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Vigilancia continua de variantes (VOC/VOI) de SARS-CoV-2 en la Provincia de Córdoba.

Periodo analizado 28/1/2022 al 15/3/2022.

Resumen

 Se tipificaron 387 nuevas muestras (317 por real time PCR y 80 por secuenciación de genoma
completo por NGS), correspondientes a casos RNA positivos para SARS-CoV-2 con Ct<30
diagnosticados desde el 28 de enero al 15 de marzo de 2022.
 Durante este periodo se identificó a VOC Omicron como variante predominante (99,7%). VOI
Lambda se detectó en una sola muestra (0,3%).
 Se obtuvieron 80 nuevos genomas completos de las cuales el 100% fueron Omicron
correspondientes a los linajes BA.1 (58,7%), BA.1.1(38,8%), BA.2 (2,5%).
 Se detectó por primera vez el linaje BA.2 en nuestra región, la clasificación de los mismos
permite a la comunidad científica rastrear los virus en una escala más fina. Hasta el momento,
su designación no implica ninguna diferencia biológica y todos los linajes BA descriptos
pertenecen a la variante Omicron.

 En Córdoba, en el marco de la vigilancia activa de variantes se ha tipificado un total de 7.492


muestras (6.917 por real time PCR y 575 por secuenciación de genomas completos).

Estrategia de detección de variantes de SARS-CoV-2 mediante screening rápido por PCR en tiempo real.
Con el objetivo de actualizar los datos sobre la dinámica de circulación local de las variantes de
preocupación (VOC: Alpha, Beta, Gamma, Delta y Omicron) y de interés (VOI: Lambda y Mu) a lo largo
de los años 2021-2022, el presente informe reporta el monitoreo realizado a partir de 317 muestras
positivas para SARS-CoV-2 correspondientes a los casos diagnosticados por PCR en el Laboratorio Central
de la provincia de Córdoba durante el periodo comprendido entre el 28 de enero al 15 de marzo de 2022,
usando la estrategia de PCR en tiempo real, la cual fue actualizada y redefinida en el contexto
epidemiológico actual de SARS-CoV-2 con predominancia de circulación de Omicron (Fig. 1).
Figura 1. Estrategia de detección de variantes mediante RT-PCR en tiempo real utilizando el reactivo TaqMan™
SARS-CoV-2 Mutation Panel (Applied Biosystems), para la detección de mutaciones relevantes en VOC y VOI,
implementada en el Laboratorio Central, acorde a las variantes de circulación actual.

Resultados
Screening por Real Time RT-PCR
Del total de muestras tipificadas en este periodo se detectó VOC Omicron (99,7% - 316/317) y Lambda
(0,3% - 1/317). En la figura 2 se observa el patrón de circulación de las variantes detectadas a lo largo de
la vigilancia implementada en Córdoba desde enero de 2021 a la fecha.

Figura 2. Distribución porcentual de VOCs/VOIs detectadas en la comunidad en la provincia de Córdoba mediante


RT-PCR en tiempo real desde el 1 de enero de 2021 al 15 de marzo 2022. N=6917.
Secuenciación de genoma completo
Se continuó con la vigilancia activa de variantes mediante secuenciación de genomas completos
utilizando secuenciación de nueva generación (NGS) (trabajo en cooperación entre Laboratorio Central
Ministerio de Salud de Córdoba, Instituto de Virología – FCM - UNC - Proyecto PAIS - Nodo INTA-CBA,
Fundación para el Progreso de la Medicina, ANLIS-Malbrán, iniciado en noviembre de 2021).
Desde septiembre de 2021 a la fecha en Córdoba, se obtuvieron 575 secuencias completas de casos de
SARS-CoV-2. La figura 3 muestra la frecuencia de detección de VOC/VOIs obtenida en dicho periodo. Todas
las secuencias se encuentran registradas en la base de datos internacional GISAID.

En el último periodo analizado se obtuvieron 80 nuevas secuencias completas todas correspondientes a


la VOC Omicron, linajes BA.1 (47/80, 58,75%), BA.1.1(31/80 (38,75%), BA.2 (2/80, 2,5%) (Figura 3).

Figura 3. Distribución porcentual de VOC/VOIs detectadas en la comunidad en la provincia de Córdoba


mediante secuenciación del genoma completo (NGS) entre septiembre de 2021 a 15 de marzo 2022.
N=575. Distribución de linajes de VOC Omicron de las muestras obtenidas entre febrero a 15 de marzo
2022 (gráfico de torta).
Participantes en el estudio y en este informe:
Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba: Laboratorio Central: Paola Sicilia, Gonzalo
Castro, Laura Bolzon - Epidemiología: Laura López - Secretaría Prevención y Promoción de la
Salud: Gabriela Barbás.
Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de
Córdoba: Viviana Ré, María Belén Pisano.
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), Centro de Investigaciones Agropecuarias
(CIAP), Instituto de Patología Vegetal (IPAVE), Córdoba: Franco Fernández
Fundación para Progreso de la Medicina: Maximiliano Zeballos, Andrea Lucca

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