La Hermandad se fundó en 1948, si bien tenía orígenes anteriores, desde 1913, como Grupo

de la Flagelación en el seno de la Cofradía de la Vera Cruz.

La Sección de la Flagelación se creó dentro de la citada cofradía en 1913 formada por
dependientes de comercio. Sus integrantes, vestidos con túnica y capirotes morados de
terciopelo con una cruz blanca bordada y ceñida con un cíngulo amarillo, acompañaban a la
imagen de Jesús Flagelado y al Nazareno de la Vera Cruz (Nazareno Chico) en la Procesión
General del Santo Entierro.
Debido a las dificultades económicas por las que pasaba la cofradía matriz la Sección de la
Flagelación fue decayendo. Ya en 1946 se hablaba de un proyecto de constitución de una
hermandad propia, pensándose en la unión con otra cofradía. En 1948 la recién
creada Hermandad Universitaria solicitó la cesión de la imagen del Flagelado para su desfile.
La petición fue denegada, si bien a raíz de este hecho la Congregación de San Francisco
Javier se comprometió a realizar las gestiones necesarias para la creación de una cofradía
propia que procesionase la imagen, constituyéndose como tal en 1948, teniendo como sede
la Iglesia de la Clerecía, en cuya Sacristía se custodiaba la imagen del Flagelado.
En 1949 la nueva cofradía procesionó por primera vez el Lunes Santo formando parte de la
llamada Procesión del Santo Rosario, junto a la Cofradía de la Oración en el Huerto y la
desaparecida Hermandad de Jesús de la Promesa (filial de la Hermandad Dominicana) y el
Viernes Santo como parte de la Procesión General del Santo Entierro.
Los años siguientes la hermandad siguió desfilando el Viernes Santo integrada en el Santo
Entierro.
En 1967, dada la situación de crisis que atravesaba la Cofradía de los Excombatientes, pasó a
acompañar a esta Hermandad el Miércoles Santo, dejando de desfilar en el Santo Entierro.
Desde 1972, año en que desapareció la Cofradía de los Excombatientes, la Hermandad de N.
P. Jesús Flagelado desfila en solitario en la noche del miércoles.
En 1987 se permitió la entrada de mujeres en la cofradía. Esta circunstancia, junto con el
resurgir que vivió la Semana Santa Salmantina en general en los años ochenta, hizo que la
cofradía empezase a plantearse la posibilidad de incluir una imagen mariana en su desfile. En
1991 se adquirió una imagen de vestir que fue estrenada en la Semana Santa de 1992 bajo la
advocación de Ntra. Sra. de las Lágrimas, incluyéndose en el título de la Hermandad.