TEMA 24: MICROBIOLOGÍA DE AMBIENTES TERRESTRES.

El suelo: Es el material “suelto” de la superficie terrestre. Formado por 4 capas distintas

- El horizonte O en la superficie, con material vegetal no descompuesto.

- El horizonte A, con la mayor parte del crecimiento microbiano, rico en material
orgánico y nutrientes.
- El horizonte B, el subsuelo donde el material orgánico lixiviado del horizonte A,
alberga poca actividad microbiana.
- El horizonte C, la base que está directamente por encima de la roca y se forma a
partir de ella.
- Los suelos pueden ser de 2 tipos:
1. Suelos minerales, derivados de erosión de la roca y otros materiales inorgánicos
2. Suelos orgánicos, derivados de la sedimentación en pantanos

Composición:

Materia mineral inorgánica (~40 % del volumen del suelo), Materia orgánica (~5 %), Aire y agua (~50 %), Organismos
vivos (~5 %)

La mayor parte del crecimiento microbiano tiene lugar en la superficie de las partículas del suelo. Los agregados del
suelo contienen muchos microambientes distintos que soportan el crecimientos de muchos tipos de microbios.

Agregados de partículas

- Zona anóxica: anaerobios

- Superficie óxica: microaerófilos
- Superficie: aerobios estrictos
- Todas partes: anaerobias facultativas.

En una partícula de suelo la distribución de oxígeno en una distancia de 6 mm no es homogénea por lo que contiene
muchos microambientes. Tamaño de las partículas: arcilla < limo < arena.

Los suelos se forman mediante procesos físicos, químicos y biológicos interdependientes.

- El CO2 de la respiración de los organismos forma ácido carbónico que disuelve la roca.
- Los procesos físicos como la congelación/descongelación rompe la roca, permitiendo la penetración de las
raíces de las plantas y la expansión de la rizosfera.
- La rizosfera es el área alrededor de las raíces de las plantas donde éstas secretan azúcares y otros
compuestos, rica en materia orgánica y vida microbiana.

Lito-ecosfera:

Rocas: Superficie colonizada por bacterias, algas, hongos y líquenes. Bacterias y hongos producen ácidos orgánicos
que solubilizan silicatos y otros minerales de las rocas. Rocas del litoral: cianobacterias, clorofitas y rodofitas.

La formación del suelo

- O: capa de descompensación
- A: El suelo superficial (alto en materia orgánica, de color oscuro,
se cultiva para la agricultura, las plantas y una gran cantidad de
microorganismos crecen aquí, microbianos
- B: subsuelo (minerales, humus, etc., lixiviados de la superficie del
suelo se acumulan aquí, poca materia orgánica, actividad
microbiana...
- C: base del suelo (se desarrolla directamente del lecho de roca
subyacente, la actividad microbiana generalmente es muy baja
El suelo: Gran variedad de micro-hábitats. Los factores físico-químicos y la cubierta vegetal determinan el tipo y la
cantidad de microorganismos. Comunidades microbianas muy diversas de virus, bacterias, hongos y protozoos
contribuyen a la fertilidad de los suelos. En un suelo superficial: 109 a 1010 bacterias por gramo de peso seco.
Comunidades poco conocidas, sólo se han cultivado un 1% de todos los microorganismos del suelo.

La disponibilidad de agua es el factor más importante en la actividad microbiana de la superficie del suelo. La
disponibilidad de nutrientes es más importante en el subsuelo.

Disponibilidad de agua: suelos con vegetación y suelos áridos como hábitats microbianos. La disponibilidad de agua
varía según la pluviometría, la cobertura vegetal, el drenaje, y la composición del suelo. El agua del suelo contiene
muchos materiales disueltos y se denomina solución del suelo. Los suelos bien drenados tienen O2 disponible, mientras
que los suelos encharcados son típicamente anóxicos, siendo el O2 consumido por la microbiota.

Los suelos áridos son secos, sostienen un crecimiento vegetal limitado, y albergan Costras biológicas del suelo
comunidades microbianas adaptadas a condiciones extremas. Los suelos áridos pierden la
humedad por evapotranspiración y se recupera por la lluvia. Estos constituyen hasta ~35 % Formación del suelo en tierras
de la masa terrestre de la Tierra y son ambientes extremos, con poca disponibilidad de agua áridas. Cianobacterias filamentosas
y bacterias fijadoras del N2.
y temperaturas variables (> 60°C y < –24°C). Las “costras biológicas del suelo” (BSC) están
Líquenes y musgos. Ocurre la
formadas por cianobacterias fotosintéticas y hongos filamentosos que estabilizan el suelo. fotosíntesis. Ausencia de CBS 
Los suelos áridos se forman lentamente y están sujetos a desertización, cuando las BSC se desertización
dañan la fertilidad de los suelos disminuye.

Muestreo filogenético del suelo: indica miles de especies microbianas diferentes. Filotipo: Una “especie” definida por
la secuencia del rRNA 16S que difiere un 3% del resto de las secuencias. La diversidad microbiana varía con el tipo de
suelo y la localización geográfica.

Diversidad de bacterias y arqueas del suelo:

- Proteobacteria
- Sin clasificar
- Acidobacteria
- Bacteroidetes
- Actinobacteria
- Archaea
- Firmicutes

Microorganismos del suelo

- Hay mayor proporción de bacterias Gram+ que en ambientes acuáticos, pero predominan las Gram –.
- Géneros frecuentes: Acinetobacter, Agrobacterium, Alcaligenes, Arthrobacter , Bacillus, Brevibacterium.
- Los actinomicetos suponen entre el 10 y el 33 % de las bacterias del suelo (Streptomyces, Nocardia).
Responsables del olor a tierra mojada.

Microorganismos eucariotas del suelo

 Algas: Clorófitos, rodófitos, euglenófitos y crisófitos (106/g).

 Hongos: proporción de biomasa más elevada del suelo.
 Protozoos: flagelados, depredadores de bacterias y algas, pequeños y menos diversos que en medios
acuáticos (104-105 / g).

El subsuelo

Se extiende cientos de metros por debajo de la superficie del suelo. Se cree que las Arqueas y Bacterias existen en el
subsuelo profundo en concentraciones variables, dependiendo de la disponibilidad de nutrientes. En general, el
crecimiento microbiano en el subsuelo es limitado por la falta de nutrientes. El subsuelo profundo alberga un grupo
de 𝜇organismos que podrían ser las Arqueas más íntimamente emparentadas con los eucariotas, la “Lokiarcheotas”.
Microbiología del subsuelo profundo:

- Mina de oro en Sudáfrica (3 Km de profundidad).

- Bacterias reductoras de sulfato y oxidadoras de hidrogeno.
- Fijadoras de N2
- Oligotrófico
- Adaptadas al aislamiento por largos periodos de tiempo en el subsuelo profundo
- Fuentes de H2: radiolisis de agua por elementos radiactivos (uranio, torio y otros), y oxidación de minerales
de hierro en los acuíferos.
- Tiempo de división de días a siglos…

Vida microbiana a grandes profundidades:

Lasca de basalto encontrada a 1500 m de profundidad. En rojo células bacterianas teñidas con Rojo Nilo. En verde la
luz reflejada por el basalto. A grandes profundidades se encuentran todo tipo de bacterias que requieren H2, que
normalmente proviene de la materia orgánica, que no existe a grandes profundidades. Se cree que el H2 se origina de
la interacción química del agua con el hierro de las rocas.

Turberas (humedales ácidos): Zonas encharcadas con escasa circulación de aguas que dan lugar a la formación de la
turba. Debido a las bajas temperaturas, mayor tasa de acumulación/preservación de Mat Org que de destrucción.
Incrementa la vegetación, disminuye la luz. Se acumula Mat Org, hay una descomposición lenta de la MO. Al principio
fuerte incremento de la población bacteriana, luego aparecen otros microorganismos. Puede darse menos
frecuentemente en climas tropicales con altas precipitaciones (manglares).

Suelos hipertermales calentados geológicamente: están poblados de bacterias y arqueas, aunque también se
encuentran gran variedad de géneros quimioorganotrofos: los aerobios Thermomicrobium y Thermoleophilum y los
anaerobios Thermoshipho y Thermotoga.

Superficies y biofilms.

 Biofilms (películas): Requieren de una superficie con nutrientes adsorbidos. Son conjuntos de células
bacterianas adheridas a una superficie e incluidas en una matriz excretada por las propias células. La matriz es
una mezcla de polisacáridos que atrapa nutrientes para el crecimiento bacteriano y ayuda a prevenir la
liberación de las células en sistemas de fluidos en movimiento.
Motivos de formación:
- Auto-defensa: los biofilms resisten las fuerzas físicas que arrastran a las células no adheridas, a la
fagocitosis de células inmunes, a la penetración de toxinas (ej.: antibioticos).
- Permite a las células permanecer en un nicho favorable.
- Permite a las células vivir en próxima asociación unas con otras.

La formación del biofilm se inicia con la adhesión de la célula a una superficie seguida de la expresión de genes
específicos para su formación. Los genes codifican proteínas que sintetizan moléculas señalizadoras que inician
la formación de la matriz. La comunicación intercelular (quorum sensing) es crítica en el desarrollo y
mantenimiento del biofilm. Existe tanto comunicación intra-especies como inter-especies. Mensajero c-di-GMP
regula la formación del Biofilm: regula actividad enzimática para fijación/adhesión y síntesis del polisacárido de
la matriz y reduce la actividad del motor flagelar.

En la industria, los biofilms enlentecen el flujo de fluidos en las tuberías y pueden acelerar la corrosión de
superficies inertes. En los sistemas de aire acondicionado pueden formarse biofilms que albergan Legionella.
Existen muy pocos agentes anti-biofilm efectivos disponibles. Los biofilms están implicados en muchas
condiciones médicas y dentales  Piedras de riñón, tuberculosis, infecciones por Staphylococcus
Importancia médica

Biofilms de P. aeruginosa: Pacientes de fibrosis quística albergan grandes cantidades de Pseudomonas

aeruginosa que forma biofilms en los pulmones resistentes a los antibióticos. Otros ejemplos: La placa dental
causa la caries, gingivitis y enfermedad periodontal. Biofilms en lentes de contacto, en prótesis artificiales.

Tapetes microbianos:

Los tapetes microbianos son biofilms de varios centímetros de grosor. Constituidos por bacterias fotótrofas o
quimiolitótrofas. Los tapetes fotótrofos contienen cianobacterias quimiolitotrofas. Los tapetes de
cianobacterias son ecosistemas completos (existen desde hace mas de 3.5 billones de años). Los tapetes
quimiolitótrofos contienen bacterias oxidadoras de sulfuros filamentosas.

Actualmente escasos por la evolución de los animales herbívoros que las consumían y competencia con las
plantas acuáticas. Sobreviven hoy en ambientes hipersalinos y geotérmicos. Bacterias fotótrofas
(cianobacterias filamentosas) y consumidores median todos los ciclos de nutrientes. De día ambiente óxico y de
noche anóxico (ciclo circadiano).

Bacterias filamentosas oxidadoras de azufre (Beggiatoa y Thioploca) en la superficie de sedimentos marinos. En

la superficie almacenan nitratos (NO3-) en vacuolas internas. Seguidamente se sumergen lentamente (3-5 mm/h)
en el sedimento para oxidar el H2S producido por las bacterias reductoras de azufre utilizando el nitrato como
aceptor de e-.