Efectos biológicos indirectos donde procesos como la desnitrificación / La
nitrificación, mineralización / inmovilización y el desarrollo de las raíces de las
plantas y la absorción de nutrientes se alteran principalmente por vía física /
cambios químicos asociados con el estado del agua del suelo, aireación y la
temperatura.
El manejo que influye directamente en la colocación e incorporación de residuos
de plantas y animales también controla la accesibilidad de tales fuentes de energía exógenas a la microflora y fauna del suelo. La colocación de residuos también influye indirectamente en los factores ambientales del suelo. tales como el agua del suelo y el estado de aireación, la temperatura del suelo y la relativa predominio de ciertos organismos. Estos factores ambientales, dentro las limitaciones impuestas por el clima y los suelos, juegan un papel importante en el control y limitar los procesos biológicos que determinan el ciclo del N y otros elementos