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Problemas de Bioquímica – Primer Curso del Grado en 

Bioquímica – Curso 2010‐11 
SOLUCIONES A LOS PROBLEMAS DE CINÉTICA ENZIMÁTICA

1.-. El estudio de una reacción enzimática que sigue una cinética del tipo Michaelis-
Menten ha aportado los siguientes datos:

[S] (μM) 1 4 10 100 500 1000


V0 (nmoles/min) 25.0 40 45.5 49.5 50 50
a) Calcule el valor de Km y Vmax.

0.05

0.04
1/V0 (min/nmol)

0.03

0.02
Km = 1 M
0.01
Vmax = 50 nmol/min

0.00
-1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 1.5
1/[S] (M-1)
b) Si se aumenta la cantidad de enzima en la reacción, ¿variarán Km y Vmax.?
La Km no depende de la concentración de enzima, luego no variará.
La Vmax = kcat [ET]; es decir, es directamente proporcional a la concentración de
enzima y, por tanto, aumentará proporcionalmente.

2.- Para establecer los parámetros cinéticos de dos enzimas (E1 y E2, PM 65000 y
75000 Da, respectivamente) que catalizan la misma reacción en dos
compartimentos subcelulares distintos, se determinaron las velocidades iniciales
de la reacción en presencia de diferentes concentraciones de sustrato y de 1 g/ml

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de enzima en cada caso. Los ensayos se realizaron en tampón fosfato 0,2 M, pH 7,2
(valores de pKa: 2,1; 7,2; 12,3). Los resultados obtenidos fueron los siguientes:

v0 (mol/ml/min)

[S] (mM) E1 E2

2,5 0,37 0,16


4,0 0,50 0,23
20,0 0,83 0,56
40,0 0,91 0,65
80,0 0,95 0,71

Se desea conocer:
a) Los parámetros cinéticos de ambas enzimas y el valor de kcat

7
E1
6
-1

E2
1/v0 (mol/ml/min)

0
-0.2 0.0 0.2 0.4 0.6
1/[S] (mM)-1

Vmax = kcat [ET]

[ET] = (1μg/ml)/MM

Vmax
Enzima Km (mM) kcat (min-1)
(μmol/ml min)
E1 4.24 1.00 65000

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E2 10.42 0.80 60000

b) ¿Cuál de ellas presenta mayor eficacia catalítica?

Eficacia catalítica = kcat/Km

E1 = 15330 min-1 mM-1 E2 = 5760 min-1 mM-1

La eficacia catalítica de E1 es mayor.

c) ¿Cuál será el valor de v0 para ambas enzimas en presencia de una concentración


de sustrato 10 mM?

Se calcula, simplemente, aplicando la ecuación de Michaelis-Menten.

V0 para E1 = 0.70 μmol/ml min V0 para E2 = 0.39 μmol/ml min

d) ¿Cuál será la Vmax y la Km obtenida en ambos casos si la concentración de cada


enzima fuese 2 g/ml? En este caso, y en presencia de 10 mM de sustrato, ¿cuál
sería el valor de v0?

La Km sería la misma.
Vmax sería el doble (2.0 μmol/ml min para E1 y 1.6 μmol/ml min para E2).

El valor de V0 en estas nuevas condiciones y 10 mM de sustrato será:

V0 para E1 = 1.40 μmol/ml min V0 para E2 = 0.78 μmol/ml min

V0 = Vmax [S]/(Km + [S]) = kcat [ET] [S]/(Km + [S]), luego si es la misma concentración de
sustrato y el doble de enzima, la V0 también tienen que ser el doble.

e) En estudios adicionales llevados a cabo en un tampón acetato 0.2 M, pH 7.2 (pKa


= 4.7), se observó que el valor de Km aumentaba un 40%, mientras que el valor de
Vmax apenas se modificaba. Sabiendo que en el ensayo enzimático se desprenden
protones, justifique los resultados obtenidos.

El acetato no tampona a pH 7.2. Por tanto, si durante la reacción se desprenden protones,


lo previsible es que baje este pH y se protone algún residuo de la enzima. Si no cambia la
Vmax, quiere decir que kcat se mantiene constante y, por tanto, no se tratará de un residuo
catalítico. Por contra, si Km aumenta, es que disminuye la afinidad por el sustrato, lo que
sugiere que el residuo protonado es un residuo de reconocimiento.

3.- En el estudio cinético de una enzima hepática cuya actividad es óptima en el


intervalo de pH comprendido entre 4 y 8, se ha tratado de valorar el efecto inhibidor
que ejerce el péptido alanil-histidil-lisina (1mM) sobre su actividad. Para ello, se han
realizado los análisis cinéticos a dos valores de pH: 5,0 y 7,0. Los resultados

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obtenidos a pH 5,0 se muestran en la Figura. Cuando el estudio se llevó a cabo a pH
7,0, no se observó inhibición.

3,5
1/v0 (mol/min)-1
[I]=1mM
3,0
pH = 5,0
2,5
[I]=0
2,0

1,5

1,0

0,5
1/[S] (M)-1
0,0
0,4
-0 -0,2 0,0 0,2 0,4 0,6 0,8

a) Calcule los parámetros cinéticos de la enzima.


Km = 5 μM Vmax = 2 μmol/min en ausencia de inhibidor.
K’m = 10 μM V’max = 2 μmol/min en presencia de inhibidor 1 mM.
b) Explique cuál es el efecto del péptido a pH 5.0, determinando el valor de Ki.
¿Cómo podría explicar el comportamiento del péptido en función del pH?
[Valores de pKa: Ala (2.35; 9.87); His (1.81; 6.0; 9.15); Lys (2.16; 9.20; 10,80)].
Es un inhibidor competitivo. Vmax no varía y Km aumenta al aumentar la concentración
de inhibidor.
K’m = Km (1 + [I]/Ki). De lo que se deduce que Ki = 1 mM
Entre pH 5.0 y 7.0 se desprotona la cadena lateral de la histidina, que deja de tener
carga. Parece bastante evidente que el péptido inhibe porque se une al centro activo de
la enzima a través de una interacción electrostática en la que se ve implicada esta
cadena.
4.- Una enzima E es capaz de actuar sobre dos sustratos A y B. Se han calculado los
parámetros cinéticos para ambos sustratos, a pH 3,0 empleando la misma
concentración de enzima. Los resultados obtenidos son los siguientes:

Para A: Vmax = 2 mol/min y Km = 5 M

Para B: Vmax = 2 mol/min y Km = 8 M


Calcule la eficacia catalítica de la enzima para cada sustrato. Indique cuál de los
dos es mejor sustrato para la enzima.

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La eficacia catalítica en valor absoluto no se puede calcular porque se desconoce la
concentración de enzima. Sin embargo, dado que Vmax = kcat [ET] y que la concentración
de enzima es la misma de los dos casos, la relación Vmax/Km es directamente
proporcional a dicha eficacia. Por tanto:

A) Vmax/Km = 0.4 mol/min/M B) Vmax/Km = 0.25 mol/min/M


El sustrato A es mejor porque la enzima cataliza la reacción con mayor eficacia catalítica.

Cuando se repitieron estos estudios a pH=7,0, se observó que la enzima no


presentaba actividad sobre el sustrato B; dicho compuesto posee un grupo
ionizable con un valor de pKa = 5.0. Los resultados de los estudios cinéticos con el
sustrato A a pH=7.0, en ausencia o presencia de B se muestran en la figura.
Calcule los valores de Vmax y KM para el sustrato A a pH=7,0. ¿Qué efecto ejerce B?.
Calcule la Ki de B y justifique su comportamiento en función del pH.
1/v0 (mol/min)-1
4 [B] = 1mM

[B] = 0
2

0
-0,3 -0,2 -0,1 0,0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6
-1
1/[S] M

A pH 7.0, y en ausencia de B, los valores de Km y Vmax para A son:

Km = 5 μM Vmax = 1.39 mol/min

La K’m aparente en presencia de B 1mM es: K’m = 10 μM

Por tanto, el valor de Ki para B será: Ki = 1 mM

B actúa como un inhibidor competitivo a pH 7.0. Evidentemente, puesto que es un sustrato


a pH 5.0, es capaz de unirse a la enzima con alta afinidad pero a pH 7.0 le falta que un
grupo necesario para la reacción esté protonado. Ese grupo, probablemente, es el que se
desprotona con un pKa de 5.0.

5.- Se ha estudiado el efecto de diversos inhibidores sobre una enzima implicada en


la replicación del virus de la gripe A, obteniéndose los siguientes resultados:

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1/v0 (mol/min)-1
1/[S] (mM)-1 CON INHIBIDOR
SIN INHIBIDOR
A (0,01 mM) B (0,50 mM) C (0,20 mM)

5 4.5 5.5 12.8 6.8

10 5.2 7.2 13.5 7.6

20 6.5 10.8 14.8 9.5

40 9.0 18.0 17.3 13.4

60 11.7 25.0 19.8 17.2

a) Calcule los valores de Vmax y Km de la enzima


Sin inhibidor
Con inhibidor A (0.01 mM)
Con inhibidor B (0.50 mM)
Con inhibidor C (0.20 mM)
30

25
-1
1/V0 (mol/min)

20

15

10

0
-100 -80 -60 -40 -20 0 20 40 60 80
-1
1/[S] (mM)
Vmax y Km de la enzima: Km = 33 μM Vmax = 0.27 μmol/min

b) Indique el tipo de inhibición producido por cada inhibidor, indicando cómo se


modifican en cada caso los parámetros cinéticos y el valor de Ki. ¿Qué inhibidor
seleccionaría para combatir al virus?

Vmax y Km de la enzima en presencia de A: KAm = 100 μM VAmax = 0.27 μmol/min

A es un inhibidor competitivo, luego: KAm = Km (1 + [I]/KAi), de lo que se deduce que KAi =


4.9 μM.

Vmax y Km de la enzima en presencia de A: KBm = 10 μM VBmax = 0.08 μmol/min


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B es un inhibidor acompetitivo, luego KBm = Km/(1 + [I]/KBi), de lo que se deduce que KBi =
217.4 μM.

Vmax y Km de la enzima en presencia de A: KCm = 33 μM VCmax = 0.18 μmol/min

C se comporta como un inhibidor no competitivo, luego: VCmax = Vmax/(1 + [I]/KCi), de lo que


se deduce que KCi = 400.0 μM.

Elegiría el A porque es el que tiene menor Ki.

c) ¿Cómo influiría un aumento de la concentración de sustrato en los efectos de los


inhibidores?

En los tres casos un aumento de la concentración de sustrato llegaría a revertir el efecto


inhibidor pues se trata de tres tipos de inhibición reversible. Este efecto de reversión sería
más acusado cuanto mayor fuese la Ki.

6.- Conteste a los apartados siguientes indicando si son verdaderos o falsos


justificando la respuesta:
a) La velocidad inicial de una reacción catalizada por una enzima es independiente
de la concentración de sustrato.
Evidentemente es falso. Basta con plantear la ecuación de Michaelis-Menten que describe
cuál es esa dependencia:

b) A niveles saturantes de sustrato, la velocidad de una reacción catalizada por una


enzima es proporcional a la concentración de enzima.
Verdadero ya que en esas condiciones Vmax = kcat [ET].
c) La Km es igual a la concentración de sustrato a la cual V0 =1/2 Vmax.
Verdadero, como se deduce sin más que sustituir en la ecuación de Michaelis-Menten el
valor de V0 por Vmax/2.
d) La Km varía con la concentración de enzima.
Falso. La Km es el resultado de una relación de constantes en las que no interviene la
concentración de la enzima.
e) La Km depende de la concentración de sustrato.

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Falso por idénticas razones que en el caso anterior.
f) La Vmax y la Km dependen de la temperatura.
Verdadero, todas las constantes dependen de la temperatura. La Km es una constante y la
Vmax es proporcional a otra (kcat).
g) La velocidad de una reacción catalizada por una enzima en presencia de una
concentración de sustrato limitante de la velocidad, disminuye con el tiempo.
Verdadero. La velocidad siempre disminuye con el tiempo porque se va gastando el
sustrato. Si usamos concentraciones saturantes este efecto puede no tener lugar en el
intervalo de tiempo en el que hacemos la medida.
h) Si se ha agregado suficiente sustrato, la Vmax de una reacción catalizada por una
enzima puede ser obtenida aún en presencia de un inhibidor no competitivo.
Falso, una inhibición sólo puede ser completamente revertida por el sustrato si se
trata de un inhibidor competitivo.