HABILIDADES BÁSICAS

EN LINUX
Sesión 1: Introducción a Linux y Máquinas Virtuales
MC. Israel Aguilar Ordóñez
En esta Sesión aprenderás...
1. Cómo crear “nuevas computadoras” con VirtualBox
(VBox)

2. Cómo instalar Ubuntu en una Máquina Virtual

3. Cómo moverte en Ubuntu

4. Qué es el sistema de archivos (file system)

5. Cómo explorarlo desde Consola de comandos

6. Qué son las guest additions de VBox

7. Comandos básicos para crear, mover, eliminar,

explorar, y manipular archivos
¿Para qué sirve esto?
● Crear Máquinas Virtuales te da acceso a utilizar cualquier Sistema Operativo
(OS) desde una misma computadora.
○ Ya no hay necesidad de “particionar” tu disco duro para tener dos o más OS

● Puedes crear, eliminar y modificar a placer tus Máquinas Virtuales.

○ Pierde el miedo de “romper” tu sistema operativo

● Puedes seguir utilizando tu computadora con tu OS base favorito (por

ejemplo, windows, mac)
○ No tienes que hacer un cambio de ambiente brusco desde el inicio
¿Para qué sirve esto?
● Si no tienes experiencia con una Consola de Comandos, Ubuntu es la forma
más fácil de comenzar a hacer bioinformática
○ Gran soporte de la comunidad (stackoverflow)
○ Gran soporte corporativo (ubuntu.com)
○ Cada vez mejoran más la interfaz de usuario (no todo es consola!)

● Ubuntu es compatible con la mayoría del software Bioinformático

○ Si no es compatible, probablemente el software aún debe madurar
○ No es buena idea utilizar software inmaduro….
¿Para qué sirve esto?
● Los programas y comandos Ubuntu que aprenderemos hoy son básicos, pero
esenciales
○ No hay día Bioinformático en que no se utilicen
○ Hay que aprender a gatear antes de programar
Al finalizar la Sesión podrás...
● Crear tus propias Máquinas Virtuales

● Instalar Ubuntu 16.04

● Moverte entre Ubuntu y Windows

● Explorar el sistema de archivos desde Consola de Comandos

 TAB
o Tabulador
Tópico 0 Ctrl Der
o Control
Derecho
Teclas importantes
Ctrl Izq
o Control
izquierdo
Tópico 1
Virtual Box
Virtual Box
● VBox: Es un software de virtualización

Permite crear “computadoras” virtuales dentro de tu equipo físico

Es gratuito ;)

● Durante su carrera un Buen Bioinformático se enfrenta a la necesidad de:

- Análisis que solo corren en cierto Sistema Operativo (p. ej. Windows 95)
- Utilizar software obsoleto (p. ej. paquetes que solo corren en ubuntu 12.04)
- Instalar y desinstalar software que no sabe si va a romper su sistema actual

● Un Buen Bioinformático no va a comprar una laptop nueva para cada uno de esos problemas
○ Ni tiene el tiempo para andar formateando equipo físico
Ejemplo de Creación de Virtual Box
Objetivo: Crear una VBox con Ubuntu 16.04

Paso 1: Seguir las instrucciones del manual 01 y 02 que se proporcionó previo al curso

Tiempos estimados:

- 5 min Instalación de VBox

- 1 hr descarga de Imagen Ubuntu 16.04

- 20 min Instalación de Ubuntu

Conceptos importantes
¿Qué es lo que Simula VBox?

¿Qué es un ISO?

¿Por qué Ubuntu 16.04, y por qué 32bits?

¿Bajo qué jerarquía funciona VBox, quién obedece a quién?

¿Qué es lo que Simula VBox?
Cuando creas una VM (Virtual Box, o Máquina Virtual) estás simulando completamente el Hardware de un
CPU tradicional.

● Tal cual es como si recién desempaquetaras un

gabinete de computadora nueva.

● La VM solo puede utilizar los recursos limitados

(espacio en disco, memoria RAM, Procesadores, red
Ethernet) que tu Computadora Física (El Anfitrión)
ya posee.

● Otros recursos, como los dispositivos de entrada de

información (Unidades CD/DVD, floppy disk), se
generan virtualmente ilimitadamente.

● Los puertos de audio, video, y usb se toman

directamente de tu placa madre.
 ¿Qué es un ISO?
Las VMs recién creadas son un cascarón vacío.

● Como en un CPU real, hay que cargarle un Sistema Operativo (OS - Operative System)

● La forma sencilla es “meterle” un CD de instalación

● Para eso, primero descargamos un archivo ISO

Un archivo ISO, es en sí mismo la copia digital de un CD.

● O sea, un CD virtual
¿Por qué Ubuntu 16.04, y por qué 32bits?
Existen muchas “distribuciones” de LINUX

● Si bien la diversidad es buena en biología,

en informática… quizá no tanto…

● Muchas opciones, significa que menos gente

manteniendo cada distribución.

● Mucho de esto deriva de una maldición de

los programadores:

○ “Como X no hace exactamente lo

que quiero, voy a crear Y”
¿Por qué Ubuntu 16.04, y por qué 32bits?
En los últimos 5 años Ubuntu ha tomado un camino menos “diverso”.

● Sigue dándole total libertad al usuario de hacer lo que quiera

● Pero también ofrece configuraciones precargadas para facilitarle la vida a quienes no

quieren pasar noches enteras peleando con la Consola de Comandos

● En corto: Ubuntu es un Linux muy amigable con el Usuario

● La Interfaz de Usuario (Ventanas muy similares a Windows) lo hace menos

intimidante

● Extraoficialmente ha sido adoptado como uno de los estándares en

Bioinformática
 ¿Por qué Ubuntu 16.04, y por qué 32bits?
Las versiones de Ubuntu se identifican de la siguiente forma:

Es preferible utilizar versiones XX.XX LTS (Long Term Support)

https://wiki.ubuntu.com/Releases
¿Por qué Ubuntu 16.04, y por qué 32bits?
Ubuntu 16.04 es la versión más reciente en 32 bits

● Hay Laptops por default solo permiten instalar Ubuntu de 32 bits en Virtual Box

● Para evitar problemas de instalación en el grupo, es mejor que todos usemos 16.04
de 32 bits durante el curso.

● Los comandos básicos y las generalidades del curso aún aplican para las versiones
más recientes de Ubuntu
 ¿Bajo qué jerarquía funciona VBox, quién obedece a
quién?
Las máquinas virtuales que creas son
los “Guest”, o “Invitados”
Tu laptop es
el “Host”, o
“Anfitrión”

● Como buenos invitados, las VM (Vbox)

no pueden rebasar la autoridad del
Anfitrión

● Por seguridad la VBox no puede escribir

directamente en los directorios de
sistema del Anfitrión
¿Bajo qué jerarquía funciona VBox, quién obedece a
quién?
● Cada Anfitrión puede crear muchos Invitados
○ Mientras alcance el espacio en disco duro

● Se pueden encender múltiples Invitados al

mismo tiempo
○ Mientras alcancen los procesadores y la
RAM

● El Anfitrión controla a qué Redes, Discos,

memorias USB tiene acceso cada Invitado

● Se pueden solicitar un poco más de funciones

para el Invitado a través de algo llamado
“Guest Additions”
¿Bajo qué jerarquía funciona VBox, quién obedece a
quién?

● Por fin me alcanza para una Mac :)

¿Bajo qué jerarquía funciona VBox, quién obedece a
quién?
Fuera del acceso a recursos, una Máquina
Virtual es su propio universo contenido
Ejercicio 1a - Planteamiento
Objetivo: Crear una VBox con Ubuntu 20.04
ESTE EJERCICIO ES EXTRA, para hacerlo en casa.

● A veces encontrarán programas (software) Bioinformático que solo funciona con ciertas versiones de OS.

● Basta con descargar la imagen ISO correspondiente, montar la Máquina Virtual, instalar OS… y ya estás!

En este problema, resulta que la nueva versión de un ensamblador de genomas solo es compatible con
lo más nuevo de Ubuntu (versión 20.04 LTS).

Entonces, tu tarea es instalar un ambiente con esa versión.

Ambiente: Término coloquial para una

configuración particular de tu computadora.

En conjunto se refiere al OS, los

programas y versiones instalados en él.
Ejercicio 1a - Tips
Objetivo: Crear una VBox con Ubuntu 20.04

Recuerda que:

● Puedes visitar https://ubuntu.com/ para encontrar la versión más reciente

● Primero realiza la descarga del ISO (lo más tardado)

● Mientras se descarga, crea el cascarón de la Máquina Virtual

● Si la Instalación Falla, no te preocupes: Todo problema técnico tiene solución

Ejercicio 1a - Respuesta
Paso 1. Descargar la ISO de https://ubuntu.com/

Paso 2. Crear una VM con el nombre Ubuntu20.04

● Usar la mitad de la RAM, 100GB (o 50GB) de espacio en disco

Paso 3. Subir el número de procesadores

Paso 4. Cargar el ISO de Ubuntu 20.04 en la configuración de VM

Paso 5. Instalar Ubuntu 20.04

¿Dudas?
Ejercicio 1b - Planteamiento
Objetivo: Crear una VBox con Lubuntu
ESTE EJERCICIO ES EXTRA, para hacerlo en casa.

● A veces quieres trabajar en una consola de comandos nativa de UNIX, pero tu computadora no tiene
suficientes recursos (RAM, principalmente)

● Existen opciones UNIX, basadas en Ubuntu, con baja demanda de recursos. P. ej. Lubuntu.

● Lubuntu es un ambiente con lo mínimo necesario en cuanto a Interfaz de Usuario.

● A nivel de Consola de Comandos, es capaz de lo mismo que un Ubuntu normal.

En este problema, resulta que tu laptop tiene apenas 4GB de RAM; para aprovechar el recurso, decides
instalar una VM lubuntu.

Entonces, tu tarea es instalar un ambiente con cualquier versión de Lubuntu.

Ejercicio 1b - Tips
Objetivo: Crear una VBox con Lubuntu

Recuerda que:

ESTE EJERCICIO ES EXTRA, para hacerlo en casa.

● Puedes visitar https://lubuntu.net/downloads/ para encontrar el ISO

● Si la Instalación Falla, no te preocupes: Todo problema técnico tiene solución

 Tópico 2
Interfaz de Ubuntu
La interfaz de Ubuntu
● Originalmente Ubuntu era muy feo (no contaba con los recursos de desarrollo de Windows)

● Actualmente ya es más amigable con el Usuario, con funcionalidades muy similares a Windows
La interfaz de Ubuntu
● ¡Ubuntu no es únicamente la consola de comandos!

● Cualquier funcionalidad que logres en Windows o Mac,

puedes encontrarla igual, o por lo menos muy similar, en
Ubuntu

● La principal diferencia es que… Ubuntu es gratis :D

Windows: paint Ubuntu: pinta Windows: notepad Ubuntu: gedit

Ejemplo de Exploración de Ubuntu
Objetivo: Familiarizarse con la Interfaz de Usuario

Paso 1: Abrir una ventana en ubuntu (usando el Nautilus)

Paso 2: Usar los botones de minimizar, cerrar, expandir ventana

Paso 3: Crear archivo vacío. Moverlo. Borrarlo. Recuperarlo de Papelera.

Paso 4: Usar la tecla Windows para abrir el Explorador GNOME

Conceptos importantes
¿Cómo me muevo entre mi Máquina Virtual y Windows?

Para liberar el ratón y el teclado del Invitado y darle el control al Anfitrión, presiona CTRL(derecho) + F
En Mac es CTRL(izquierdo)
Conceptos importantes
¿Cómo cierro mi Máquina Virtual?

● Es como cerrar tu laptop

● Es como presionar el
botón de apagado de tu
laptop una vez

● Es como desconectar tu
máquina (apagado
brusco), o dejar
presionado el botón de
apagado
 Conceptos importantes

La tecla
“Windows”
Abrir una ventana en ubuntu (usando el Nautilus)
● Nautilus es el programa que nos
permite navegar por las carpetas en
la interfaz gráfica de Ubuntu

● Su comportamiento es muy similar

al explorador de archivos de
Windows
Abrir una ventana en ubuntu (usando el Nautilus)
● Exploremos los botones de la ventana...

● Buscar en esta
● Cerrar carpeta
● Minimizar
● Expandir

● Cambiar vista de
iconos
Crear un archivo vacío, moverlo, borrarlo,
recuperarlo de la papelera...
● Primero ir a la carpeta “Documentos”

● Dar click derecho sobre la carpeta vacía > nuevo documento > documento vacío > nombrarlo “mi archivo”

Nota: en este contexto, el símbolo “>” (mayor qué),

se utiliza para indicar una sucesión de pasos.

A > X > Z se entiende como: primero haz A, luego

haz X, finalmente haz Z
Crear un archivo vacío, moverlo, borrarlo

● Da click y deja presionado el mouse sobre “mi archivo”, para arrastrarlo a la pestaña “Escritorio”.

● Minimiza la ventana, y verás que “mi archivo” ahora está en el escritorio de Ubuntu

● Desde el escritorio, mueve “mi archivo” a

la carpeta “Documentos”

● Da click derecho a “mi archivo” >

Renombrar > “me van a borrar”

● Para borrar el archivo:

click derecho > Mover a la papelera
Recuperarlo de la papelera
● Cuando borras archivos desde el Nautilus, siempre se van a la Papelera.

● De ahí los puedes recuperar con el botón Restaurar

● Restaura el archivo

● Valida que reapareció en

“Documentos”

● Elimínalo de nuevo > abre la

Papelera > Vaciar la papelera
La tecla Windows y el Explorador GNOME

En Ubuntu, cuando presionas la tecla “Windows”, invocas el explotador

GNOME.

● GNOME es la interfaz gráfica de facto en Ubuntu 16.03 en adelante.

● Con la tecla Windows se abre una ventana de búsqueda, donde puedes

teclear una palabra, o nombre exacto de un programa

● Te mostrará las opciones de software que buscas

Ejercicio 2a - Planteamiento
Objetivo: Ejecutar programas de uso común en el entorno Ubuntu

● Trabajar en Ubuntu puede ser tan familiar como trabajar en Windows.

● Ubuntu cuenta con programas y funciones muy similares a las opciones más populares de Windows

● Si no conoces el nombre exacto de la opción ubuntu, puedes buscar con el explorador GNOME

En este problema, vamos a llevar a cabo un día normal pero en Ubuntu:

● Abrir el explorador Firefox
● Hacer un par de cuentas en la Calculadora
● Escribir una carta en “Word”
● Crear un “Excel” con tus gastos del día
● Crear una presentación en “PowerPoint” de 1 diapositiva, sobre tu tema favorito

Entonces, tu tarea es llevar a cabo todas estas actividades dentro de tu máquina virtual
Ejercicio 2a - Tips
Objetivo: Ejecutar programas de uso común en el entorno Ubuntu

● Abrir el explorador Firefox

● Hacer un par de cuentas en la Calculadora
● Escribir una carta en “Word”
● Crear un “Excel” con tus gastos del día
● Crear una presentación en “PowerPoint” de 1 diapositiva, sobre tu tema favorito

Recuerda que:

Con el explorador GNOME puedes encontrar programas aunque no conozcas el nombre exacto de
Ubuntu
Ejercicio 2a - Respuesta
Paso 1. Buscar con GNOME: Firefox

Paso 2. Buscar con GNOME: Calcu

Paso 3. Buscar con GNOME: Word

Paso 4. Buscar con GNOME: Excel

Paso 5. Buscar con GNOME: PowerP

¿Dudas?
Ejercicio 2b - Planteamiento
Objetivo: Personalizar tu Ubuntu

● Por default, Ubuntu trae colores muy naranjas en la interfaz

● Además, la pantalla se bloquea tras breves momentos de inactividad

● Esto puede ser molesto para algunas personas. Imaginemos que odias el naranja, y te desespera estar
metiendo tu contraseña cada que te volteas.

En este problema, vamos a cambiar las cosas que no nos gustan de Ubuntu:

● Cambia el Fondo del escritorio

● ¡Toma una Captura de Pantalla para conmemorar tu libertad sobre Ubuntu!

● Deshabilita el Bloqueo de Pantalla

Entonces, tu tarea es llevar a cabo todas estas actividades dentro de tu máquina virtual
Ejercicio 2b - Tips
Objetivo: Personalizar Ubuntu

● Cambia el Fondo del escritorio

● ¡Toma una Captura de Pantalla para conmemorar tu libertad sobre Ubuntu!

● Deshabilita el Bloqueo de Pantalla

Recuerda que:

Con el explorador GNOME puedes encontrar programas aunque no conozcas el nombre exacto de
Ubuntu
Ejercicio 2b - Respuesta
Paso 1. Buscar con GNOME: Fondo (o Background)

Paso 2. Buscar con GNOME: Captu

Paso 3. Buscar con GNOME: Bloqueo (o block o lock)

 Tópico 3
El Sistema de Archivos
El Sistema de Archivos (File System)
● En Ubuntu TODO es un archivo: el usuario, sus documentos, su password, los programas
instalados, la interfaz gráfica, etc…

● Un archivo es un conjunto de datos que ocupan un espacio físico de tu Disco Duro

● Cuando creamos o modificamos un archivo, este ocupa nuevo espacio en disco

● La asignación del espacio no siempre ocurre de manera continua

El esquema de la derecha representa el

espacio en un Disco Duro.

Cada color representa un archivo completo.

Pedazos del mismo archivo residen en

distintos puntos del Disco Duro
El Sistema de Archivos (File System)
Si físicamente no hay un orden estricto, ¿cómo puede la computadora encontrar los archivos cuando los
necesita?

● La solución es establecer un sistema de rutas, que registre dónde se puede localizar un archivo
de manera directa y sin ambigüedad.

● Esto se conoce como File System.

● El Bioinformático no pedirá archivos por su localización física,

sino por su ruta en el File System.

● Sin el File System, la data sería caos..

 File System es un Árbol con Jerarquía
● Cada cuadro es un
Directorio (dir)

● Cada rama es una ruta

(o path)

● Un directorio es el Padre
(parent dir) de otro,
cuando lo precede en la
rama

● A nivel Básico, solo debes

preocuparte por la sección en
Rojo del Árbol

● Ahí tu puedes hacer y deshacer

lo que quieras
File System es un Árbol
La instalación de Ubuntu crea un
directorio (o carpeta) conocida como
Raíz (root)
● A partir de esa Raíz,
creará todos los
subdirectorios
necesarios

● Incluido el directorio de
tu usuario

● Por default, tú tienes

permisos absolutos en
tu directorio (puedes
crear, borrar y
modificar cualquier
archivo)

● Más arriba de tu nivel,

lo tienes prohibido
“Ve a tu Home”
Existe un directorio llamado “home”

● Sin embargo, en lenguaje

coloquial, cuando te dicen
“ve a TU home”, se refieren
a tu carpeta personal dentro
del home del sistema.
Rutas Absolutas (o Full Path)

La forma en que el Sistema de Archivos

sabe exactamente dónde encontrar un
archivo, es asignándole una Ruta Absoluta.

En este ejemplo, la ruta al archivo verde

es:

/home/Usuario/Descargas/Mi_archivo_1
 Anatomía de una Ruta Absoluta
Archivo
“Mi_archivo_1”
2do Subdirectorio
Directorio Raíz “Usuario”
(root)

/home/Usuario/Descargas/Mi_archivo_1

1er Subdirectorio 3er Subdirectorio

“home” Descargas

● El uso de la diagonal “/” es muy importante

● Todas las Rutas Absolutas comienzan de la raíz “/” del sistema

● Las “/” intermedias sirven para delimitar los niveles entre directorios
 Anatomía de una Ruta Absoluta

/home/Usuario/Descargas/Mi_archivo_1
Esta ruta se puede leer como:

● Mi archivo 1 que vive en Descargas, que vive en Usuario, que vive en home, en la raíz

O coloquialmente:

● Mi archivo 1 que vive en Descargas, en el home de Usuario

Las rutas absolutas sirven para decirle a los programas o comandos, donde pueden encontrar
exactamente y sin falla, los datos que nos interesan.
¿Cuál es la Ruta Absoluta de los siguientes archivos en azul?
¿Cuál es la Ruta Absoluta de los siguientes archivos en azul?

Respuestas:

/home/Usuario/Descargas/Tareas/Mi_tarea_4

/home/Usuario/Documentos/Elarchivo_2

/home/Usuario/Escritorio/Mi_archivo_4

/usr/lib/Libreria_3
Ejercicio 4a - Planteamiento
Objetivo: Crear archivos a partir de una lista de Rutas Absolutas

● Un Buen Bioinformático siempre debe saber dónde está parado en el Sistema de Archivos

En este problema, vamos a crear diferentes archivos a partir de la siguiente lista de Ruta Absolutas:

● /home/Usuario/Descargas/Tareas/Mi_tarea_4

● /home/Usuario/Documentos/Elarchivo_2

● /home/Usuario/Escritorio/Mi_archivo_4

● /usr/lib/Libreria_3

Entonces, tu tarea es moverte a través del Nautilus para crear los archivos donde corresponden
Ejercicio 4a - Tips
Objetivo: Crear archivos a partir de una lista de Rutas Absolutas

● /home/Usuario/Descargas/Tareas/Mi_tarea_4

● /home/Usuario/Documentos/Elarchivo_2

● /home/Usuario/Escritorio/Mi_archivo_4

● /usr/lib/Libreria_3

Recuerda que:

Si presionas la tecla “Retroceso (o Backspace)” en el Nautilus, te llevará a un nivel arriba en el Árbol

Si hacer click derecho sobre un espacio en blanco del Nautilus, te dará la opción de crear y
renombrar archivos y directorios.
Ejercicio 4a - Respuesta
Hagámoslo en Directo:
Crear archivos a partir de una lista de Rutas Absolutas

● /home/Usuario/Descargas/Tareas/Mi_tarea_4

● /home/Usuario/Documentos/Elarchivo_2

● /home/Usuario/Escritorio/Mi_archivo_4

● /usr/lib/Libreria_3
¿Dudas?
 Tópico 4
Consola de Comandos
La mítica Consola de Comandos
Alias: Terminal, Terminal de Comandos, Consola.

La Consola es una interfaz simple que permite dar órdenes directas a la computadora, sin un
intermediario gráfico responsable.
● La Consola recibe señal del teclado
Es la principal herramienta de un Bioinformático, de ella depende:
● Instalación y uso de software especializado
● Uso de Cómputo en la Nube
● Ejecución de miles de análisis en paralelo (al mismo tiempo)
● El ambiente idóneo para desarrollar tu propio código

Pero es el elemento más intimidante cuando se quiere comenzar de cero

Recuerda el atajo:
Ctrl(izquierdo) + Alt + T
La mítica Consola de Comandos
Si no te sientes cómodo en una Terminal, no eres un Buen Bioinformático. Punto... suspensivo…

● De poco sirve capacitarte en Ensambles de Genoma, GWAS, Genómica Comparativa, o cualquier

curso especializado, SI NO SABES USAR UNA CONSOLA PRIMERO!

Detrás de la Consola se encuentra un Lenguaje de comandos llamado BASH

Aprender a usar una Terminal, en realidad se refiere a 2 cosas:

● Saber moverse en el Sistema de Archivos

● Saber BASH
 Vamos a explorar el File System desde la consola
Con los siguientes comandos esenciales:
● pwd
● ls
● cd
● mkdir
● touch
● cp
● rm
 Paso 1: Abre una terminal
Si ya tenías una abierta, ciérrala. Y abre una nueva.

Cuando abres una nueva terminal, por default tu usuario adquiere una posición en el Sistema de Archivos.
● Esa posición es “tu home” (recuerda que “home” y “TU home” no se refieren a lo mismo)
Anatomía de una Terminal Virgulilla o Tilde “~”
Es una abreviatura
para /home/Usuario
Arroba, que
significa Nombre de la
computadora Dos puntos, que $ indica el final
“at” - o “en”
(hostname) indican el fin de los de la ubicación
identificadores

Tu nombre de usuario El parpadeo, o

prompt

Identificadores
Anatomía de una Terminal

Esto se puede leer como:

El usuario vm-cursolinux01 conectado a la computadora vmcursolinux está parado en su home y
esperando a que se ingrese un comando
 Paso 2: Ejecuta el comando pwd
pwd
es un comando que pregunta cuál es la ruta absoluta al directorio donde se encuentra parado el usuario? A
esto se le conoce como Working Directory, o directorio de trabajo.

El resultado de pwd se imprime en la consola (es decir, aparece como texto de respuesta en la terminal)
 Paso 3: Ejecuta el comando ls
ls
es un comando que pregunta cuál es el contenido de una ruta?

Si se ejecuta sin ningún Argumento, ls asume que estás preguntando por el contenido de Working
Directory
 Paso 3: Ejecuta el comando ls
también podemos preguntar por el contenido de una Ruta diferente al Working Directory
● Ejecuta: ls /
Paso 4: Cambiemos de directorio

cd ARGUMENTO
es un comando que cambia nuestra posición en el File System.

El ARGUMENTO que usaremos es la ruta absoluta al directorio de “Descargas”:

● Ejecuta: cd /home/vm-cursolinux01/Descargas
Paso 5: Creamos otro Dir

mkdir ARGUMENTO
es un comando que crea un directorio en la ruta del argumento

Cosas
El ARGUMENTO que usaremos es la ruta absoluta al directorio de
“Cosas” dentro de “Descargas”:
● Ejecuta: mkdir /home/vm-cursolinux01/Descargas/Cosas
● Ejecuta: ls
Paso 6: Creamos un archivo vacío

touch ARGUMENTO
es un comando que crea un archivo vacío en la ruta del argumento,
SIEMPRE Y CUANDO NO EXISTA PREVIAMENTE
Cosas

El ARGUMENTO que usaremos es la ruta absoluta al archivo “cositas”

dentro del directorio “Cosas”:
● Ejecuta:
cositas
touch /home/vm-cursolinux01/Descargas/Cosas/cositas

● Ejecuta: ls /home/vm-cursolinux01/Descargas/Cosas/
Paso 6: Creamos un archivo vacío
 Paso 7: Copiemos el archivo

cp ARGUMENTO_1 ARGUMENTO_2
es un comando que copia el archivo en la ruta del
ARGUMENTO_1 hacia el la ruta en ARGUMENTO_2
Cosas

Crearemos una copia de “cositas” dentro de “Documentos” cositas

cositas

● Ejecuta: cp /home/vm-cursolinux01/Descargas/Cosas/cositas /home/vm-cursolinux01/Documentos/cositas

Paso 7: Copiemos el archivo

Cosas

cositas

cositas
Paso 8: Eliminar archivo original

rm ARGUMENTO
es un comando que ELIMINA el archivo en la ruta del ARGUMENTO

NOTA: si eliminas algo con rm, YA NO se puede recuperar. Cosas

No se va a Papelera de Reciclaje.
cositas

Eliminamos el archivo “cositas” dentro del directorio “Cosas”.

● Ejecuta: rm /home/vm-cursolinux01/Descargas/Cosas/cositas
Paso 8: Eliminar archivo original

Cosas

cositas
Ejercicio 5a - Planteamiento
Objetivo: Crear archivos a partir de una lista de Rutas Absolutas, con la Consola!

● Un Buen Bioinformático puede hacer las cosas desde la pura Consola

En este problema, vamos a crear diferentes archivos a partir de la siguiente lista de Ruta Absolutas:

● /home/Usuario/Descargas/Tareas/Mi_tarea_4

● /home/Usuario/Documentos/Elarchivo_2

● /home/Usuario/Escritorio/Mi_archivo_4

● /usr/lib/Libreria_3

Entonces, tu tarea es moverte a través de la Consola crear los archivos donde corresponden
Ejercicio 5a - Tips
Recuerda los comandos básicos para navegar y manipular el Sistema de Archivos:

● pwd
● ls
● cd
● mkdir
● touch
● cp
● rm

Equivocarte está bien :D

Ejercicio 5a - Respuesta
Hagámoslo en Directo:
Crear archivos a partir de una lista de Rutas Absolutas

● /home/Usuario/Descargas/Tareas/Mi_tarea_4

● /home/Usuario/Documentos/Elarchivo_2

● /home/Usuario/Escritorio/Mi_archivo_4

● /usr/lib/Libreria_3
¿Dudas?
 Gracias

Tarea: Usar Ubuntu toda la semana

para sus Actividades Normales
Tópico 5
Guest Additions
Guest Additions
Una VM Invitada, por default tiene un libertades limitadas

● Por ejemplo: no se puede ampliar el tamaño de la pantalla…

● Esto se debe a que por seguridad, la VM básica no tiene acceso ni es compatible con algunos
componentes de tu laptop. En este caso: la tarjeta gráfica.

Lo anterior se puede arreglar dándole más libertades, o permisos adicionales al Invitado

● Para eso utilizamos las: Guest Additions

● Guest Additions es una imagen de CD (ISO) precargada en Virtual Box

● Para instalarlo, solo hay que “insertar” el CD virtual, y seguir instrucciones…

O, seguir el bonito manual 03 de Biofreelancer

¡Di NO a la actualización automática de Ubuntu!
Si al encender tu VM, Ubuntu te pregunta lo siguiente:

Di que No (Don’t Upgrade).

● ¡La razón es que eso actualizaría tu OS por completo!

● Pasaríamos de 16.04 a 20.04, y tardaría horas…

● Si quisieras un OS más reciente, en este caso es mejor crear una VM Nueva

Actualicemos manualmente los paquetes en 16.04
Para lograr la compatibilidad de Ubuntu 16.04 con las Guest Additions, No es necesario actualizar
todo el Sistema Operativo

● Vamos a actualizar solo los paquetes de Ubuntu 16.04

Un Paquete (package), es un contenedor virtual con todas las piezas de software que se necesitan
para instalar y correr un Programa en particular.

Por ejemplo: el paquete “Libre Office”, el paquete “Firefox”, el paquete “Calculadora”

Para actualizar...
● Abrimos la Terminal, usando el explorador GNOME.

● Alternativamente, la terminal se puede abrir con

el atajo: Ctrl(izquierdo) + Alt + T
Para actualizar...
● Ingresar los siguientes comandos:

sudo apt update

sudo apt upgrade

Para actualizar...
Sin entrar en detalles técnicos, lo que hicimos fue ordenarle a Ubuntu que actualice la bodega donde
guarda los paquetes.

● Luego, ya con los paquetes en sus versiones más nuevas en la bodega, le ordenamos que las
instalara.

● Lo anterior remplaza muchos programas y librerías de Ubuntu base

● Y hace que 16.04 sea compatible con Guest Additions (lo cual era nuestro objetivo original)

Esto es un buen ejemplo de cómo en Bioinformática, muchas veces hay que resolver “problemitas” que
no tienen que ver directamente con el análisis de datos.

● No te preocupes si te parece mucha palabrería técnica: ¡Lo es! y escapa a un curso básico de
Bioinformática.

● No te asustes, es la última actividad de SysAdmin (Administración de Sistemas) que haremos.

Por fin a instalar Guest Additions...
 Antes de Guest Después de Guest
Additions Additions

Habilitamos el portapapeles bidireccional, y el “Drag and Drop” siguiendo el bonito manual 03 de

Biofreelancer
Ejemplo de Utilidad de Guest Additions
Objetivo: Aprender a usar la comunicación de archivos Anfitrión <-> Invitado

Paso 1: Configurar una carpeta compartida entre Windows y Ubuntu

Paso 2: Crear un archivo en Ubuntu, modificarlo en Windows

Paso 3: Eliminar el archivo desde Windows

Configurar carpeta compartida...

● Ok, esta vez sí fue la última

actividad de SysAdmin.
Ejemplo de Utilidad de Guest Additions
● Crear un archivo en Ubuntu, modificarlo en Windows

● Eliminar el archivo desde Windows

Las carpetas compartidas

son la vía más rápida de
comunicar resultados
entre Anfitrión e Invitado
Ejercicio 3a - Planteamiento
Objetivo: Transferir Información entre Anfitrión e Invitado

● Con frecuencia los resultados que generas en tu Invitado deben ser procesados en el Anfitrión (p. ej.
Graficar en Invitado, y Editar en Anfitrión)

● O se descargan archivos en el Anfitrión, que deben ser editados en el Invitado

En este problema, vamos a simular un ir y venir de Data

● Crear y abrir un archivo vacío en Ubuntu

● En Windows, usar internet para copiar el significado de SysAdmin
● De vuelta en Ubuntu, pega el texto en el archivo vacío
● Arrastrar el archivo desde Ubuntu, hacia el escritorio de Windows
● En Virtual Box, crear una nueva Carpeta Compartida llamada “nueva_carpeta”

Entonces, tu tarea es llevar a cabo todas estas actividades en tu laptop

Ejercicio 3a - Tips
Objetivo: Transferir Información entre Anfitrión e Invitado

● Crear y abrir un archivo vacío en Ubuntu

● En Windows, usar internet para copiar el significado de SysAdmin
● De vuelta en Ubuntu, pega el texto en el archivo vacío
● Arrastrar el archivo desde Ubuntu, hacia el escritorio de Windows
● En Virtual Box, crear una nueva Carpeta Compartida llamada “nueva_carpeta”

Recuerda que:

El Manual 03 de esta sesión detalla como crear carpetas compartidas.

Para liberar el mouse de la Máquina Virtual debes presionar Ctrl(derecho) + F

Ejercicio 3a - Respuesta
Hagámoslo en Directo:
● Crear y abrir un archivo vacío en Ubuntu
● En Windows, usar internet para copiar el significado de SysAdmin
● De vuelta en Ubuntu, pega el texto en el archivo vacío
● Arrastrar el archivo desde Ubuntu, hacia el escritorio de Windows
● En Virtual Box, crear una nueva Carpeta Compartida llamada “nueva_carpeta”
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