En el Perú uno de los principales problemas ambientales, generalmente es ocasionado por
contaminación de aguas y residuos sólidos. El estado y los gobiernos locales le han dado poca importancia a la calidad del agua y los esfuerzos por detener este problema aun siguen siendo incipientes. Las aguas del río Chillón han sufrido un incremento en la contaminación de sus aguas, la contaminación a lo largo de la Cuenca del río Chillón depende de una serie de factores entre los que se destacan: la intensidad de los flujos de circulación, la profundidad, configuración geográfica del área, procesos biológicos y actividades humanas e industriales, produciéndose la contaminación del recurso hídrico en forma agresiva sobre todo en la cuenca baja del río Chillón, en el trayecto de la cuenca baja, se han establecido estaciones de monitoreo en las zonas más críticas desde el distrito de Carabayllo hasta la desembocadura al mar. Los problemas de contaminación de las aguas del río Chillón se deben a las descargas de aguas residuales domésticas e industriales, residuos sólidos, actividades agropecuarias, criaderos de porcinos, fundiciones informales, papeleras, curtiembres. A lo largo de cuenca baja existe poca iniciativa por mejorar la calidad del agua así como la necesidad de contar con un saneamiento básico, no existen tratamientos previos de mejorar la calidad del agua, el poblador ribereño incumple con las normas ambientales lo cual conduce a tener la ribera del río deteriorado, como se encuentra en la actualidad. Es necesario fortalecer los programas de gestión ambiental que involucren al recurso hídrico, calidad del agua, residuos sólidos, educación ambiental y sanitaria para la población, planes de desarrollo urbano, un ordenamiento territorial sobre todo en la cuenca alta y media del río Chillón donde el turista tome conciencia de la conservación del medio ambiente y del recurso hídrico, para lo cual es necesario hacer uso de los instrumentos de gestión ambiental. Finalmente se establecieron las medidas correctivas para remediar los impactos negativos y los tratamientos para mejorar la calidad del agua. El río Chillón de Lima excede en 12 veces los límites de contaminación l segundo río más importante de Lima es un nido de contaminación. El río Chillón ha servido durante años de desagüe natural alimentado por los desechos de urbanizaciones y viviendas cercanas a la ribera que no han dejado de crecer. Gran parte de la suciedad proviene del Servicio de Agua Potable y Alcantarillado de Lima, que vierte sus aguas residuales. Lo que antes era un río lleno de vida se ha convertido en un vertedero peligroso para la salud, como recuerda la vecina desde hace 28 años Sonia Moncada. "Antes de que existiera este puente, usábamos rocas, ruedas y sacos de arena para cruzar el río, y había pequeños peces allí. Cuando éramos niños, todos los vecinos solían nadar aquí", recuerda.
Sin embargo ahora encuentran de todo en el río, desde cerdos muertos de la
granja río arriba a muebles.
Un análisis de calidad realizado por la Universidad Cayetano Heredia de Perú
señala que las aguas del río Chillón exceden en 12 veces los límites permitidos de coliformes. El contaminante más preocupante es la E. coli, un tipo de bacteria común en las heces. El microbiólogo ambiental Oscar Aguinaga alerta de que "la contaminación química y biológica puede afectar a los seres humanos y a los animales". Los altos niveles de contaminación impiden el uso del agua del río para regar los campos de cultivo y las aves que buscan agua potable ya no se refugian allí.
El Chillón representa al menos el 10 por ciento del agua utilizada en la ciudad. Un
río que nace en los Andes peruanos y fluye por más de cien kilómetros a través de Lima hasta el Océano Pacífico.