos en representación de Santiago.
El Congreso, compuesto por 42 diputados fue inaugurado solemneme
nte el 4 de julio de 1811 quedando pendiente la elección de entr e ellos de una nueva Junta de Gobierno. El grupo de O'Higgins lo componían sólo 12 representantes, pero, no obstante, su escaso número, lograron impedir que se enviaran fondos de las arcas f iscales a España para contribuir a la guerra contra los frances es. Luego, el Congreso debatió acaloradamente la cuestión de la elección e incorporación a este de los 12 diputados por Santia go en lugar de los 6 que se habían acordado inicialmente. El 9 de agosto, en una tumultuosa sesión, O'Higgins y los 12 diputad os de su grupo abandonaron la sala de sesiones manifestando que informarían a sus pueblos lo sucedido respecto al número de diput ados por Santiago.29 El cabildo de Los Ángeles le respondió por carta que aprobaban lo obrado y le indicaban que no aceptara el cambio del número de diputados representantes por Santiago. A fines de agosto sufrió un ataque de reumatismo que lo postró a la cama por los próximos dos meses.
El 4 de septiembre del mismo año, José Miguel Carrera, mediant
e un golpe militar cerró el Congreso y destituyó a 8 diputados, de los cuales 7 eran de Santiago y nombró una Junta de Gobiern o integrada por Juan Martínez de Rozas, Juan Enrique Rosales y Juan Mackenna. El Congreso durante ese período creó la Intendenc ia de Coquimbo, redactó las bases de un reglamento constituciona l, declaró libres a los hijos de los esclavos que nacieran en el país, libertad de vientres y por especial indicación de O'Higgi ns, prohibió el entierro de cadáveres en los templos creándose c
ementerios en las afueras de las ciudades. El 19 de octubre, O'Hi
ggins solicitó y obtuvo del Congreso licencia para ausentarse a s u hacienda para restablecer su salud. El 15 de noviembre, cuando e staba listo para partir al sur, José Miguel Carrera nuevamente efe ctuó un golpe militar y designó una nueva Junta de Gobierno, esta vez integrada por él mismo, José Gaspar Marín y Martínez de Rozas, pero como este último se encontraba en Concepción, le solicitó a O'Higgins que lo reemplazara e integrara la Junta. El 2 de diciem bre, José Miguel Carrera, no contento con la marcha d el gobierno, mediante un nuevo golpe militar disolvió el Congre so a consecuencia de lo cual tanto O'Higgins como Gaspar Marín renunciaron a la Junta. Así terminó el primer intento nacional de un gobierno representativo